부동산의 지목변경이 취득세 등의 비과세대상인 지 여부(기각)

[주 문] 청구인의 심사청구를 기각한다.

[이 유]

1. 원처분의 요지 처분청은 사회복지법인의 대표이사인 청구인이 청구인 명의로 유상승계 취득한 ㅇㅇ시 ㅇㅇ구 ㅇㅇ동 ㅇㅇ번지 652.0㎡(이하 “이 사건 부동산”이라 한다)를 2002.2.19. 전에서 대지로 지목변경한데 대하여 지목변경 전후의 시가표준액 차액(138,876,000원)을 과세표준으로 하여 지방세법 제112조제1항의 세율을 적용하여 산출한 취득세 3,333,020원, 농어촌특별세 305,520원, 합계 3,638,540원(가산세 포함)을 2003.5.12. 부과고지 하였다.

2. 청구의 취지 및 이유 청구인은 1994.7.14. 영유아보육사업을 목적으로 사회복지법인 ㅇㅇ교육원(이하 “위 법인”이라 한다)을 설립하고 2002.3.26. ㅇㅇ시에서 2002년도 보육시설 기능보강사업비 지원계획이 통보됨에 따라 이 사건 부동산에 영아 전담보육시설을 국가 등에서 보조를 받아 신축하고자, 같은 해 4.29. 부산광역시에 위 법인 명의로 보육시설 신축사업비 지원신청을 하였고, 이에 따라 같은 해 6.5. 청구인 명의로 개발제한구역내 행위허가(형질변경)를 하였으며, 같은 해 7.10. ㅇㅇ시로 보육시설 사업비 지원결정 통보를 받고, 같은 해 10.1. 위 법인 명의로 건축허가를 신청하여 2003.2.19. 보육시설 사용승인 받아 운영 중, 같은 해 5.23. 청구인은 위 법인에 무상으로 증여한 제 과정을 볼 때, 청구인은 위 법인의 대표이사이고, 이 사건 부동산은 농지로서 농지법 제6조에 따라 사회복지법인은 농지를 취득하지 못하므로 청구인 명의로 형질변경하는 수 밖에 없었던 사정이 있었으나, 그 이외는 보육시설 신축절차에 관련된 서류의 모든 명의는 위 법인으로 되어 있는 것 등을 보면, 실질적인 소유주는 위 법인이 확실한 데도 취득세 등을 부과고지하는 것은 부당하다고 주장하고 있다.

3. 우리부의 판단 이 사건 심사청구의 다툼은 이 사건 부동산의 지목변경이 취득세 등의 비과세대상인 지 여부에 있다 하겠다. 먼저 관계법령을 보면, 지방세법 제107조제1호 및 같은 법 시행령 제79조제1항제6호에서 영유아보육법에 의한 영유아보육시설을 운영하는 비영리사업자가 그 사업에 사용하기 위한 부동산의 취득에 대하여는 취득세를 부과하지 아니한다고 규정하고 있고, 같은 법 시행령 제104조제8항 및 같은 법 운용세칙 제105-2. 4에서, 토지의 지목변경이 건축공사 등과 병행되는 경우에는 건축 등 그 원인이 되는 공사가 완료된 때를 취득의 시기로 본다고 규정하고 있으며, 제6조 제1항에서 농지는 자기의 농업경영에 이용하거나 이용할 자가 아니면 이를 소유하지 못한다고 규정하고 있다. 다음으로 청구인의 경우를 보면, 처분청은 청구인명의로 유상승계 취득하여 사용하고 있는 이 사건 부동산에 영아 전담보육시설를 정부 등의 보조를 받아 신축하는 과정에서 건축허가행위는 2002.10.1.에 위 법인 명의로, 개발제한구역내 전에서 대로의 토지형질변경은 2002.6.5.에 청구인 명의로 각각 행위허가를 받고, 2003.2.12.에는 토지형질변경 준공검사를, 같은 해 2.19.에는 보육시설 사용승인을 받자, 2003.5.12. 지목변경에 따른 취득세 등을 부과한 사실을 제출된 관계 증빙자료에 의하여 알 수 있다. 이에 대하여 청구인은 정부의 보조를 받아 이 사건 부동산에 영유아보육시설을 신축하는 과정에서 건축행위허가는 법인 명의로 신청하였으나, 토지형질 변경행위는 농지법 제6조에 의거 법인은 농지를 소유하지 못하므로 청구인 명의로 신청할 수밖에 없었으나, 준공 후 법인에게 무상으로 증여한 점등을 보면 사실상 소유자는 법인이므로 취득세 등이 비과세되어야 한다고 주장하고 있으나, 이 사건 지목변경행위가 취득세 비과세대상이 되기 위해서는 소유자인 청구인이 지방세법시행령 제79조제1항제6호에서 규정하는 영유아보육법에 의한 영유아보육시설을 운영하는 자에 해당되어야 하는 데, 청구인은 영유아 보육법에 의한 영유아보육시설을 설치운영할 사실이 없고, 영유아보유시설 운영자는 법인이므로 비과세 요건을 충족시키지 못하고 있다고 하겠다. 그리고 청구인의 경우 2000.3.9. 이 사건 부동산을 청구인 명의로 유상승계 취득한 후 비록 보조금 신청이나 건축허가 신청은 법인 명의로 하였고, 농지는 법인이 취득할 수 없는 규정 때문에 청구인 명의로 지목변경을 완료한 후에 법인에게 증여한 사정이 있다 하더라도 법인과 그 대표이사인 개인은 서로 인격이 다르고, 이 사건 부동산의 사실상 소유자가 법인이라고 볼 수 있을 만한 증거도 찾아 볼 수 없으므로 이 사건 부동산의 지목변경에 따른 취득세 등 납세의무는 청구인에게 있는 것이 명백하다 할 것이다. 따라서 청구인의 주장은 이유가 없다고 인정되므로 지방세법 제77조제1항의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.

2004. 2. 23. 행 정 자 치 부 장 관