학교법인이 교육용으로 사용하기 위하여 취득한 토지를 유예기간내에 취득목적대로 사용하지 못한 정당한 사유가 있는 지 여부(기각)

[주 문] 청구인의 심사청구를 기각한다

[이 유]

1. 원처분의 요지 처분청은 청구인이 1998.12.20. 학교용으로 사용할 목적으로 취득한 ㅇㅇ도 ㅇㅇ시 ㅇㅇ구 ㅇㅇ동 ㅇ가 ㅇㅇ번지 1필지 답 2,028㎡(이하 “이 사건 토지”라 한다)에 대하여 취득세 등을 비과세하였으나, 그 후 세무조사 결과 도시계획시설 결정을 받지 못해 이 사건 토지를 유예기간내에 교육용으로 사용하지 못하였으며, 도시계획시설 결정을 받지 못한 것은 정당한 사유가 있는 경우에 해당되지 않는다고 판단하여 그 취득가액(630,000,000원)에 지방세법 제112조제1항 및 제131조제1항제3호의 세율을 적용하여 산출한 취득세 15,120,000원, 농어촌특별세 1,386,000원, 등록세 7,560,000원, 지방교육세 1,386,000원, 합계 25,452,000원(가산세 포함)을 2003.12.9. 부과고지하였다.

2. 청구의 취지 및 이유 청구인은 기존의 캠퍼스 부지가 협소함에 따라 한의학과, 간호학과 및 체육관련학과의 실습동 건물을 신축하여 제3캠퍼스를 조성할 목적으로 이 사건 토지를 포함한 ㅇㅇ도 ㅇㅇ시 ㅇㅇ구 ㅇㅇ동 ㅇ가 일원의 토지를 취득하는 과정에서 이 사건 토지를 취득한 것으로서, 이 사건 토지를 골프연습장부지로 사용하기 위하여 건축허가를 받고 사실상 신축공사를 완료한 시점에서 제3캠퍼스 조성부지에 대한 도시계획시설결정 신청을 하자, ㅇㅇ지사는 처분청이 도시계획시설에 포함된 골프연습장에 대하여 반대한다는 이유로 도시계획시설결정 신청을 반려하였고, 2차례에 걸쳐 처분청에 재검토 요청을 하였으나 현재까지 도시계획시설 결정이 이루어지지 아니하여 취득목적대로 사용하지 못하고 있는 것으로서, 이와 같이 외부적인 요인에 의하여 이 사건 토지를 취득목적대로 사용하지 못한 것은 정당한 사유가 있는 경우에 해당되는데도, 처분청이 비과세한 취득세 등을 추징한 처분은 부당하다고 주장하고 있다.

