대도시내 법인설립이후 5년 이내에 부동산을 취득하여 등기를 필하였으나 취득전 소유자로부터 임차한 임차인이 건물명도를 하지 아니한다는 사유 등으로 취득일로부터 1년8개월이 경과하도록 명도 소송 등을 이행하지 아니하고 있는 경우에 등록세가 중과세 되는지의 여부(취소)

[주 문] 이의신청 결정기관인 ○○시장이 2003. 4. 30. 결정한 등록세 74,295,640원, 지방교육세 13,620,860원, 합계 87,916,500원(가산세 포함)을 등록세 71,970,480원, 지방교육세 13,194,580원 합계 85,165,060원(가산세 포함)으로 경정한다.

[이 유]

1. 원처분의 요지 처분청은 청구인이 2000.1.5. ○○시 ○○구 ○○동 ○○번지를 본점소재지로 하여 법인 설립등기를 하고, 2001.11.16. ○○시 ○○구 ○○동 ○○번지의 토지 626.9㎡와 동 지상 건축물 1,998.39㎡(이하 “이 사건 부동산”이라 한다.)를 취득한 후 소유권 이전 등기를 하였으므로 이 사건 부동산에 대한 등기를 대도시내의 법인설립 이후 5년 이내에 취득 등기한 부동산으로 보아 이 사건 부동산의 취득가액(1,087,500,000원)에 지방세법 제138조제1항의 세율을 적용하여 산출한 세액에서 이미 신고 납부한 세액을 차감한 등록세 78,300,000원, 지방교육세 14,355,000원, 합계 92,655,000원(가산세 포함)을 2002.12.14. 부과고지 하였으나, 2003.3.4. 이에 불복하여 이의 신청을 제기함에 따라 2003.4.30. 이의 신청 결정기관인 ○○시장은 이 사건 부동산의 건축물(지하1층, 지상5층)1,998.39㎡중 1층 102.2㎡에서 등록세 중과세 예외업종인 유통업(건축자재 도매업 등)을 운영하고 있으므로 이에 대한 등록세는 일반세율을 적용하여 등록세 74,295,640원, 지방교육세 13,620,860원, 합계 87,916,500원(가산세 포함)으로 경정 결정하였다.

2. 청구의 취지 및 이유 청구인은 2000.1.5. 건축자재 도매업 및 임대사업 등을 목적사업으로 하여 설립된 법인으로서 2001. 11. 16. 이 사건 부동산을 취득 등기한 후 이 사건 부동산의 건축물 1층 325.2㎡중 64㎡(공용면적 포함)는 이 사건 부동산 취득과 동시에 건축자재 도매업에 필요한 보조전시장 및 창고로 사용하던 중 청구외 ○○○(○○시 ○○구 ○○동 ○○번지 ○○아파트 ○○9동 ○○호)의 임차요청에 의하여 2002. 11. 4. 임대차 계약(보증금 20,000,000원 중 계약금 2,000,000원은 계약시에 지불, 중도금 10,000,000원은 2002. 11. 13. 지불, 잔금 8,000,000원은 2002. 11. 18. 지불, 월세 1,200,000원)을 하였으나 임차인의 자금사정 등으로 인하여 영업개시 없이 2002. 11. 20. 계약을 해지하고 청구인의 건축자재보조전시장 및 창고로 사용하고 있을 뿐만 아니라 99.66㎡(공용면적 포함)는 이 사건 부동산의 전소유자로부터 임차한 청구외 ○○○(○○시 ○○구 ○○동 ○○번지)이 건물 명도를 거절함에 따라 2001. 11. 22. 명도소송예정등에 관한 내용증명을 발송하였음에도 이 사건 심사청구일 현재(2003. 8. 4.)까지 무단으로 사용하고 있지만, 임차인은 청구인의 목적사업과 동일한 등록세 중과세대상 예외업종인 유통업(건축자재도매업)을 영위하고 있으므로 이에 대한 등록세 역시 중과세 대상에서 제외되어야 하고 또한 161.54㎡(공용면적 포함)에서는 청구인의 고유목적사업인 건축자재 도매업 등을 영위하고 있음에도 이의신청결정기관인 ○○시장은 102.2㎡만 등록세 중과세 대상에서 제외되는 것으로 결정하였지만 이는 공용면적을 제외하였을 뿐만 아니라 실측의 착오에 의하여 판단한 것이므로 이에 대한 등록세는 중과대상에서 제외되어야 한다고 주장하면서 이 사건 부과 처분의 경정을 구하였다.

