종교단체가 부동산을 취득한 후 교인들의 수양관으로 사용하고 있는 경우에 취득세 등을 부과 고지한 것이 적법한지의 여부(취소)

[주 문] 처분청이 2003.6.10. 부과 고지한 취득세 141,946,580원, 농어촌특별세 13,011,760원,등록세 56,778,630원, 지방교육세 10,409,410원, 합계 222,146,380원(가산세 포함)을 취득세 141,946,580원, 농어촌특별세 13,011,760원, 합계 154,958,340원(가산세 포함)으로 경정한다.

[이 유]

1. 원처분의 요지 처분청은 청구인이 소유하고 있는 ○○도 ○○시 ○○면 ○○리 ○○5번지의 토지 49,065㎡상에 수양관용 건축물 6,208.23㎡(예배실B동 1,085.95㎡, 기도실 64.80㎡, 물품창고 158.40㎡, 김치창고 35㎡, 경비실 7.2㎡ ; 2001.5.18. 사용승인, 회원연구동 1,196.58㎡, 팔각정 248.96㎡, 숙소동 3,411.34㎡ ; 2002.11.29. 사용승인 이하 “이 사건 건축물”이라 한다)를 증축한 후 취득세 등을 신고납부를 하지 아니함에 따라 2003.6.10. 이 사건 건축물의 취득가액(5,914,441,386원)에 지방세법 제112조 제1항 및 같은법 제131조 제1항 제4호의 세율을 적용하여 산출한 취득세 141,946,580원, 농어촌특별세 13,011,760원, 등록세 56,778,630원, 지방교육세 10,409,410원, 합계 222,146,380원(가산세포함) 2003.6.10. 부과 고지하였다.

2. 청구의 취지 및 이유 청구인은 대한예수교장로회 소속 교회로서 교회 본당은 ○○시 ○○구 ○○동 ○○번지에 소재(○○교회)하고 있고 교인들의 영적인 종교활동을 통한 신앙수련을 위하여 이 사건 건축물을 증축한 후 청구인의 고유 목적인 교인들의 예배, 교육, 훈련, 기도 등으로 직접 사용하고 있으면서 타교회 또는 기독교 종교단체 등에게 일시적으로 사용을 개방할 때에는 여하한 명목의 사용대가를 받지 아니하고 무상으로 사용하게 하면서 다만, 구내식당에서 취식하는 경우의 식사비와 자발적인 감사헌금은 예외로 하고 있으므로 이 사건 건축물은 종교용으로 직접 사용되고 있는 건축물로 보아 이 사건 취득세 등은 비과세 되어야 한다고 주장하면서 이 사건 부과처분의 취소를 구하였다.

3. 우리부의 판단 이 사건 심사청구의 다툼은 종교단체가 부동산을 취득한 후 교인들의 수양관으로 사용하고 있는 경우에 취득세 등을 부과 고지한 것이 적법한지의 여부에 있다고 하겠다. 먼저 관계법령의 규정을 살펴보면 지방세법 제107조 제1호 및 같은법 제127조 제1항 제1호와 같은법시행령 제79조 제1항 제1호에서 종교를 목적으로 하는 비영리 사업자가 그 사업에 사용하기 위하여 취득ㆍ등기하는 부동산에 대하여는 취득세 및 등록세를 비과세 하지만 수익사업에 사용하거나 취득일로부터 3년 이내에 정당한 사유없이 그 용도에 직접 사용하지 아니하는 경우에는 그 해당부분에 대하여는 취득세 및 등록세를 부과하도록 규정하고 있다. 다음으로 청구인의 경우를 보면 청구인은 청구인이 소유하고 있는 ○○도 ○○시 ○○면 ○○리 ○○번지의 토지 49,065㎡상에 증축한 이 사건 건축물 6,208.23㎡중 1,351.35㎡는 2001.5.18. 사용승인을 받고 4,856.88㎡는 2002.11.29. 사용승인을 받았음에도 취득세 등을 신고납부를 하지 아니함에 따라 2003.6.10. 이 사건 취득세 등을 부과 고지한 사실은 제출된 관계증빙자료에서 알 수 있다. 그런데 청구인은 이 사건 건축물을 증축한 후 청구인의 고유목적인 교인들의 예배, 교육, 훈련, 기도 등으로 직접 사용하고 있고 일시적으로 타교회 또는 기독교 종교단체 등에게 사용을 개방할때에는 여하한 명목의 사용대가를 받지 아니하고 무상으로 사용하고 있으므로 이 사건 건축물은 종교용으로 사용되고 있는 건축물에 해당되어 이 사건 취득세 등은 비과세 되어야 한다고 주장하고 있지만 지방세법 제107조 제1호 및 같은법 시행령 제79조 제1항 제1호에서 종교를 목적으로 하는 비영리 사업자가 그 사업에 사용하기 위하여 취득하는 부동산에 대하여는 취득세를 부과하지 아니한다 라고 규정하고 있으므로 동 규정에서의 “그 사업에 사용하기 위한 부동산”이라함은 종교를 목적으로 하는 단체가 예배, 기도 등과 같은 종교의식에 반드시 필요한 부동산을 뜻한다고 보아야 하므로 청구인의 경우와 같이 교회의 본당은 ○○시 ○○구 ○○동 ○○번지에 소재하면서 ○○도 ○○시 ○○면 ○○리 ○○번지 소재에 이 사건 건축물을 증축한 후 교인들의 영적인 심신수양을 위하여 일시적으로 예배, 교육, 기도 등으로 이용되고 있는 것으로 미루어 보면 이 사건 건축물은 청구인의 교회활동에 필요불가결한 건축물이라고는 볼 수 없을 뿐만 아니라 더구나 간헐적으로 타교회 또는 기독교 종교단체 등에게 무상으로 제공되고 있는 것은 청구인의 종교용으로 사용하는 부동산이 아니라 사용대차용으로 사용되고 있는 부동산으로 보아야 하므로 처분청에서 이 사건 건축물에 대한 취득세 등을 부과 고지한 것은 적법한 부과처분이라고 판단되지만, 등록세는 지방세법 제124조에서 재산권 기타 권리의 취득ㆍ이전ㆍ변경 또는 소멸에 관한 사항을 공부에 등기 또는 등록하는 경우에 그 등기 또는 등록을 받은자에게 부과한다 라고 규정하고 있으므로 이 사건 건축물은 공부상에 등기가 경료되어 있지 아니함에도 처분청에서 이 사건 건축물에 대한 등록세 및 지방교육세를 부과 고지한 것은 잘못된 부과처분이라고 판단된다. 따라서 청구인의 주장은 일부 이유가 있다고 인정되므로 지방세법 제77조 제1항의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.

2003. 8. 25. 행 정 자 치 부 장 관