비법인 종교단체가 재단법인을 설립하여 부동산을 증여한 경우 비과세한 취득세 등의 추징대상에 해당되는지 여부(취소)

[주 문] 처분청이 2003.8.6. 청구인에게 부과고지한 취득세 133,407,960원, 농어촌특별세 12,229,060원, 등록세 111,443,180원, 지방교육세 20,431,240원, 합계 277,511,440원을 취소한다.

[이 유]

1. 원처분의 요지 처분청은 청구인이 1999.8.16.○○시○○구○○동○○번지 소재 토지 1,398㎡ 및 지상건축물 1,225.89㎡(이하 “종전 부동산”이라 한다) 취득한 후 그 지상건축물을 철거하고, 2002.5.16. 같은 장소에○○○○○○회관 건축물 3,557.80㎡(이하 “이 사건 건축물”이라 한다)을 신축한데 대하여 지방세법 제107조 및 같은 법 제127조의 규정에 의하여 취득세와 등록세를 비과세하였으나, 2002.5.8.과 2002.8.12.에 이 사건 건축물과 그 부속토지를 재단법인 한국○○○에게 증여하였으므로 그 취득가액(5,558,665,489원)을 과세표준으로 지방세법 제112조제1항 및 제131조제1항의 세율을 적용하여 산출한 취득세 133,407,960원, 농어촌특별세 12,229,060원, 등록세 111,443,180원, 지방교육세 20,431,240원, 합계 277,511,440원을 2003.8.6. 부과 고지하였다.

2. 청구의 취지 및 이유 청구인은 왜색종교라는 사유로 법인설립허가를 받지 못하여 비법인단체로 있다가 2000.4.15. 법인설립허가를 받아 2000.4.17. 법인설립등기를 하였고, 이에 따라 단체 소유 부동산을 법인에게 증여할 필요성이 있었지만 이 경우 비과세한 취득세 등을 추징당할 것을 우려하여 새로이 신축한 건축물도 비법인단체 명의로 보존등기를 하였다. 그러나 처분청 담당공무원이 실체에 맞게 등기를 하라고 요구하면서 종교단체가 유지재단명의로 소유권 이전등기를 하는 경우에 비과세한 취득세 등의 추징대상에 해당되지 않는다는 심사결정 사례를 송부함에 따라 이러한 납세안내를 믿고 법인명의로 소유권 이전등기를 하였던 것이며, 청구인과 법인은 신앙의 대상, 회원 등을 같이하는 사실상 하나의 법률주체로서 법인전환 이후에도 그 실체가 변경된 사항이 전혀 없는데도 단순히 법인에게 증여한 사실만으로 처분청이 비과세한 취득세 등을 추징한 처분은 부당하며, 신의칙에도 반하는 것이라고 주장하고 있다.

3. 우리부의 판단 이 사건 심사청구의 다툼은 비법인 종교단체가 재단법인을 설립하여 부동산을 증여한 경우 비과세한 취득세 등의 추징대상에 해당되는지 여부에 관한 것이라 하겠다. 먼저 관계법령을 보면, 먼저 관계법령의 규정을 보면, 지방세법 제107조제1호와 제127조제1항1호 및 같은법시행령 제79조제1항제1호에서 종교 및 제사를 목적으로 하는 비영리사업자가 그 사업에 사용하기 위한 부동산의 취득·등기에 대하여는 취득세와 등록세를 부과하지 아니하되, 다만, 취득일부터 3년 이내에 정당한 사유없이 취득물건의 전부 또는 일부를 그 사업에 사용하지 아니한 경우 또는 그 사용일부터 2년이상 그 용도에 직접 사용하지 아니하고 매각하거나 다른 용도로 사용하는 경우에는 그 해당부분에 대하여 취득세와 등록세를 부과한다고 규정하고 있다. 다음으로 청구인의 경우를 보면, 청구인은 1987.9.24.○○○회라는 명칭으로 종교단체 등록하였다가, 1994.2.2.에○○○회로 명칭변경을 하였고, 1999.8.16. 이 사건 종전 부동산(근린생활시설)을 취득한 후 2000.10.30. 그 지상 건축물의 멸실신고를 하고 2000.11.1. 건축공사착공하여 2002.5.16. 이 사건 건축물에 대하여 사용승인을 받아 취득하였으며,이 사건 건축물을 취득하기 이전인 2000.4.17.에 비법인단체이었던 청구인은 (재)○○○를 설립하여 법인으로 전환하였고, 2002.8.21. (재)○○○에게 신축한 이 사건 건축물 및 부속토지를 증여를 원인으로 소유권 이전등기를 하였음을 제출된 관계증빙자료에 의하여 알 수 있다. 이에 대하여 청구인은 처분청의 납세안내에 따라 법인에게 증여한 것일 뿐만 아니라, 청구인과 법인은 신앙의 대상, 회원 등을 같이하는 사실상 하나의 법률주체로서 법인전환 이후에도 그 실체가 변경된 사항이 전혀 없는데 법인에게 증여하였다 하여 비과세한 취득세 등을 추징한 처분은 부당하면 신의성실의 원칙에도 반하는 것이라고 주장하고 있다. 이에 관하여 보면비법인단체인 청구인이 법인으로 전환하면서 (재)○○○를 설립한 것으로서 법인전환이후에는 청구인은 그 실체가 없는 단체로서 이와 같이 비법인단체인 청구인이 법인으로 전환한 후 종교용으로 사용하기 위하여 취득한 부동산을 권리실체에 맞게 법인에게 증여를 원인으로 하여 소유권 이전등기를 하였으나, 소유권을 이전한 후에도 계속하여 증여전과 동일하게 종교용으로 사용하고 있으며, 그 사용주체도 법률상으로는 변동이 있지만 사실상의 사용주체는 변동이 없다고 보아야 할 것으로서, 이러한 경우까지 종교단체가 종교용으로 취득한 부동산을 유예기간내에 사용하지 아니하고 매각하거나 다른 용도로 사용하는 경우로 보아 추징대상에 해당된다고 보기는 어려운 것으로 보는 것이 타당하다 할 것이다. 따라서 청구인의 주장은 이유가 있다고 인정되므로 지방세법 제77조제1항의 규정에 의거 주문과 같이 결정한다.

2003. 12. 24. 행 정 자 치 부 장 관