비영리사업자가 취득한 영유아 보육사업용 부동산을 2년 이내에 매각한 것으로 보아 비과세한 취득세 등을 추징한 처분의 당부(취소)

[주 문] 처분청이 2004.4.10. 청구인에게 부과 고지한 취득세 2,640,000원, 농어촌특별세 242,000원, 등록세 3,960,000원, 지방교육세 726,000원, 합계 7,568,000원(가산세 포함)을 취소한다.

[이 유]

1. 원처분의 요지 처분청은 청구인이 2000.11.30. 영유아 보육사업용으로 사용되던 ㅇㅇ도 ㅇㅇ시 ㅇㅇ구 ㅇㅇ동 ㅇㅇ번지외 1필지 대지 388.5㎡와 지상건축물 연면적 180.88㎡(이하 “이 사건 부동산”이라 한다)을 취득한데 대하여 취득세와 등록세를 비과세하였으나, 부동산 취득일부터 2년 이내에 매각하였으므로 추징대상이 된다고 보아 그 취득가액(110,000,000원)을 과세표준으로 구 지방세법(2000.12.29. 법률 제6312호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제112조제1항 및 제131조제1항의 세율을 적용하여 산출한 취득세 2,640,000원, 농어촌특별세 242,000원, 등록세 3,960,000원, 지방교육세 726,000원, 합계 7,568,000원(가산세 포함)을 2004.4.10. 부과 고지하였다.

2. 청구의 취지 및 이유 청구인은 이 사건 부동산을 취득하면서 작성한 매매계약서상 잔금지급일은 2000.11.30.로 되어 있으나, 사실상 2000.10.10.에 잔금을 지급한 사실이 계좌이체거래내역서와 매도인인 청구 외 ㅇㅇㅇ가 ㅇㅇ세무서장에게 제출한 부동산양도신고서 등에 의하여 확인되고 있으므로 취득일은 2000.10.10.이 되고, 이 날로부터 2년이 경과한 2002.10.30.에 매각하였으므로 취득세 등의 추징대상이 되지 않는다고 주장하고 있다.

3. 우리부의 판단 이 사건 심사청구의 다툼은 비영리사업자가 취득한 영유아 보육사업용 부동산을 2년 이내에 매각한 것으로 보아 비과세한 취득세 등을 추징한 처분이 적법한 지 여부에 있다 하겠다. 먼저 관계법령의 규정을 보면, 구 지방세법 제107조제1호 및 제127조제1항제1호에서 제사·종교·자선·학술·기예 기타 공익사업을 목적으로 하는 대통령령으로 정하는 비영리사업자가 그 사업에 사용하기 위한 부동산의 취득에 해당하는 것에 대하여는 취득세와 등록세를 부과하지 아니하되, 다만 대통령령이 정하는 수익사업에 사용하는 경우와 취득일(등기·등록일)부터 3년 이내에 정당한 사유없이 취득물건의 전부 또는 일부를 그 사업에 사용하지 아니한 경우 또는 그 사용일부터 2년 이상 그 용도에 직접 사용하지 아니하고 매각하거나 다른 용도로 사용하는 경우 그 해당 부분에 대하여 취득세와 등록세를 부과한다고 규정하고 있고, 같은법시행령 제73조제1항제1호 및 제2호에서 법 제111조제5항 각호의 1에 해당하는 승계취득의 경우에는 그 사실상의 잔금지급일에, 법 제111조제5항 각호의 1에 해당하지 아니하는 유상승계취득의 경우에는 그 계약상의 잔금지급일(계약상 잔금지급일이 명시되지 아니한 경우에는 계약일부터 30일이 경과되는 날)에 취득한 것으로 본다고 규정하고 있다. 다음으로 청구인의 경우를 보면, 청구인은 2000.9.20. 청구 외 ㅇㅇㅇ와 이 사건 부동산에 대한 매매계약을 체결하면서 매매대금 110,000,000원 중10,000,000원은 계약일에, 중도금 50,000,000원은 2000.10.10.에, 잔금 50,000,000원은2000.11.30.에 지급하기로 한 사실과 중도금 지급일인 2000.10.10.에 청구인의 ㅇㅇ계좌에서 매도인인 청구 외 ㅇㅇㅇ 계좌로 중도금 및 잔금 합계액에 상당하는 100,000,000원이 이체되었고, 2000.10.11. ㅇㅇ세무서장이 발급한 부동산양도신고확인서를 보면 청구 외 ㅇㅇㅇ가 이 사건 부동산 양도에 따른 양도소득세를 신고함에 있어 잔금일자를 2000.10.10.로 하고 있는 사실은 제출된 관계 증빙자료에 의하여 알 수 있다. 이에 대하여 청구인은 매매계약서상 잔금지급일은 2000.11.30.이나 사실상 잔금을 2000.10.10.에 지급하였으므로 취득일은 2000.10.10.이고, 이 날로부터 2년이 경과한 2002.10.30.에 매각하였으므로 취득세 등의 추징대상이 되지 않는다고 주장하고 있다. 이에 관하여 살펴보면, 지방세법시행령 제73조제1항에서 유상승계취득의 경우 그 취득시기를 계약상의 잔금지급일에 취득한 것으로 보되, 잔금을 계약상의 지급일 전에 사실상 지급한 경우와 공매방법 등에 의하여 부동산 등을 취득한 경우에는 그 사실상의 잔금지급일에 취득한 것으로 본다고 규정하고 있는 것은 지방세법 제105조제2항에서 규정한 “사실상으로 취득한 때”가 불분명하거나 사실상의 취득이 계약상의 잔금지급일과 견련되었을 때 그 취득시기에 대한 의제일 뿐, 현저하고 명백한 사실상의 취득시기를 배제하는 것은 아니라고 할 것(같은 취지의 대법원 판결 93누23527, 1994.5.24)인 바, 청구인의 경우 2000.9.20. 청구 외 ㅇㅇㅇ와 이 사건 부동산에 대한 매매계약을 체결하면서 잔금지급일을 2000.11.30.로 한 것은 사실이나, 2004.4.22. ㅇㅇ농협 ㅇㅇ지점장이 발행한 청구인의 자립예탁금 거래내역 명세표(계좌번호 ㅇㅇㅇㅇㅇㅇ-ㅇㅇ-ㅇㅇㅇㅇㅇㅇ)를 보면 계약서상 중도금 지급일인 2000.10.10.에 매도인인 청구 외 ㅇㅇㅇ 계좌로 중도금과 잔금에 해당하는 금액 50,000,000원이 2회에 걸쳐 이체된 사실이 확인되고 있고, 2000.10.11. ㅇㅇ세무서장이 발급한 부동산양도신고확인서를 보면 매도인이 부동산 양도에 따른 양도소득세를 신고함에 있어 잔금일자를 2000.10.10.로 하고 있는 사실 등으로 볼 때, 청구인은 2000.10.10. 잔금을 지급하고 이 사건 부동산을 취득하였다 할 것이며, 또한 청구인은 취득일부터 2년이 경과한 2002.10.30.까지 이 사건 부동산을 영유아 보육사업용으로 사용하다가 매각하였으므로 처분청이 이 사건 취득세 등을 추징한 처분은 잘못이라 할 것이다. 따라서 청구인의 주장은 이유가 있다고 인정되므로 지방세법 제77조제1항의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.

2004. 6. 28. 행 정 자 치 부 장 관