유예기간이 경과하기 전에 수익사업에 사용한 부동산이 등록세 등 부과대상이 되는지 여부(기각)

[주 문] 청구인의 심사청구를 기각한다.

[이 유]

1. 원처분의 요지 처분청은 1997.8.29. 학교법인으로 설립된 청구인이 1999.3.26. ㅇㅇ도 ㅇㅇ시 ㅇㅇ읍 ㅇㅇ리 ㅇㅇ번지에서 ㅇㅇ시 ㅇㅇ구 ㅇㅇ동 ㅇㅇ번지로 전입한 후, 2001.5.15. ㅇㅇ시 ㅇㅇ구 ㅇㅇ동 ㅇㅇ번지 지하1층, 지상7층 근린생활 및 주택용 건물 1,330.72㎡와 부속 토지 286㎡(이하 “이 사건 부동산”이라 한다)를 교육목적으로 취득하자 같은 해 5.25. 비과세하였으나, 2003.6.5. 처분청 담당 공무원의 현장 조사한 결과, 이 사건 부동산의 종전 임차인들과 재계약 후 임대수익사업용으로 사용하는 사실을 확인하고, 이를 대도시 내로의 법인 본점 등의 전입이후 부동산등기로 보아, 취득가액(1,700,000,000원)을 과세표준으로 취득세는 지방세법 제112조제1항의 일반세율로, 등록세는 지방세법 제138조제1항의 중과세율로 각각 적용하여 산출한 취득세 43,980,900원 등록세 183,600,000원, 지방교육세 33,660,000원 합계 261,240,900원(가산세 포함)을 2003.9.16. 부과고지 하였다.

2. 청구의 취지 및 이유 청구인은 이 사건 부동산을 2002.3월 개교할 ㅇㅇ대학원대학교의 강의실 등 교육용시설과 기숙사·세미나실·체력단련실 등 교육지원시설로 사용할 목적으로 취득하였고, 2002.12.13. 교육인적자원부 장관에게 대학교의 설립허가를 신청하였으나, 2003.4.17. 행정실·전자계산소 등 일부 시설의 미비로 반려됨에 따라 2003.6.24. 보완한 후 재신청하는 등의 과정에서 설립허가가 지연되어 한시적으로 임대수익 용도로 사용한 것이므로 정당한 사유가 있고, 또 유예기간 3년이 경과하지 않았는데도 등록세를 중과하고, 취득세도 가산세를 포함하여 과세한 처분은 부당하다고 주장하고 있다.

