기업부설연구소로 인정을 받은 부동산내에 건축물을 증축한 후 기업부설연구소용 부동산으로 신고도 하지 아니하고 인적분할한 법인이 기업부설연구소로 사용하고 있는 경우에 기 과세면제한 취득세 등을 부과고지한 처분이 적법한지의 여부(취소)

[주 문] 처분청이 2003.1.10. 청구인에게 부과고지한 취득세 293,114,650원, 농어촌특별세 26,909,460원, 등록세 124,070,370원, 지방교육세 22,746,220원, 합계 466,840,700원(가산세 포함)을 취소한다.

[이 유]

1. 원처분의 요지 처분청은 청구인이 1997.1.17. ○○시○○구 ○○동 ○○번지외 1필지의 토지 6,939.118㎡(이하 “이 사건 토지”라 한다)와 동 지상 건축물 397.47㎡(이하 “제1건축물”이라 한다)를 취득하고, 1998.3.11. 기술개발촉진법 제16조 및 같은법시행령 제27조제1항의 규정에 의하여 과학기술부장관의 권한위탁을 받은 한국산업기술진흥협회장으로부터 기업부설연구소로 인정(제981086호)을 받았으므로, 구 지방세법(2000.12.29. 법률 제6312호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제282조의 규정에 의하여 이 사건 토지와 동 지상 건축물에 대한 취득세 및 등록세 등을 과세면제받고, 1998.6.24. 이 사건 토지상의 건축물 6,955.77㎡(이하 “제2건축물”이라 한다)를 증축한 다음, 제2건축물 역시 기업부설연구소용 건축물로 보아 취득세 및 등록세 등을 과세면제받았으나 2002.10.16. ○○시의 세무조사(지방세무주사 ○○○외 2인)결과통보에서 제2건축물은 기업부설연구소로 신고하지 아니하고 청구인으로부터 인적분할된 ○○주식회사의 기업부설연구소로 사용하고 있으므로,이 사건 토지 6,939.118㎡중 제1건축물의 부속토지와 원형지를 제외한 제2건축물의 부속토지인 4,688.16㎡와 제2건축물에 대한 취득가액(12,253,732,765원)에 지방세법 제112조제1항 및 같은법 제131조제1항의 세율을 적용하여 산출한 취득세 293,114,650원, 농어촌특별세 26,909,460원, 등록세 124,070,370원, 지방교육세 22,746,220원, 합계 466,840,700원(가산세 포함)을 2003.1.10. 부과고지하였다.

2. 청구의 취지 및 이유 청구인은 정보통신업 등을 목적사업으로 하는 법인으로서, 1997.1.17. 기업부설연구소로 사용하기 위하여 이 사건 토지와 동 지상 제1건축물 397.47㎡를 취득한 후 1998.3.9. 한국산업기술진흥협회에 기업부설연구소로 신고할 당시 신고서상 제1건축물은 연구소로 신고하고 신축중인(1991.12.20. 건축허가) 제2건축물 6,955㎡는 사용승인을 받은 후에는 연구소로 사용한다는 예정신고를 한 다음, 1998.3.11. 기업부설연구소인정서(제981086호)를 받고 인터넷서비스 개발 등의 연구소로 사용하던 중인 1998.6.24. 제2건축물을 증축한 후 정보네트워크연구동으로 계속 사용하던 중 2000.1.14. 청구인의 이사회에서 인적분할하여 분사하기로 의결함에 따라 ○○주식회사(대표이사 ○○○)를 설립하고 2000.4.8. 이 사건 토지와 제1건축물 및 제2건축물을 ○○주식회사의 ○○연구소로 신고하여 2000.4.22. 한국산업기술진흥협회장으로부터 기업부설연구소로 인정(제19981086호)받고, S/W 개발을 위한 기업부설연구소로 사용하였음에도, 처분청에서는 단지 1998.3.9. 기업부설연구소로 신고할 당시 신고서상 연구소로 사용한다는 예정신고만 하고 별도로 변경신고를 한 사실이 없고 청구인으로부터 인적분할된 ○○주식회사의 기업부설연구소로 사용하고 있다는 사유로 신축당시부터 기업부설연구소로 사용한 제2건축물과 동 부속토지에 대한 취득세 등을 부과고지하는 것은 부당하다고 주장하면서 이 사건 취득세 등의 부과처분의 취소를 구하였다.

