[요지] 부동산 취득·등기에 대하여 취득세 등을 면제한 것은 창업벤처중소기업이 당해 사업을 영위하기 위한 취득·등기로 보아 면제한 것일 뿐, 사업에 직접 사용한 것으로 인정한 것은 않음
[요지] 부동산 취득·등기에 대하여 취득세 등을 면제한 것은 창업벤처중소기업이 당해 사업을 영위하기 위한 취득·등기로 보아 면제한 것일 뿐, 사업에 직접 사용한 것으로 인정한 것은 않음
[주 문] 청구인의 심사청구를 기각한다.
[이 유]
1. 원처분의 요지 처분청은 청구인이 1999.3.10. 인조석 및 건자재 제조업을 목적사업으로 하는 중소기업(ㅇㅇ건업)을 설립한 후 사업을 영위하다가 2000.3.6. 벤처기업확인을 받은 후 2001.12.30. ㅇㅇ도 ㅇㅇ시 ㅇㅇ면 ㅇㅇ리 ㅇㅇ번지외 4필지 대지 3,871㎡와 지상건축물 2,656.61㎡(이하 “이 사건 부동산”이라 한다)를 취득한데 대하여 창업벤처중소기업이 당해 사업을 영위하기 위하여 취득한 부동산으로 보아 취득세와 등록세를 면제하였으나, 취득·등기일부터 2년 이내에 정당한 사유 없이 당해 사업에 직접 사용하지 아니하고 매각하였으므로 그 취득가액(369,856,658원)을 과세표준으로 제112조제1항 및 제131조제1항의 세율을 적용하여 산출한 취득세 8,876,550원, 농어촌특별세 813,680원, 등록세 13,314,820원, 지방교육세 2,441,040원, 합계 25,446,090원(가산세 포함)을 2003.8.11. 부과 고지하였다.
2. 청구의 취지 및 이유 청구인은 1999.3.10. 인조석 및 건자재 제조업을 목적으로 하는 중소기업(ㅇㅇ건업)을 창업한 후 2000.3.6. ㅇㅇ지방중소기업청장으로부터 벤처기업확인서를 교부받았고, 2001.12.30. 이 사건 부동산을 취득한 후 취득세 등을 면제받은 다음 2002.1.11. 청구 외 (주)ㅇㅇ연구소와 포괄적 사업양수·도계약을 체결하여 이 사건 부동산을 양도하였는 바, 창업벤처중소기업이 벤처기업으로 확인받은 날로부터 2년 이내에 사업용 재산을 취득하여 취득세 등을 감면받은 후 당해 사업용 재산을 매각한 경우라면 당해 사업에 직접 사용한 기간이 2년 미만이라 하더라도 이미 감면된 취득세 등을 추징할 수 없다 하겠으므로, 청구인은 이 사건 부동산 취득이전부터 창업벤처중소기업을 설립하여 사업을 영위하고 있었고, 취득과 동시에 당해 사업에 직접 사용되었음은 처분청의 면제결정으로 확인되고 있는 이상 면제한 취득세 등을 추징한 처분은 부당하다고 주장하고 있다.
