종교단체가 취득하여 비과세 받은 부동산을 종교용에 직접 사용하지 아니한 것으로 보아 취득세 등을 추징한 처분의 당부(경정)

[주 문] 처분청이 2003.6.10. 청구인에게 부과 고지한 취득세 33,515,360원, 농어촌특별세 3,072,220원, 등록세 40,128,250원, 지방교육세 7,356,830원, 합계 84,072,660원(가산세 포함)을 취득세 4,270,770원, 농어촌특별세 427,070원, 등록세 6,406,160원, 지방교육세 1,281,230원, 합계 12,385,230원(가산세 포함)으로 경정한다.

[이 유]

1. 원처분의 요지 처분청은 청구인이 종교단체로서 1998.8.31. ㅇㅇ시 ㅇㅇ구 ㅇㅇ동 ㅇㅇ번지 토지 274.4㎡(이하 제1부동산 이라 한다), 1999.4.19. 같은 동 ㅇㅇ번지 외 3필지 토지 334.9㎡와 건축물 685.62㎡(이하 제2부동산 이라 한다), 1999.7.2. 같은 구 ㅇㅇ동 ㅇㅇ번지 토지 242.6㎡와 건축물 843.54㎡(이하 제3부동산 이라 한다), 2000.6.20. 같은 구 ㅇㅇ동 ㅇㅇ번지 및 ㅇㅇ번지 지상의 가설건축물 131.21㎡(이하 제4부동산 이라 한다)를 취득한 데 대하여 종교용으로 보아 취득세 등을 비과세 하였으나, 2003.4.12. 세무공무원이 현지 조사한 결과 이 사건 제1·4부동산과 제2부동산 중 토지 195.04㎡와 건축물 399.30㎡, 그리고 제3부동산 중 토지 127.67㎡와 건축물 443.94㎡를 임대 또는 불교용품판매장으로 사용하고 있으므로 종교용에 직접 사용하지 아니한 것으로 보아 이 부분을 추징대상으로 보아 비과세한 취득세 33,515,360원, 농어촌특별세 3,072,220원, 등록세 40,128,250원, 지방교육세 7,356,830원, 합계 84,072,660원(가산세 포함)을 2003.6.10. 부과 고지하였다.

2. 청구의 취지 및 이유 청구인은 지방세법과 법인세법 및 부가가치세법에서 주무관청에 등록된 종교단체가 그 고유의 사업목적을 위하여 일시적으로 공급하거나 실비 또는 무상으로 공급하는 재화 및 용역과 지정문화재를 소유하는 종교단체의 경내지 및 경내지의 건물과 공작물의 임대는 수익사업에서 제외하도록 규정하고 있으므로 이 사건 제1부동산 내지 제4부동산은 수익사업용 부동산으로 볼 수 없다 하겠으며, 또한 지방세법 제107조 및 제127조제1항에서 직접 사용 의 범위에 대하여 아무런 규정을 두고 있지 아니하므로 종교단체인 청구인의 산하단체가 사용하는 이 사건 제1부동산 내지 제4부동산은 종교용에 직접 사용하는 경우에 해당한다고 주장하고 있다.

