의과대학부속병원에서 직접 운영하는 장례식장이 지방세법에서 규정한 용도구분에 의한 비과세대상인지 여부(취소)

[주 문] 처분청이 청구인에게 2004.1.10. 부과고지한 취득세 71,610,480원, 농어촌특별세 6,564,260원, 등록세 13,175,180원, 지방교육세 2,337,590원, 합계 93,687,510원을 취소한다.

[이 유]

1. 원처분의 요지 처분청은 의료법인인 청구인이 ㅇㅇ시 ㅇㅇ구 ㅇㅇ동 ㅇㅇ번지외 41필지상에 1999.10.2. 건축물 43,168.83㎡ 신축 및 2002.1.4. 건축물 864.83㎡ 증축하여 취득한 후 그 일부를 고유목적사업에 사용하지 않고 수익사업인 장례식장으로 사용하므로 추징대상으로 보아 장례식장용 건축물 2,799.19㎡ 및 그 부속토지 3,564.88㎡(이하 “이 사건 부동산”이라 한다)에 대한 취득가액(1,471,680,330원)에 관련세율을 적용하여 산출한 취득세 71,610,480원, 농어촌특별세 6,564,260원, 등록세 13,175,180원, 지방교육세 2,337,590원, 합계 93,687,510원(가산세 포함)을 2004.1.10. 부과 고지하였다.

2. 청구의 취지 및 이유 청구인은 이 사건 부동산이 청구인의 의과대학 부검실 및 장례지도학과 학생들의 장례학 실습장으로 직영하고 있는 교육용 시설이고, 시체안치 및 부검시설은 종합병원의 설치기준에 명시된 필수시설이며, 또한 실비로 운영하고 있는 관련부속시설(대기실, 휴게실 등)은 유족들의 편의시설이므로, 이러한 용도로 제공된 장례식장은 의과대학 부속병원의 필수시설로서 지방세법에서 규정한 용도구분에 의한 비과세 대상에 해당되고, 공익목적사업을 수행하고 있는 학교법인을 지원하는 조세정책에도 어긋나므로 처분청의 취득세 등 부과처분은 취소되어야 한다고 주장하고 있다.

3. 우리부의 판단 이 사건 심사청구의 다툼은의과대학부속병원에서 직접 운영하는 장례식장이 지방세법에서 규정한 용도구분에 의한 비과세대상인지 여부에 있다 하겠다. 먼저 관계법령의 규정을 살펴보면, 지방세법 제107조본문제1호 및 같은 법 제127조제1항제1호에서 제사·종교·자선·학술·기예 기타 공익사업을 목적으로 하는 대통령령으로 정하는 비영리사업자가 그 사업에 사용하기 위한 부동산의 취득(등기)에 대하여는 취득세와 등록세를 비과세하지만, 대통령이 정하는 수익사업에 사용하는 경우와 취득일(등기·등록일)부터 3년 이내에 정당한 사유없이 그 용도에 직접 사용하지 아니하는 경우 또는 그 사용일부터 2년 이상 그 용도에 직접 사용하지 아니하고 매각하거나 다른 용도로 사용하는 경우 그 해당부분에 대하여 취득세(등록세)를 부과한다고 규정하고 있고, 같은 법시행령 제78조의2에서 법 제107조본문단서에서 “대통령령이 정하는 수익사업”이라함은 법인세법 제3조제2항의 규정에 의한 수익사업을 말한다고 규정하고 있으며, 같은 조제2항에서 제1항의 규정에 불구하고 다음 각호의 1에 해당하는 사업은 수익사업으로 보지 아니한다고 규정하면서, 그 제1호에서 고등교육법 제4조의 규정에 의하여 설립된 의과대학등의 부속병원이 경영하는 의료업으로 규정하고, 같은 법시행령 제79조제1항제2호에서 초·중등교육법 및 고등교육법에 의한 학교를 경영하는 자를 비영리사업자로 규정하고 있다. 다음으로 청구인의 경우를 살펴보면, 1999.10.2. 청구인의 건축물 43,168.83㎡(영안실동: 2054.19㎡중에서 공용부분을 제외한 1,941.19㎡)에 대하여 임시사용승인을 받았고, 2000.3.8. 관할세무서에 학교법인 ㅇㅇ학원사업부 명의로 장례식장 운영업 사업자 등록을 하였으며, 2002.1.4. 영안실동을 증축(864.83㎡)하여 임시사용승인을 득하자 2004.1.10. 처분청은 이 사건 취득세 등 부과 고지한 사실이 제출된 관계 증빙자료를 통해 알 수 있다. 이에 대하여 청구인은 이 사건 부동산은 장례지도학과 학생들의 장례학 실습장으로 사용하고 있는 교육용 시설이고, 시체안치 및 부검시설은 종합병원의 설치기준 상 필수시설이어서 장례식장은 편익부대시설이라고 주장하므로 이를 살펴보면, 지방세법 제107조본문제1호 등에서 제사·종교·자선·학술·기예 기타 공익사업을 목적으로 하는 대통령령으로 정하는 비영리사업자가 그 사업에 사용하기 위한 부동산의 취득(등기)에 대하여는 취득세와 등록세를 비과세하지만, 대통령이 정하는 수익사업(법인세법 제3조제2항의 규정에 의한 사업)에 사용하는 경우에는 그 해당부분에 대하여 취득세(등록세)를 부과한다고 규정하고 있는 바, 이 사건 장례식장의 경우, 의료법이 아닌 장사 등에 관련 법률 제25조에서 장례식장 영업에 대한 제반규정을 정하고 있고, 유가족에게 유료로 장례식장을 제공하여 법인세법상 수익이 발생하는 사업이라 하더라도, 대학교 교과정에 장례관련학과(자연과학계열 보건의료학부)가 있어 학생들의 실습일지에서 보듯이 장례식장이 학생의 실습장으로서의 역할을 하고 있고, 의료법상 종합병원시설기준에서 의무적으로 시체실을 두어야 하므로 이에 따라 유가족의 편익시설인 장례식장은 필수적인 부대시설로 보아야 하며, 또한 제출된 급여지급명세서 등 관련자료 상에서 이를 타인에게 임대하지 않고 청구인이 직접경영 하고 있는 사실이 확인되는 등의 제반사항을 고려하여 볼 때, 학교 등 다른 비영리사업자가 고유목적과 관련된 필수부대시설을 일정한 수익을 받으면서 직접 경영할 경우에도 비과세하는 것과 형평성의 측면에서 달리 볼 수 없다고 할 수 있으므로 처분청이 이 사건 취득세 등을 부과한 처분은 잘못이 있다 하겠다. 따라서 청구인의 주장은 이유가 있다고 인정되므로 지방세법 제77조제1항의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.

2004. 9. 23. 행 정 자 치 부 장 관