창업중소기업이 창업일부터 2년 내에 동종의 사업용으로 사용하던 부동산을 취득한 경우 취득세 등을 면제할 수 있는 지 여부(취소)

[주 문] 처분청이 2003.7.26. 청구인에게 부과 고지한 취득세 57,482,300원, 농어촌특별세 5,748,230원, 등록세 86,223,450원, 지방교육세 17,224,690원, 합계 166,698,670원을 취소한다.

[이 유]

1. 원처분의 요지 처분청은 창업중소기업인 청구인이 설립후 2년 이내인 2003.4.21. 취득한 ○○도 ○○시 ○○면 ○○리 ○○번지외 22필지 공장용지 22,643㎡와 그 지상건축물 7,503.41㎡(이하 “이 사건 부동산”이라 한다)를 창업중소기업의 사업용 재산으로 보아 취득세 등을 면제하였으나, 이 사건 부동산은 축산물가공 등의 업종에 사용하던 것으로서 청구인이 영위하는 사업과 동종의 사업에 사용하던 것을 취득하였으므로 취득세 등의 면제대상에 해당되지 아니하는 것으로 보아 그 취득가액(2,874,115,210원)을 과세표준으로 지방세법 제112조제1항 및 제131조제1항의 세율을 적용하여 산출한 취득세 57,482,300원, 농어촌특별세 5,748,230원, 등록세 86,223,450원, 지방교육세 17,224,690원, 합계 166,698,670원을 2003.7.26. 부과 고지하였다.

2. 청구의 취지 및 이유 청구인은 2002.5.23. 양계 축산물 가공업, 사료 제조업 등을 목적사업으로하여 설립된 법인으로서, 창업일부터 2년이 경과하기 전인 2003.4.21. 이 사건 부동산을 취득하였으므로 조세특례제한법의 규정에 의하여 취득세 등의 면제대상에 해당됨에도 처분청이 창업의 시기와 의미를 혼동하여 면제한 취득세 등을 추징한 처분은 위법이므로 취소하여야 한다고 주장하고 있다.

3. 우리부의 판단 이 사건 심사청구의 다툼은 창업중소기업이 창업일부터 2년 내에 동종의 사업용으로 사용하던부동산을 취득한 경우 취득세 등을 면제할 수 있는 지 여부에 있다 하겠다. 먼저 관계법령의 규정을 보면, 조세특례제한법 제119조제3항제1호 및 제120조제3항에서 창업중소기업이 당해 사업을 영위하기 위하여 창업일부터 2년 이내에 취득하는 사업용 재산에 대하여는 취득세와 등록세를 면제하되, 취득·등기일부터 2년 이내에 당해 재산을 정당한 사유없이 당해 사업에 직접 사용하지 아니하는 경우 또는 다른 목적으로 사용하거나 처분(임대를 포함한다)하는 경우에는 면제받은 세액을 추징한다고 규정하고 있고, 중소기업창업지원법시행령 제3조 본문 및 제1호에서 법 제2조제2호의 규정에 의한 사업을 개시한 날은 창업자가 법인인 경우에는 법인설립등기일이라고 규정하고 있다. 다음으로 청구인의 경우를 보면, 청구인은 2002.5.23. 양계 축산물 가공업, 사료 제조업 등을 목적사업으로 하여 설립된 법인으로서, 기존의 사업을 영위하다가 2003.4.21. 청구외 ○○양계축산업협동조합으로부터 이 사건 부동산을 취득하고 취득세 등을 면제받았으나, 처분청은 이 사건 부동산은 축산물가공 등의 업종에 사용하던 것으로서 청구인이 영위하는 사업과 동종의 사업에 사용하던 것을 취득하였으므로 취득세 등의 면제대상에 해당되지 아니하는 것으로 보아 면제한 취득세 등을 추징한 사실은 제출된 관계 증빙자료에서 알 수 있다. 이에 대하여 청구인은 창업일부터 2년 이내에 이 사건 부동산을 취득하였으므로 취득세 등의 면제대상에 해당된다고 주장하고 있다. 조세특례제한법 제119조제3항 및 제120조제3항에서 창업중소기업이 당해 사업을 영위하기 위하여 창업일부터 2년 이내에 취득하는 사업용 재산에 대하여는 취득세와 등록세를 면제한다고 규정하고 있을 뿐 동종의 사업에 사용하던 부동산을 취득하는 경우 감면대상에서 제외한다고 규정하고 있지 아니하고, 여기에서 말하는 “창업일”이라 함은 중소기업창업지원법시행령 제3조 각호의 1에 의거 판단하는 것이라 하겠는 바, 청구인의 경우 2002.5.23. 양계 및 축산물 가공업 등의 사업을 목적으로 설립된 창업중소기업으로서 창업일부터 2년 이내인 2003.4.21. 축산물가공 판매시설(도계공장)로 사용하던 이 사건 부동산을 취득하였으므로 취득세 등의 면제대상에 해당된다 하겠으므로 처분청이 이 사건 취득세 등을 부과한 처분은 잘못이라 하겠다. 따라서 청구인의 주장은 이유가 있다고 인정되므로 지방세법 제77조제1항의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.

2003. 12. 24. 행 정 자 치 부 장 관