3. 우리부의 판단 이 사건 심사청구의 다툼은 기업부설연구소로 인정을 받은 부동산내에 건축물을 증축한 후 기업부설연구소용 부동산으로 신고도 하지 아니하고 인적분할한 법인이 기업부설연구소로 사용하고 있는 경우에 기 과세면제한 취득세 등을 부과고지한 처분이 적법한지의 여부에 있다고 하겠다. 먼저 관계법령의 규정을 살펴 보면,구 지방세법(2000.12.29. 법률 제6312호로 개정되기 전의 것. 이하 같다) 제282조에서 “대통령령이 정하는 기업부설연구소용에 직접 사용하기 위하여 취득하는 부동산(부속토지는 건축물 바닥면적의 7배 이내의 것에 한한다)에 대하여는 취득세와 등록세를 면제한다. 다만, 연구소 설치후 2년이내에 연구소를 폐쇄하거나 다른 용도로 사용하는 경우에는 면제된 취득세와 등록세를 추징한다”라고 규정하고, 같은법시행령 제228조에서 “법 제282조에서 대통령령이 정하는 기업부설연구소라 함은 토지 또는 건축물을 취득한 후 4년이내에 기술개발촉진법시행령 제14조의 규정에 의한 기준을 갖춘 연구소로서 과학기술처장관의 인정을 받은 것을 말한다”라고 각각 규정하고 있다. 다음으로 청구인의 경우를 보면, 청구인은 1997.1.17. 기업부설연구소로 사용하기 위하여 이 사건 토지 6,939.118㎡와 동 지상 제1건축물 397.47㎡를 취득하고 1998.3.11. 과학기술부장관의 권한 위탁을 받은 한국산업기술진흥협회장으로부터 기업부설연구소로 인정(제981086호)을 받은 다음, 구 지방세법 제282조의 규정에 의하여 처분청으로부터 취득세 및 등록세 등을 과세면제받고 1998.6.24. 이 사건 토지상의 제2건축물 6,955㎡를 증축한 후 이 또한 기업부설연구소용 건축물로 보아 취득세 및 등록세 등을 과세면제받았으나 처분청에서는 2002.10.16. ○○시의 세무조사(지방세무주사 ○○○외 2인)결과통보내용중 제2건축물은 기술개발촉진법시행령 제15조제1항 및 같은법시행규칙 제7조제2항의 규정에 의하여 기업부설연구소로 신고한 사실이 없음이 한국산업기술진흥협회의 회신공문(연지 제2002-77호, 2002. 11.5)에서 입증되고 있고, 또한 기업부설연구소 설치후 2년이내인 2000.3.2. 인적분할한 ○○○주식회사가 기업부설연구소로 사용하고 있으므로, 이 사건 토지 6,939.118㎡중 제1건축물의 부속토지(건축물 바닥면적의 7배)와 원형지를 제외한 4,688.16㎡와 제2건축물에 대한 취득세 및 등록세 등을 2003.1.10. 부과고지한 사실은 제출된 관계증빙자료에서 알 수 있다. 그런데 처분청에서는 제2건축물을 증축한 후 한국산업기술진흥협회에 연구소용 건축물이라고 신고한 사실이 없을 뿐만 아니라 청구인으로부터 인적분할된 ○○○주식회사의 기업부설연구소로 사용하였다는 사유로 이 사건 취득세 등을 부과고지하였지만, 청구인은 1997.1.17. 이 사건 토지와 제1건축물을 취득한 후 1998.3.9. 한국산업기술진흥협회장에게 신고한 기업부설연구소신고서상 연구소 건축물을 제1건축물과 이 사건 토지를 연구소로 하고, 신축중인 제2건축물은 연구소용 건축물로 사용한다고 예정신고를 한 다음, 1998.3.11. 기업부설연구소로 인정(제981086호, 박사2명, 석사 8명, 학사 4명, 연구보조 3명)을 받았을 뿐만 아니라 1999.5.1. 처분청 담당공무원(지방세무주사보 ○○○)의 비업무용토지일제조사시의 현지확인복명서에서 이 사건 토지는 연구소용 건축물의 부속토지로 사용되고 있는 것으로 등재되어 있고,2000.3.2. 청구인으로부터 인적 분할된○○주식회사가 이 사건 토지와 동 지상 제1건축물 및 제2건축물을○○연구소로 신고하여 2000.4.22. 한국산업기술진흥협회장으로부터 기업부설연구소로 인정(제981086호)받은 것으로 미루어 보면, 이 사건 토지와 동 지상 제1건축물 및 제2건축물은 기업부설연구소용으로 사용된 것으로 보아야 하므로 비록 한국산업기술진흥협회장으로부터 기업부설연구소로 인정받은 토지상에 제2건축물을 증축하여 연구소로 사용하면서 연구소용 건축물로 신고를 하지 아니하였다고 하여 이를 달리 기업부설연구소용 건축물이 아니라고는 볼 수 없다고 하겠으므로 처분청에서 연구소용 건축물로 신고하지 아니하였다는 사유 등으로 이 사건 취득세 등을 부과고지한 처분은 잘못이 있다고 하겠다. 따라서 청구인의 주장은 이유가 있다고 인정되므로 지방세법 제77조제1항의 규정에 의거 주문과 같이 결정한다.

2003. 4. 28. 행 정 자 치 부 장 관