필요면적 이상을 취득한 아파트형 공장의 일부면적을 임대한 경우, 등록세 중과세율을 적용하여 추징한 처분의 당부(기각)

[주 문] 청구인의 심사청구를 기각한다.

[이 유]

1. 원처분의 요지 처분청은 개인사업자에서 전환한 기업인 청구인이 2002.2.9. ㅇㅇ도 ㅇㅇ ㅇㅇ구 ㅇㅇ동 ㅇㅇ번지 ㅇㅇ테크노타운 ㅇㅇ동 ㅇㅇ호(건물 667.15㎡, 토지지분 138.56㎡, 이하 이 사건 부동산 이라 한다)를 취득하므로 구경기도도세감면조례 제20조제1항제3호 규정에 의한 아파트형 공장에 해당된다고 보아 취득세 등을 감면하였으나, 2003.5.19. 처분청 세무공무원의 현지 조사한 결과 청구인이 이 사건 부동산의 일부(333.60㎡, 이하 이 사건 쟁점부동산 이라 한다)를 유예기간내에 (주)ㅇㅇㅇ(이하 당초분양법인 이라 한다)에 임대한 사실을 확인하고, 이 사건 쟁점부동산의 취득가액(260,758,061원)을 과세표준으로 지방세법 제112조제1항 및 같은 법 제138조제1항의 세율을 적용하여 산출한 취득세 5,215,160원, 농어촌특별세 573,660원, 등록세 28,161,860원, 지방교육세 5,163,000원, 합계 39,113,680원(가산세 포함, 단 취득세분 가산세 제외)을 2003.9.15. 부과고지 하였다.

2. 청구의 취지 및 이유 청구인은 분양대금을 기일내 완납하지 못한 당초분양법인으로부터 승계취득한 이 사건 부동산의 면적이 사업상 필요로 하는 면적보다도 크므로 부득이하게 당초분양법인과 공동으로 사용하였으나, 이는 관계 법령을 모르고 한 사항이므로 정당한 사유에 해당되고, 또한, 청구인은 개인사업장을 20년 이상 영위하다 법인으로 전환한 기업이고, 특히 임대한 부분도 당초분양법인이 이미 사용하고 있는 아파트형공장인데도 등록세를 중과세한 것은 부당하다고 주장하고 있다.