3. 우리부의 판단 이 사건 심사청구의 다툼은 학교법인이 교육용으로 사용하기 위하여 취득한 토지를 유예기간내에 취득목적대로 사용하지 못한 정당한 사유가 있는 지 여부에 관한 것이라 하겠다. 먼저 관계법령을 보면, 지방세법 제107조 본문 및 제127조제1항에서 다음 각호의 1에 해당하는 것(제112조제2항의 규정에 의한 과세대상을 제외한다)에 대하여는 취득(등록)세를 부과하지 아니한다. 다만 대통령령이 정하는 수익사업에 사용하는 경우와 취득(등기)일로부터 1년(제1호의 경우에는 3년) 이내에 정당한 사유없이 그 용도에 직접 사용하지 아니하는 경우 또는 그 사용일부터 2년 이상 그 용도에 직접 사용하지 아니하고 매각하거나 다른 용도로 사용하는 경우 그 해당 부분에 대하여 취득(등록)세를 부과한다고 규정한 다음, 그 제1호에서 제사·종교·자선·학술·기예 기타 공익사업을 목적으로 하는 대통령령으로 정하는 비영리사업자가 그 사업에 사용하기 위한 부동산의 취득(등기)이라고 규정하고 있고, 같은 법시행령 제79조제1항에서 법 제107조제1호에서 “대통령령으로 정하는 비영리사업자”라 함은 다음 각호의 자를 말한다고 규정한 다음, 그 제2호에서 초·중등교육법 및 고등교육법에 의한 학교를 경영하는 자 및 평생교육법에 의한 교육시설을 운영하는 평생교육단체종교 및 제사를 목적으로 하는 단체라고 규정하고 있다. 다음으로 청구인의 경우를 보면, 청구인은 1998.12.5. 기존에 소유하고 있던 4필지 토지(ㅇㅇ구 ㅇㅇ동 ㅇ, ㅇㅇ, ㅇㅇ, ㅇㅇ번지)상에 교육연구시설(강의동 및 골프연습장)을 신축하기 위한 건축허가를 받은 상태에서, 1998.12.20. 이 사건 토지를 취득하였고, 1999.10.13. 이 사건 토지를 포함한 32필지의 토지를 학교용으로 사용하고자 도시계획시설(학교, 도로) 결정 신청을 하여, ㅇㅇ시에서 ㅇㅇ도에 도시계획시설결정 신청을 하였으나 2001.3.6. ㅇㅇ도에서는 ㅇㅇ시에서 도시계획시설 결정신청을 하였다가 다시 당초 시설결정신청에 반대하는 의견을 제시함에 따라 당초 신청을 반려하였고, 이에 따라 2001.3.21. ㅇㅇ에서는 청구인에게 도시계획시설중 골프연습장에 대하여는 재검토하라는 이유로 도시계획시설 결정신청을 반려하였으며, 2001.4.14. 청구인은 이러한 거부처분에 대하여 도시계획시설결정 이행을 구하는 행정심판을 제기하고, ㅇㅇ시에도 2001.4.20. 당초 청구인의 계획대로 시설결정을 하여 줄 것을 요망하는 취지의 문서를 통보하였으나, 전주시는 2001.5.11. 청구인의 재검토 요청에 대하여 당초 반려이유와 동일한 내용으로 회신을 하였으며, 2001.7.3. 청구인이 제기한 행정심판에 대하여 ㅇㅇ장관은 도시계획시설 결정신청 거부는 행정처분이 아니므로 행정심판 청구대상에 해당되지 않아 각하한다는 재결서를 송달하였으며, 현재까지 도시계획시설결정이 이루어지지 아니하여 이 사건 토지를 학교용으로 사용하지 못하고 있음을 제출된 관계 증빙자료에서 알 수 있다. 이에 대하여 청구인은 골프연습장 건축허가를 받아 사실상 공사가 완료되었으나 이 사건 토지를 유예기간내에 학교용으로 사용하지 못한 것은 도시계획시설결정을 받지 못하였기 때문으로서 정당한 사유가 있는 경우에 해당된다고 주장하고 있으나, 이 사건 과세대상이 된 토지는 토지이용계획확인원, 건축허가서, 건축설계 도면에서 볼 때 골프연습장이 건축된 토지와 도로를 사이에 두고 구분되어 있는 토지로서 골프연습장용 토지와는 별개의 토지로서 골프연습장용 토지에 건축을 완료하였으나 도시계획시설결정을 받지 못하여 사용하지 못한 것이라고 볼 수는 없다 하겠으며, 대법원 판례(1998. 7. 10. 98두7626)에서 공익성이 있는 사업을 수행하는 비영리 재단법인이라고 할지라도 토지를 취득할 당시 유예기간 이내에 그 사업 내지 고유업무에 직접 사용할 수 없는 법령상의 장애사유가 있음을 알았거나, 설사 몰랐다고 하더라도 조금만 주의를 기울였더라도 그러한 장애사유의 존재를 쉽게 알 수 있었던 상황하에서 토지를 취득하였고, 취득 후 유예기간 이내에 당해 토지를 그 사업 내지 고유업무에 직접 사용하지 못한 것이 동일한 사유 때문이라면, 취득 전에 존재한 법령상의 장애사유가 충분히 해소될 가능성이 있었고 실제 그 해소를 위하여 노력하여 이를 해소하였는데도 예측하지 못한 전혀 다른 사유로 그 사업에 사용하지 못하였다는 등의 특별한 사정이 없는 한, 그 법령상의 장애사유는 당해 토지를 그 업무에 직접 사용하지 못한 정당한 사유가 될 수 없다고 판시하고 있는 점에 비추어 볼 때, 청구인의 경우 이 사건 토지를 포함한 일단의 토지에 대하여 제3캠퍼스를 조성하기 위하여 도시계획시설결정 신청을 하였으나 처분청으로부터 골프연습장은 재검토하도록 신청서를 반려받고서도 이에 대한 재검토 보완조치없이 청구인의 당초 의도대로 골프연습장을 포함하여 도시계획시설 결정을 하여 줄 것을 계속 요청하다가 유예기간이 경과된 것이라 할 것이며, 또한 청구인이 이 사건 토지를 포함하여 도시계획시설 결정 신청을 한 일단의 토지는 주거지역이고, 그 인근이 풍치지구로 도시계획결정되어 있는 토지로서 이러한 토지를 학교용으로 사용하고자 한다면 도시계획시설 결정을 받아야 할 것이라는 사실을 취득이전에 충분히 예측할 수 있었다고 보여지므로, 취득이후 유예기간이 경과할 때까지 이러한 장애사유로 인하여 취득목적대로 사용하지 못한 경우에는 정당한 사유가 있는 경우에 해당된다고 인정하기는 어렵다고 하겠다. 따라서 청구인의 주장은 이유가 없다고 인정되므로 지방세법 제77조제1항의 규정에 의거 주문과 같이 결정한다.

2004. 4. 26. 행 정 자 치 부 장 관