대도시 외의 지역으로 본점을 이전하기 위하여 부동산을 취득 등기한 경우 본점용 부동산을 제외한 면적이 등록세 면제대상에 해당하는지 여부(경정)

[주 문] 처분청이 2003.6.30. 청구인으로부터 수납하여 징수 결정한 등록세 135,000,000원, 지방교육세 27,000,000원, 합계 162,000,000원을 등록세 108,168,060원, 지방교육세 21,633,620원, 합계 129,801,680원으로 경정한다.

[이 유]

1. 원처분의 요지 처분청은 청구인이 2000.3.22. ㅇㅇ시 ㅇㅇ구 ㅇㅇ동 ㅇㅇ번지에서 법인을 설립하고 사업을 영위하다가 2003.6.20. ㅇㅇ도 ㅇㅇ시 ㅇㅇ면 ㅇㅇ리 ㅇㅇ번지로 본점을 이전한 후 같은 해 6.30. 본점 소재지 부동산인 같은 리 ㅇㅇ번지외 1필지 공장용지 28,669㎡와 공장용 건축물 9,830㎡(이하 “이 사건 부동산”이라 한다)를 취득하고 그 취득가액(4,500,000,000원)을 과세표준으로 지방세법 제131조제1항의 세율을 적용하여 산출한 등록세 135,000,000원, 지방교육세 27,000,000원, 합계 162,000,000원을 신고납부하자 이를 징수 결정하였다.

2. 청구의 취지 및 이유 청구인은 지방세법 제274조제2항 및 제3항에서 대도시안에 등기되어 있는 법인이 2005.12.31.까지 대도시 외로 본점 또는 주사무소를 이전하는 경우에 그 이전에 따른 법인등기 및 부동산등기에 대하여는 등록세를 면제하되, 대도시 외의 지역으로 이전하는 본점 또는 주사무소의 범위와 적용기준은 행정자치부령으로 정하도록 규정하고 있고, 같은법시행규칙 제114조의2제1항에서 본점 또는 주사무소의 이전에 대한 범위와 적용기준을 정하고 있으며, 같은 조 제2항에서는 취득세의 경우 제1항에 의하여 감면대상이 되는 본점 또는 주사무소용 부동산 가액이 이전 전의 본점 또는 주사무소용 부동산의 가액을 초과하는 경우 그 초과액에 대하여는 취득세를 과세한다고 규정하고 있으나, 등록세의 경우 취득세와는 달리 아무런 제한을 두고 있지 아니하므로 면제요건을 모두 충족하는 경우에는 신규로 취득 등기한 본점 또는 주사무소용 부동산의 가액이 종전의 본점 또는 주사무소용 부동산의 가액을 초과한다 하더라도 모두 감면대상에 해당된다고 보아야 하겠는 바, 청구인은 대도시 내에서 본점용 부동산을 임차하여 3년 이상 사업을 영위하다가 대도시 외의 지역으로 이전하였고, 본점용 부동산인 이 사건 부동산 취득일은 2003.6.20.이며 사업개시일은 2003.7.23.인 사실이 고양세무서장이 교부한 사업자등록증에서 확인되고 있으며, 사업개시일 이전인 2003.7.12. 종전의 본점을 폐쇄하는 등 면제요건을 모두 충족하고 있으므로 이 사건 등록세 등의 부과처분은 취소하여야 한다고 주장하고 있다.

