종교단체가 종교용으로 사용하기 위하여 취득한 부동산을 별도로 설립한 종교단체에 증여하여 종교용으로 사용하도록 한 경우 비과세한 취득세 등의 추징대상에 해당되는지 여부(경정)

[주 문] 처분청이 2003.7.15. 및 2003.12.22. 청구인에게 부과고지한 취득세 160,090,380원, 농어촌특별세 14,674,940원, 등록세 240,135,560원, 지방교육세 44,024,840원, 합계 458,925,720원(가산세 포함)을 취득세 896,510원, 농어촌특별세 98,610원, 등록세 1,344,750원, 지방교육세 295,840원, 합계 2,635,710원(가산세 포함)으로 경정한다.

[이 유]

1. 원처분의 요지 처분청은 종교단체인 청구인이 2000.3.28. 및 2001.1.19. ㅇㅇ도 ㅇㅇ시 ㅇㅇ구 ㅇㅇ동 ㅇㅇ번지외 1필지 토지 3,912.6㎡(이하 "이 사건 토지"라 한다)를 취득한 데 대하여 취득세 등을 비과세하였으나, 청구인이 이를 유예기간내에 교회용으로 직접 사용하지 아니하고 청구외 ㅇㅇㅇ ㅇㅇ소망선교원에 증여하자 비과세한 취득세 등의 추징대상에 해당한다고 보아 그 취득가액(6,670,432,600원)에 지방세법 제112조제1항 및 제131조제1항제2호의 세율을 적용하여 산출한 취득세 160,090,380원, 농어촌특별세 14,674,940원, 등록세 64,036150원, 지방교육세 11,739,950원, 합계 250,541,420원(가산세 포함)을 2003.7.15. 부과고지하였고, 그 후 당초 부과처분시 청구인이 이 사건 토지를 유상 승계취득하였는데도 무상취득으로 보아 등록세율을 잘못 적용한 사실을 확인하고 추가로 등록세 176,099,410원, 지방교육세 32,284,890원, 합계 208,384,300(가산세 포함)을 2003.12.22. 부과고지하였다.

2. 청구의 취지 및 이유 청구인은 인구가 급증하는 분당지역에 지교회를 설립할 목적으로 이 사건 토지를 취득한 후 건축허가를 받아 교회를 신축하여 공사가 완료될 무렵에 지교회인 ㅇㅇㅇ ㅇㅇ소망선교원을 별도의 종교단체(이하 “지교회”라 한다)로 등록하고, 금융기관으로부터 융자를 받기 위하여 이 사건 토지를 지교회 명의로 소유권 이전등기를 하였고, 교회건축물은 직접 지교회명의로 소유권 보존등기를 하여 현재 종교용으로 사용하고 있는 상태이고, 융자를 상환하면 지교회 명의의 부동산도 모두 종법에 따라 유지재단에 귀속할 부동산으로서 이 사건 토지를 지교회 명의로 소유권 이전등기를 하였지만 사실상 종교용으로 사용하고자 하는 취득목적이 그대로 유지되고 있으므로 종교단체에 대한 비과세의 입법목적에 비추어 처분청이 단순히 지교회명의로 소유권 이전등기가 된 것만을 이유로 비과세한 취득세 등을 추징한 처분은 부당하다고 주장하고 있다.

