이 사건 쟁점토지의 소유권 이전등기와 쟁점건축물의 보존등기가 대도시내의 지점설치에 따른 일체의 부동산등기에 해당되는 지 여부(기각)

[주 문] 청구인의 심사청구를 기각한다.

[이 유]

1. 원처분의 요지 처분청은 청구인이 2000.5.24. ○○시 ○○구 ○○동 ○○번지 대지 4,007.5㎡(이하 이 사건 토지 라 한다) 중 2,604.875㎡(이하 이 사건 쟁점토지 라 한다)를 취득·등기하면서 일반세율로 등록세 등을 납부하였으며, 2001.10.29. 이 사건 토지에 신축 취득한 건축물 40,146.6㎡(이하 이 사건 건축물 이라 한다) 중 26,095.29㎡(이하 이 사건 쟁점건축물 이라 한다)를 2001.11.1. 소유권 보존등기하면서 일반세율로 등록세 등을 납부하였으나, 청구인이 2001.8.14. 이 사건 건축물 중 일부 면적(31,048.86㎡)을 벤처기업집적시설로 지정 받아 2001.9.18. 이를 임대할 목적으로 강남세무서에 강남지점 사업자등록을 한 사실이 확인되어 이 사건 쟁점토지 및 쟁점건축물에 대한 소유권 이전등기 및 보존등기를 각각 대도시내의 지점 설치에 따른 일체의 부동산등기로 보아 그 취득가액(토지: 17,030,000,000원, 건축물: 23,264,621,294원, 합계: 40,294,621,294원)을 과세표준으로 지방세법 제138조제1항의 세율을 적용하여 산출한 세액에서 이미 납부한 세액을 차감한 등록세 1,672,840,720원, 지방교육세 306,687,450원, 합계 1,979,528,170원(가산세 포함)을 2003.5.10. 부과 고지하였다.

2. 청구의 취지 및 이유 청구인은 이 사건 쟁점토지 및 쟁점건축물은 본점을 이전할 목적으로 취득·등기한 것으로서 2001.10.29. 이 사건 건축물이 준공됨에 따라 기존 본점 사무실(○○시 ○○구 ○○동 ○번지)을 청구외 ○○오일에 임대하고 이 사건 건축물로 본점을 이전하였으며, 2001.9.18. 건물신축에 따른 부가가치세를 환급 받기 위해 강남지점 사업자등록을 한 것으로 본점이 이전되기 전까지 인적·물적시설을 갖추고 대외적인 영업활동 등 지점업무를 수행한 사실이 없음에도 단지 강남지점에 대한 사업자등록을 한 사실과 법인등기부상 본점주소를 이 사건 건축물로 이전하지 아니하였다는 이유만으로 이 사건 쟁점토지 및 쟁점건축물에 대한 소유권 이전등기 및 보존등기를 각각 대도시내의 지점설치에 따른 일체의 부동산등기로 보아 등록세 등을 중과세 한 것은 부당하다고 주장하고 있다.

