주상복합건물의 건설목적으로 취득한 토지를 타인이 무상임차하여 여객터미널용으로 사용한 경우 별도합산과세 대상으로 볼 수 있는지 여부(경정)

[주 문] 처분청이 2003.11.11. 청구인에게 부과고지 한 종합토지세 1,007,138,670원, 지방교육세 201,427,730원, 농어촌특별세 150,857,740원, 합계 1,359,424,140원을 종합토지세 334,094,130원, 지방교육세 66,818,830원, 농어촌특별세 49,997,610원, 합계 450,910,570원으로 경정한다.

[이 유]

1. 원처분의 요지 처분청은 공제조합인 청구인이 1999.3.12. 종전에 여객터미널 용도로 사용하던 ㅇㅇ시 ㅇㅇ구 ㅇㅇ동 ㅇㅇ번지 토지 11,505.5㎡, 같은 동 1447-1번지 토지 7,916.5㎡, 같은 동 1746-7 토지 1,773.3㎡, 같은 동 1453-1 토지 6,768.9㎡(이하 위 4필지에 대하여 “이 사건 토지”라고 한다.)를 주상복합건물을 건설할 목적으로 취득하여 종합토지세 과세기준일(1999.6.1.) 현재 매도인 (주)ㅇㅇ유통에서 여객터미널 용도로 임차하여 사용하고 있으나, 이 사건 토지가 준주거지역으로 도시계획이 변경결정 되었으므로 일시적으로 사용하는 것으로 보아 여객터미널 용도가 아니라고 하면서, 이 사건 토지 중 같은 동 ㅇㅇ번지와 같은 동 ㅇㅇ번지 및 같은 동 ㅇㅇ번지의 토지는 건축물이 없는 나대지이므로 종합합산과세 대상이 되고, 건축물이 있는 같은 동 ㅇㅇ번지는 별도합산대상이 되나 건축물 배율초과 부분인 5,978.49㎡는 종합합산과세 대상이 된다고 보아 산출한 세액에서 이미 과세한 세액을 공제하여 종합토지세 1,007,138,670원, 지방교육세 201,427,730원, 농어촌특별세 150,857,740원, 합계 1,359,424,140원을 2003.11.11. 부과고지 하였다.

2. 청구의 취지 및 이유 청구인은 이 사건 토지를 주상복합건물의 신축을 목적으로 취득하였으나 매도인이 이 사건 토지에서 사용하던 여객터미널을 인근에 있는 같은 동 ㅇㅇ번지로 신축이전 할 때까지 무상으로 계속하여 여객터미널로 사용하였던 것으로서, 1999년 종합토지세 과세기준일인 1999.6.1. 현재 일부토지(같은 동 ㅇㅇ번지)는 여객터미널의 부대시설인 주유소 등으로, 나머지 토지는 대합실, 여객자동차 발착장, 상가 등 여객터미널용으로 각각 사용하였으므로 별도합산 과세대상이 분명함에도 종합합산세율을 적용하여 종합토지세를 추징한 처분이 부당하다고 주장하고 있다.