3. 우리부의 판단 이 사건 심사청구의 다툼은 종교단체가 종교용으로 사용하기 위하여 취득한 부동산을 별도로 설립한 종교단체에 증여하여 종교용으로 사용하도록 한 경우 비과세한 취득세 등의 추징대상에 해당되는 지 여부에 관한 것이라 하겠다. 먼저 관계법령을 보면, 지방세법 제107조 본문 및 제127조제1항에서 다음 각호의 1에 해당하는 것(제112조제2항의 규정에 의한 과세대상을 제외한다)에 대하여는 취득(등록)세를 부과하지 아니한다. 다만 대통령령이 정하는 수익사업에 사용하는 경우와 취득(등기)일로부터 1년(제1호의 경우에는 3년) 이내에 정당한 사유없이 그 용도에 직접 사용하지 아니하는 경우 또는 그 사용일부터 2년 이상 그 용도에 직접 사용하지 아니하고 매각하거나 다른 용도로 사용하는 경우 그 해당 부분에 대하여 취득(등록)세를 부과한다고 규정한 다음, 그 제1호에서 제사·종교·자선·학술·기예 기타 공익사업을 목적으로 하는 대통령령으로 정하는 비영리사업자가 그 사업에 사용하기 위한 부동산의 취득(등기)라고 규정하고 있고, 같은 법시행령 제79조제1항에서 법 제107조제1호에서 “대통령령으로 정하는 비영리사업자”라 함은 다음 각호의 자를 말한다고 규정한 다음, 그 제1호에서 종교 및 제사를 목적으로 하는 단체라고 규정하고 있다. 다음으로 청구인의 경우를 보면, 청구인은 2000.3.28. 및 2001.1.19.에 이 사건 토지를 취득한 후 2001.10.31. 교회용으로 사용하기 위하여 건축물 용도를 문화 및 집회시설 등으로, 건축규모를 지하3층, 지상8층으로 하여 건축허가를 받고, 2001.11.20. 착공신고를 하여 건축하던 중 2003.3.27. 지교회인 대한예수교장로회 예수소망선교원을 별도의 종교단체로 등록하고, 2003.3.27. 교회건축부지인 이 사건 토지를 지교회에 증여하였으며, 2003.9.25. 지교회 명의로 건축물 사용승인을 받았고, 현재 지교회가 취득한 건축물중 1층 일부 면적(99.17㎡)은 임대하여 임차인이 종교용 서적판매장으로 사용하고 있고, 나머지는 지교회가 교회로 직접 사용하고 있는 사실을 제출된 관계 증빙자료에서 알 수 있다. 이에 대하여 청구인은 이 사건 토지를 지교회를 설립하여 증여하였지만 계속하여 교회용으로 사용하고 있으므로 비과세한 취득세 등을 추징한 처분은 부당하다고 주장하고 있으므로 이에 관하여 살펴보면, 지방세법 제107조 본문 단서에서 유예기간내에 정당한 사유없이 매각하거나 당해 사업에 직접 사용하지 아니하는 경우에는 추징하도록 하는 규정을 둔 이유는 비영리사업자가 당해 사업에 사용하기 위하여 취득한 부동산을 다른 용도로 사용하거나 매각함으로써 비과세의 목적이 상실되는 경우에 비과세한 취득세 등을 추징함으로써 과세형평을 도모하고자 하는 데 그 취지가 있다 할 것으로서, 청구인의 경우 이 사건 토지를 취득한 후 그 지상에 교회용 건축물의 건축허가를 받아 공사를 진행하던 중 새로이 설립한 지교회에 증여하였으나 증여한 이후에도 청구인이 이 사건 토지를 교회용으로 사용하고자 한 취득목적이 그대로 유지되고 있다고 할 것으로서 취득세 등 추징대상으로 규정한 매각하거나 다른 용도로 사용하는 경우와는 다르다 하겠으며, 이러한 경우까지 비과세한 취득세 등을 추징하는 것은 종교단체가 취득한 부동산에 대하여 취득세 등을 비과세하는 입법취지에도 어긋난다고 하겠다. 그러나, 이 사건 토지에 건축된 건축물의 1층중 서점으로 임대하고 있는 부분의 부속토지에 해당하는 토지는 종교용으로 직접 사용하기 위하여 취득하였다가 증여한 것으로서 볼 수 없어 비과세 요건을 충족시키지 못하고 있다 하겠으므로 이 부분에 대하여 취득세 등을 추징한 처분은 잘못이 없다 하겠다. 따라서 청구인의 주장은 일부 이유가 있다고 인정되므로 지방세법 제77조제1항의 규정에 의거 주문과 같이 결정한다.

2004. 4. 26. 행 정 자 치 부 장 관