공사가 토지를 취득하여 건축한 아파트가 국가계획에 따라 제3자에게 공급할 목적으로 일시 취득한 부동산에 해당하는 지 여부(경정)

[주 문] 처분청이 2003.10.8. 청구인에게 부과 고지한 취득세 3,157,815,650원, 등록세 3,394,469,260원, 지방교육세 622,319,350원, 합계 7,174,604,260원을 취득세 1,423,271,020원, 등록세 831,581,420원, 지방교육세 152,639,920원, 합계 2,408,492,360원으로 경정한다.

[이 유]

1. 원처분의 요지 처분청은 청구인이 1997.12.4. ㅇㅇ시 ㅇㅇ구 ㅇㅇ동 ㅇㅇ번지 외 2필지 대지 82,633㎡(이하 “이 사건 토지”라 한다)를 취득하고 그 지상에 주택건설사업계획을 승인을 받아 2001.11.15. 아파트 2,024세대(연면적 293,106.37㎡, 이하 “이 사건 건축물”이라 함)를 신축 취득한데 대하여 이 사건 토지 및 건축물 중 1,624세대(토지 54,293㎡, 건축물 152,967㎡, 이하 “쟁점 아파트”라 한다)는 국가계획에 따라 제3자에게 공급할 목적으로 취득한 부동산으로 보아 취득세와 등록세를 면제하였으나, 2003.6.9. 세무조사결과 쟁점 아파트는 청구인의 자체사업계획으로 신축 취득한 것으로 보아 그 취득가액(157,890,782,979원)을 과세표준으로 구 지방세법(2003.12.31. 법률 7052호로 개정되기 이전의 것, 이하 같다) 제112조제1항 및 제131조제1항의 세율을 적용하여 산출한 취득세 3,157,815,650원, 등록세 3,394,469,260원, 지방교육세 622,319,350원, 합계 7,174,604,260원을 2003.10.8. 부과 고지하였다.

2. 청구의 취지 및 이유 청구인은 지방세법 제289조제1항 및 같은법시행령 제225조제2호에서 ㅇㅇ공사법에 의하여 설립된 청구인이 국가 또는 지방자치단체의 계획에 따라 제3자에게 공급할 목적으로 구 ㅇㅇ공사법(2002.2.4. 법률 제6655호로 개정된 것, 이하 같다) 제3조제1호·제3호·제5호·제6호 및 제8호의 규정에 의한 사업에 사용하기 위하여 일시 취득하는 부동산에 대하여는 취득세와 등록세를 면제한다고 규정하고 있는 바, 쟁점 아파트는 주택건설촉진법 제4조 규정에 의한 건설교통부의 주택건설종합계획과 정부투자기관관리법 제5조 및 ㅇㅇ공사법 제3조제1호 규정에 의한 업무(주택의 건설·공급 및 관리업무)에 사용하기 위하여 취득한 부동산으로서 국가계획에 따라 제3자에게 공급할 목적으로 일시 취득한 부동산에 해당되어 취득세 등의 면제대상이라 할 것인데도 처분청은 막연히 쟁점 아파트가 국가계획이 아닌 청구인 자체사업계획으로 취득하였다고 보아 면제한 취득세 등을 추징한 것은 부당하다고 주장하고 있다.

