영농조합법인의 출자지분을 100% 양수한 경우 당해 양수인을 과점주주로 보아 취득세를 부과한 처분의 당부(기각)

[주 문] 청구인의 심사청구를 기각한다.

[이 유]

1. 원처분의 요지 처분청은 청구인과 특수관계인인 ㅇㅇㅇ외 4인이 2001.1.11. ㅇㅇㅇㅇㅇㅇ조합법인의 출자지분을 청구외 ㅇㅇㅇ외 4인으로부터 취득하여 출자비율이 100%인 과점주주가 되었으므로, ㅇㅇㅇㅇㅇㅇ조합법인의 취득세 과세대상물건의 법인장부가액 1,511,561,481원에 지방세법 제112조제1항의 세율을 적용하여 산출한 취득세 취득세 36,277,460원, 농어촌특별세 3,325,430원, 합계 36,902,890원(가산세 포함)을 2004.4.8. 부과고지하였다.

2. 청구의 취지 및 이유 지방세법 제22조제2호에서 과점주주를 규정하면서 주주 또는 유한책임사원 1인과 그와 특수관계에 있는 자들의 소유주식 합계나 출자총액이 발행주식 총수 또는 출자총액의 100분의 51이상인 자들을 말한다고 규정하고 있으므로, 과점주주가 되기 위해서는 민법이나 상법 등에서 규정된 회사의 종류들 중에 비상장법인이 주주 또는 유한책임사원으로서 회사에 대한 지분만큼 책임을 지는 회사에 국한된 것으로 보아야 할 것으로서, 영농조합법인은 협업적 농업경영을 통하여 생산성을 높이고, 농산물의 출하·가공·수출 등을 공동으로 하는 농민으로 구성된 조합으로서 일반법인과는 다른 특수법인에 해당되므로 출자지분이 51%이상이라고 하여도 과점주주로서 취득세 납세의무를 지울 수 없는 것이며, 설령 과점주주에 해당된다 하더라도 자경농인의 경우 취득세 등을 50% 감면하도록 지방세법상 규정하고 있으며, 과점주주로서 당해 영농조합법인의 취득세 과세대상 물건을 취득하는 것으로 간주한다면 청구인과 특수관계인들도 모두 자경농민에 해당되므로 50% 감면대상에 해당된다고 주장하고 있다.

3. 우리부의 판단 이 사건 심사청구의 다툼은 영농조합법인의 출자지분을 100% 양수한 경우 당해 양수인을 과점주주로 보아 취득세를 부과한 처분의 적법 여부에 관한 것이라 하겠다. 먼저 관계법령을 보면, 지방세법 제22조제2호에서 과점주주(주주 또는 유한책임사원 1인과 그와 대통령령이 정하는 친족 기타 특수관계에 있는 자들의 소유주식의 합계 또는 출자액의 합계가 당해 법인의 발행주식 총수 또는 출자총액의 100분의 51 이상인 자를 말한다)중 다음 각목의 1에 해당하는 자라고 규정하고 있고, 같은 법 제105조제6항에서 법인의 주식 또는 지분을 취득함으로써 과점주주가 된 때에는 그 과점주주는 당해 법인의 부동산, 차량, 기계장비·입목·항공기·선박·광업권·어업권·골프회원권·콘도미니엄회원권 또는 종합체육시설이용회원권을 취득한 것으로 본다. 다만, 법인설립시에 발행하는 주식 또는 지분을 취득함으로써 과점주주가 된경우 또는 과점주주에 대한 취득세 납세의무성립일 현재 이 법 및 기타 법령에 의하여 취득세가 비과세·감면되는 부분에 대하여는 그러하지 아니하다고 규정하고 있다. 다음으로 청구인의 경우를 보면, 청구인과 특수관계인인 ㅇㅇㅇ외 3인은 2001.1.11. 청구외 ㅇㅇㅇ외 4인으로부터 ㅇㅇㅇㅇㅇㅇ조합법인의 출자지분 100% 양수하였으며, 처분청은 청구인과 특수관계인이 과점주주에 해당된다고 보아 이 사건 부과처분을 하였음을 제출된 관계 증빙자료에서 알 수 있다. 이에 대하여 청구인은 영농조합법인은 주주 또는 유한책임사원으로 구성된 법인이 아니라 조합법인이므로 출자지분을 모두 양수하였다 하더라도 과점주주로서 취득세 과세대상에 해당되지 않으며, 청구인과 특수관계인은자경농민에 해당되므로 취득세의 50% 감면대상에도 해당된다고 주장하고 있으므로 이를 차례로 살펴보면, 먼저 특수법인의 출자자이므로 과점주주에 해당되지 않는다는 주장의 경우 지방세법 제22조 본문에서 법인의 출자자의 제2차 납세의무에 관하여 규정하면서 법인중 주식을 한국증권거래소에 상장한 법인만을 제외하도록 규정하고 있으며, 같은 조 제2호에서 과점주주에 관하여 주주 또는 유한책임사원 1인과 특수관계에 있는 자들의 지분율이 100분의 51 이상인 경우에 과점주주로 보도록 규정하고 있는 바, 지방세법 제22조제2호에서 과점주주와 관련하여 주주 또는 유한책임사원 1인과 특수관계인이라고 표현되어 있다 하더라도 이 규정에서의 유한책임사원의 의미는 본문에서 법인의 범위를 정하면서 상장법인만을 제외하도록 규정하고 있는 점에 비추어 볼 때, 상법상의 유한책임사원뿐만 아니라 상장법인 이외의 민법이나 상법 또는 특별법에 의하여 설립된 법인으로서 유한책임을 지는 사원을 모두 포괄하는 의미로 해석하는 것이 타당하다 하겠고, 과점주주에게 취득세 납세의무를 지우는 입법취지상으로도 민·상법에 의하여 설립된 법인의 주주 또는 유한책임사원과 특별법에 의하여 설립된 법인의 주주 또는 유한책임사원을 차별할 아무런 합리적인 이유가 없다 할 것으로서, 민·상법상의 법인의 주주 또는 유한책임사원만 과점주주로서의 취득세 납세의무가 있다는 청구인의 주장은 받아들일 수 없는 것이라 하겠으며, 다음으로 청구인은 자경농민이므로 취득세를 과세하더라도 지방세법 제261조의 규정에 의하여 취득세의 50% 감면하여야 한다고 주장하고 있으나, 지방세법 제261조는 자경농민에 대한 감면규정으로서 과점주주에 대한 감면규정이 아니므로 동 규정을 적용할 수 없다 하겠고, 동 규정의 감면대상은 농지와 농업용 시설물 등으로 규정되어 있으나, 과점주주에 대한 과세대상은 차량, 토지 및 건축물 등이 포함되어 있는 등 감면대상 범위도 다르다 하겠으므로 청구인과 특수관계인이 자경농민이라 하여 50% 감면대상에 해당된다는 청구인의 주장도 인정할 수 없다 하겠다. 따라서 청구인의 주장은 이유가 없다고 인정되므로 지방세법 제77조제1항의 규정에 의거 주문과 같이 결정한다.

2004. 7. 26. 행 정 자 치 부 장 관