본점 이전등기는 하지 않았으나 사실상의 본점을 이전한 경우 부동산이 등록세 중과세 대상에 해당하는지 여부와 지점 설치에 따른 부동산에 해당하는지 여부(기각)

[주 문] 청구인의 심사청구를 기각한다.

[이 유]

1. 원처분의 요지 처분청은 청구인이 2002.4.1. ㅇㅇ시 ㅇㅇ구 ㅇㅇ동 ㅇㅇ번지 토지 1,668.5㎡와 그 지상건축물 16,445.28㎡(이하 “이 사건 부동산”이라 한다)를 취득한 데 대하여 청구인이 직접 사용하는 부분은 기술진흥단체가 고유업무에 사용하는 부동산으로 보아 취득세와 등록세를 면제하고, 임대용으로 사용하는 부분에 대하여는 일반세율에 의한 취득세 등을 신고납부하자 이를 수납하였으나, 그 후 세무조사결과 ㅇㅇ도 ㅇㅇ시에 본점을 두고 있던 청구인이 이 사건 부동산으로 사실상 본점을 이전하였으므로 임대용 부분(7,773.28㎡)의 경우 대도시내로의 본점 전입에 따른 부동산에 해당될 뿐만 아니라, 임대사업을 영위하기 위하여 사업자등록을 하였으므로 대도시내 지점설치에 따른 부동산 등기에도 해당된다고 보아 임대부분의 취득가액 21,364,292,577원에 지방세법 제138조제1항의 중과세율을 적용하여 산출한 세액에서 이미 납부한 세액을 차감한 등록세 1,538,229,060원, 지방교육세 282,008,660원, 합계 1,820,237,720원(가산세 포함)을 2004.2.10. 부과고지하였다.

2. 청구의 취지 및 이유 청구인은 공공기관의 정보화관련 정책개발 지원 등을 목적으로 1987.1월 정보화촉진기본법에 의하여 설립된 비영리법인으로서, 본점 소재지는 ㅇㅇ도 ㅇㅇ시에 소재하고 있으며, 수도권에 있는 사무실을 통합 운영할 목적으로 이 사건 부동산을 취득하여 일부는 직접 사용하고 일부는 임대하고 있으며, 이러한 임대부분과 관련하여 부동산임대업을 위한 사업자등록을 한 상황으로서, 이 사건 부동산을 취득한 후 ㅇㅇ도 ㅇㅇ시에 소재한 본점에서 처리하던 정보화기획단 등 업무부서의 일부가 이전하였지만 계속하여 ㅇㅇ의 본점에서 행정적인 모든 업무를 처리하고 있는 상태이며, 대외적으로도 ㅇㅇ도 ㅇㅇ시가 본점으로 표시되어 있는데도, 처분청이 이 사건 부동산에 상주 근무하는 인원이 본점 인원보다 훨씬 많고, 원장실이 있어 업무를 총괄하고 있다는 사실을 근거로 사실상 본점이 이전한 것으로 본 것은 잘못이라 하겠으며, 또한 이 사건 부동산에 설치한 사무실에서 수행하는 업무는 부동산임대업과는 전혀 관련없는 업무로서 부가가치세 면세대상 사업장이므로 사업자등록을 할 필요가 없으나 임대부분에 대하여 부가가치세법상 사업자등록을 하도록 되어 있으므로 임대사업과 관련한 사업자등록을 한 것에 불과하고, 임대업무는 ㅇㅇ시에 소재한 본점에서 이를 관리 운영하고 있는데도, 처분청이 본점 직원이 수시로 이 사건 부동산에 출장을 와서 임대업무를 처리한다는 사실만으로 이 사건 부동산에 설치한 사무실을 지점에 해당된다고 본 것도 잘못이라 하겠으므로, 처분청이 이 사건 부동산에 대하여 대도시내 본점 전입에 따른 부동산에 해당되며, 지점설치에 따른 부동산에도 해당된다고 보아 등록세를 중과세한 처분은 부당하다고 주장하고 있다.

