산업단지안에서 공장용지를 취득한 후 3년 내에 공장용에 직접 사용하지 못한 정당한 사유가 있는 지 여부(취소)

[주 문] 처분청이 2004.2.18. 청구인에게 부과 고지한 취득세 6,596,400원, 등록세 9,894,600원, 지방교육세 1,814,010원, 합계 18,305,010원(가산세 포함)을 취소한다.

[이 유]

1. 원처분의 요지 처분청은 청구인이 2000.5.29. ㅇㅇ시 ㅇㅇ구 ㅇㅇ동 ㅇㅇ번지 공장용지 1,653㎡(이하 “이 사건 공장용지”라 한다)를 취득한데 대하여 산업단지안에서 공장용 건축물을 신축하기 위하여 취득하는 부동산으로 보아 취득세와 등록세를 면제하였으나, 취득일부터 3년 내에 정당한 사유 없이 공장용에 직접 사용하지 아니하였으므로 그 취득가액(274,850,000원)을 과세표준으로 지방세법 제112조제1항 및 제131조제1항의 세율을 적용하여 산출한 취득세 6,596,400원, 등록세 9,894,600원, 지방교육세 1,814,010원, 합계 18,305,010원(가산세 포함)을 2004.2.18. 부과 고지하였다.

2. 청구의 취지 및 이유 청구인은 초정밀 제화기계 제조업체로서 최고의 정밀도가 요구되는 연삭공정이 많아 지반이 견고하지 못하여 진동에 취약하거나 침하 등으로 수평상태가 유지되지 못할 경우 제품생산이 불가능할 정도로 지반상태가 공장입지 선택에 매우 중요한 요소를 차지하고 있는 바, 이 사건 공장용지를 취득한 후 공장을 신축하려고 하였으나 ㅇㅇ산업단지의 지반침하 및 추후 침하가능성 등으로 그대로 공장신축공사를 추진한다는 것은 불가능하다고 판단하여 전문가와 착공시점, 공사공법 등에 여러 대안을 두고 소요비용 및 효과를 검토한 결과 시간이 다소 걸리더라도 공장용지에 토사를 대량으로 쌓아 올림으로써 침하속도를 빠르게 하는 배토량공법으로 하면 부동침하를 방지하고 지반을 다지는 효과가 있다고 하여 2000.10월부터 같은 해 11월까지 덤프트럭(15t) 80대분에 달하는 토사를 부지에 투입하여 롤라 다짐 공정을 3회에 걸쳐 실시하였고, 공장을 신축하면서 건축물의 기초강성을 증대시키기 위해서는 원통기초공법을 적용하여야 한다는 전문가의 의견이 있어 2004.1.12. 설계변경을 한 후 2004.1.16. 처분청으로부터 건축허가를 받은 다음 2004.2.16. 공장신축공사에 착공하였으므로, 3년 내에 정당한 사유없이 공장용으로 직접 사용하지 아니한 것으로 보아 면제한 취득세 등을 추징한 처분은 부당하다고 주장하고 있다.