3. 우리부의 판단 이 사건 심사청구의 다툼은 대도시 외의 지역으로 본점을 이전하기 위하여 부동산을 취득 등기한 경우 본점용 부동산을 제외한 면적이 등록세 면제대상에 해당하는 지 여부에 있다 하겠다. 먼저 관계법령의 규정을 보면, 지방세법 제274조제2항 및 제3항에서 대도시안에 등기되어 있는 법인이 2005년 12월 31일까지 대도시 외로 본점 또는 주사무소를 이전하는 경우에는 그 이전에 따른 법인등기 및 부동산등기에 대하여 등록세를 면제하고, 대도시 외의 지역으로 이전하는 본점 또는 주사무소의 범위와 적용기준은 행정자치부령으로 정한다고 규정하고 있으며, 같은법시행규칙 제114조의2제1항에서 법 제274조의 규정에 의하여 대도시외의 지역으로 본점 또는 주사무소를 이전하여 당해 사업을 영위하기 위하여 취득하는 부동산의 범위는 법인의 본점 또는 주사무소로 사용하는 부동산과 그 부대시설용 부동산으로서 다음 각호의 요건을 갖춘 것으로 한다고 규정하고 있고, 그 제1호에서 대도시외의 지역으로 이전하기 위하여 매입한 본점 또는 주사무소용 부동산으로서 사업을 개시하기 이전에 취득한 것일 것, 제2호에서 대도시내의 본점 또는 주사무소를 대도시외의 지역으로 이전하기 위하여 사업을 중단한 날까지 6월(임차한 경우에는 2년) 이상 계속하여 사업을 영위한 실적이 있을 것, 제3호에서 대도시외의 지역에서 그 사업을 개시한 날부터 6월 이내에 대도시안에 있는 종전의 본점 또는 주사무소를 폐쇄할 것, 제4호에서 대도시외의 지역에서 본점 또는 주사무소용 부동산을 취득한 날부터 6월 이내에 건축공사를 시작하거나 직접 그 용도에 사용할 것이라고 규정하고 있다. 다음으로 청구인의 경우를 보면, 청구인은 2000.3.22. ㅇㅇ시 ㅇㅇ구 ㅇㅇ동 ㅇㅇ번지에서 법인을 설립하고 인터넷 쇼핑몰 물류대행업 등의 사업을 영위하다가 2000.4.10. ㅇㅇ시 ㅇㅇ구 ㅇㅇ동 소재로 본점을 이전하였고, 2001.10.13. ㅇㅇ시 ㅇㅇ구 ㅇㅇ동 소재로 본점을 이전하였으며, 2003.4.12. 청구외 ㅇㅇ(주)과 ㅇㅇ시 ㅇㅇ구 ㅇㅇ동 ㅇㅇ번지 ㅇㅇ빌딩 ㅇㅇ호에 대하여 임대차계약을 체결하여 2003.4.26.부터 본점으로 사용하다가 2003.6.20. 이 사건 부동산 소재지인 ㅇㅇ도 ㅇㅇ시 ㅇㅇ면 ㅇㅇ리 ㅇㅇ번지로 본점을 이전한 다음 같은 해 6.30. 이 사건 부동산을 취득하였고, 그 후 2003.7.12. 종전 본점 소재지에서 퇴거하였으며, 2003.7.12.부터 2003.7.24.까지 내선증설(변경) 및 키폰 설치공사를 하였고, 2003.7.23. “사업장 이전” 사유로 관할 세무서인 ㅇㅇ세무서장으로부터 사업자등록증을 교부받았으며, 2003.7.25. 청구외 (주)ㅇㅇㅇ와 방범서비스계약을 체결한 사실은 제출된 관계 증빙자료에 의하여 알 수 있다. 이에 대하여 청구인은 대도시안에 등기되어 있는 법인이 2005.12.31.까지 대도시 외로 본점을 이전하는 경우에 등록세를 면제하도록 규정하면서 취득세와는 달리 아무런 제한을 두고 있지 아니하므로 면제요건을 모두 충족하는 경우에는 신규로 취득 등기한 본점용 부동산의 가액이 종전의 본점 용 부동산의 가액을 초과하더라도 감면대상에 해당된다 하겠으므로 이 사건 등록세 등의 부과처분은 취소하여야 한다고 주장하고 있다. 이에 관하여 보면, 지방세법 제274조제2항에서 대도시안에 등기되어 있는 법인이 2005.12.31.까지 대도시 외로 본점을 이전하는 경우 그 이전에 따른 부동산등기에 대하여 등록세를 면제한다고 규정하고 있고, 같은법시행규칙 제114조의2제1항에서 대도시 외의 지역으로 이전하는 본점의 범위와 적용기준을 정하고 있으며, 제2항에서 취득세의 경우 본점용 부동산의 가액의 합계액이 이전전의 본점용 부동산의 가액을 초과하는 경우 그 초과액에 대하여는 취득세를 부과하도록 규정하고 있으나, 등록세의 경우 아무런 제한을 두고 있지 아니하므로 면제요건을 모두 충족하는 경우에는 신규로 취득 등기한 부동산의 가액이 종전 본점용 부동산의 가액을 초과한다 하더라도 모두 면제대상에 해당된다고 보아야 할 것이므로 첫째 요건인 이 사건 부동산이 사업을 개시하기 이전에 취득한 것에 해당되는 지를 보면, 청구인은 청구외 ㅇㅇ(주)에 종전 본점 사무실 임대료를 2003.7월분까지 지급한 사실, 2003.7.23. 