교회 담임목사 사택으로 사용하다가 유예기간이 경과하기 전에 일시적으로 임대한 경우 비과세한 취득세 등의 추징대상에 해당하는 지 여부(취소)

[주 문] 청구인이 2003.6.16. 신고납부한 취득세 14,000,000원, 농어촌특별세 1,400,000원, 등록세 21,000,000원, 지방교육세 4,200,000원, 합계 40,600,000원을 취소한다.

[이 유]

1. 원처분의 요지 처분청은 청구인이 2000.12.29. 담임목사 사택으로 사용할 목적으로 ○○시 ○○구 ○○동 ○○번지 토지 345.4㎡와 그 지상 주택 159.25㎡(이하 “이 사건 주택”이라 한다)를 취득한 데 대하여 취득세와 등록세를 비과세하였으나 유예기간 3년이 경과하기 전인 2003.5.15.에 이 사건 주택을 청구외 (주)○○건설산업에 임대하자 비과세한 취득세 등의 추징대상에 해당된다고 보고 취득세 등을 신고납부하도록 납세안내를 하였고, 이러한 납세안내에 따라 청구인이 이 사건 주택의 취득가액(700,000,000원)에 지방세법 제112조제1항 및 제131조제1항제3호의 세율을 적용하여 산출한 취득세 14,000,000원, 농어촌특별세 1,400,000원, 등록세 21,000,000원, 지방교육세 4,200,000원, 합계 40,600,000원을 2003.6.16. 신고납부하자 이를 수납하여 징수결정하였다.

2. 청구의 취지 및 이유 지방세법 제107조 본문 단서에서 비영리사업자의 경우 수익사업에 사용하거나 유예기간 3년이내에 정당한 사유없이 당해 부동산을 그 사업에 사용하지 아니하는 경우에 추징하도록 규정하고 있으며,청구인의 경우 이 사건 부동산을 담임목사 사택으로 2년 이상 사용하다가 일시적으로 임대한 것으로서 유예기간 3년이 경과하지도 아니하였는 데 이러한 경우까지 유예기간 내에 수익사업에 사용한 경우로 보아 비과세한 취득세 등을 추징한 처분은 부당하다고 주장하고 있다.

3. 우리부의 판단 이 사건 심사청구의 다툼은 교회 담임목사 사택으로 사용하다가 유예기간이 경과하기 전에 일시적으로 임대한 경우 비과세한 취득세 등의 추징대상에 해당하는 지 여부에 관한 것이라 하겠다. 먼저 관계법령을 보면, 지방세법 제107조 및 제127조제1항에서 다음 각호의 1에 해당하는 것(제112조제2항의 규정에 의한 과세대상을 제외한다)에 대하여는 취득세를 부과하지 아니한다. 다만, 대통령령이 정하는 수익사업에 사용하는 경우와 취득일(등기·등록일)로부터 1년(제1호의 경우에는 3년) 이내에 정당한 사유없이 그 용도에 직접 사용하지 아니하는 경우 또는 그 사용일로부터 2년 이상 그 용도에 직접 사용하지 아니하고 매각하거나 다른 용도로 사용하는 경우 그 해당 부분에 대하여 취득세(등록세)를 부과한다고 규정한 다음, 그 제1호에서 제사·종교·자선·학술·기예 기타 공익사업을 목적으로 하는 대통령령으로 정하는 비영리 사업자가 그 사업에 사용하기 위한 부동산의 취득이라고 규정하고 있고, 같은 법시행령 제79조제1항에서 법 제107조제1호에서 “대통령령으로 정하는 비영리사업자”라 함은 다음 각호의 자를 말한다고 규정한 다음, 그 제1호에서 종교 및 제사를 목적으로 하는 단체라고 규정하고 있다. 다음으로 청구인의 경우를 보면, 청구인은2000.7.14.청구인의 담임목사 사택으로 사용할 목적으로 이 사건 주택(지하1층, 지상2층)에 대하여 매매계약 체결하여2000.12.29. 매매대금을 완납하고 취득한 후 사택으로 사용하다가 2003.5.13.에 이 사건 주택에 대하여 청구외 (주)○○건설산업과 임대차계약을 체결하여 임대하였으나 2003.6.19.에 임대차계약을 해지하고 임대보증금 반환한 후 2003.6.25. 교회를 신축하기 위하여 건축허가를 받아 2003.6.27. 신축할 건축물의 착공신고를 한 사실을 제출된 관계 증빙자료에서 알 수 있다. 이에 대하여 청구인은 이 사건 주택을 취득한 후 2년 이상 담임목사 사택으로 사용하다가 일시적으로 임대하였지만 즉시 임대차계약을 해지하고 다시 교회를 신축중에 있으며, 유예기간이 경과하지도 아니하였으므로 비과세한 취득세 등을 추징한 처분은 부당하다고 주장하고 있다. 이에 관하여 보면, 청구인이 이 사건 주택을 담임목사 사택으로 사용하기 위하여 취득한 후 임대하기 전까지 이를 취득목적대로 담임목사 사택으로 사용한 사실에 대하여 당사자 사이에 별다른 다툼이 없는 바, 지방세법 제107조 본문에서 규정하고 있는 추징사유인 수익사업에 사용하는 경우와 3년내에 정당한 사유없이 취득물건의 전부 또는 일부를 그 사업에 사용하지 않는 경우라 함은 당해 부동산을 취득하여 고유업무에 사용하지 않고 수익사업에 사용하거나 다른 용도에 사용하는 경우를 말하는 것으로서(같은 취지의 행정자치부 심사결정 제2001-126, 2001.3.27), 청구인의 경우와 같이 교회가 담임목사 사택으로 사용하기 위하여 주택을 취득한 후 당초 취득목적대로 2년 이상 사용함으로서 추징사유에서 제외된 후에 이를 수익사업에 사용하였다 하여 추징대상에 해당된다고 볼 수는 없는 것이라 하겠으므로, 청구인이 이 사건 주택에 대하여 비과세한 취득세 등을 신고납부하자 이를 수납하여 징수결정한 처분은 잘못이라 하겠다. 따라서 청구인의 주장은 이유가 있다고 인정되므로 지방세법 제77조제1항의 규정에 의거 주문과 같이 결정한다.

2003. 12. 24. 행 정 자 치 부 장 관