산업단지 내에서 취득한 부동산을 3년 이내 공장용건축물 등의 용도에 직접 사용하였는지 여부(취소)

[주 문] 처분청이 2004. 2. 6. 청구인에게 부과 고지한 취득세 10,155,600원, 등록세 15,233,400원, 지방교육세 2,792,790원, 합계 28,181,790원(가산세 포함)을 취소한다.

[이 유]

1. 원처분의 요지 처분청은 청구인이 2000.7.18. ㅇㅇ시 ㅇㅇ구 ㅇㅇ동 ㅇㅇ번지 명지·ㅇㅇ 산업단지(1989.10.20. 건설부고시 제591호 이하 “ㅇㅇ산업단지”라고 한다)내의 공장용지 2,312.6㎡(이하 “이 사건 토지”라 한다)를 취득하여 구 지방세법 제276조제1항의 규정에 의하여 취득세 등을 면제받았으나, 취득일로부터 3년 이내에 정당한 사유없이 공장용건축물 등의 용도에 직접사용하지 아니하고 있으므로 취득가액 423,150,210원을 과세표준으로 하여 취득세 10,155,600원, 등록세 15,233,400원, 지방교육세 2,792,790원, 합계 28,181,790원(가산세 포함)을 2004.2.6. 부과고지하였다.

2. 청구의 취지 및 이유 청구인은 윤활유제조업을 영위하는 기업으로서 이 사건 토지의 취득 후 2002.5.21. 지하탱크시설 4기 및 옥외저장소 5개소를 완공하여 사하소방서에서 제조소 등 설치허가증을 받았으며, 위험물제조소 등의 시험가동을 위하여 2002.5.20. (주)ㅇㅇ와 무인기계경비설치계약을 하고 전화설치 및 임시사무실용 컨테이너 설치 등 사실상 공장용건축물 등의 용도에 직접사용하고 있었으며, 이 사건 토지가 위치한 ㅇㅇ산업단지 5공구는 2001.2.22.부터 2002.12.13. 사이에 지반침하가 계속 진행 중이었으며 윤활유제조를 위한 플랜트시설 건축을 위해선 기초보강공사가 필수적이므로 공사업체에 견적의뢰한 결과 추가 공사비가 114,000,000원이 소요되는 등 위험물을 취급하는 사업의 특성상 공장용건축물 착공지연에 정당한 사유가 있었으며, 청구인은 유예기간 도래전인 2003. 7. 14. 처분청에 건축허가 신청을 하였으나 처분청의 사무실 재배치작업 관계로 업무가 중단되어 유예기간을 도과한 2003.7.21. 건축허가를 득하였으므로 이러한 처분청의 업무지연 및 장애사유도 정당한 사유에 해당한다고 주장하고 있다.