3. 우리부의 판단 이 사건 심사청구의 다툼은 종교단체가 취득하여 비과세 받은 부동산을 종교용에 직접 사용하지 아니한 것으로 보아 취득세 등을 추징한 처분이 적법한 지 여부에 있다 하겠다. 먼저 관계법령을 보면, 지방세법 제107 및 127조에서 다음 각호의 1에 해당하는 것(제112조제2항의 규정에 의한 과세대상을 제외한다)에 대하여는 취득세(등록세)를 부과하지 아니하되 대통령령이 정하는 수익사업에 사용하는 경우와 취득일부터 1년(제1호의 경우에는 3년) 이내에 정당한 사유 없이 그 용도에 직접 사용하지 아니하는 경우 또는 그 사용일부터 2년 이상 그 용도에 직접 사용하지 아니하고 매각하거나 다른 용도로 사용하는 경우 그 해당 부분에 대하여 취득세(등록세)를 부과한다고 규정한 다음 그 제1호에서 제사 종교 자선 학술 기예 기타 공익사업을 목적으로 하는 대통령령으로 정하는 비영리사업자가 그 사업에 사용하기 위한 부동산의 취득(등기)을 규정하고 있으며, 지방세법시행령 제79조제1항에서 법 제107조제1호에서 대통령령으로 정하는 비영리사업자 라 함은 다음 각호의 자를 말한다고 규정한 다음 그 제1호에서 종교 및 제사를 목적으로 하는 단체를 규정하고 있고, 지방세법시행령 제78조의2제1항에서 법 제107조 본문 단서에서 대통령령이 정하는 수익사업 이라 함은 법인세법 제3조제2항의 규정에 의한 수익사업을 말한다고 규정하고 있으며, 법인세법 제3조제2항에서 비영리내국법인의 각 사업연도의 소득은 다음 각호의 사업 또는 수입(이하 수익사업 이라 한다)에서 생기는 소득으로 한다고 규정한 다음 그 제1호에서 제조업, 건설업, 도 소매 및 소비자용품수리업, 부동산 임대 및 사업서비스업 등 수익이 발생하는 사업으로서 대통령령이 정하는 것을 규정하고 있고, 법인세법시행령 제2조제1항에서 법인세법 제3조제2항제1호에서 대통령령이 정하는 것 이라 함은 통계청장이 고시하는 한국표준산업분류에 의한 각 사업중 수익이 발생하는 것을 말하되 다음 각호의 사업을 제외한다고 규정하면서 그 제7호에서 주무관청에 등록된 종교단체가 공급하는 용역중 부가가치세법 제12조제1항제16호의 규정에 의하여 부가가치세가 면제되는 용역을 공급하는 사업을 규정하고 있고, 부가가치세법시행령 제37조에서 법 제12조제1항제16호에서 대통령령이 정하는 것 이라 함은 다음 각호의 것을 말한다고 규정한 다음 그 제1호에서 주무관청의 허가 또는 인가를 받거나 주무관청에 등록된 단체로서 상속세및증여세법시행령 제12조 각호의 1에 규정하는 사업 또는 재정경제부령이 정하는 사업을 하는 단체가 그 고유의 사업목적을 위하여 일시적으로 공급하거나 실비 또는 무상으로 공급하는 재화 및 용역과 학술연구단체 등을 규정하고 있으며, 부가가치세법시행규칙 제11조의5제1항에서 영 제37조제1호에서 재정경제부령이 정하는 사업 이라 함은 비영리법인의 사업으로서 종교 자선 학술 구호 사회복지 교육 문화 예술 등 공익을 목적으로 하는 사업을 말한다고 규정하고 있고, 상속세및증여세법시행령 제12조에서 법 제16조제1항에서 공익법인등 이라 함은 다음 각호의 1에 해당하는 사업을 영위하는 자를 말한다고 규정하고 그 제1호에서 종교의 보급 기타 교화에 현저히 기여하는 사업을 규정하고 있다. 다음으로 청구인의 경우를 보면, 처분청은 청구인이 종교단체로서 제1부동산 내지 제4부동산을 취득한 데 대하여 종교용으로 보아 취득세 등을 비과세 하였으나, 2003.4.12. 세무공무원이 현지 조사한 결과 이 사건 제1·4부동산을 불교용품매장과 홍보전시장으로 사용하고 있고, 이 사건 제2부동산 중 토지 195.04㎡와 건축물 399.30㎡(2층 ㅇㅇ대학동문회 및 상운승복, 3층 ㅇㅇㅇ민족공동체추진본부 및 (사)ㅇㅇ연합회, 4층 도서출판 ㅇㅇ 및 ㅇㅇ환경연대)와 이 사건 제3부동산 중 토지 127.67㎡와 건축물 443.94㎡(1층 대한ㅇㅇ청년회 및 ㅇㅇ교육원, 2층 (사)ㅇㅇ협의회, 4층 (사)ㅇㅇ청소년협회 및 ㅇㅇㅇ연합회)를 임대 또는 무상으로 사용하게 하고 있으므로 종교용에 직접 사용하지 아니한 것으로 보아 이 부분을 추징대상으로 보아 비과세한 취득세 등을 부과한 사실은 제출된 관계 증빙자료에 의하여 알 수 있다. 이에 대하여 청구인은 이 사건 제1부동산 내지 제4부동산은 수익사업용 부동산으로 볼 수 없을 뿐만 아니라 지방세법 제107조 및 제127조제1항에서 직접 사용 의 범위에 대하여 아무런 규정을 두고 있지 아니하므로 종교단체인 청구인의 산하단체가 사용하는 부분은 종교용에 직접 사용하는 경우에 해당한다고 주장하고 있다. 이에 대하여 보면, 경내지인 이 사건 제1·4부동산은 종교의식에 사용되는 초·향·쌀·ㅇㅇ서적 등을 실비로 판매하는 등 ㅇㅇ용품 매장과 선교활동의 일종인 외국인 홍보전시장으로 사용하고 있으므로 종교용에 직접 사용하고 있다 하겠고, 이 사건 제2·3부동산 중 종단의 산하단체인 ㅇㅇ동문회(월세 20만원), ㅇㅇ공동체추진본부, (사)ㅇㅇ연합회(임대보증금 9천만원, 월세 10만원), ㅇㅇ환경연대(임대보증금 2백만원, 월세 20만원), ㅇㅇ연합회, (사)ㅇㅇ협의회(임대보증금 25백만원, 월세 40만원), (사)ㅇㅇ청소년협회(임대보증금 30백만원, 월세 40만원)가 사용하고 있는 부분은 ㅇㅇㅇ단의 산하단체가 소액의 실비수준의 임대료를 납부하고 종교용으로 사용하고 있다 하겠으므로 수익사업에 사용하는 것으로 볼 수 없다 하겠으나, 이 사건 제2·3부동산 중 도서출판 ㅇㅇ(임대보증금 40백만원, 월세 20만원) 및 상운승복(임대보증금 5천만원)이 사용하고 있는 부분은 제3자에게 임대하여 수익사업에 사용하는 부동산임이 분명하므로 청구인이 직접 종교용에 사용하고 있다고 볼 수는 없다 할 것이다. 따라서 청구인의 주장은 일부 이유가 있다고 인정되므로 지방세법 제77조제1항의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.

2004. 1. 29. 행 정 자 치 부 장 관