3. 우리부의 판단 이 사건 심사청구의 다툼은 이 사건 쟁점토지의 소유권 이전등기와 쟁점건축물의 보존등기가 대도시내의 지점설치에 따른 일체의 부동산등기에 해당되는 지 여부에 있다 하겠다. 먼저 관계법령을 보면, 지방세법 제138조 제1항에서 다음 각호의 1에 해당하는 등기를 하는 때에는 그 세율을 제131조 및 제137조에 규정한 당해 세율의 100분의 300으로 한다고 규정한 다음 그 제3호에서 대도시내에서의 법인의 설립과 지점 또는 분사무소의 설치 및 대도시내로의 법인의 본점·주사무소·지점 또는 분사무소의 전입에 따른 부동산등기와 그 설립·설치·전입 이후의 부동산 등기라고 규정하고 있으며, 지방세법시행령 제102조제2항에서 법 제138조 제1항제3호에서 법인의 설립과 지점 또는 분사무소의 설치 및 대도시내로의 법인의 본점·주사무소·지점 또는 분사무소의 전입에 따른 부동산등기 라 함은 당해 법인 또는 지점 등이 그 설립·설치·전입(…… 중 략……) 이전에 취득하는 일체의 부동산등기(…… 중 략……)를 말하며 그 설립·설치·전입 이후의 부동산등기 라 함은 법인 또는 지점등이 설립·설치·전입 이후 5년 이내에 취득하는 업무용·비업무용 또는 사업용·비사업용을 불문한 일체의 부동산등기를 말하며……(중 략)…… 지점등 이라 함은 행정자치부령이 정하는 사무소 또는 사업장을 말한다고 규정하고, 지방세법시행규칙 제55조의2에서 영 제102조제2항 후단에서 행정자치부령이 정하는 사무소 또는 사업장 이라 함은 법인세법·부가가치세법 또는 소득세법의 규정에 의하여 등록된 사업장(법인세법·부가가치세법 또는 소득세법의 규정에 의한 비과세 또는 과세면제대상 사업장을 포함한다)으로서 인적·물적설비를 갖추고 계속하여 사무 또는 사업이 행하여지는 장소를 말한다고 규정하고 있다. 다음으로 청구인의 경우를 보면, 청구인은 1976.3.13. 용역기술제공업, 컨테이너 보세장치산업, 종합무역업 등을 목적사업으로 설립된 법인으로서 2000.5.24. 이 사건 쟁점토지를 취득·등기하면서 일반세율로 등록세 등을 납부하였으며, 2001.10.29. 이 사건 토지에 신축 취득한 이 사건 쟁점건축물을 2001.11.1. 소유권 보존등기를 하면서 일반세율로 등록세 등을 납부하였으나, 처분청은 청구인이 2001.8.14. 이 사건 건축물 중 일부 면적(31,048.86㎡)을 벤처기업집적시설로 지정 받아 2001.9.18. 이를 임대할 목적으로 ○○세무서에 ○○지점 사업자등록을 한 사실을 확인하고 이 사건 쟁점토지 및 쟁점건축물에 대한 소유권 이전등기 및 보존등기를 각각 대도시내의 지점설치에 따른 일체의 부동산등기로 등록세 등을 중과세한 사실은 제출된 관계 증빙자료에 의하여 알 수 있다. 이에 대하여 청구인은 이 사건 쟁점토지 및 쟁점건축물은 본점을 이전할 목적으로 취득·등기한 것으로서 건물신축에 따른 부가가치세 환급을 목적으로 이 사건 토지에 ○○지점 사업자등록을 하였으나, 인적·물적시설을 갖추고 대외적인 영업활동 등 지점업무를 수행한 바가 없음에도 등록세 등을 중과세 한 것은 부당하다고 주장하고 있으므로 이에 대하여 보면, 청구인이 이 사건 건축물을 신축하여 취득·등기한 후 법인등기부상 본점 주소를 변경하지 아니하고 2001.11.30. 본점을 이 사건 건축물로 이전한 다음 2002.3.20. 본점으로 사용하는 부분에 대한 취득세 등을 납부한 사실은 인정된다 하겠으나, 등록세 중과세 요건인 지점의 설치에 따른 부동산등기에 있어서 지점이라 함은 법인세법·부가가치세법 또는 소득세법의 규정에 의하여 등록된 사업장으로서 그 명칭 여하를 불문하고 인적·물적 설비를 갖추고 계속하여 법인의 사무 또는 사업이 행하여지는 장소를 말하고, 여기에서 말하는 인적설비란 당해 법인의 지휘·감독하에 인원이 상주하는 것을 뜻할 뿐이고 그 고용형식이 당해 법인에 직속하는 형태를 요구하는 것은 아니라 할 것(같은 취지의 대법원 판결 1998.4.24. 98두2737)인 바, 청구인의 경우 이 사건 쟁점토지 및 쟁점건축물을 신축 취득·등기하기 이전인 2000.12.28. 및 2001.8.14. 이 사건 건축물 중 일부 면적(31,048.86㎡)을 벤처기업집적시설로 지정 받아 2001.9.18. 이를 임대할 목적으로 ○○세무서에 ○○지점의 사업자등록을 한 다음 2001.9.18.부터 2003.3.31.까지 부가가치세를 신고하였고, 2001.10.18. 청구외 (주)○○○과 이 사건 쟁점토지 및 쟁점건축물에 대한 임대관리용역계약을 체결하면서 그 계약서 제2조(용역범위)에서 용역사는 임차문의 관련사항을 수행하여 임대차계약을 체결한다 하였고, 제6조(용역사의 권리)에서 향후 상기 건물의 관리용역권리 수수 로 계약한 사실과 이 사건 토지 및 건축물을 청구인과 청구인의 회장겸 법인등기부상 이사인 청구외 ○○○가 각각 65% 및 35%를 소유하고 있는 관계로 2001.10.31. 공유자인 청구외 ○○○가 그 지분에 대한 임대료 징수를 청구인에게 위임하기로 하는 내용의 임대료 징수 용역계약을 체결한 사실, 그리고 청구인의 전무이사(○○○)가 청구외 (주)○○○의 대표이사로 재직하고 있는 사실로 보아 청구외 (주)○○○은 이 사건 쟁점토지 및 쟁점건축물에 설치된 청구인의 ○○지점 업무를 위탁받아 청구인의 지휘·감독을 받으면서 이 사건 건축물에 대한 임차문의 관련사항과 임대차계약체결 등 청구인의 ○○지점 업무를 수행하고 있다 하겠으므로, 처분청에서 이 사건 쟁점토지 및 쟁점건축물에 대한 이전등기 및 소유권보존등기를 각각 대도시내의 지점설치에 따른 일체의 부동산등기로 보아 등록세 등을 중과세한 처분은 적법한 부과처분이라 할 것이다. 따라서 청구인의 주장은 이유가 없다고 인정되므로 지방세법 제77조제1항의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.

2003. 7. 28. 행 정 자 치 부 장 관