3. 우리부의 판단 이 사건 심사청구의 다툼은 창업벤처중소기업이 취득한 부동산을 취득·등기일부터 2년 내에 사업양수도방법으로 양도한 경우 면제한 취득세 등을 추징한 처분이 적법한 지 여부에 있다 하겠다. 먼저 관계법령의 규정을 보면, 구 조세특례제한법(2002.12.11. 법률 제6762호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제119조제3항에서 창업중소기업 및 창업벤처중소기업이 당해 사업을 영위하기 위하여 창업일(창업벤처중소기업의 경우에는 벤처기업으로 확인받은 날을 말한다. 이하 같다)부터 2년 이내에 취득하는 사업용재산에 관한 등기 및 창업중소기업의 법인설립의 등기에 대하여는 등록세를 면제하되, 등기일부터 2년 이내에 당해 재산을 정당한 사유없이 당해 사업에 직접 사용하지 아니하는 경우에는 면제받은 세액을 추징한다고 규정하고 있고, 같은 법 제120조제3항에서 창업중소기업 및 창업벤처중소기업이 당해 사업을 영위하기 위하여 창업일부터 2년 이내에 취득하는 사업용재산에 대하여는 취득세를 면제하되, 취득일부터 2년 이내에 당해 재산을 정당한 사유없이 당해 사업에 직접 사용하지 아니하는 경우에는 면제받은 세액을 추징한다고 규정하고 있다. 다음으로 청구인의 경우를 보면, 청구인은 1999.3.10. 인조석 및 건자재 제조업을 목적으로 하는 ㅇㅇ건업을 설립하고 사업을 영위하다가 2000.3.6. ㅇㅇ지방중소기업청장으로부터 벤처기업확인서를 발급받았고, 2001.12.30. 이 사건 부동산을 취득한 다음 2002.1.8. 청구인 명의로 소유권이전등기를경료하였으며, 2002.1.4. 건축자재 제조업, 유리가공품 제조업 등을목적사업으로 하는 청구 외 (주)ㅇㅇ연구소를 설립한 후 2002.1.11. 사업양수도계약을 체결하여 고려건업의 사업에 관한 일체의 권리와 의무를 포괄적으로 양도한 다음 같은 날 법인 전환을 이유로 고려건업을 폐업한 사실과 2002.1.25. 관할 세무서장에게 고려건업에 대한 2002년도 1기분 부가가치세를 신고하면서 2002.1.1.부터 1.12.까지의 사업실적이 없다고 한 사실은 제출된 관계 증빙자료에 의하여 알 수 있다. 이에 대하여 청구인은 창업벤처중소기업이 벤처기업으로 확인받은 날로부터 2년 이내에 사업용 재산을 취득하여 취득세 등을 감면받은 후 당해 사업용 재산을 매각한 경우라면 당해 사업에 직접 사용한 기간이 2년 미만이라 하더라도 이미 감면된 취득세 등을 추징할 수 없으므로 면제한 취득세 등을 추징한 처분은 부당하다고 주장하고 있다. 이에 관하여 보면, 구 조세특례제한법 제119조제3항 및 제120조제3항에서 창업벤처중소기업이 당해 사업을 영위하기 위하여 벤처기업으로 확인받은 날부터 2년 이내에 취득 등기하는 사업용재산에 대하여는 취득세와 등록세를 면제하되, 취득·등기일부터 2년 이내에 정당한 사유없이 당해 사업에 직접 사용하지 아니하는 경우에는 면제한 취득세와 등록세를 추징한다고 규정하고 있고, 여기에서 “2년 이내에 당해 사업에 직접 사용”이라 함은 당해 사업용 재산을 취득·등기하였으면 2년 이내에 당해 사업에 직접 사용하기 위한 준비절차를 이행하여 사업에 직접 공여되고 있는 것을 뜻하고 취득·등기일부터 2년 이내에 직접 사용하지 아니하고 매각한 경우에는 직접 사용하지 않는 것으로 보아 이미 면제한 취득세 등을 추징한다는 것을 의미하겠는 바, 청구인의 경우 2001.12.30. 이 사건 부동산을 취득한 후 2002.1.8. 소유권이전등기를 경료한 다음 2002.1.11. 청구인이 대표이사인 청구 외 (주)ㅇㅇ연구소와 사업양수·도계약을 체결하여 이 사건 부동산을 양도한 사실과 2002.1.25. 소멸기업인 고려건업의 2002년도 제1기분 부가가치세를 신고하면서 2002.1.1.부터 2002.1.12.까지의 사업실적이 없다고 신고한 사실로 미루어 볼 때, 청구인은 이 사건 부동산을 당해 사업에 직접 사용하였다고 보기도 어려울 뿐만 아니라 당해 사업에 직접 사용하지 못한 정당한 사유가 있었다고 볼 수도 없다 하겠고, 처분청이 이 사건 부동산 취득·등기에 대하여 취득세 등을 면제한 것은 창업벤처중소기업이 당해 사업을 영위하기 위한 취득·등기로 보아 면제한 것일 뿐, 청구인이 이 사건 부동산을 취득·등기일부터 2년 이내에 당해 사업에 직접 사용한 것으로 인정한 것은 아니라고 하겠으므로 처분청이 이 사건 취득세 등을 부과한 처분은 잘못이 없다 할 것이다. 따라서 청구인의 주장은 이유가 없다고 인정되므로 지방세법 제77조 제1항의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.
2004. 5. 31. 행 정 자 치 부 장 관