건축물에 대한 등록세 과세표준액이 적법하게 산정되었는 지 여부(기각)

[주 문] 청구인의 심사청구를 기각한다.

[이 유]

1. 원처분의 요지 처분청은 청구인이 1999.4.30. ㅇㅇ도 ㅇㅇ시 ㅇㅇ구 ㅇ동 ㅇㅇ번지 ㅇㅇ아파트 상가 726동(지하1층, 지상1～3층, 연면적 1,412.38㎡, 이하 “위 건물”이라 한다)을 취득가액 740,000,000원에 취득하자, 지상 1～3층은 지방세법시행령 제79조제1항제2호에서 규정한 학교를 경영하는 자가 인가 받아 운영하는 유치원으로 보아 등록세 등을 비과세 하였으나, 그 후 담당공무원의 현지 사실조사에 따라 위 건물 3층(이하 “이 사건 건축물”이라 한다)은 인가를 받지 않았을 뿐더러 실제 다른 용도로 사용하고 있으므로 지방세법 시행령 제82조의3제2항에 따라 위 건물 취득가액을 용도별 과세시가표준액 비율로 안분계산한 가액(163,318,000원)을 과세표준으로 지방세법 제131조제1항의 세율을 적용하여 산출한 등록세 5,879,440원, 교육세 1,077,890원, 합계 6,957,330(가산세 포함)을 2003.12.10. 부과고지 하였다.

2. 청구의 취지 및 이유 청구인은 인근지역에서 건설회사가 분양중인 상가의 층별 분양가격의 실례를 제시하면서 상가나 다수인이 이용하는 영리용 건물인 경우는 1층과 3층의 가치가 현저하게 차이가 있는데도 층별 취득가액을 동일하게 산출하여 등록세 과세표준으로 하였고, 이 가액에 해당세율을 적용하여 부과한 과세처분이 부당하다고 주장하고 있다.

3. 우리부의 판단 이 사건 심사청구의 다툼은 이 사건 건축물에 대한 등록세 과세표준액이 적법하게 산정되었는 지 여부에 있다하겠다. 먼저 관계법령을 보면, 지방세법 제79조제1항제2호에 제107조제1호에서 "대통령령으로 정하는 비영리사업자"라 함은 초 중등교육법 및 고등교육법에 의한 학교를 경영하는 자 라고 하고, 초·중등교육법 제2조제1호에 유아원을 유아교육 및 초 중등교육을 실시하기 위한 다음 각호의 학교로 규정하고 있으며, 지방세법 111조제5항제3호 및 같은 법 시행령 제82조의2제1항제2호에서 법인이 작성한 원장·보조장·출납전표·결산서에 의하여 취득가격이 입증되는 취득은 사실상의 취득가액을 과세표준으로 한다고 규정한 다음, 같은 법 시행령 제82조의3제2항에서 토지와 건축물 등을 일괄 취득함으로 인하여 토지 또는 건축물에 대한 취득가격이 구분되지 아니하는 경우에는 일괄 취득한 가격을 시가표준액 비율로 안분한 금액을 토지·건축물 또는 기타 물건의 취득가액으로 한다고 규정하고 있다. 다음으로 청구인의 경우를 보면, 처분청은 청구인이 1999.4.30. 위 건물을 유치원 용도로 분양취득하자, 지상 1～3층은 지방세법시행령 제79조제1항제2호 규정에 따라 등록세 등을 비과세 하였으나, 그 후 위 건물 3층이 유치원 인가를 받지 않았을 뿐더러 실제 다른 용도로 사용하고 있음을 확인하고 이 부분에 대하여 등록세 등을 2003.12.10. 부과한 사실을 제출된 관계 증빙자료에 의하여 알 수 있다. 이에 대하여 청구인은 상가나 다수인이 이용하는 영리목적의 건물인 경우는 층별 가치가 현저하게 차이가 있는데도 그 가치를 동일하게 적용한 것은 부당하다고 주장하고 있으나, 이 사건 건축물의 경우 담당공무원의 현지조사결과에 의하면 1～2층은 유치원으로 사용하고 있지만 3층은 유치원 용도로 사용되지 않고 주로 종교시설로 사용하고 있는 것이 확인되므로 비과세한 3층 부분은 등록세 등 추징대상임을 알 수 있다. 그리고 3층 부분에 대한 등록세 과세표준액을 적용함에 있어서 처분청은 청구인이 동 건물을 일괄취득하였으므로 3층에 대한 취득가액이 구분되지 않고 있고, 청구인도 취득가액(분양가액)을 제시하지 못하고 있으므로, 지방세법 시행령 제82조의3제2항에서 토지와 건축물을 일괄취득함으로 인하여 토지 또는 건축물에 대한 취득가격이 구분되지 아니하는 경우에 해당된다고 보아 일괄취득한 가격을 기준으로 시가표준액비율로 안분한 금액을 3층의 취득가액으로 적용하는 것이 타당하다 하겠으므로 처분청이 1999년도 건물시가표준액 조정기준에 따라 이 사건 건축물에 대한 시가표준액을 계산하고 3층 부분의 경우 층별로 적용되는 용도지수(종교시설과 유치원의 용도지수는 같음)를 비롯한 제반지수와 면적이 1층에서 3층까지 동일하므로 3층의 비율은 22.07%로 안분계산 되고, 이에 따라 산출된 취득가액은 총분양가액(740,000,000원)의 22.07%인 163,318,000원으로 계산되므로 처분청의 이 사건 등록세 등 부과처분은 잘못이 없다 하겠다. 따라서 청구인의 주장은 이유가 없다고 인정되므로 지방세법 제77조제1항의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.

2004. 2. 23. 행 정 자 치 부 장 관