3. 우리부의 판단 이 사건 심사청구의 다툼은 주상복합건물의 건설목적으로 취득한 토지를 타인이 무상임차하여 여객터미널용으로 사용한 경우 별도합산과세 대상으로 볼 수 있는지 여부에 있다 하겠다. 먼저 관계법령의 규정을 살펴보면, 지방세법제234조의15제1항에서 종합토지세의 과세표준은 종합합산과세표준ㆍ별도합산과세표준 및 분리과세표준으로 구분한다고 규정하고, 그 제2항에서 종합합산과세표준은 과세기준일 현재 납세의무자가 소유하고 있는 전국의 모든 토지 중 별도합산 또는 분리과세의 대상이 되는 건축물의 부속토지로서대통령령이 정하는 건축물의 부속토지를 제외한 토지의 가액을 합한 금액으로 한다고 하며, 그 제3항에서 별도합산과세표준은 과세기준일 현재 납세의무자가 소유하고 있는 전국의 모든 건축물의 부속토지 중 대통령령으로 정하는 건축물의 부속토지의 가액을 합산한 금액으로 한다고 규정하고 있고, 같은 법시행령 제194조14제1항에서는 법 제234조의15제2항본문에서 대통령령이 정하는 건축물의 부속토지라 함은 건축물(법 제104조 제4호의 규정에 의한 건축물과 행정자치부령으로 정하는 지상정착물을 말하며, 건축 중인 경우와 과세기준일 현재 건물멸실 등기를 한 날부터 6월이 경과하지 아니한 경우를 포함하되, 과세기준일 현재 건축기간이 경과하였거나 정당한 사유없이 6월 이상 공사가 중단된 경우를 제외한다. 이하 이 절에서 같다) 중 다음 각호의 1에 해당하는 건축물을 제외한 건축물의 부속토지로서 건축물의 바닥면적(건물 외의 시설물의 경우에는 그 수평투영면적을 말한다)에 제2항의 규정에 의한 용도지역별 적용배율을 곱하여 산정한 면적을 초과하지 아니하는 토지를 말한다고 한 다음 그 제2항에서는 적용할 용도지역별적용배율을 정하고 있고, 그 제3항제1호에서 여객자동차운수사업법 및 화물유통촉진법의 규정에 의하여면허 또는 인가를 받은 자가 계속하여 사용하는 여객 자동차터미널 및 화물터미널용 토지는 제1항 및 제2항의 규정에 불구하고 법 제234조의15제2항본문의 대통령령이 정하는 건축물의 부속토지로 본다고 규정하고 있다. 다음으로 청구인의 경우를 살펴보면, 이 사건 토지는 1990.7.2. 매도인이 ㅇㅇㅇㅇ라는 명칭의 여객 및 화물자동차터미널용 토지로 사용하던 중 1995.7.18. ㅇㅇ구고시 제1995-38호로 자동차정류장에서 준주거지역으로 도시계획이 변경결정 되었고, 1998.12.24. 청구인은 매도인과 이 사건 토지에 대하여 매매계약 체결하였으며, 1999.3.12. 이 사건 토지를 취득하였고, 1999.8.2. 매도인은 같은 동 ㅇㅇ번지에 여객터미널신축용도의 건축허가를, 1999.12.2. 청구인은 이 사건 토지에 주상복합건물신축용도의 건축허가를 각각 득하였으며, 1999.12.23. 매도인이 건축한 여객터미널 건축물 임시사용승인을 받자 이전하고, 2000.2.16. 청구인은 이 사건 토지에 주상복합건축물을 신축하고자 착공한 사실이 있고, 그 후 처분청은 2003.11.11. 이 사건 토지에 대하여 1999년도 귀속분 종합토지세를 부과고지 하였다. 이에 대하여 청구인은 이 사건 토지는 1999년 종합토지세 과세기준일인 1999.6.1. 현재 여객터미널용 토지로 사용하였음이 입증되는데도 종합합산과세대상으로 하여 종합토지세를 추징함이 부당하다고 주장하므로 이에 대하여 보면, 지방세법시행령 제194조의14제3항제1호에서 여객자동차운수사업법의 규정에 의하여면허 또는 인가를 받은 자가 계속하여 사용하는 여객자동차터미널용 토지는 별도합산대상으로 규정하고 있으며, 이 사건 토지는 1995.7.18. 용도지역이 자동차정류장에서 준주거용으로 변경되었으나, 매도인인 (주)ㅇㅇ유통이 1990.7월부터 여객터미널용도로 사용하여 오다가 1999.3.12. 청구인에게 매각하였고, 이 사건 종합토지세 과세기준일(1999.6.1.) 현재는 무상임차하여 여객대합실 등 여객터미널용도로 계속사용 하였으므로, 이 사건 토지는 그 과세기준일 현재 여객자동차운수사업법의 규정에 의하여면허 또는 인가를 받은 자인 (주)ㅇㅇ유통이 계속하여여객터미널용으로 사용한 토지로서 종합토지세 별도합산과세대상에 해당한다고 하겠으나, 이 사건 토지 중 같은 동 ㅇㅇ번지는, 1999년 이전에 촬영한 항측사진에서 보면, 여객터미널 토지와 구분되어 있고 종전에 설치되었던 여객터미널용 주유시설도 멸실(1998.6.17. 폐업신고)된 나대지 상태로 확인되고 있으므로 종합합산과세대상에 해당된다고 할 수 있다. 그러나 처분청에서는 토지소유자인 청구인이 직접 터미널용으로 사용하지 않았으므로 별도합산과세요건을 충족하지 못하고 있는 것으로 판단하고 있는 바, 종합토지세는 보유하는 토지에 담세력을 인정하여 과세하는 수익세적 성격을 지닌 재산세로서 당해 토지를 보유하는 동안 매년 독립적으로 과세기준일 현재의 토지의 현황이나 이용상황(대법원판례 98두4364, 1998.5.8. 선고)에 따라 과세되는 점과 관련조항에서 여객자동차운수사업법의 규정에 의하여 면허 또는 인가를 받은 자가 계속하여 사용할 것을 요건으로 규정하고 있을 뿐 토지소유자가 인가를 받아서 사용할 것을 요건을 규정하고 있지 않는 점을 보면 처분청의 판단은 잘못이 있는 것이라 하겠다. 따라서 청구인의 주장은 일부 이유가 있다고 인정되므로 지방세법 제77조제1항의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.

2004. 7. 26. 행 정 자 치 부 장 관