3. 우리부의 판단 이 사건 심사청구의 다툼은 ㅇㅇ공사가 토지를 취득하여 건축한 아파트가 국가계획에 따라 제3자에게 공급할 목적으로 일시 취득한 부동산에 해당하는 지 여부에 있다 하겠다. 먼저 관계법령의 규정을 보면, 구 지방세법 제269조제1항에서 ㅇㅇ공사법에 의하여 설립된 ㅇㅇ공사(이하 이 조에서 “ㅇㅇ공사”라 한다)가 임대를 목적으로 취득하여 소유하는 대통령령이 정하는 소규모주택(이하 이 조에서 “소규모주택”이라 한다)용 부동산에 대하여는 취득세와 등록세를 면제한다고 규정하고 있고, 제2항에서 ㅇㅇ공사가 분양을 목적으로 취득하는 소규모주택용 부동산에 대하여는 취득세와 등록세를 면제한다고 규정하고 있으며, 제3항에서 제1항 및 제2항의 경우 토지를 취득한 후 대통령령이 정하는 기간 내에 소규모주택의 건축을 착공하지 아니하거나 소규모주택이 아닌 용도에 사용하는 경우 그 해당 부분에 대하여는 감면된 취득세와 등록세를 추징한다고 규정하고 있고, 같은법시행규칙 제223조제1항에서 법 제269조제1항에서 “대통령령으로 정하는 소규모 주택용 부동산”이라 함은 1구당 건축면적(전용면적을 말한다)이 60제곱미터이하의 공동주택(당해 공동주택의 입주자가 공동으로 사용하는 부대시설 및 공공용에 사용하는 토지와 영구임대주택단지안의 복리시설중 임대수익금 전액을 임대주택관리비로 충당하는 시설을 포함한다) 및 그 부속토지(관계법령의 규정에 의하여 국가 또는 지방자치단체에 무상으로 귀속될 공공시설용지를 포함한다)를 말한다고 규정하고 있으며, 제2항에서 법 제269조제3항에서 “대통령령으로 정하는 기간”이라 함은 소규모의 주택용 토지를 취득한 날(토지를 일시에 취득하지 아니하는 경우에는 최종취득일을 말하며, 최종 취득일 이전에 사업계획승인을 얻은 경우에는 그 사업계획승인일을 말한다)부터 4년을 말한다고 규정하고 있고, 같은 법 제289조제1항에서 ㅇㅇ공사법에 의하여 설립된 ㅇㅇ공사가 국가 또는 지방자치단체의 계획에 따라 제3자에게 공급할 목적으로 대통령령이 정하는 사업에 사용하기 위하여 일시 취득하는 부동산에 대하여는 취득세와 등록세를 면제한다고 규정하고 있으며, 같은법시행규칙 제225조 본문 및 제2호에서 법 제289조제1항에서 “대통령령이 정하는 사업”이라 함은 구 ㅇㅇ공사법 제3조제1항제1호 제3호 제5호 제6호 및 제8호의 규정에 의한 사업을 말한다고 규정하고 있고, 구 ㅇㅇ공사법제3조제1항 본문 및 제1호 제3호 제5호 제6호·제8호에서 공사는 제1조의 목적을 달성하기 위하여 주택의 건설 개량(설계 및 감리를 포함한다. 이하 제2호 및 제3호에서 같다) 공급 임대 및 관리, 집단적으로 주택을 건설 개량 공급 또는 관리하는 경우에 있어서 필요한 복리시설의 건설 공급 및 관리, 도시의 조성 정비(설계 및 감리를 포함한다) 또는 이에 필요한 대지의 조성등 도시계획사업의 시행, 주택건설자재의 생산 및 공급, 국가·지방자치단체로부터 위탁받은 제3호 내지 제7호의 업무를 행한다고 규정하고 있으며, 구 주택건설촉진법(2000.12.30. 법률 제6852호로 개정된 것, 이하 같다) 제9조제1항 본문 및 제1호 내지 제4호에서 공사가 주택건설촉진법에 의한 주택건설사업(부대사업을 포함한다) 및 대지조성사업, 택지개발촉진법에 의한 택지개발사업, 국토의계획및이용에관한법률에 의한 도시계획사업, 도시재개발법에 의한 재개발사업을 그 업무로 행하는 경우에 토지수용법 제3조제5호, 동법 제9조제1항 및 동법 제35조제1항제1호와 부동산등기법 제35조 및 동법 제36조를 적용함에 있어서는 공사를 국가 또는 지방자치단체로, 공사사장을 주무부장관으로 본다고 규정하고 있고, 정부투자기관관리기본법 제5조에서 투자기관의 사장은 다음 연도의 경영목표를 설정하여 10월 31일까지 기획예산처장관 및 주무부장관에게 제출하여야 한다고 규정하고 있다. 