영유아보육시설을 운영하기 위해 취득한 부동산이 비과세 대상에 해당되는지 여부와 이의신청이 적법하게 제기되었는지 여부(취소)

[주 문] 처분청이 청구인에게 2004.2.10.과 2004.5.10. 부과고지한 취득세 가산세 839,300원과 취득세 4,772,500원, 등록세 7,158,740원, 농어촌특별세 433,350원, 지방교육세 1,431,730원, 합계 13,796,320원을 취소하고 나머지는 각하한다.

[이 유]

1. 원처분의 요지 처분청은 청구인이 2003.3.5. ㅇㅇ시 ㅇㅇ구 ㅇㅇ동 ㅇㅇ번지 대지 509㎡(이하 “이 사건 토지”라 한다)를 영유아보육시설로 취득 신고하자 취득세 등을 비과세 하였으나, 영유아보육시설의 운영자로 볼 수 없어 그 취득가액(196,983,000원)을 과세표준으로 관련세율을 적용하여 산출한 취득세 4,772,500원, 등록세 7,158,740원, 농어촌특별세 433,350원, 지방교육세 1,431,730원, 합계 13,796,320원(가산세포함)을 2004.5.10. 부과 고지하였고, 또한 2003.10.30. 위 번지 지상에 건축물(4층 연면적 773.06㎡, 이하 “이 사건 건축물”이라 한다)을 신축취득하자 그 취득가액(209,827,140원)을 과세표준으로 관련세율을 적용하여 산출한 등록세 1,678,610원, 지방교육세 335,720원, 합계 2,014,330원을 2003.10.31. 신고납부 하였으나, 취득세는 신고 납부하지 아니하므로 2003.12.10. 취득세 4,196,540원(가산세 미포함), 농어촌특별세 461,610원(가산세 포함), 합계 4,658,150원을, 2004.2.10. 헌법재판소의 불합치 결정으로 유보된 취득세 가산세 839,300원을 각각 부과 고지하였다.

2. 청구의 취지 및 이유 청구인은 ㅇㅇ교회 부설ㅇㅇ어린이집 시설장으로 근무하고 있던 중ㅇㅇ교회로부터1998.12.15. 이를 임차하여 청구인 명의로 보육시설신고필증을 교부받을 때까지 보육시설을 운영하고 있어 실질적으로 영유아보육시설을 운영하는 자이므로 2003.3.5. 이 사건 토지를 취득한 시점이나 같은 해 10.30. 이 사건 건축물을 취득한 시점에는 영유아보육시설을 운영하는 자로 보아야 함에도 처분청이 이 사건 토지 및 건축물에 대한 취득세 등을 부과한 처분은 부당하다고 하고, 추가의견에서 취득세 납세고지서를 뒤늦게 수령하였으며, 처분청에서 이의신청에 대한 절차를 알려주지 않아서 불복청구기간을 경과하였다고 주장하면서 관련세액을 환급요구하고 있다.