3. 우리부의 판단 이 사건 심사청구의 다툼은 산업단지안에서 공장용지를 취득한 후 3년 내에 공장용에 직접 사용하지 못한 정당한 사유가 있는 지 여부에 있다 하겠다. 먼저 관계법령의 규정을 보면, 지방세법 제276조제1항에서 산업입지및개발에관한법률에 의하여 지정된 산업단지와 공업배치및공장설립에관한법률에 의한 유치지역 및 산업기술단지지원에관한특례법에 의하여 조성된 산업기술단지안에서 공장용 건축물 연구시설 및 시험생산용 건축물(이하 이 조에서 “공장용 건축물등”이라 한다)을 신축하거나 증축하고자 하는 자(공장용 부동산을 중소기업자에게 임대하고자 하는 자를 포함한다)가 취득하는 부동산에 대하여는 취득세와 등록세를 면제하되, 그 취득일부터 3년 내에 정당한 사유 없이 공장용 건축물 등의 용도에 직접 사용하지 아니하는 경우 또는 그 사용일부터 2년 이상 공장용 건축물등의 용도로 직접 사용하지 아니하고 매각(당해 산업단지관리기관 산업기술단지관리기관 또는 당해 산업단지관리기관 산업기술단지관리기관이 지정하는 자가 환매하는 경우를 제외한다)하거나 다른 용도로 사용하는 경우 그 해당 부분에 대하여는 면제된 취득세와 등록세를 추징한다고 규정하고 있다. 다음으로 청구인의 경우를 보면, 청구인은 1999.12.29. ㅇㅇ공사와 ㅇㅇ산업단지 입주계약을 체결한 후 2000.5.29. 이 사건 공장용지를 취득하였고, 2000.10월부터 같은 해 11월까지 공장용지의 지반침하를 가속화시킴으로써 지반을 안정시키는 배토량공법을 시행하기 위하여 공장용지에 덤프트럭(15t) 80대분에 달하는 토사를 투입하였으며, 2004.1.12. 설계변경을 한 후 2004.1.16. 처분청으로부터 건축허가를 받은 다음 2004.2.16. 착공하여 2004.4.23. 공장용 건축물을 완공한 사실은 제출된 관계 증빙자료에 의하여 알 수 있다. 이에 대하여 청구인은 이 사건 공장용지를 취득하였으나 지반침하로 인하여 3년 내에 공장용으로 직접 사용하지 못한 정당한 사유가 있으므로 면제한 취득세 등을 추징한 것은 부당하다고 주장하고 있다. 이에 관하여 보면, 청구인의 경우 공장용지를 취득한 후 3년 9개월이 경과한 후에 공장신축공사에 착공한 사실로 보아 유예기간 내에 공장용에 직접 사용하지 못한 것은 사실이나, ㅇㅇ산업단지 사업시행자인 ㅇㅇ공사의 조사결과보고서를 보면 이 사건 공장용지의 경우 2001.2.22.부터 2002.12.13.까지 12.8㎝에서 22.2.㎝의 지반침하가 발생하였고, 이 사건 공장용 건축물의 설계업체인 청구 외 ㅇㅇ종합건축사무소(건축사 ㅇㅇㅇ)의 확인서에 의하면 청구인이 생산하는 자동제화기계 및 부품 등은 0.002㎜ 정도의 정밀도를 요구하는 초정밀 연삭공정을 거쳐야 하므로 지반이 견고하지 못하여 진동에 취약하거나 수평상태가 유지되지 못할 경우 부품 및 제품의 품질이 떨어져 공장으로서의 기능을 수행하기 어렵다는 점과 청구인이 지반침하와 관련하여 시행한 배토량공법은 부지에 토사를 대량으로 쌓아 올려 지반을 강제로 소요압밀 침하시키는 공법으로서, 상당한 기간의 대지안정기간을 필요로 하고 있는 점이 확인되고 있으며, 공장을 신축하기 위하여 타 지역의 일반공장에 비해 토공사비 2,400,000원, 설계변경에 따른 공사비 22,423,550원을 추가로 투입하였고, 청구인 내부적으로는 ㅇㅇ산업단지의 지반침하로 인한 공장신축의 지연으로 기존 공장건물에 대한 임대차계약을 1년 단위로 연장하면서 2003년도만 하더라도 임대료 등으로 45,497,650원을 지급한 사실과 2004.4.23. 공장신축을 완료하고 2004.5월경 입주예정으로 있는 사실 등을 종합하여 볼 때, 청구인이 이 사건 공장용지를 취득한 후 3년 내에 공장용으로 직접 사용하지 못한 정당한 사유가 있다고 보는 것이 타당하다 할 것이므로 처분청이 면제한 취득세 등을 추징한 것은 잘못이라 할 것이다. 따라서 청구인의 주장은 이유가 있다고 인정되므로 지방세법 제77조제1항의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.

2004. 5. 31. 행 정 자 치 부 장 관