도시내에서 법인설립후 5년 이내인 같은 해 취득한 부동산이 등록세 중과세 대상에 해당되는 지 여부(경정)

[주 문] 처분청이 2003.11.13. 청구인에게 부과 고지한 등록세 7,200,000원, 지방교육세 1,320,000원, 합계 8,520,000원(가산세 포함)을 등록세 6,000,000원, 지방교육세 1,200,000원, 합계 7,200,000원으로 경정한다.

[이 유]

1. 원처분의 요지 처분청은 청구인이 2002.8.12. 건설업을 목적으로 설립된 법인으로서 2002.11.21. ㅇㅇ도 ㅇㅇ시 ㅇ동 ㅇㅇㅇ-ㅇㅇㅇ번지 ㅇㅇ아파트 ㅇㅇㅇ호(대지권 48.553㎡, 건축물 79.87㎡, 이하 “이 사건 부동산”이라 한다)를 취득하고 2002.11.22.소유권이전등기를 하면서 일반세율로 등록세 등을 신고납부한 데 대하여 이 사건 부동산등기를 대도시내 법인설립 이후 5년 이내에 취득하는 부동산등기로 보아 그 취득가액(100,000,000원)을 과세표준으로 지방세법 제138조제1항의 세율을 적용하여 산출한 세액에서 이미 신고납부한 세액을 차감한 등록세 7,200,000원, 지방교육세 1,320,000원, 합계 8,520,000원(가산세 포함)을 2003.11.13. 부과 고지하였다.

2. 청구의 취지 및 이유 청구인은 청구인의 대표이사가 개인사업자로 수년간 건설업을 운영하다가 설립한 법인으로서 물품재고와 공구를 보관할 장소가 여의치 않아 물품창고 및 기숙사로 사용하기 위하여 이 사건 부동산을 취득·등기한 후 일반세율로 등록세 등을 신고납부하고 물품보관창고로 사용하고 있음에도 이 사건 부동산등기를 대도시내에서 법인설립 이후 5년 이내에 취득한 부동산등기로 등록세 등을 중과세 하는 것은 부당하다고 주장하고 있다.

3. 우리부의 판단 이 사건 심사청구의 다툼은 대도시내에서 2002.8.12. 법인설립후 5년 이내인 같은 해 11.21. 취득한 부동산이 등록세 중과세 대상인 법인설립 이후5년 이내에 취득하는 일체의 부동산등기에 해당되는 지 여부에 있다 하겠다. 먼저 관계법령을 보면, 지방세법 제138조제1항에서 다음 각호의 1에 해당하는 등기를 하는 때에는 그 세율을 제131조 및 제137조에 규정한 당해 세율의 100분의 300으로 한다고 규정한 다음 그 제3호에서 대도시내에서의 법인의 설립과 지점 또는 분사무소의 설치 및 대도시내로의 법인의 본점 주사무소 지점 또는 분사무소의 전입에 따른 부동산등기와 그 설립 설치 전입 이후의 부동산등기를 규정하고 있고, 지방세법시행령 제102조제2항에서 법 제138조제1항제3호에서 "법인의 설립과 지점 또는 분사무소의 설치 및 대도시내로의 법인의 본점 주사무소 지점 또는 분사무소의 전입에 따른 부동산등기"라 함은 당해 법인 또는 지점등이 그 설립 설치 전입 이전에 취득하는 일체의 부동산등기를 말하며, "그 설립 설치 전입이후의 부동산등기"라 함은 법인 또는 지점등이 설립 설치 전입이후 5년이내에 취득하는 업무용 비업무용 또는 사업용 비사업용을 불문한 일체의 부동산등기를 말한다고 규정하고 있다. 다음으로 청구인의 경우를 보면, 처분청은 청구인이 2002.8.12. 건설업을 목적으로 설립된 법인으로서 2002.11.21. 이 사건 부동산을 취득한 후 2002.11.22.소유권이전등기를 하면서 일반세율로 등록세 등을 신고납부한 데 대하여 이 사건 부동산등기를 대도시내 법인설립 이후 5년 이내에 취득한 부동산등기로 보아 산출한 세액에서 이미 신고납부한 세액을 차감한 등록세 등을 부과한 사실은 제출된 관계 증빙자료에 의하여 알 수 있다. 이에 대하여 청구인은 이 사건 부동산을 등기한 후 일반세율로 등록세 등을 신고납부하고 물품보관창고로 사용하고 있음에도 이 사건 부동산등기를 대도시내에서 법인설립 이후 5년 이내에 취득한 부동산등기로 등록세 등을 중과하는 것은 부당하다고 주장하고 있다. 이에 대하여 보면, 지방세법 제138조제1항제3호에서 대도시내에서의 법인의 설립과 지점 또는 분사무소의 설치 및 대도시내로의 법인의 본점·주사무소·지점 또는 분사무소에의 전입에 따른 부동산등기와 그 설립·설치·전입 이후의 부동산등기 를 규정하고 있고, 같은법시행령 제102조제2항에서 그 설립·설치·전입 이후의 부동산등기 라 함은 법인 또는 지점등이 설립·설치·전입 이후 5년 이내에 취득하는 업무용·비업무용 또는 사업용·비사업용을 불문한 일체의 부동산등기를 말한다고 규정하고 있는 바, 청구인은 2002.8.12. 대도시내에서 설립된 후 5년 이내인 2002.11.21. 이 사건 부동산을 취득하고 2002.11.22. 소유권 이전등기를 마친 경우로서 등록세 중과세 대상이라 할 것이므로 청구인의 주장을 받아들일 수 없다 할 것이다. 다만, 청구인은 2002.11.22. 등록세 등을 신고납부 하면서 그 때 법인등기부등본 등 증빙자료를 함께 제출하였음에도 세무공무원이 세율을 착오로 일반세율을 적용하여 납부서를 발급하므로 인해서 과소 신고납부하게 되었으므로 그 책임을 납세의무자에게 전가시키는 것은 불합리하다 하겠으므로 이 사건 부과처분 중 가산세 부분은 취소하는 것이 타당하다 할 것이다. 따라서 청구인의 주장은 일부 이유가 있다고 인정되므로 지방세법 제77조제1항의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.

2004. 1. 29. 행 정 자 치 부 장 관