3. 우리부의 판단 이 사건 심사청구의 다툼은 필요면적 이상을 취득한 아파트형 공장의 일부면적을 임대한 경우, 등록세 중과세율을 적용하여 추징한 처분이 적법한 지 여부에 있다 하겠다. 먼저 관계법령의 규정을 살펴보면, 구경기도도세감면조례 제20조제1항 본문 및 제3호, 같은 조 제2항 본문 및 제3호에서 아파트형 공장에 입주하여 사업을 영위하고자 하는 중소기업자가 당해 사업에 직접 사용하기 위하여 취득하는 부동산에 대하여는 취득세와 등록세를 면제하나, 공장에 입주하여 사업을 영위하고자 하는 자가 부동산을 취득한 후에 정당한 사유 없이 취득한 날부터 1년 이내에 지정한 사업에 직접 사용하지 아니하거나 다른 용도에 사용하는 경우에는 면제된 취득세와 등록세를 추징한다고 규정하고 있고, 지방세법 제138조제1항 본문 및 제3호, 같은 법시행령 제101조제1항 본문과 제19호 및 같은 조제2항에서 대도시내에서 법인 설립 후 5년 이내에 취득하는 부동산으로서 대통령령에서 정하는 업종에 사용하는 경우에는 등록세를 중과세 하지 아니하나 취득한 재산을 그 등기일로부터 정당한 사유없이 1년이 경과할 때까지 당해 업종에 직접 사용하지 아니하거나 다른 업종에 사용 또는 겸용하는 경우에 그 해당부분에 대하여 등록세를 중과세(당해 세율의 100분의 300)하도록 규정하고 있다. 다음으로 청구인의 경우를 살펴보면, 청구인은 2000.1.27. ㅇㅇ시 ㅇㅇ구 ㅇㅇ동 ㅇㅇ번지에서 개인사업자에서 법인으로 전환설립한 후, 2002.2.5. 중소기업진흥공단의 분양계약승계승인으로 당초분양법인에서 청구인으로 이 사건 부동산에 대한 분양계약승계에 따른 매수자명의 변경계약을 체결 한 후, 2002.2.9. 이를 취득한 다음 2002.3.23. 취득신고를 하면서 처분청으로부터 취득세 등을 감면받았으나, 2003.5.19. 처분청 세무공무원이 현지출장 하여 확인한 결과 이 사건 부동산의 일부(333.60㎡)를 직접 사용하지 아니하고 임대(보증금 30,000,000원, 월 1,300,000원)한 사실을 확인하고서 기 감면한 취득세(등록세는 대도시내 법인설립한 후 5년내 취득하므로 중과세) 등을 부과고지 한 사실은 제출된 관계 증빙자료에 알 수 있다. 이에 대하여 청구인은 이 사건 부동산의 면적이 청구인이 필요로 하는 면적보다 많아 관련법령을 모르고 입주단계부터 최초 분양계약자와 공동으로 사용한 것이므로 정당한 사유가 있고, 등록세 부과에 있어서 중과세한 것이 부당하다고 주장하므로 이에 관하여 살펴보면, 먼저 구경기도도세감면조례에서 유예기간의 경과로 보지 않겠다는 정당한 사유라 함은 법령에 의한 금지, 제한 등 그 법인이 마음대로 할 수 없는 외부적인 사유는 물론 고유업무에 사용하기 위한 정상적인 노력을 다하였음에도 시간적인 여유가 없어 유예기간을 넘긴 경우라 할 것인 바, 청구인의 경우와 같이 유예기간내 직접사용하지 않으면 추징된다는 관계법령을 몰랐다거나, 필요면적 이상을 취득하므로 부득이 임대 하였다고 하는 것은 정당한 사유에 해당된다고 할 수 없다고 볼 수 있고, 둘째 청구인은 개인사업장을 20년 이상 영위하다 법인으로 전환한 기업(이하 “법인전환기업”이라 한다)이므로 중과세 제외대상이라고 하나, 지방세법시행규칙 제54조의4 요건에 맞는 법인전환기업이 전환에 따라 취득한 부동산 가액만 중과세제외업종에 해당되는 것이지 그 가액을 초과하거나 전환이후 새로이 취득한 부동산은 해당되지 않으므로 등록세 중과세대상이 틀림없고, 마지막으로 임대한 부분도 아파트형 공장이므로 중과세제외업종에 해당한다고 주장하는 것을 살펴보면, 대도시내에서 법인 설립 후 5년 이내에 대통령령이 정하는 업종으로 사용코자 취득하는 부동산은 등록세 등의 중과세 대상에 해당하지 아니하는 것이나 정당한 사유 없이 등기일로부터 1년이 경과할 때까지 당해 업종에 직접 사용하지 아니하거나 다른 업종에 사용 또는 겸용하는 경우에 그 해당부분에 대하여 등록세를 중과세하도록 규정되어 있는 바, 아파트형공장이 관련조례에 의거 감면되는 것과는 달리, 지방세법에서는 아파트형공장 자체가 대통령령에서 정하는 중과세제외업종에 해당된다고 특별히 규정하지 않고 있으므로, 중과세여부의 판단은 그 공장에서 영위하는 업종이 공업배치및공장설립에관한법률 제28조의 규정에 의한 도시형공장을 영위하는 업종에 해당되는지를 보고 판단하여야 할 것이나, 청구인과 같이 취득한 아파트형공장 전부를 직접 당해 사업에 사용하지 않고 일부를 다른 업체에게 임대 등 간접적으로 사용한 경우는, 비록 이 사건 쟁점부동산이 도시형공장을 영위하는 사업에 해당된다 하더라도 중과세제외대상이라고 볼 수 없으므로, 이 사건 쟁점부동산이 유예기간내 그 사업에 직접사용하지 않고 임대한 사실이 2002.5.6. 처분청 세무조사시 입증되고 있는 이상, 지방세법 제138조제1항, 같은 법시행령 제101조제2항 및 ㅇㅇ도감면조례에 의거 처분청이 이 사건 쟁점부동산에 대하여 등록세를 중과세하여 부과고지 한 것은 적법하다고 하겠다. 따라서 청구인의 주장은 이유가 없다고 인정되므로 지방세법 제77조제1항의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.

2004. 4. 26. 행 정 자 치 부 장 관