법인이 대도시 내의 부동산을 취득·등기하고 일부는 임대하고 일부에 사업자등록 및 지점을 설치한 후 직원 일부가 업무를 수행하고 있는 경우 등록세를 중과세한 처분의 당부(기각)

[주 문] 청구인의 심사청구를 기각한다.

[이 유]

1. 원처분의 요지 처분청은 청구인이 2001.3.30. ㅇㅇ시 ㅇㅇ구 ㅇㅇ동 ㅇㅇ번지 토지 623.6㎡와 그 지상건축물 1,180.58㎡(이하 “이 사건 부동산”이라 한다)를 취득한 후 그 취득가액(1,740,100,000원)에 지방세법 제131조제1항제3호의 일반세율을 적용하여 산출한 등록세 등을 2001.4.7. 신고납부하자 이를 수납하여 징수결정하였으나, 2003.4.16. 이 사건 부동산 내에 인적·물적시설을 갖추고 부가가치세법에 의한 사업자등록을 하였으므로 이 사건 부동산에 대한 등기를 대도시 내 지점설치에 따른 부동산등기로 보아 지방세법 제138조제1항의 중과세율을 적용하여 산출한 세액에서 이미 납부한 세액을 차감한 등록세 125,287,200원, 지방교육세 22,969,320원, 합계 148,256,520원(가산세 포함)을 2004.1.10. 부과 고지하였다.

2. 청구의 취지 및 이유 청구인은 1978.1.12. 손톱깍기 제조·판매 등을 목적사업으로 하여 설립된 중소기업으로서, 본점은 ㅇㅇ도 ㅇㅇ시에 소재하고 있으나 수출을 위주로 하는 영업 특성상 이 사건 부동산을 취득한 후 이 사건 부동산의 건축물 중 1층(285.23㎡)과 3층(254.33㎡)은 임대하고, 지하층(355.79㎡)과 2층(285.23㎡)은 일부 무역부 직원이 제품 샘플 등의 배송장소와 창고 등으로 사용하고 있을 뿐만 아니라, 이 사건 부동산에 대한 임대 및 관리업무와 영업관련 모든 업무는 ㅇㅇ도 ㅇㅇ시에 소재하는 본점에서 이루어지고 있음에도, 처분청에서 이 사건 부동산에 대한 등기를 대도시 내 지점설치에 따른 등기로 보아 등록세 등을 중과세한 처분은 부당하다고 주장하고 있다.