한편, 구 지방세법 제30조의4제1항에서 지방세는 부과할 수 있는 날부터 5년간(납세자가 사기 기타 부정한 행위로서 지방세를 포탈하거나 환부 또는 경감받은 경우에는 10년간) 부과하지 아니하는 경우에는 이를 부과할 수 없다고 하면서 이 경우 지방세를 부과할 수 있는 날은 대통령령으로 정한다고 규정하고 있고, 같은법시행령 제14조의2제1항 본문에서 법 제30조의4제1항 단서의 규정에 의한 지방세를 부과할 수 있는 날은 다음 각호의 1에 해당하는 날을 말한다고 규정하고 있으며, 그 제1호에서 법령에서 신고납부하도록 규정된 지방세에 있어서는 당해 지방세에 대한 신고납부기한의 다음날, 제2호에서 제1호의 규정에 의한 지방세외의 지방세에 있어서는 당해 지방세의 납세의무 성립일이라고 규정하고 있고, 같은 조 제2항 본문 및 제3호에서 비과세 또는 감면받은 세액 등에 대한 추징사유가 발생하여 추징하는 경우에는 제1항의 규정에 불구하고 그 신고납부기한의 다음날을 지방세를 부과할 수 있는 날로 한다고 규정하고 있다. 다음으로 청구인의 경우를 보면, 청구인은 주택건설·공급 및 관리와 불량주택 개량을 목적으로 정부에서 자본금 전액을 출자하여 설립한 정부투자기관으로서 1993.11.26. 당시 총무처장관 최종잔금 지급일을 1997.9.30.로 하여 이 사건 토지에 대한 연부계약을 체결하였고, 1996.08.31.에 정부투자관리기본법 제5조의 규정에 의하여 총 60,000호의 공동주택(공공임대 15,000호, 공공분양 30,000호, 근로자주택 15,000호)을 건설하는 내용의 1997년도 경영목표(안)을 건설교통부장관에게 제출하였으며, 1996.10.26. 재정경제원장관으로부터 같은 내용의 ’97년도 경영목표를 확정 통보받았고, 1996.11.6. 건설교통부장관으로부터 ’97년도 주택건설계획서를 작성하여 제출하라는 요구를 받아 1996.12.14. 총 주택건설사업량 60,000호에 서울 ㅇㅇ지구(공공임대 1,000호, 공공분양 1,000호) 사업량을 포함한 ’97년도 주택건설계획서를 제출하였으며, 1997.3.6. 건설교통부장관은 청구인의 ’97년도 주택건설계획을 포함하여 작성한 정부의 ’97주택건설종합계획을 확정·통보하였고, 1997.11.20. 청구인은 이 사건 토지를 취득한 다음 1997.12.04. 소유권이전등기를 하였으며, 1997.12.24. 청구인은 ㅇㅇ시장으로부터 ㅇㅇ지구에 대한 주택건설사업계획(공공임대 800호, 공공분양 1,224호)을 승인받았고, 1998.06.29. 착공신고를 한 다음 2001.11.15. 이 사건 건축물에 대한 사용승인을 받아 취득한 사실은 제출된 관계 증빙자료에 의하여 알 수 있다. 이에 대하여 청구인은 쟁점 아파트는 국가계획에 따라 제3자에게 공급할 목적으로 일시 취득한 부동산에 해당되므로 면제한 취득세 등을 추징하는 것은 부당하다고 주장하고 있다. 