협동화사업단지조성 승인없이 협동화사업실천계획 승인만을 얻어 중소기업 협동화사업을 실시하는 경우 취득세 등 감면대상이 되는지 여부 및 6개월 이내 사업개시 여부(경정)

[주 문] 처분청이 청구인에게 부과고지한 취득세 20,827,140원, 농어촌특별세 2,082,710원, 등록세 8,207,690원, 지방교육세 1,641,530원, 합계 32,759,070원을 취득세 4,268,720원, 농어촌특별세 391,290원, 등록세 1,682,240원, 지방교육세 308,400원, 합계 6,650,650원으로 경정한다.

[이 유]

1. 원처분의 요지 처분청은 청구인이 1999. 12. 16. ㅇㅇ시 ㅇㅇ면 ㅇㅇ리 ㅇㅇ번지 임야 5,939㎡(이하 “이 사건 토지”라 한다)를 취득하고, 1999. 12. 22. 중소기업진흥공단으로부터 협동화사업실천계획 승인을 득한 후, 2002. 4. 26. 이 사건 토지상에 공장2,704.67㎡(이하 이 사건 토지와 합하여 “이 사건 부동산”이라 한다)를 신축한데 대하여 구 ㅇㅇ도도세감면조례(이하 ‘감면조례’라고 한다)제20조제1항제2호에 의한 협동화사업용 부동산으로 보아 취득세 등을 감면하였으나, 2003. 10. 24. 세무조사결과 협동화사업단지 조성승인을 받지 아니하였을 뿐 아니라, 이 사건 부동산 중 일부(462㎡)는 2002. 6. 10.에 임대하고 나머지는 정당한 사유없이 사용승인일로부터 6개월 이내에 지정된 제품의 생산 또는 사업을 하지 아니하고 있으므로 기 감면한 취득세 20,827,140원, 농어촌특별세 2,082,710원, 등록세 8,207,690원, 지방교육세 1,641,530원, 합계 32,759,070원을 추징하였다.

2. 청구의 취지 및 이유 청구인은 협동화사업단지 조성승인을 받지는 아니하였으나 협동화사업을 관할하는 중소기업진흥공단뿐만 아니라 ㅇㅇ도지사도 협동화사업실천계획 승인을 받으면 감면대상이 되는 것으로 안내하였고 처분청에서도 이렇게 해석하여 감면하였으며 장기간 계속하여 유사한 형태의 협동화사업에 대하여 면제하여 오다가 갑자기 그 해석을 달리하여 면제된 취득세 등을 추징하는 것은 국세기본법상의 신의성실 원칙이나 신뢰보호 원칙에 비추어 볼 때 부당하며, 그리고 이 사건 부동산의 일부(462㎡)를 2002. 6. 10. 청구 외 (주)ㅇㅇ에게 임대한 것은 사실이나, 2002. 8. 10. 사업자등록을 하였고, 2002. 8. 30.부터 사업을 개시하여 매출실적이 발생되었고, 2002. 10. 21.에는 기업부설연구소를 설치하고 상주인원을 파견시켰으며 2002. 10. 25.과 2003. 1. 25. 두 차례에 걸쳐 부가가치세 신고·납부실적이 있으므로 사용승인일인 2002. 4. 26.부터 6개월 이내에 지정된 제품의 생산 또는 사업을 개시하였다고 주장하고 있다.

