이 사건 쟁점건축물이 구조조정대상기업으로부터 취득하는 재산에 해당되는 지 여부와 구조조정전문회사가 그 설립목적을 영위하기 위하여 취득한 부동산으로서 등록세 중과대상에서 제외되는지 여부(취소)

[주 문] 처분청이 2003.4.10. 청구인에게 부과 고지한 취득세 86,779,090원, 농어촌특별세 8,636,670원, 등록세 104,134,910원, 지방교육세 20,728,010원, 합계 220,278,680원(가산세 포함)을 취소한다.

[이 유]

1. 원처분의 요지 청구인은 청구외 ○○건설(주)가 1994.12.12.○○시○○구○○동○○번지 지상에 지하 8층 지상 20층 건축물 연면적 97,526.1㎡(이하 이 사건 미준공 건축물 이라 한다)의 건축허가를 받아 공사를 진행하여 지하 3층부터 지하 8층의 주차장과 지상 11층부터 20층까지의 오피스텔 406개에 대한 임시사용승인을 받은 상태에 있던 이 사건 미준공 건축물(공정 95%) 중 임시사용승인을 받지 아니한 지하 2층부터 지상 10층까지 62,228.1㎡(이하 이 사건 건축물 이라 한다)와 지상 11층부터 20층까지의 오피스텔 406개 중 41개를 인수하기로 하는 매매계약을 2000.6.15. 체결하고 건축주 명의를 청구인 등으로 변경하고 2000.6.22. 벤처기업집적시설로 지정 받고 2000.8.22. 사용승인을 받은 후 취득세 등을 면제받았으나, 2001.4.17. 및 2002.5.18.에 이 사건 건축물 중 8,483.29㎡(이하 이 사건 쟁점건축물 이라 한다)에 대한 벤처기업집적시설 지정이 취소되어 취득세 등을 신고납부하므로 처분청은 이를 수납 징수하였다가 이 사건 건축물을 매각한 청구외 ○○건설(주)가 기업구조조정을 목적으로 매도한 것이므로 구○○시세감면조례(2000.12.30. 조례 3813호로 개정되기 이전의 것, 이하 같다) 제23조의8 제2항 규정에 의한 면제대상이 되는 것으로 보아 신고납부한 취득세 등을 환급하였으나, 2002.11.1. 기업구조조정전문회사 등록을 자진철회 하였으므로 환급대상이 아닌 것을 잘못 환급한 것으로 보아 면제하였던 취득세 등을 추징하면서 대도시내에서의 법인설립 이후 5년 이내에 취득한 부동산등기에 해당된다고 보아 그 취득가액(4,297,723,026원)를 과세표준으로 지방세법 제112조제1항 및 제138조제1항의 세율을 적용하여 산출한 취득세 86,779,090원, 농어촌특별세 8,636,670원, 등록세 104,134,910원, 지방교육세 20,728,010원, 합계 220,278,680원(가산세 포함)을 2003.4.10. 부과 고지하였다.

2. 청구의 취지 및 이유 청구인은 구조조정 대상기업에 대한 투자 및 인수 등을 목적으로 2000.3.23. 설립되어 2000.4.10. 산업발전법에 의한 기업구조조정전문회사로 등록한 법인으로서 청구외 ○○건설(주)에서 건축 중이던 이 사건 미준공 건축물 97,526.1㎡ 중 이 사건 건축물을 구조조정 대상자산으로 인수하기로 하는 매매계약을 체결하고, 건축주 명의를 청구인 등으로 변경하여 2000.8.22. 사용승인을 받아 취득한 것이므로 이 사건 쟁점건축물은 구조조정대상기업으로부터 취득한 것이 분명하므로 구○○시세감면조례 제23조의8 제2항 규정에 의한 취득세 등의 면제대상이 되고 추후 기업구조조정전문회사 등록을 철회하였다 하더라도 이러한 경우 추징하는 규정이 없으므로 추징한 것은 잘못이며, 설사 면제된 취득세 등이 추징대상이라 하더라도 지방세법령에서 기업구조조정전문회사가 그 설립목적을 위하여 영위하는 사업에 대한 부동산등기는 중과대상에서 제외되어야 한다고 주장하고 있다.