이에 관하여 보면, 구 지방세법 제289조제1항에서 ㅇㅇ공사법에 의하여 설립된 ㅇㅇ공사가 국가 또는 지방자치단체의 계획에 따라 제3자에게 공급할 목적으로 대통령령이 정하는 사업에 사용하기 위하여 일시 취득하는 부동산에 대하여는 취득세와 등록세를 면제하도록 규정하고 있는 바, 동 규정의 제목이 “공공사업용 토지 등에 대한 감면”으로 정하여진 것과 ㅇㅇ공사가 국가 등의 계획에 따라 일시 취득하는 부동산에 대하여 취득세 등을 면제하는 취지는 사실상 국가 등이 공공사업으로 시행하여야 할 사항을 ㅇㅇ공사 등으로 하여금 대행하도록 한 경우 당해 사업용 부동산에 대하여 취득세 등을 면제함으로써 당해 공공사업을 지원하고자 하는 데 그 입법목적이 있다고 보는 것이 타당하다 할 것으로서, 청구인의 경우 정부투자기관관리기본법 제5조 규정에 의하여 경영목표로서 매년 공급할 주택물량 등을 건설교통부장관 등에게 제출하고 있으나, 건설교통부장관은 이러한 주택공사 등의 건설물량 뿐만 아니라 민간 주택공급자의 물량도 감안하여 정부에서 추진하여야 할 중장기 주택정책방향으로서의 주택건설종합계획을 수립하고 있으므로, 이러한 주택건설종합계획을 특정 사업분야에 대한 특별하고 구체적인 계획으로 보기는 어려울 뿐만 아니라, 동 계획상 주택공급량에 민간 주택공급자의 물량도 포함된 이상 청구인이 경영목표로서 설정한 주택공급 계획상 물량이 주택건설종합계획에 반영되어 있다 하더라도 당해 경영목표로서 설정한 주택공급사업에 따라 취득하는 부동산이 국가 등의 계획에 의하여 일시 취득하는 부동산이라고 인정하기도 어렵다 하겠고, 청구인의 주장을 인정한다면 사실상 ㅇㅇ공사의 모든 사업용 부동산이 과세면제대상에 해당하는 결과를 초래하여 특별히 국가 등의 계획에 따라 일시 취득하는 부동산에 한정하여 면제하고자 한 취지에 비추어 그 면제대상이 지나치게 확대되어 입법목적에 어긋나는 결과를 초래하게 된다고 보아야 할 것이며, 일반 주택공급사업자와의 과세형평에도 어긋난다 하겠으므로, “국가 또는 지방자치단체의 계획”의 범위에는 건설교통부장관 또는 지방자치단체장이 지정 고시한 택지개발사업계획, 주거환경개선사업계획 등 구체적인 사업지역이나 시행방법 등을 정한 사업계획만 포함되는 것으로 보는 것이 타당하다 하겠으므로 쟁점 아파트가 국가 등의 계획에 따라 제3자에게 공급할 목적으로 일시 취득한 부동산에 해당된다는 청구인의 주장은 받아들일 수 없다 하겠다. 다만, 이 사건 아파트의 토지 부분에 대한 취득세 등은 부과제척기간을 계산함에 있어 처분청은 전체 토지를 구 지방세법 제269조에 의한 “소규모주택(전용면적 60㎡이하)용” 토지로 보아 동 규정에서 유예기간을 4년으로 규정하고 있으므로 4년이 경과된 시점을 추징할 수 있는 날로 보고 이 사건 건축물의 사용승인일인 2001.11.15.부터 5년간 제척기간을 계산하여야 한다고 보았으나 이 사건 토지의 경우 주택건설사업계획승인(소규모주택 일부가 포함된 계획)을 받아 착공한 날인 1998.6.29. 현재 전체 토지 중 일부는 소규모주택용 토지로, 일부는 소규모주택이 아닌 주택의 건설용 토지로 명확하게 구분되어 있으므로 이 사건 추징대상이 된 쟁점 아파트의 부속토지에 대한 부과제척기간의 기산일은 이 사건 토지에 대한 주택건설사업계획승인을 받아 착공한 날인 1998.6.29.부터 30일이 경과한 1998.7.29.부터 기산함이 마땅하다 할 것임에도 처분청은 이 사건 토지 취득일부터 4년이나 경과한 이 사건 건축물의 사용승인일인 2001.11.15.부터 기산하여야 한다는 이유로 부과제척기간(5년)이 경과한 2003.10.8.에 취득세와 등록세 등을 부과한 처분은 잘못이라 할 것이다. 따라서 청구인의 주장은 이유가 없다고 하겠으나 처분청은 부과제척기간 기산일 적용에 있어서 일부 잘못이 있다 하겠으므로 지방세법 제77조제1항의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.

2004. 4. 26. 행 정 자 치 부 장 관