법인의 비업무용토지에서 제외되는 정당한 사유에 해당되는지 여부와 중과세율(일반세율의 100분의 750)의 적용이 적법한지 여부(취소)

[주 문] 처분청이 2003.5.1. 부과 고지한취득세 1,399,569,600원, 농어촌특별세 128,293,880원, 합계 1,527,863,480원(가산세 포함)을 취득세 861,273,600원, 농어촌특별세 78,950,080원, 합계 940,223,680원(가산세 포함)으로 경정한다.

[이 유]

1. 원처분의 요지 처분청은 청구인이 1995.11.2. 및 1996.6.5. 기업부설연구소를 건축할 목적으로 ○○도 ○○시 ○○읍 ○○리 ○○번지 외 15필지 토지 20,105㎡(이하 “이 사건 토지”라 한다)을 취득한 데 대하여 구 지방세법(2000.12.29. 법률 제6312호로 개정되기 이전의 것, 이하 같다) 제282조 규정에 의하여 취득세 등을 면제하였으나, 이 사건 토지를 유예기간 4년 이내에 기업부설연구소용 토지로 사용하지 아니하였다는 이유로 2000.6.24. 면제된 취득세 등을 일반세율로 신고납부함에 따라 이를 징수 결정한 후 이 사건 토지를 법인의 비업무용토지로 보아 그 취득가액(8,971,600,000원)을 과세표준으로 구 지방세법 제112조제2항의 세율(일반세율의 100분의 750)을 적용하여 산출한 취득세 1,399,569,600원, 농어촌특별세 128,293,880원, 합계 1,527,863,480원(가산세 포함)을 2003.5.1. 추가로 부과 고지하였다.

2. 청구의 취지 및 이유 청구인은 이 사건 부과처분의 취소를 구하면서 그 이유로 첫째, 청구인은 이 사건 토지를 취득하기 이전인 1994.11.29. 전 소유자 청구 외 ○○○ 등의 사용승낙을 받아 1995.4.3.부터 1995.7.3. 사이에 기업부설연구소용으로 보전임지전용허가 등을 받고 1995.8.25. 매매계약을 체결한 상태에서 1995.10.30. 국토이용계획이 변경결정 고시된 다음 이 사건 토지를 1995.11.2. 및 1996.6.5. 취득한 후 1996.1.19. 설계감리용역계약을 체결하고 1996.6.22. 인근 마을 주민과 마을회관 부지매입비 등을 지원하기로 하는민원해소 합의서를 작성하고 1996.6.경 건축허가를 신청하여 도시계획변경결정에 따른 지적고시가 완료되지 않았다는 사유로 반려되었음에도 1996.8.16.보전임지전용허가 등에 따른 부지정지공사계약을 체결하여 공사를 진행하던중 1998.10.24. 지적고시가 완료되어 1998.12.5. 이를 준공하였으나, IMF에 따른 경영악화로 건강보조식품 등의 사업 일체를매각함에 따라 기업부설연구소 건축을 포기하고 2000.12.12.창고시설로 건축허가를 받아 2001.5.26. 임시사용승인을 받아 물류센타로 사용하고 있는 점으로 보아 이 사건 토지에 대한 법인의 비업무용토지에 대한 유예기간이 경과된 정당한 사유가 있으므로 이 사건 토지는 법인의 비업무용토지에서 제외되어야 하고, 둘째, 설사 이 사건 토지가 법인의 비업무용토지에 해당된다 하더라도 취득세 중과세율을 적용함에 있어서는 법인의 비업무용토지가 된 날 시행되는 세율(일반세율의 100분의 500)을 적용하여야 한다고 주장하고 있다.