3. 우리부의 판단 이 사건 심사청구의 다툼은본점 이전등기는 하지 않았으나 사실상의 본점을 ㅇㅇ시내로 이전한 경우 이전과 관련된 부동산이 등록세 중과세 대상에 해당하는 지 여부와 지점 설치에 따른 부동산에 해당하는 지 여부에 관한 것이라 하겠다. 먼저 관계법령을 보면, 지방세법 제138조제1항에서 다음 각호의 1에 해당하는 등기를 하는 때에는 그 세율을 제131조 및 제137조에 규정한 당해 세율의 100분의 300으로 한다. 다만, 수도권정비계획법 제6조제1항제1호의 규정에 의한 과밀억제권역(산업집적활성화및공장설립에관한법률의 적용을 받는 산업단지를 제외한다. 이하 이 조에서 "대도시"라 한다)안에 설치가 불가피하다고 인정되는 업종으로서 대통령령이 정하는 업종과 법인이 사원에게 분양 또는 임대할 목적으로 취득하는 대통령령이 정하는 주거용부동산에 관한 등기 및 외국인투자촉진법에 의한 외국인투자기업이 2003년 12월 31일까지 행하는 공장의 신설 또는 증설에 따른 부동산등기(외국인투자비율에 해당하는 부동산의 등기에 한한다)에 대하여는 그러하지 아니하다고 규정한 다음, 그 제2호에서 대도시외의 법인이 대도시내에로의 본점 또는 주사무소의 전입(전입후 5년 이내에 자본 또는 출자액을 증가하는 경우를 포함한다)에 따른 등기. 이 경우 전입은 법인의 설립으로 보아 세율을 적용한다고 규정하고 있고, 그 제3호에서는 대도시내에서의 법인의 설립과 지점 또는 분사무소의 설치 및 대도시내로의 법인의 본점 주사무소 지점 또는 분사무소의 전입에 따른 부동산등기와 그 설립 설치 전입 이후의 부동산등기라고 규정하고 있으며, 같은 법시행령 제102조제2항에서 법 제138조제1항제3호에서 "법인의 설립과 지점 또는 분사무소의 설치 및 대도시내로의 법인의 본점 주사무소 지점 또는 분사무소의 전입에 따른 부동산등기"라 함은 당해 법인 또는 지점등이 그 설립 설치 전입(수도권의 경우 ㅇㅇ시외의 지역에서 ㅇㅇ시내로의 전입은 대도시내로의 전입으로 본다. 이하 이 조에서 같다)이전에 취득하는 일체의 부동산등기(채권을 보전하거나 행사할 목적으로 하는 부동산등기를 제외한다. 이하 이 조에서 같다)를 말하며, "그 설립 설치 전입이후의 부동산등기"라 함은 법인 또는 지점등이 설립 설치 전입이후 5년이내에 취득하는 업무용 비업무용 또는 사업용 비사업용을 불문한 일체의 부동산등기를 말한다. 이 경우 일체의 부동산등기에는 공장의 신설 증설, 공장의 승계취득, 당해 대도시내에서의 공장의 이전 및 공장의 업종변경에 따르는 부동산취득등기를 포함하며, "지점등"이라 함은 행정자치부령이 정하는 사무소 또는 사업장을 말한다고 규정하고 있고, 같은 법시행규칙 제55조의2에서 영 제102조제2항 후단에서 "행정자치부령이 정하는 사무소 또는 사업장"이라 함은 법인세법 부가가치세법 또는 소득세법의 규정에 의하여 등록된 사업장(법인세법 부가가치세법 또는 소득세법의 규정에 의한 비과세 또는 과세면제대상 사업장을 포함한다)으로서 인적 물적설비를 갖추고 계속하여 사무 또는 사업이 행하여지는 장소를 말한다고 규정하고 있다. 다음으로 청구인의 경우를 보면, 청구인은 1987.1.6. 목적사업을 정보화촉진 기본계획 수립 시행에 관한 전문기술의 지원 및 종합자문 등으로, 본점 소재지를 ㅇㅇ도 ㅇㅇ시 ㅇㅇ동 ㅇㅇ번지으로 하여 법인 설립등기를 하였고, 2002.3.8. 이 사건 부동산에 대하여 임대사업자등록을 한 후, 2002.4.2. 이 사건 부동산에 대한 소유권 이전등기를 한 후 지하1층 및 지상9층 내지 15층은 원장실, 기획조정부 등 13개 부서 사무실로 청구인이 직접 사용하고 있으며, 나머지 지상1층 내지 8층 부분은 ㅇㅇ은행외 6개 업체에 임대하고 있고, 세무조사 당시 청구인의 직원중 21명은 ㅇㅇ에 근무하고 있고, 219명은 이 사건 부동산에 근무하고 있으며, ㅇㅇ에는 본점 부서중 총무부만 있고, 대외활동과 관련한 부서(정보화기획단, 정보화기반구축반, 정보화사업지원단, 정보화성과평가단) 사무실은 모두 이 사건 부동산에 설치되어 있는 사실을 제출된 관계 증빙자료에서 알 수 있다. 이에 대하여 청구인은 본점 이전등기도 되지 않았고, 실제 본점 업무가 등기부상의 본점 소재지에서 이루어지고 있으므로 대도시내로 본점을 전입한 경우에 해당되지 않으며, ㅇㅇ사무소의 경우 대외활동과 관련없는 부동산임대업으로만 사업자등록을 하였고, 임대업무는 본점 총무부에서 수행하고 있으므로 대도시내에 새로이 지점을 설치한 경우에도 해당되지 않으므로 이 사건 부과처분이 부당하다고 주장하지만, 지방세법 제138조제1항 제2호와 제3호는 각각 그 과세대상과 과세요건을 달리하는 것으로 보아야 할 것으로서, 제2호의 경우 법인등기부상 전입등기가 이루어지지 아니한 경우 법인등기에 대하여는 등록세를 중과세할 수 없다 할 것이지만, 제3호의 법인의 전입에 따른 부동산 등기는 대도시외에서 대도시내로 본점 이전등기를 수반하여 전입과 관련하여 취득 등기한 법인의 본점용 부동산에 국한하여 중과세하는 것으로 규정하고 있지는 아니하므로, 입법목적에 비추어 등록세 중과세대상이 되는 대도시내로의 법인전입에 따른 부동산 등기라 함은 법인 전입등기는 이루어지지 아니하였지만 실질적으로 대도시외에서 대도시내로 전입한 법인이 전입과 관련하여 취득한 일체의 부동산 등기를 포함하는 것으로 보는 것이 타당하다 할 것으로서, 청구인의 경우 법인등기부상 본점 소재지는 ㅇㅇ도 ㅇㅇ시라 하더라도, 이 사건 부동산을 취득한 후 총무부를 제외한 모든 대외활동과 관련된 부서를 이 사건 부동산으로 이전함으로서 실질적으로 본점 전입이 이루어진 경우에는 원칙적으로 이와 관련한 일체의 부동산 등기가 등록세 중과세 대상에 해당된다고 봄이 타당하다 하겠으므로, 처분청이 이 사건 부동산중 면제대상이 되는 직접 사용하는 부분을 제외한 임대용 부동산에 대하여 등록세를 중과세한 처분은 적법하다 하겠다. 따라서 청구인의 주장은 이유가 없다고 인정되므로 지방세법 제77조제1항의 규정에 의거 주문과 같이 결정한다.

2004. 7. 26. 행 정 자 치 부 장 관