관할 세무서인 ㅇㅇ세무서장으로부터 “사업장 이전” 사유로 사업자등록증을 교부받은 사실, 2003.7.12.부터 2003.7.24.까지 키폰설치 및 내선증설 공사를 실시하고 그 비용을 2003.7.24. 청구외 ㅇㅇㅇ에 지급한 사실, 2003.7.25. 청구외 주식회사 ㅇㅇㅇ와 방범서비스계약을 체결한 사실 등을 종합하여 볼 때 청구인의 이 사건 부동산 취득(2003.6.30)은 사업을 개시하기 이전에 이루어진 것으로 보아야 하겠고, 둘째 요건인 대도시 내의 본점을 대도시 외의 지역으로 이전하기 위하여 사업을 중단한 날까지 6월(임차한 경우에는 2년) 이상 계속하여 사업을 영위한 실적이 있는 지 여부를 보면, 청구인은 2000.3.22. 법인을 설립한 이후 계속하여 사업을 영위한 사실이 마포세무서장이 발행한 각 귀속년도별 납세사실증명에서 확인되고 있으므로 이러한 요건은 충족하고 있다 하겠으며, 셋째 요건인 대도시 외의 지역에서 그 사업을 개시한 날부터 6월 이내에 대도시 안에 있는 종전의 본점을 폐쇄하였는 지에 대하여 보면, 청구인은 종전의 본점 사무실을 2003.4.12. 임차하여 2003.4.26.부터 사용하다가 2003.7.12. 퇴거한 사실, 2003.7.23. “사업장 이전” 사유로 ㅇㅇ세무서장으로부터 사업장등록증을 교부받은 사실 등으로 볼 때 사업을 개시한 날부터 6월 이내에 종전의 본점을 폐쇄하였다고 보아야 하겠고, 넷째 요건인 대도시 외의 지역에서 본점용 부동산을 취득한 날부터 6월 이내에 직접 그 용도에 사용하였는 지 여부를 보면, 청구인은 2003.7.12. 종전 본점 사무실에서 퇴거한 사실, 2003.7.23. “사업장 이전” 사유로 ㅇㅇ세무서장으로부터 사업자등록증을 교부받은 사실, 본점 이전후 2003.7.12.부터 2003.7.24.까지 키폰설치 및 내선증설 공사를 실시한 사실 등으로 볼 때 부동산 취득일부터 6월 이내에 본점용으로 사용하였다고 보아야 하겠으므로 청구인은 등록세 면제요건을 모두 충족하였다 하겠으나, 지방세법 제274조제2항에서 말하는 “그 이전에 따른 부동산 등기”라 함은 법인의 본점 또는 주사무소 이전에 따라 불가피하게 소요되는 사무실·점포 등의 건축물과 그 부속토지 및 이에 따른 부대시설 등에 대한 등기에 한하는 것이라 하겠고, 대도시 내의 본점을 대도시 외의 지역으로 이전하는 경우와 공장을 이전하는 경우를 지방세법상 각각 구분하여 달리 규정하고 있는 점에 비추어 볼 때 공장의 경우에는 같은 법 제275조 및 같은법시행규칙 제115조의 규정을 적용하여 등록세 면제여부를 판단하여야 할 것이므로, 이 사건 부동산 중 본점용 부동산(토지 5,719.5㎡, 건축물 1,933.89㎡)으로 사용하지 아니하는 공장 및 작업장 면적은 지방세법 제274조의 규정에 의한 등록세 면제대상에서 제외된다 하겠고, 또한 청구인은 대도시 안에서 공장시설을 갖추고 사업을 영위하다가 그 공장을 폐쇄하고 대도시 외의 지역으로 이전한 것도 아니라 하겠으므로 같은 법 제275조의 규정에 의한 면제대상에도 해당되지 아니한다 할 것이므로 이 부분에 대한 등록세 등의 부과처분은 잘못이 없다 할 것이다. 따라서 청구인의 주장은 일부 이유가 있다고 인정되므로 지방세법 제77조제1항의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.

2004. 4. 26. 행 정 자 치 부 장 관