법인장부상의 취득가액을 과세표준으로 하여 산출한 취득세 등을 신고납부한 후 과세표준을 착오 기재하였다는 사유로 일부세액의 환부를 요청한 것이 적법 여부(기각)

[주 문] 청구인의 심사청구를 기각한다.

[이 유]

1. 원처분의 요지 처분청은 청구인이 2003.11.4.부터 같은 해 11.13.까지 ㅇㅇ시 ㅇㅇ구ㅇㅇ동 ㅇㅇ번지 외 8필지의 토지 2,436㎡와 지상건축물 265.3㎡(이하 “이 사건 부동산”이라 한다)를 취득한 후, 2003.11.4.부터 같은 해 11.13.까지 그 취득가액(9,580,558,000원)을 과세표준으로 구 지방세법(2003.12.30. 법률 제7013호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제112조제1항 및 제131조제1항의 세율을 적용하여 산출한 취득세 191,611,160원, 농어촌특별세 9,902,110원, 등록세 287,416,740원, 지방교육세 57,483,340원, 합계 546,413,350원(가산세 포함)을 신고납부하자 이를 수납하여 각각 징수 결정하였다.

2. 청구의 취지 및 이유 청구인은 건설업 등을 목적사업으로 하는 법인으로서 아파트 건설용지로사용하기 위하여 이 사건 부동산을 취득한 후 과세표준액을 9,580,558,000원으로 하여 산출한 취득세와 등록세 등을 신고납부하였지만, 신고한 과세표준액이 착오 기재된 것임을 확인하고 2003.12.13. 구 지방세법 제71조제1항의 규정에 의하여 검인을 받은 부동산매매계약서 및 토지거래처 원장상의 취득가액인 7,308,660,000원을 취득세 및 등록세 과세표준으로 하여 수정신고를 하였지만, 처분청에서 이를 거절하는 것은 부당할 뿐만 아니라 실질과세의 원칙에 의해서도 위배된다 하겠으므로 당초 착오로 신고한 과세표준액(9,580,558,000원)에서 사실상 취득가액(7,308,660,000원)을 공제한 2,271,898,000원에 대한 취득세와 등록세 등은 환부하여야 한다고 주장하고 있다.

3. 우리부의 판단 이 사건 심사청구의 다툼은 검인계약서 및 법인장부상의 취득가액을 과세표준으로 하여 산출한 취득세 등을 신고납부한 후 과세표준을 착오 기재하였다는 사유로 일부세액의 환부를 요청한 것이 적법한 지 여부에 있다 하겠다. 먼저 관계법령의 규정을 보면, 구 지방세법 제111조 및 제130조, 같은법시행령 제82조의2제1항 및 제82조의3제1항에서 취득세와 등록세의 과세표준은 취득·등기 당시의 취득·등기자가 신고한 가액으로 하되, 법인이 작성한 원장·보조장·출납전표·결산서 등 법인장부에 의하여 취득가격이 입증되는 취득에 대하여는 사실상의 취득가격에 의한다고 규정하고 있고, 같은 법 제71조제1항 및 같은법시행령 제53조에서 이 법에 의한 신고납부기한 내에 지방세를 신고납부한 자가 신고납부한 후에 과세표준액 및 세액계산의 근거가 되는 면적·가액 등이 공사비의 정산, 건설자금의 이자계산, 확정판결 등에 의하여 변경되거나 확정된 경우 또는 신고납부 당시에 있어서 증빙서류의 압수 또는 법인의 청산 기타 부득이한 사유로 인하여 과세표준액 및 세액을 정확하게 계산할 수 없었으나 그 후 당해 사유가 소멸한 경우에는 60일 이내에 수정신고를 할 수 있다고 규정하고 있다. 다음으로 청구인의 경우를 보면, 청구인은 2003.11.4.부터 같은 해 11.13.까지 이 사건 부동산을 취득한 후 검인계약서 및 법인장부인 계정별 원장에등재된 가액(9,580,558,000원)을 과세표준으로 하여 산출한 취득세와 등록세 등을 2003.11.4.부터 같은 해 12.13.까지 신고납부 및 소유권이전등기를 경료하였다가, 2003.12.13. 취득가액을 7,308,660,000원으로 한 부동산 매매계약서에 검인을 받은 사실은 제출된 관계 증빙자료에 의하여 알 수 있다. 이에 대하여 청구인은 당초 신고가액이 착오 기재된 것임을 확인하고 수정신고를 하였으나 처분청이 이를 거부하는 것은 부당할 뿐만 아니라 실질과세의 원칙에도 위배된다고 주장하고 있다. 이에 관하여 살펴보면, 구 지방세법 제71조제1항에서 취득세 등을 신고납부한 후에 공사비의 정산 및 확정판결 등에 의하여 과세표준액 등이 변경되었다거나 신고납부 당시 증빙서류의 압수 등으로 인하여 세액을 정확하게 계산할 수 없는 경우 등에 한하여 수정신고를 할 수 있다고 규정하고 있는 바, 청구인의 경우 지방세법에 의한 수정신고 사유인 공사비의 정산 등에 의해 과세표준액이 변경되었음을 입증할 아무런 자료를 제출하지 아니한 채, 단지 2중으로 검인을 받은부동산매매계약서 및 토지거래처를 기재한 원장상 취득가액을 7,308,660,000원으로 하여 수정신고한 것은 적법한 수정신고라고 볼 수 없다 하겠으므로, 청구인이 2003.11.4.부터 같은 해 11.13.까지 이 사건 부동산 취득에 따른 취득세 등을 신고납부하면서 당초 제출한 청구인의 법인장부인 계정별 원장과 검인을 받은 이 사건 부동산 매매계약서상 등재되어 있는 취득가액(9,508,558,000원)을 사실상 취득가액으로 하여 산출한 취득세 등을 신고납부한 것은 적법한 신고납부라고 판단된다 할 것이다. 따라서 청구인의 주장은 이유가 없다고 인정되므로 지방세법 제77조제1항의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.

2004. 7. 26. 행 정 자 치 부 장 관