3. 우리부의 판단 이 사건 심사청구의 다툼은 법인이 대도시 내의 부동산을 취득·등기하고 일부는 임대하고 일부에 사업자등록 및 지점을 설치한 후 직원 일부가 업무를 수행하고 있는 경우 대도시 내 지점설치에 따른 부동산등기로 보아 등록세를 중과세한 처분이 적법한 지 여부에 있다 하겠다. 먼저 관계법령의 규정을 보면, 지방세법 제138조제1항 및 제3호에서 대도시 내에서의 법인의 설립과 지점 또는 분사무소의 설치 및 대도시내로의 법인의 본점 주사무소 지점 또는 분사무소의 전입에 따른 부동산등기와 그 설립 설치 전입 이후의 부동산등기에 해당하는 등기를 하는 때에는 그 세율을 제131조 및 제137조에 규정한 당해 세율의 100분의 300으로 한다고 규정하고 있고, 같은법시행령 제102조제3항에서 법 제138조제1항제3호에서 “법인의 설립과 지점 또는 분사무소의 설치 및 대도시내로의 법인의 본점 주사무소 지점 또는 분사무소의 전입에 따른 부동산등기”라 함은 당해 법인 또는 지점등이 그 설립 설치 전입(수도권의 경우 서울특별시외의 지역에서 ㅇㅇ시내로의 전입은 대도시내로의 전입으로 본다. 이하 이 조에서 같다)이전에 취득하는 일체의 부동산등기(채권을 보전하거나 행사할 목적으로 하는 부동산등기를 제외한다. 이하 이 조에서 같다)를 말하며, “그 설립 설치 전입이후의 부동산등기”라 함은 법인 또는 지점등이 설립 설치 전입이후 5년이내에 취득하는 업무용 비업무용 또는 사업용 비사업용을 불문한 일체의 부동산등기를 말하고, 이 경우 일체의 부동산등기에는 공장의 신설 증설, 공장의 승계취득, 당해 대도시내에서의 공장의 이전 및 공장의 업종변경에 따르는 부동산취득등기를 포함하며, “지점등”이라 함은 행정자치부령이 정하는 사무소 또는 사업장을 말한다고 규정하고 있으며, 같은법시행규칙 제55조의2 본문 및 제1호 내지 제3호에서 영 제102조제2항 후단에서 “행정자치부령이 정하는 사무소 또는 사업장”이라 함은 법인세법 부가가치세법 또는 소득세법의 규정에 의하여 등록된 사업장(법인세법 부가가치세법 또는 소득세법의 규정에 의한 비과세 또는 과세면제대상 사업장을 포함한다)으로서 인적 물적설비를 갖추고 계속하여 사무 또는 사업이 행하여지는 장소를 말하되, 영업행위가 없는 단순한 제조 가공장소와 물품의 보관만을 하는 보관창고 및 물품의 적재와 반출만을 하는 하치장은 제외한다고 규정하고 있다. 다음으로 청구인의 경우를 보면, 청구인은 2001.3.30. 이 사건 부동산을 취득한 후 5년 이내인 2003.4.15. 지점등기를 필하고 그 다음 날 관할 ㅇㅇ세무서장에게 사업자등록을 하였으며, 이 사건 부동산 중 1층(285.23㎡)과 3층(254.33㎡)은 임대하고, 지하층(355.79㎡)과 2층(285.23㎡)은 제품창고 및 사무실 등으로 사용하고 있는 사실과 2004.7.9. ㅇㅇ지점의 2004.5월 및 6월분 갑종근로소득에 대한 주민세 특별징수액을 납입하면서 인원을 각각 13명 11명으로 기재하고 있고, 2003년도 ㅇㅇ지점에 대한 부가가치세 신고서상 매출액이 제1기분은 28,064,667원이고, 제2기분은 30,432,807원인 사실은 제출된 관계 증빙자료에 의하여 알 수 있다. 이에 대하여 청구인은 이 사건 부동산의 건축물 중 1층과 3층은 임대하고, 지하층과 2층은 제품 샘플 등의 배송장소와 창고 등으로 사용하고 있을 뿐만 아니라, 이 사건 부동산에 대한 임대 및 관리업무와 영업관련 모든 업무는 본점에서 이루어지고 있음에도, 이 사건 부동산에 대한 등기를 대도시 내 지점설치에 따른 등기로 보아 등록세 등을 중과세한 처분은 부당하다고 주장하고 있다. 이에 관하여 보면, 지방세법 제138조제1항제3호 및 같은법시행령 제102조제2항과 같은법시행규칙 제55조의2의 규정을 종합하여 볼 때, 등록세 중과세 요건인 지점 등의 설치에 따른 등기에 있어서 지점 등이라 함은 법인세법, 부가가치세법 또는 소득세법의 규정에 의하여 등록된 사업장으로서 “인적·물적 설비를 갖추고 계속하여 사무 또는 사업이 행하여지는 장소”를 말하므로, 이러한 지점으로 보기 위하여는 각 세법 규정에 의하여 사업장으로 등록된 사실과 실질적으로 인적·물적 설비를 갖추고 계속적으로 사무 또는 사업을 행한 장소이어야 하겠고, 여기서 “인적·물적 설비를 갖추고 계속하여 사무 또는 사업이 행하여지는 장소”라 함은 영업활동 내지 대외적인 거래업무를 처리하기 위한 인원을 상주시키고 이에 필요한 물적 시설을 갖추고 있으며, 실제로 그러한 활동이 행하여지고 있는 장소를 가리킨다 할 것인 바, 청구인은 이 사건 부동산 취득일(2001.3.30)부터 5년 이내인 2003.4.15. 지점등기를 필한 후 2003.4.16. 관할 서초세무서장에게 사업자등록을 하고, 이 사건 부동산의 건축물 중 지하층(355.79㎡)은 제품 창고로 사용하고 있으며, 지상 2층(285.33㎡)에 사무실 및 회의실 등을 갖추고 무역부 직원 11～13명이 수출관련 업무를 계속하고 있는 사실이 주민세 특별징수납입현황(2004.5～6월분) 및 청구인의 직원조직도와 2003년도 제1·2기분 부가가치세 확정(예정)신고서 등에서 확인되고 있는 이상, 이 사건 부동산에 대한 등기는 지방세법 제138조제1항제3호 및 같은법시행령 제102조제2항과 같은법시행규칙 제55조의2에서 규정하고 있는 대도시 내 지점설치에 따른 부동산등기에 해당된다고 보는 것이 타당하다 하겠으므로, 처분청이 이 사건 등록세 등을 부과한 처분은 잘못이 없다 할 것이다. 따라서 청구인의 주장은 이유가 없다고 인정되므로 지방세법 제77조 제1항의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.

2004. 8. 30. 행 정 자 치 부 장 관