3. 우리부의 판단 이 사건 심사청구의 다툼은 영유아보육시설을 운영하기 위해 취득한 부동산이 비과세 대상에 해당되는지 여부와 이의신청이 적법하게 제기되었는지 여부에 있다 하겠다. 먼저 관계법령의 규정을 살펴보면, 지방세법 제73조제1항에서 이의신청을 하고자 할 때에는 그 처분이 있는 것을 안 날(처분의 통지를 받는 때에는 그 통지를 받은 날)부터 90일 이내에 대통령이 정하는 바에 따라 불복의 사유를 구비하여 도세(…생략…)에 있어서는 도지사에게, 시·군세(…생략…)에 있어서는 시장·군수에게 이의신청을 하여야 한다고 규정하고, 같은 법 제77조제1항제1호에서 신청·청구기간이 경과하였거나 보정기간 내에 필요한 보정을 하지 아니한 때에는 그 신청·청구를 각하하는 결정을 한다고 규정하고 있으며, 지방세법 제107조에서는 다음 각호의 1에 해당하는 것에 대하여는 취득세를 부과하지 아니한다. 다만, 대통령령이 정하는 수익사업에 사용하는 경우와 취득일부터 1년(제1호의 경우에는 3년) 이내에 정당한 사유없이 그 용도에 직접 사용하지 아니하는 경우 또는 그 사용일로부터 2년 이상 그 용도에 직접 사용하지 아니하고 매각하거나 다른 용도로 사용하는 경우 그 해당부분에 대하여 취득세를 부과한다고 규정하고, 그 제1호에서 제사·종교·자선·학술·기예 기타 공익사업을 목적으로 하는 대통령령으로 정하는 비영리사업자가 그 사업에 사용하기 위한 부동산 취득이라고 규정한 다음 지방세법시행령 제79조(비영리사업자의 범위)에서 그 제6호에 영유아보육법에 의한 영유아보육시설을 운영하는 자로 규정하고 있다. 다음으로 청구인의 경우를 살펴보면, 1997.3.22. ㅇㅇ교회는 ㅇㅇ시 ㅇㅇ구 ㅇㅇ동 ㅇㅇ번지에 청구인을 시설장으로 하는 ㅇㅇ어린이집 보육시설 인가를 받고, 1998.12.15. 청구인과 ㅇㅇ교회는 건물임차료 5천만원과 비품 등 인수매입비 3천만원으로 하는 5년간 보육시설 임대차 계약을 체결하였으며, 2001.6.12. 관할세무서에 청구인을 대표자로 하는 어린이집 고유번호증을 등록한 바 있고, 2003.3.5. 이 사건 토지를 취득하고 비과세 처분을 받았으며, 2003.10.30. 이 사건 토지상에 교육 및 연구시설용도 이 사건 건축물(보육시설 773.06㎡)을 신축하여 사용승인받자 2003.10.31. 이 사건 건축물 등록세 등을 신고납부 하였고, 2003.12.10. 처분청은 이 사건 건축물 취득세 등 부과고지 하였으며, 2003.12.29. 청구인 명의 민간보육시설 신고필증 교부받고, 2004.2.10.과 2004.5.10. 이 사건 건축물 취득세 가산금 유보분 및 이 사건 토지 취득세 등이 각각 부과고지된 사실이 제출된 관계 증빙자료를 통해 알 수 있다. 이에 대하여 청구인은 ㅇㅇ교회 부설ㅇㅇ어린이집을 임차하여 보육시설을 운영하고 있어 실질적으로 영유아보육시설을 운영하는 자이므로 이 사건 토지 및 건축물에 대한 취득세 등을 부과한 처분은 부당하다고 하고, 취득세 납세고지서를 뒤늦게 수령하여 불복청구기간을 경과하였다고 주장하고 있으므로 이에 대하여 보면, 지방세법 제107조본문 및 그 제1호와 같은 법 제127조제1항 및 그 제1호, 그리고 같은 법시행령 제79조제1항제6호에서 영유아보육법에 의한 영유아보육시설을 운영하는 자가 그 사업에 사용하기 위한 부동산에 대하여는 취득세 및 등록세를 부과하지 아니한다고 규정하고 있는 바, 먼저 본안 심의에 앞서 이 사건 심사청구가 적법하게 제출되었는지를 살펴보면, 지방세법 제74조제1항에서 심사청구를 하고자 할 때에는 이의신청에 대한 결정의 통지를 받은 날부터 90일이내에 도지사의 결정에 대하여는 행정자치부장관에게, 시장ㆍ군수의 결정에 대하여는 도지사 또는 행정자치부장관에게 각각 심사청구를 하여야 한다고 규정하고 있으나, 청구인은 2003.10.30. 이 사건 건축물을 신축하여 취득하면서 같은 해 10.31. 자진신고 납부한 등록세에 대한 이의신청은 145일만에 제기하였으며, 2003.12.10. 처분청이 부과한 이 사건 건축물에 대한 취득세 고지서를 남편 ㅇㅇㅇ이 같은 해 12.13. 수령하였고, 이에 대한 이의신청은 수령한 때로부터 90일이내에 이의신청을 제출하여야 함에도 102일만에 하였기에 이 사건 건축물에 대하여 과세된 취득세와 등록세 등은 이의신청기간인 90일을 초과하였으므로 본안 심의대상이 아닌 것이라 할 수 있다. 다음으로 헌법재판소의 헌법불합치 결정에 따라 유보된 이 사건 건축물에 대하여 취득세 가산세와 이 사건 토지에 부과 고지한 취득세 등을 부과한 처분이 적법한지를 살펴보면, 청구인의 경우 교회재적회의록과 임대차계약서(건물임차료 3천만원 및 비품등 매입비 5천만원)에서 보듯이 1998.12.15. 청구인이 ㅇㅇ교회로부터 5년간 보육시설을 임차 운영하여온 사실과 2001.6.12. ㅇㅇ세무서에 어린이집 고유번호증 등록시에도 대표자가 청구인으로 등록되어 있는 점, 그 후 위 보육시설을 운영하여 오면서 2003.3.5. 이 사건 토지를 취득한 이후 2003.10.30. 이 사건 토지상의 건축물을 신축취득하고, 2003.12.29. 보육시설신고필증을 교부받아 끊임없이 보육시설을 운영하고 있는 사실 등을 종합하여 볼 때, 사실상 영유아보육시설을 운영하는 자로 봄이 타당하다고 할 수 있음에도 처분청에서는 이 사건 부동산 취득일 현재 보육시설신고필증을 교부받지 않았다는 이유로 법문 상 영유아보육시설을 운영하는 자가 될 수 없다고 보고 과세대상으로 판단한 사항은 영유아보육시설에 대하여 세제혜택을 주어 여성의 사회진출기회나 출산 등을 권장하는 입법취지에 비추어 바람직한 해석이라 할 수 없고, 현실적으로 보육시설의 설치신고를 하려면 건축물관리대장등본과 시설 및 설비목록을 제출하도록 되어 있어서 당해 부동산을 임차하거나 취득하여 시설을 설치한 후 신고 하여야 하므로 보육시설설치 신고에 앞서서 부동산 취득 등이 이루어야 하는 점과 상당수의 지방자치단체에서 이러한 경우 취득세 등을 비과세 대상으로 운영하여온 점 등을 종합하여 보면, 단순히 법문의 해석에만 치우쳐 취득일 현재 보육시설 설치신고가 완료되지 않았다고 하여 취득세 등의 과세대상으로 판단한 것은 잘못(같은 취지의 행자부 심사결정 제2004-186호, 2004.7.26.)이라 하겠다. 따라서 청구인의 주장은 일부 이유가 있다고 인정되므로 지방세법 제77조제1항의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.

2004. 9. 23. 행 정 자 치 부 장 관