3. 우리부의 판단 이 사건 심사청구의 다툼은 법인의 비업무용토지에서 제외되는 정당한 사유에 해당되는지 여부와 중과세율(일반세율의 100분의 750)의 적용이 적법한지 여부에 있다 하겠다. 먼저 관계법령을 보면, 구 지방세법 제282조에서 대통령령이 정하는 기업부설연구소용에 직접 사용하기 위하여 취득하는 부동산(부속토지는 건축물 바닥면적의 7배 이내의 것에 한한다. 이하 이 조에서 같다)에 대하여는 취득세와 등록세를 면제하되 연구소 설치 후 2년 이내에 연구소를 폐쇄하거나 다른 용도로 사용하는 경우에는 면제된 취득세와 등록세를 추징한다고 규정하고 구 같은법시행령 제228조에서 법 제282조에서 대통령령이 정하는 기업부설연구소 함은 토지 또는 건축물을 취득한 후 4년 이내에 기술개발촉진법시행령 제14조의 규정에 의한 기준을 갖춘 연구소로서 과학기술처장관의 인정을 받은 것은 말한다고 규정하고 있고, 구 지방세법 제112조제2항제6호에서 법인의 비업무용토지라 함은 법인이 토지를 취득한 후 유예기간내에 정당한 사유 없이 목적사업에 직접 사용하지 아니하거나 적정기준을 초과하여 소유하고 있는 토지로서 이 경우 유예기간·목적사업의 범위·적정기준 및 비업무용에서 제외되는 토지의 기준 등은 대통령령으로 정한다고 규정한 다음, 구 같은법시행령(2000.12.29. 대통령령 제16928호로 개정되기 이전의 것, 이하 같다) 제84조의4제1항제1호에서 법인이 토지를 취득한 날로부터 3년 내에 정당한 사유 없이 법령 또는 당해 법인의 법인등기부상 목적사업으로 정하여진 업무에 직접 사용하지 아니하는 토지는 법인의 비업무용토지로 규정하고 있으며, 그 제3항제1호에서 제1항제1호의 규정에 의한 유예기간이 경과하기 전에 다음 각목에 정하는 토지가 된 경우에는 당해 각목에서 정하는 날부터 유예기간을 새로이 기산한다고 규정하면서 가목에서 토지를 취득한 후 관계법령의 규정에 의하여 건축 등 목적사업에의 사용이 금지된 경우에는 그 금지가 해제된 날을 규정하고 있다. 다음으로 청구인의 경우를 보면, 처분청은 청구인이 기업부설연구소를 건축할 목적으로 이 사건 토지를 취득한 데 대하여 취득세 등을 면제하였으나, 이 사건 토지를 유예기간 4년 이내에 기업부설연구소용 토지로 사용하지 아니하였다는 이유로 면제된 취득세 등을 일반세율로 신고납부함에 따라 이를 징수 결정한 후 이 사건 토지를 법인의 비업무용토지로 보아 취득세 등을 추가로 부과 고지한 사실을 제출된 관계자료에서 알 수 있다. 이에 대하여 청구인은 먼저 이 사건 토지의 취득이전에 전 소유자의 사용승낙을 받아 기업부설연구소용으로 보전임지전용허가 등을 받고 매매계약을 체결한 상태에서 국토이용계획이 변경결정 고시된 다음 이 사건 토지를 취득한 다음 건축허가를 신청하여 도시계획변경결정에 따른 지적고시가 완료되지 않았다는 이유로 건축허가가 반려되었음에도부지정지공사를 진행하던 중 지적고시가 완료되어 준공하였으나, IMF에 따른 경영악화로 건강보조식품 등의 사업 일체를 매각함에 따라 기업부설연구소 건축을 포기하고 창고시설로 건축허가를 받아 물류센타로 사용하고 있는 점으로 보아 법인의 비업무용토지에 대한 유예기간이 경과된 정당한 사유가 있다고 주장하고 있으므로 이에 대하여 보면, 구 지방세법시행령 제84조의4제1항제1호 규정의 취득세 중과대상이 되는 법인의 비업무용토지 등에 관한 판정기준이 되는 정당한 사유의 유무는 토지의 취득목적에 비추어 고유목적에 사용하는 데 걸리는 준비기간의 장단, 고유목적에 사용할 수 없는 법령·사실상의 장애사유 및 장애정도, 당해 법인이 토지를 고유업무에 사용하기 위한 진지한 노력을 다하였는지 여부, 행정관청의 귀책사유가 가미되었는지 여부 등을 참작하여 사안에 따라 개별적으로 판단하여야 할 것으로서, 청구인의 경우 이 사건 토지를 취득하기 이전인 1995.10.30. 국토이용계획이 변경되어 이 사건 토지를 취득한 1995.11.2. 및 1996.6.5.부터 4년 이내인1998.10.24. 도시계획변경결정에 따른 지적고시가 완료되었음에도 1998.12.5.보전임지전용허가 등의 공사를 준공하였을 뿐IMF에 따른 경영악화를 이유로 기업부설연구소 건축을 포기하고 법인의 비업무용토지 유예기간 4년이 경과한2000.12.12.창고시설로 건축허가를 받고 2001.5.26. 건축물 임시사용승인을 받아 물류센타로 사용하고 있는 사실로 보아 정당한 사유가 있다고 보기는 어렵다 하겠으므로 청구인의 주장을 받아들일 수 없다 할 것이고, 다음으로 설사 이 사건 토지가 법인의 비업무용토지에 해당된다 하더라도법인의 비업무용토지가 된 날 시행되는 세율(일반세율의 100분의 500)을 적용하여야 한다고 주장하고 있으므로 이에 대하여 보면, 지방세법 제29조제1항 본문 및 제1호에서 취득세의 납세의무는 취득세 과세물건을 취득하는때에 성립한다고 규정하고 같은 조 제2항 본문 및 제2호에서 수시부과에 의하여 징수하는 지방세는 제1항의 규정에 불구하고 수시부과할 사유가 발생하는 때에 납세의무가 성립한다고 규정하고 있고, 법인의 비업무용토지에대한 적용세율을 일반세율의 100분의 750에서 100분의 500으로 개정한 구 지방세법(1998.12.31. 법률 제5615호로 개정된 것, 이하 같다) 부칙 제4항에서 이 법 시행당시 종전의 규정에 의하여 부과 또는 감면하였거나 부과 또는 감면하여야 할 지방세에 관하여는 종전의 예에 의한다 고 규정하고 있는 바, 여기에서 말하는 지방세 중 법인의 비업무용토지에 대하여 중과세율을 적용하여 부과하여야 할 취득세의 경우에 있어서는 그 시행일인 1999.1.1. 현재 그 과세요건이 갖추어져 납세의무가 성립한 취득세를 뜻한다고 보아야 할 것이며 과세요건에는 토지의 취득 이외에도 관계 규정이 정하는 유예기간의 경과가 포함되어 있다고 할 것(대법원 판결 1991.2.26. 90누7050 참조)이므로 이 사건 토지와 같이 1999.1.1. 현재 법인의 비업무용토지에 대한 유예기간 4년이 경과되지 아니하였다가 그 후에 유예기간 4년이경과하여 과세요건이 충족된 경우에는 개정전의 세율(일반세율의 100분의 750)을 적용할 여지가 없어 이 사건 토지가 법인의 비업무용토지가 된 당시(1999.11.2. 및 2000.6.5.)에 시행된 구 지방세법상의 세율(일반세율의 100분의 500)을 적용하는 것이 타당하다 할 것이다. 따라서 청구인의 주장은 일부 이유가 있다고 인정되므로 지방세법 제77조 제1항의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.

2003. 9. 29. 행 정 자 치 부 장 관