3. 우리부의 판단 이 사건 심사청구의 다툼은 이 사건 쟁점건축물이 구조조정대상기업으로부터 취득하는 재산에 해당되는 지 여부와 구조조정전문회사가 그 설립목적을 영위하기 위하여 취득한 부동산으로서 등록세 중과대상에서 제외되는지 여부에 있다 하겠다. 먼저 관계법령을 보면, 구○○시세감면조례 제23조의8제2항에서 산업발전법에 의한여 등록된 기업구조조정전문회사 또는 기업구조조정조합이 동법 제14조제4항의 규정에 의한 구조조정대상기업으로부터 취득하는 재산(구조조정대상기업이 구조조정목적으로 매각하는 재산에 한한다)에 대하여는 취득세와 등록세를 면제한다고 규정하고 있고, 지방세법 제138조제1항에서 다음 각호의 1에 해당하는 등기를 하는 때에는 그 세율을 제131조 및 제137조에 규정한 당해 세율의 100분의 300으로 하되 수도권정비계획법 제6조제1항제1호의 규정에 의한 과밀억제권역(…… 중 략……)안에 설치가 불가피하다고 인정되는 업종으로서 대통령령이 정하는 업종에 대하여는 그러하지 아니하다고 규정하고 있으며, 같은법시행령 제101조제1항에서 대통령령이 정하는 업종 이라 함은 다음 각호에 해당하는 업종을 말한다고 규정하고 그 제30호에 산업발전법에 의한 기업구조조정전문회사가 그 설립목적을 위하여 영위하는 사업을 규정하고 있다. 다음으로 청구인의 경우를 보면, 청구인은 2000.4.10. 기업구조조정전문회사로 등록된 법인으로서 2000.6.15. 부도기업인 청구외 ○○건설(주)가 건축 중이던 건축물 중 이 사건 미준공 상태의 건축물과 미분양된 오피스텔 41개를 인수하기로 하는 매매계약을 체결한 다음 건축주 명의를 변경하고 2000.6.22.에는 벤처기업집적시설로 지정 받은 후 2000.8.22. 사용승인을 받고 취득세 등을 면제받았으나, 2001.4.17. 및 2002.5.18. 벤처기업집적시설의 지정이 취소됨에 따라 면제된 취득세 등을 신고납부 하였고, 처분청은 감면조례에 의한 기업구조조정용 부동산으로서 면제대상이 되는 것으로 보아 신고납부 받은 취득세 등을 환급하였으나, 그 후 기업구조조정전문회사 등록을 자진철회 하므로 환급한 취득세 등을 추징하면서 등록세는 중과세율을 적용하여 추징하였고, 청구외 ○○건설은 1998.1.14. 부도처리되어 2002.11.8.○○지방법원에서 파산 선고된 사실은 제출된 관계 증빙자료에 의하여 알 수 있다. 이에 대하여 청구인은 구조조정대상기업으로부터 취득한 재산이므로 취득세 등이 면제되어야 하고 설사 추징대상이 된다 하더라도 지방세법시행령 제101조제1항제30호 규정에 의한 등록세 중과 제외대상이 된다고 주장하고 있으므로 이에 대하여 보면,청구인의 경우 2000.4.10. 기업구조조정전문회사로 등록하고 2000.6.15. 구조조정대상기업인 청구외 ○○건설(주)와 이 사건 건축물이 포함된 구조조정 대상자산을 인수하기로 하는 매매계약을 체결한 다음 건축주 명의를 청구인으로 변경한 후 건축공사를 진행하여 2000.8.22. 사용승인을 받아 취득하였고, 청구외 ○○건설(주)는 1998.1.14. 부도처리되어 2002.11.8.○○지방법원에서 파산선고를 받은 점을 보면, 구○○시세감면조례 제23조의8제2항 규정에 의한 구조조정대상기업으로부터 취득하는 재산이라 함은 청구인의 경우와 같이 기업구조조정대상기업이 건축 중인 건축물을 매각하는 경우 이를 인수하고 나머지 공사를 진행하여 준공 취득하는 경우 인수가액은 면제대상에 해당되는 것으로 해석하는 것이 입법취지 등에 비추어 합리적이라 하겠으므로 등록세 중과대상이 되는지 여부를 더 이상 살펴볼 필요도 없이 처분청의 이 사건 부과처분은 잘못이라 할 것이다. 따라서 청구인의 주장은 이유가 있다고 인정되므로 지방세법 제77조제1항의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.

2003. 7. 28. 행 정 자 치 부 장 관