3. 우리부의 판단 이 사건 심사청구의 다툼은 협동화사업단지조성 승인을 받지 아니하고 협동화사업실천계획 승인만을 얻어 중소기업 협동화사업을 실시하는 경우 취득세 등 감면대상이 되는지 여부 및 6개월 이내 사업개시 여부가 쟁점이라고 하겠다. 먼저 관계법령을 보면, 구 ㅇㅇ도도세감면조례 제20조제1항에서 다음 각 호의 1에 해당하는 자가 당해 사업에 직접 사용하기 위하여 취득하는 부동산(이미 사업용으로 사용하던 부동산을 승계취득하는 경우는 제외한다)에 대하여는 취득세를 면제하고, 그 취득일로부터 2월 이내에 등기하는 경우에는 등록세를 면제한다. 다만, 제1호 내지 제2호의 경우에 수도권정비계획법 제6조의 규정에 의한 과밀억제권역안에서는 그러하지 아니하다고 규정한 다음, 그 제2호에서 중소기업진흥및제품구매촉진에관한법률의 규정에 의하여 조성된 협동화사업단지안에서 동법의 규정에 의하여 협동화사업실천계획승인을 얻어 지방세법시행규칙 별표3의 업종의 협동화사업을 영위하기 위하여 최초로 부동산을 취득하는 추진주체 및 참가업체라고 규정하고, 동조제2항에서 제1항의 규정에 의한 공장에 입주하여 사업을 영위하고자 하는 자가 다음 각 호의 1에 해당하는 경우와 공장을 분양·임대하기 위하여 부동산을 취득한 자가 그 취득일부터 1년 이내에 정당한 사유없이 건축공사에 착공하지 아니하거나 건축물의 사용승인서 교부일부터 5년 이내에 당해 사업 또는 벤처기업용 이외의 용도로 분양·임대한 경우 그 해당 부분에 대하여는 제1항의 규정에 의하여 면제된 취득세와 등록세를 추징한다고 규정한 다음, 그 제2호에서 공장 또는 사업에 필요한 시설의 사용승인서 교부일 이후 정당한 사유없이 6월 이내에 지정된 제품의 생산 또는 사업을 하지 아니하는 경우라고 규정하고 있으며, 중소기업진흥및제품구매촉진에관한법률 제19조제1항에서 제18조의 규정에 의한 협동화기준에 따라 협동화실천계획을 수립하여 이를 시행하고자 하는 자는 중소기업청장의 승인을 얻어야 하며, 승인을 얻은 계획 중 산업자원부령이 정하는 사항을 변경하고자 할 때에도 또한 같다고 규정하고 있으며, 같은조 제2항에서는 제18조의 규정에 의한 협동화기준에 따라 협동화실천계획을 수립하여 이를 시행해고자 하는 자는 그 협동화실천계획에 협동화사업을 위한 단지조성사업(이하 “단지조성사업”이라 한다)이 포함되는 경우에는 제1항의 규정에 불구하고 시·도지사의 승인을 얻어야 하며, 승인을 얻은 계획 중 산업자원부령이 정하는 사항을 변경하고자 하는 때에도 또한 같다고 규정하고 있다. 다음으로 청구인의 경우를 보면, 청구인은 1999. 12. 16.에 협동화사업을 실시할 목적으로 이 사건 토지를 취득한 후, 1999. 12. 22.에 중소기업진흥공단으로부터 협동화사업실천계획 승인을 받고 2002. 4. 26.에 이 사건 토지의 지상에 공장을 신축하여 공장사용승인을 받았으며, 처분청은 이러한 협동화사업과 관련하여 청구인이 취득한 이 사건 부동산에 대하여 취득세 등을 감면하였다가 협동화사업단지 조성승인을 받지 아니하였으며, 공장사용승인일로부터 6개월이내에 제품의 생산 등 사업을 하지 아니한 것으로 보아 면제한 취득세 등을 추징하였다. 이에 대하여 청구인은 중소기업진흥공단뿐만 아니라 ㅇㅇ도지사도 협동화사업실천계획 승인을 받으면 감면대상이 되는 것으로 안내하였고 처분청에서도 이렇게 해석하여 감면하였다가 갑자기 해석을 달리하여 면제된 추징처분을 추징하는 것은 부당하다고 주장하고 있으므로 이에 대하여 살펴보면, 중소기업 협동화사업에 대해서 중소기업청장으로부터 업무를 위탁받은 중소기업진흥공단은 각종 안내책장 등에서 협동화사업실천계획 승인을 받은 경우에 취득세 감면대상에 해당된다는 사실을 안내하였으며, 처분청에서도 협동화사업실천계획 승인을 받은 자가 취득하는 부동산에 대해서는 계속해서 등록세 감면확인서를 발급하여 옴으로써 납세안내와 처분청 간의 이러한 관행이 성립되었다 하겠고, 청구인의 경우 이러한 과세관행을 신뢰하여 협동화사업을 추진하였다고 할 것이므로 처분청이 이러한 신뢰에 반하여 당초 협동화사업용 부동산에 대하여 취득세 등을 감면하였다가 이를 추징한 처분은 국세기본법에서 규정한 신의성실의 원칙에 어긋난다고 하겠고, 다음으로 청구인이 공장의 사용승인일로부터 6개월 이내에 지정된 제품의 생산 또는 사업을 하였는지를 살펴보면, 청구인은 2002. 8. 8. 및 8. 10. 지점설치 등기 및 사업자 등록을 하였고 2002. 8. 31.부터 매출이 발생하여 2002. 10. 25.에 부가가치세 신고 및 납부한 사실을 확인할 수 있으므로 사실상 제품의 생산 또는 사업을 개시하였음이 분명하다 하겠으므로 감면대상이 된다고 할 것이나, 2002. 6. 10.에 임대한 부분(462㎡)은 감면대상이 될 수 없다 하겠으므로 임대한 면적으로 안분한 세액으로 경정하는 것이 타당하다고 하겠다. 따라서 청구인의 주장은 이유가 있다고 인정되므로 지방세법 제77조제1항의 규정에 의거 주문과 같이 결정한다.

2004. 6. 28. 행 정 자 치 부 장 관