3. 우리부의 판단 이 사건 심사청구의 다툼은 대도시내 법인설립이후 5년 이내에 부동산을 취득하여 등기를 필하였으나 취득전 소유자로부터 임차한 임차인이 건물명도를 하지 아니한다는 사유 등으로 취득일로부터 1년8개월이 경과하도록 명도 소송 등을 이행하지 아니하고 있는 경우에 등록세가 중과세 되는지의 여부에 있다고 하겠다. 먼저 관계법령의 규정을 보면, 지방세법 제138조제1항에서 다음 각호의 1에 해당하는 등기를 하는 때에는 그 세율을 제131조에 규정한 세율의 100분의 300으로 한다고 규정하면서 다만, 대통령령이 정하는 업종에 관한 등기에 대하여는 그러하지 아니한다고 규정하고 그 제3호에서 대도시내에서의 법인의 설립과 지점 또는 분사무소의 설치 및 대도시내로의 법인의 본점·주사무소·지점 또는 분사무소의 전입에 따른 부동산 등기와 그 설립·설치·전입 이후의 부동산 등기라고 규정하고 있으며, 같은법시행령 제102조제2항에서는 대도시 내에서의 법인 설립 이후 5년 이내에 취득하는 업무용·비업무용 또는 사업용·비사업용을 불문한 일체의 부동산 등기에 대하여 등록세를 중과세하도록 규정하고 있고, 같은법시행령 제101조제1항에서는 법 제138조제1항 단서규정에서 대통령령이 정하는 업종이라 함은 다음 각호에 해당하는 업종으로 규정하고 그 제8호에서 “유통산업발전법에 의한 유통산업”이라고 명시하고 유통산업발전법 제2조제1호에서 유통산업이라 함은 농·임·축산물 및 공산품의 도·소매·보관 포장 및 이와 관련된 정보 용역의 제공 등을 목적으로 하는 사업을 말한다고 각각 규정하고 있다. 다음으로 청구인의 경우를 보면 청구인은 2000. 1. 5. 건축자재도매업 및 임대사업 등을 목적사업으로 하여 법인을 설립한 후 2001. 11. 16. 이 사건 부동산을 취득하여 소유권 이전 등기를 필하므로써 처분청에서는 이 사건 부동산에 대한 등기를 대도시내 법인설립이후 5년이내에 취득 등기한 부동산으로 보아 지방세법 제138조제1항의 중과세율(일반 세율의 3배)을 적용하여 산출한 세액에서 이미 신고 납부한 세액을 차감한 등록세 등을 2002. 12. 14. 부과고지 하였으나 청구인은 이에 불복하여 이의신청을 제기함에 따라 이의신청 결정기관인 ○○시장은 이 사건 부동산의 건축물 1,998.39㎡중 1층 102.2㎡에서 등록세 중과세 예외업종인 유통업(건축자재 도매업 등)을 운영하고 있으므로 이에 대한 등록세 등은 일반세율을 적용하여 등록세 등 87,916,500원(가산세 포함)으로 경정 결정한 사실은 제출된 관계 증빙자료에서 알 수 있다. 이에 대하여 청구인은 이 사건 부동산의 건축물 1층 325.2㎡중 64㎡(공용면적포함)는 건축자재 도매업에 필요한 보조전시장 및 창고로 사용하던 중 임대하고자 임대차계약을 체결하였으나 임차인의 자금 사정으로 인하여 영업개시 없이 계약을 해지한 후 청구인의 건축자재 보조 전시장 및 창고로 사용하고 있고, 99.66㎡(공용면적 포함)는 이 사건 부동산의 전 소유자로부터 임차한 자가 건물명도를 거절함에 따라 명도 소송예정 등에 관한 내용증명을 