등록세를 과소신고납부함에 따라 그 과소납부분을 추징하면서 가산세를 포함한 세액으로 부과고지한 처분이 적법한 지 여부(취소)

[주 문] 처분청이 2003.8.10. 청구인에게 부과 고지한 등록세 13,510,400원, 지방교육세 2,476,900원, 합계 15,987,300원(가산세 포함)을 취소한다.

[이 유]

1. 원처분의 요지 처분청은 청구인이 2002.12.30. 이사장 소유의 ○○도 ○○시 ○○구 ○○동 ○○번지 토지 463.8㎡와 그 지상건축물 1,434.24㎡(이하 “이 사건 부동산”이라 한다)을 출연받아 소유권 이전등기를 하면서 이 사건 부동산의 법인장부상 가액(1,608,382,000원)에 지방세법 제131조제1항제2호의 세율을 적용하여 등록세를 신고납부하자 이를 수납하여 징수결정하였으나,그 후 세무조사 결과 청구인은 비영리사업자에 해당하지 아니하므로 무상 취득의 경우 1,000분의 15의 등록세율을 적용하여야 하는데도 1,000분의 8을 세율을 적용하여 등록세를 신고납부한 사실을 확인하고 이 사건 부동산의 취득가액에 1,000분의 15의 세율을 적용하여 산출한 세액에서 이미 납부한 세액을 차감한 등록세 13,510,400원, 지방교육세 2,476,900원, 합계 15,987,300원(가산세 포함)을 2003.8.10. 부과고지하였다.

2. 청구의 취지 및 이유 청구인이 이 사건 부동산을 취득한 후 등기를 하기 위하여 등록세를 신고납부하는 과정에서 처분청 담당공무원이 그 과세표준과 세율 및 납부세액을 납세안내하였고 이에 따라 등록세를 신고납부한 것으로서,이와 같이 처분청 담당공무원이 납세안내를 한 것은 과세권자가 납세자에게 신뢰의 대상이 되는 공적인 의사표명을 한 것으로 보아야 하며, 이러한 과세권자의 공적인 견해를 신뢰하여 등록세를 신고납부하였는데 그 후 등록세가 과소납부되었다 하여 과소납부한 등록세를 부과하면서 가산세를 포함한 세액으로 부과고지한 처분은 부당하다고 주장하고 있다.

3. 우리부의 판단 이 사건 심사청구의 다툼은 등록세를 과소신고납부함에 따라 그 과소납부분을 추징하면서 가산세를 포함한 세액으로 부과고지한 처분이 적법한 지 여부에 관한 것이라 하겠다. 먼저 관계법령을 보면, 지방세법 제131조제1항제2호에서 제1호 이외의 무상으로 인한 소유권의 취득의 경우 부동산가액의 1,000분의 15. 다만 제127조제1항 제1호의 규정에 의한 비영리사업자가 소유권을 취득한 때에는 그 가액의 1,000분의 8의 세율을 적용하도록 규정하고 있고, 같은 법 제151조에서 등록세 납세의무자가 제150조의2의 규정에 의한 신고납부를 하지 아니하거나 신고납부한 세액이 제130조의 규정에 의한 과세표준에 제131조 내지 제146조의 규정에 의한 세율을 적용하여 산출한 세액에 미달하는 때에는 제130조의 규정에 의한 과세표준에 제131조 내지 제146조의 규정에 의한 세율을 적용하여 산출한 세액 또는 그 부족세액에 100분의 20을 가산한 금액을 세액으로 하여 보통징수방법에 의하여 징수한다고 규정하고 있다. 다음으로 청구인의 경우를 보면, 청구인은 2002.12.30.에 이 사건 부동산에 대한 출연계약을 체결하고, 2003.1.3. 취득신고를 하면서 취득세는 면제받고, 등록세는 그 취득가액을1,608,382,000원으로 신고하고, 1,000분의 8의 세율을 적용하여 산출한 등록세 납부서를 발부받아 신고납부를 하고서 같은 날 소유권 이전등기를 하였으나, 처분청은 청구인이 비영리사업자에 해당되지 않는데도 비영리사업자가 부동산을 무상취득하는 경우의 등록세율을 적용하여 등록세를 신고납부한 것은 잘못이라고 보아 그 차액에 해당하는 등록세를 추징하면서 가산세를 포함한 세액으로 부과고지한 사실을 제출된 관계 증빙자료에서 알 수 있다. 이에 대하여 청구인은 처분청 담당공무원의 납세안내에 따라 이를 신뢰하고 등록세를 신고납부하였는 데 그 후 등록세가 과소 신고납부하였다 하여 등록세를 추징하면서 가산세를 부과고지한 처분은 부당하다고 주장하고 있다. 이에 관하여 보면, 청구인은 지방세법시행령 제73조 각호의 1에서 규정하고 있는 비영리사업자에 해당되지 아니하는 사실이 법령상 명백하므로 무상승계취득하는 부동산에 대하여 1,000분의 8의 등록세율을 적용하여 신고납부한 것은 잘못이라 하겠으나, 청구인은 이 사건 부동산을 무상으로 출연받은 것으로서, 구 지방세법(2000. 2. 3. 법률 제6260호로 개정되기 전의 것) 제111조 제1항이나 제130조 제1항에서 취득세나 등록세의 과세표준으로 규정한 취득 당시 또는 등기·등록 당시의 가액은 원칙적으로 부동산 등 과세물건을 취득함에 소요된 사실상의 취득가액을 의미하고, 그 각 제2항은 취득자 또는 등기·등록자가 제1항의 과세표준인 취득 당시의 가액을 신고하여야 하는데 그 신고 등이 없거나 신고가액이 시가표준액에 미달하는 경우에는 그 시가표준액을 과세표준으로 한다는 의미로 해석되고, 사실상의 취득가액이 없는 무상취득의 경우에는 시가표준액에 의하여 그 과세표준을 산정하여야 하며 법인장부에 기재된 과세물건의 가격을 사실상의 취득가액이라 하여 과세표준으로 삼을 수는 없다는 대법원판례(2002두240. 2003.9.26)에 비추어 볼 때, 청구인의 경우에도 사실상의 취득가액이 없는 경우에 해당되므로 시가표준액을 과세표준으로 하여야 하는 것으로서, 이 사건 부동산의 등기 당시 시가표준액은 566,819,832원이고 이러한 정당한 과세표준에 정당한 등록세율(1,000분의 15)을 적용하여 산출한 세액은 8,502,290원으로서 청구인이 이 사건 부동산의 등기 당시 신고납부한 등록세액이 이러한 정당한 산출세액을 초과하므로, 처분청이 이 사건 부동산에 대하여 등록세가 과소신고납부된 것으로 보아 등록세를 추징한 처분은 잘못이라 하겠다. 따라서 가산세에 대한 청구인의 주장 이유와 관계없이 이 사건 부과처분은 잘못이 있는 것이 인정되므로 지방세법 제77조제1항의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.

2003. 12. 24. 행 정 자 치 부 장 관