3. 우리부의 판단 이 사건 심사청구의 다툼은 유예기간이 경과하기 전에 수익사업에 사용한 부동산이 등록세 등 부과대상이 되는지 여부에 있다 하겠다. 먼저 관계법령을 보면, 구 지방세법 제107조 본문 및 제127조제1항(2000.12.29. 법률 제6312호로 개정되기 전의 것)에서 다음 각 호의 1에 해당하는 것에 대하여는 취·등록세를 부과하지 아니한다. 다만, 수익사업에 사용하는 경우와 취득일(등기등록일)로부터 1년(제1호의 경우는 3년) 이내에 정당한 사유 없이 그 용도에 직접 사용하지 아니한 경우 또는 그 사용일부터 2년 이상 그 용도에 직접 사용하지 아니하고 매각하거나 다른 용도로 사용할 경우 그 해당부분에 대하여 취·등록세를 부과한다라고 하고, 그 1호에 제사·종교·학술·기예·기타 공익사업을 목적으로 하는 대통령령으로 정하는 비영리사업자가 그 사업에 사용하기 위한 부동산에 대한 취득(등기)이라고 규정하고 있으며, 같은 법 시행령 제79조제1항 및 제94조제1항(2001.12.31. 대통령령 제17447호로 개정되기 전의 것)에서는 법 제127조제1항제1호 본문에서 “대통령령으로 정하는 비영리사업자”라 함은 다음 각 호에 게기 하는 자를 말한다라고 하고, 그 2호에 초·중등교육법 및 고등교육법에 의한 학교를 경영하는 자 및 사회교육법에 의한 사회교육시설을 운영하는 사회교육단체라고 각각 규정하고 있고, 같은 법 시행령 제78조의 2 제1항 및 제93조의 2에서는 법 제127조제1항 단서에서 대통령령이 정하는 수익사업이라 함은 법인세법 제3조제2항의 규정에 의한 수익사업을 말한다라고 규정하고 있으며, 같은 법 제138조제1항에는 다음의 각호의 1에 해당하는 등기를 하는 때에는 그 세율을 제131조 및 제137조에 규정한 당해 세율의 100분의 300으로 한다라고 하며, 그 3호에 대도시 내에서의 법인의 설립과 지점 또는 분사무소의 설치 및 대도시내로의 법인의 본점·주사무소·지점 또는 분사무소의 전입에 따른 부동산 등기와 그 설립·설치·전입이후의 부동산 등기라고 규정하고 있다. 다음으로 청구인의 경우를 보면, 처분청은 학교법인인 청구인이 1999.3.26. ㅇㅇ시 ㅇㅇ구 ㅇㅇ동 ㅇㅇ번지로 전입한 후, 2001.5.15. ㅇㅇ시 ㅇㅇ구 ㅇㅇ동 ㅇㅇ번지 지하1층, 지상7층 근린생활 및 주택용 건물 1,330.72㎡와 부속 토지 286㎡를 교육목적으로 취득하였다고 신고하므로 같은 해 5.25. 비과세하였으나, 2003.6.5. 이 사건 부동산을 종전 임차인들과 재계약 후 임대수익사업용으로 제공하는 사실을 확인하고, 취득세 및 등록세 등 261,240,900원을 2003.9.16. 부과 고지한 것을 제출된 관계 증빙자료에서 알 수 있다. 이에 대하여 청구인은 이 사건 부동산을 그 사업에 직접 사용하지 못한 것은 대학교설립허가가 지연됨에 따라 일시적으로 수익용도로 사용한 것으로 이는 정당한 사유에 해당되고, 또 유예기간 3년이 경과하지 않았는데도 등록세를 중과하고, 취득세도 가산세를 포함한 과세처분은 부당하다고 주장하고 있다. 이에 관하여 보면, 먼저 구 지방세법 제107조 본문 및 제127조제1항 그리고 제138조제1항, 구 지방세법시행령 제79조제1항제2호, 제94조제1항을 종합하여 보면, 학교를 경영하는 비영리사업자가 그 사업에 사용하기 위해 부동산을 취득(등기)하는 경우는 취득세 및 등록세를 부과하지 아니하나, 비영리사업자가 부동산을 취득(등기)한 후 법인세법 제3조제2항의 수익사업에 사용하는 경우는 그 유예기간의 경과 여부에 상관없이 그 부분에 대하여는 비과세한 취득세 및 등록세를 추징할 수 있으며, 특히 등록세인 경우는 대도시내로의 법인 주사무소 등의 전입 후 부동산의 등기는 중과세하도록 구정하고 있고, 청구인의 경우 그 정관 제4장 제32조 내지 제34조에서 학교를 운영하기 위하여 이 사건 부동산의 소재지에 부동산업을 한다고 하고, 2003.4.17. 관계기관의 대학설립허가반려 문서에서는 수익용 기본재산인 이 사건 건축물의 토지에 가압류가 설정되어 허가기준을 충족하지 못한 것이라고 한 점, 그리고 2001.5.22. ㅇㅇ학교 법인의 긴급이사회에서는 당초 설립할 학교의 재정조건을 안정적으로 확보하기 위하여 수익용 재산으로 취득하였으나 관련세액이 과다하므로 교육용으로 변경하여 사용할 계획을 결의한 사실 등을 비추어 보면, 청구인은 이 사건 부동산을 처분청에 감면 신청할 당시 교육용으로 취득하였다는 신청내용에 불구하고 취득당시는 수익용 기본재산용으로 취득하였음을 확인할 수 있다. 또한 2002.6.22. 처분청 담당공무원의 현지확인 결과, 대학원대학교 설립허가과정의 지연과 기존 임차인의 반발 등을 이유로 들어 그 사업에 직접 사용하지 않으면서, 임차물 명도를 원활히 할 수 있는 제반조치도 강구함이 없이 기존임차인들과 (주)ㅇㅇ실업과는 2004.6.18. 까지, ㅇㅇ월드와는 2004.6.18. 까지, ㅇㅇ교회와는 2004.5.14. 까지, ㅇㅇㅇ 등 3인과는 2004.7월에서 2004.9월까지 각각 임대차 계약기간을 연장한 사실을 보면 감면신청내용과 다르게 사용하였음을 알 수 있다. 이러한 내용 등을 종합하여 볼 때, 비록 처분청에서 청구인이 감면신청 하는 대로 비과세요건 사실을 인정하였다고 하더라도 청구인은 공부상 근린생활시설용도로서 거의가 임대차로 사용되는 빌딩의 특성상 청구인의 고유업무인 학교용으로 사용에 부적합함에도 용도변경 등 아무런 조치 없이 취득 이후 계속하여 임대사업용도로 사용하여 온 점을 보면, 청구인은 기존에 임대용으로 사용되던 부동산을 매수하여 스스로 계속 임대할 의사를 가지고 법인세법 제3조제2항의 수익사업을 목적으로 취득한 것으로 봄이 타당하다고 할 것인 바, 비록 비영리사업자인 청구인이 그 사업에 사용할 목적으로 부동산을 취득하였다 하더라도 취득한 후 수익사업에 계속 사용하는 경우는 관련 지방세법에서 유예기간의 경과에 상관없이 해당세액을 추징하는 것이 마땅하다 하겠고, 등록세의 경우 대도시 내 법인전입 후 5년 이내 취득한 부동산 등기는 중과세 대상이 되고, 추징사유가 발생할 시점부터 30일이내 취득세를 신고납부하지 않은 경우는 가산세가 부과되어야 하므로 처분청이 등록세를 중과세한 처분이나 가산세를 포함한 취득세를 부과한 처분은 적법하다고 하겠다. 따라서 청구인의 주장은 이유가 없다고 인정되므로 지방세법 제77조제1항의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.

2004. 3. 29. 행 정 자 치 부 장 관