3. 우리부의 판단 이 사건 심사청구의 다툼은 산업단지 내에서 취득한 부동산을 3년 이내 공장용건축물 등의 용도에 직접 사용하였는지 여부가 쟁점이라 하겠다. 먼저 관계법령을 보면, 구 지방세법(2000.12.29, 법률 제6312호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제104조제4호에서 건축물을 건축법 제2조제1항제2호의 규정에 의한 건축물과 토지에 정착하거나 지하 또는 다른 구조물에 설치하는 레저시설, 저장시설, 도크시설, 접안시설, 도관시설, 급·배수시설, 에너지공급시설 그밖에 이와 유사한 시설이라고 규정하면서 동법시행령 제75조의2제2호에서 저장시설의 범위를 수조, 저유조, 싸이로, 저장조 등 옥외저장시설(다른 시설과 유기적인 관련을 가지고 일시적으로 저장기능을 하는 시설을 포함한다)이라고 규정하고 있고, 구 지방세법 제276조제1항에서 산업입지및개발에관한법률에 의하여 지정된 산업단지와 공업배치및공장설립에관한법률에 의한 유치지역 및 산업기술단지지원에관한특례법에 의하여 조성된 산업기술단지 안에서 공장용건축물·연구시설 및 시험생산용 건축물(이하 이 조에서 “공장용건축물 등”이라 한다)을 신축하거나 증축하고자 하는 자(공장용 부동산을 중소기업자에게 임대하고자 하는 자를 포함한다)가 취득하는 부동산에 대하여는 취득세와 등록세를 면제하고, (중간생략) 다만, 그 취득일로부터 3년 내에 정당한 사유없이 공장용건축물 등의 용도에 직접사용하지 아니하는 경우 또는 그 사용일로부터 2년 이상 공장용건축물 등의 용도로 직접사용하지 아니하고 매각하거나 다른 용도로 사용하는 경우 그 해당 부분에 대하여는 면제된 취득세와 등록세를 추징한다라고 규정하고 있다. 다음으로 청구인의 경우를 보면, 청구인은 윤활유제조업을 목적으로 하는 업체로서 2000.7.18. 이 사건 토지를 취득한 후 2002.5.21. 지하탱크시설 및 옥외저장소를 설치하여 사용하고 있었으며, 이 사건 토지가 위치한 ㅇㅇ산업단지 내 해안매립부분에서 2002.12월까지 지반침하가 계속 진행된 사실은 제출된 관계서류를 통해 확인할 수 있다. 이에 대하여 청구인은 공장용건축물로 직접사용하였으며 3년이내 공장설립을 지연하게 된 정당한 사유가 존재한다고 주장하고 있으므로 이에 대하여 살펴보면, 지방세법 제276조제1항에서 ‘공장용건축물’의 범위에 대해서 구체적으로 규정하고 있지 않지만 동조항의 단서규정의 추징조항의 입법취지가 기업생산활동을 장려하기 위해 취득세 등을 감면한 공장용부동산 등이 공장용지의 고유목적을 상실하고 투기 등 공장용지 이외의 목적으로 사용되는 것을 방지하기 위함이라고 볼 때, ‘공장용건축물’이란 지방세법 제104조 등에서 규정하고 있는 취득세의 대상에 해당되는 건축물 중에서 해당 업체의 고유사업목적에 직접 공여되는 건축물을 말한다고 봄이 타당할 것이고, 청구인이 2002.5.21. 설치·사용한 옥외저장소 등은 지방세법에서 규정하는 취득세의 대상으로서 건축물에 해당하며 윤활유제조업을 목적사업으로 하는 청구인의 목적사업에 직접 관련되는 시설이 분명한 이상 이 사건 토지가 취득 후 3년 이내에 ‘공장용건축물’ 등의 용도에 직접 사용되었다고 봄이 타당하다고 하겠고, 또한 비록 저장시설을 ‘공장용건축물’로 보지 않는 경우라 할지라도 지반침하가 계속되는 여건 하에서 저장시설의 후속시설인 윤활유제조를 위한 플랜트공장시설의 건축을 위해선 공장용지의 안전성을 확보하기 위해 일정기간을 기다려 대지가 안정된 후 공사를 착공하거나, 사전에 추가비용 114,000,000원을 투입하여 기초보강공사를 한 후 건축공사를 착공해야하는 등의 불가피한 요인이 확인되고 있으므로 후속시설에 대한 건축의 지연에는 위험물 취급업체의 대형사고 방지의 차원에서 ‘정당한 사유’가 있다고 할 것인바, 청구인의 경우 유예기간 내에 공장용건축물이라고 할 수 있는 저장시설 등을 설치·사용하여 왔던 점, 계속되는 지반침하로 후속시설 건축이 지연되었던 사정이 존재하였던 점, 허가된 시설이 위험물 저장취급소이었던 점 등을 종합해 볼 때, 이 사건 토지가 유예기간 내에 공장용건축물 등의 용도로 직접 사용되지 않았다거나 정당한 사유없이 다른 용도로 사용된 것이라고도 볼 수도 없다고 하겠다. 따라서 청구인의 주장은 이유가 있다고 인정되므로 지방세법 제77조제1항의 규정에 의거 주문과 같이 결정한다.

2004. 5. 31. 행 정 자 치 부 장 관