발송하였음에도 명도를 거부하고 무단으로 사용하고 있어도 임차인은 등록세 중과대상 예외 업종인 유통업(건축자재 도매업)을 영위하고 있으므로 이에 대한 등록세 등은 중과세 대상에서 제외되어야 한다고 주장하고 있지만, 지방세법 제138조제1항 및 같은법시행령 제102조제2항에서 대도시내에서 법인 설립이후 5년 이내에 업무용·비업무용 또는 사업용·비사업용을 불문한 일체의 부동산 등기에 대하여는 등록세를 중과세 하도록 규정하고 있으므로 청구인의 경우 이 사건 부동산의 건축물 1층 325.2㎡중 64㎡(공용면적 포함)는 청구인이 ○○세무서장에게 신고한 부동산 임대 공급가액 명세서에서 2002. 12. 1.～2002. 12. 31.까지의 임대료수입은 1,352,616원(보증금 20,000,000원에 대한 이자 75,616원, 월세 1,277,000원)으로 2003. 1. 1.～2003. 1. 31. 까지의 임대료 수입은 1,346,041원(보증금 20,000,000원에 대한 이자, 월세 1,277,000원)으로 등재되어 있는 것으로 미루어 보면 청구인은 청구외 ○○○에게 임대한 것으로 판단되므로 동 부동산은 청구인이 건축자재 보조전시장 및 창고로 사용하지 아니하고 임대한날 등록세의 중과세 요건이 발생되기 때문에 임대한 이후 계약이 해제되었다고 하더라도 이미 성립된 납세의무에 대하여는 아무런 영향을 미칠 수 없다고 보아야 하고 또한 이 사건 부동산의 건축물 1층 325.2㎡중 99.66㎡(공용면적 포함)는 청구인이 취득하기 전인 1999. 10. 14. 청구외 ○○○이 사업자등록을 필하고 타일, 위생기구 도·소매업을 영위하고 있었으나 2001. 11. 16. 청구인이 취득한 후 2001. 11. 22. 발송한 건물명도에 따른 내용증명만 발송하고 이로부터 1년 8월이 경과한 이 사건 심사청구일 현재(2003. 8. 4.)까지 건물 명도 소송 등의 아무런 조치를 취하지 아니하고 있는 것으로 미루어보면 이는 청구인이 묵시적으로 임대하고 있는 것으로 판단되므로 비록 임차인이 등록세 중과 제외 업종인 유통업을 경영하고 있다고 하더라도 청구인은 동 부동산을 임대업에 이용되고 있는 것으로 보아야 하기 때문에 이 또한 청구인의 주장을 받아들일 수 없다고 하겠다. 그러나 이의신청결정기관인 ○○시장이 청구인이 직접 사용하고 있는 도소매업 영업장면적 102.2㎡를 등록세 중과대상업종에서 제외하였지만 2003. 9. 2. ○○시 심사업무 담당공무원(지방세무6급 ○○○)과 처분청의 등록세 담당공무원(지방세무8급 ○○○)이 실측하여 산출한 도소매업장 면적이 161.54㎡(전용면적 117.78㎡, 공용면적 43.76㎡)이므로 기 일반세율로 산정한 102.2㎡를 제외한 59.34㎡와 동 부속 토지에 대한 등록세는 중과 대상에서 제외되어야 할 것으로 판단된다. 따라서 청구인의 주장은 일부 이유가 있다고 인정되므로 지방세법 제77조제1항의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.

2003. 9. 29. 행 정 자 치 부 장 관