자동차종합정비업에 사용되는 부동산을 법인설립 후 5년 이내에 취득한 부동산등기로 보아 등록세 등을 중과세한 처분이 적법한 지 여부(기각)

[주 문] 청구인의 심사청구를 기각한다.

[이 유]

1. 원처분의 요지 처분청은 청구인이1999.3.17. ○○도 ○○구 ○○동 ○○번지에 설립된 법인으로서 2001.6.16. 유통산업에 사용할 목적으로 ○○도 ○○시 ○○구 ○○동 ○○번지 대지 2,004.4㎡를 취득한 후 2002.3.6. 그 지상에 건축물 4,847㎡(이하 “이 사건 건축물”이라 한다)를 신축한 다음 일반세율로 등록세 등을 신고납부하였으나,2003.2.5. 세무조사 결과 토지 1442.47㎡ 및 건축물 3,488.18㎡(이하 “이 사건 과세대상물건”이라 함)를 자동차종합정비업으로 사용하고 있으므로 등록세 중과대상업종에 해당한다고 보아 그 취득가액(1,703,642,640원)에 지방세법 제138조제1항의 세율을 적용하여 산출한 세액에서 이미 신고납부한 세액을 차감한 등록세 84,371,570원, 지방교육세 15,468,110원, 합계 99,839,680원(가산세 포함)을 2003.3.11. 부과 고지하였다.

2. 청구의 취지 및 이유 청구인은 지방세법 제138조제1항 및 같은법시행령 제101조제1항제8호에서 유통산업은 등록세 중과세 대상에서 제외하도록 규정하고 있고, 자동차관리법 제2조제8호 및 자동차관리법시행규칙 제132조에서 오일의 보충·교환 및 세차, 에어크리너엘리먼트 및 훨터류의 교환, 타이어의 점검·정비 등은 자동차종합정비업에서 제외하도록 규정하고 있으므로이 사건 건축물 중 1층 건축물 1,059.61㎡와 그 부속토지는 타이어부품의 장착장 또는 오일의 보충·교환 등 공산품유통업(자동차부품 도·소매업)에 사용하고 있으므로 이 부분은 중과대상에서 제외되어야 한다고주장하고 있다.

3. 우리부의 판단 이 사건 심사청구의 다툼은 자동차종합정비업에 사용되는 부동산을 법인설립 후 5년 이내에 취득한 부동산등기로 보아 등록세 등을 중과세한 처분이 적법한 지 여부에 있다하겠다. 먼저 관계법령을 보면,지방세법 제138조제1항에서 다음 각호의 1에 해당하는 등기를 하는 때에는 그 세율을 제131조 및 제137조에 규정한 당해 세율의 100분의 300으로 하되 수도권정비계획법 제6조제1항제1호의 규정에 의한 과밀억제권역(산업집적활성화및공장설립에관한법률의 적용을 받는 산업단지를 제외한다. 이하 이 조에서 "대도시"라 한다)안에 설치가 불가피하다고 인정되는 업종으로서 대통령령이 정하는 업종과 법인이 사원에게 분양 또는 임대할 목적으로 취득하는 대통령령이 정하는 주거용부동산에 관한 등기 및 외국인투자촉진법에 의한 외국인투자기업이 2003년 12월 31일까지 행하는 공장의 신설 또는 증설에 따른 부동산등기(외국인투자비율에 해당하는 부동산의 등기에 한한다)에 대하여는 그러하지 아니하다고 규정한 다음 그 제3호에서 대도시내에서의 법인의 설립과 지점 또는 분사무소의 설치 및 대도시내로의 법인의 본점 주사무소 지점 또는 분사무소의 전입에 따른 부동산등기와 그 설립 설치 전입 이후의 부동산등기를 규정하고, 같은 조 제3항에서 제1항의 규정에 의한 등록세 중과세의 범위와 적용기준 기타 필요한 사항은 대통령령으로 정한다고 규정하고 있고, 지방세법시행령 제101조제1항에서 법 제138조제1항 단서에서 "대통령령이 정하는 업종"이라 함은 다음 각호에 해당하는 업종을 말한다고 규정하면서 그 제8호에서 유통산업발전법에 의한 유통산업, 농수산물유통및가격안정에관한법률에 의한 농수산물도매시장 농수산물공판장 농수산물종합유통센터 유통자회사 및 축산법에 의한 가축시장을 규정한 다음 이 경우 유통산업발전법 등 관계법령에 의하여 임대가 허용되는 매장 등의 전부 또는 일부를 임대하는 경우에는 임대하는 부분도 당해 업종에 직접 사용하는 것으로 본다고 규정하고 있으며, 유통산업발전법 제2조제1호에서 유통산업이라 함은 농산물 임산물 축산물 수산물(가공 및 조리물을 포함한다) 및 공산품의 도매 소매 및 이를 영위하기 위한 보관 배송 포장과 이와 관련된 정보 용역의 제공 등을 목적으로 하는 산업을 말한다고 규정하고 있다. 다음으로 청구인의 경우를 보면, 처분청은청구인이 대도시내에서 설립된 법인으로서 2001.6.16. 유통산업에 사용할 목적으로 이 사건 토지를 취득하고 2002.3.6. 그 지상에 이 사건 건축물을 신축한 다음 일반세율로 등록세 등을 신고납부 하였으나,2003.2.5. 세무조사 결과이 사건 과세대상물건을 자동차종합정비업으로 사용하고 있으므로 등록세를 중과세한 사실이 확인되고 있다. 한편, 이 사건 건축물 1층 1,059.1㎡에는 ○○도자동차관리사업등록기준등에관한조례 제5조(정비업 등록기준)제1항 별표1의 규정에 의한 시설·장비 중 검사시설인 리프트 14대, 부동액회수재생기 1대, 점검·정비 및 검사용 기계·기구가 설치된 검사장, 시험기 및 측정기인 훨발랜서 탈착기 1대 등이 설치되어 자동차종합정비업과 자동차종합정비업에서 제외되는 타이어부품의 점검·정비, 오일의 보충·교환 및 세차 등의 작업에 병행하여 사용되고 있는 사실은제출된 관계 증빙자료에 의하여 알 수 있다. 이에 대하여 청구인은이 사건 건축물 중 1층 건축물 1,059.61㎡와 그 부속토지는 타이어부품의 장착장 또는 오일의 보충·교환 등 공산품유통업(자동차부품 도·소매업)에 사용하고 있으므로 이 부분은 중과대상에서 제외되어야 한다고주장하고 있다. 그러나, 청구인 경우 이 사건 부동산을 청구인 스스로 중과대상업종인 자동차관리사업(자동차종합정비업)의 사업장으로 등록하였고, 이 사건 건축물 중 쟁점이 되는 1층에 경기도자동차관리사업등록기준등에관한조례 제5조제1항 별표1의 규정에 의한 시설·장비를 설치한 사실로 보아 이 사건 과세대상물건은 등록세 중과세 대상이 된다고 할 것이다. 설사 이 사건 건축물 1층에 설치된 시설·장비의 일부를 중과대상업종인 자동차관리사업(자동차종합정비업)과 중과대상업종이 아닌 자동차 부품 판매업등 유통산업에 사용되고 있다 할 지라도 그 주된 용도는 중과대상업종인 자동차관리사업(자동차종합정비업)에 사용하고 있는 것으로 보는 것이 타당하다 할 것이다. 따라서 청구인의 주장은 이유가 없다고 인정되므로 지방세법 제77조제1항의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.

2003. 11. 24. 행 정 자 치 부 장 관