건축물의 과세표준을 과소신고한데 대하여 취득세 등을 과세한 것이 적법한지의 여부와 대도시내 지점 등의 등기로 보아 등록세를 중과세한 처분이 적법한지의 여부(기각)

[주 문] 청구인의 심사청구를 기각한다.

[이 유]

1. 원처분의 요지 처분청은 청구인이 1991.9.30. ○○도 ○○시 ○○구 ○○동 ○○번지 토지 1,367.9㎡를 취득한 후에 그 지상에 2001.7.28. 건축물 9,522.81㎡(지하4층, 지상6층, 이하 “이 사건 건물”이라 한다)를 신축한 후 같은 해 10.10. 취득세 등을 신고납부하였으나, 과세표준을 과소신고한 사실을 확인하고 신고 누락한 280,753,753원을 과세표준으로 하여 지방세법 제112조제1항을 적용하여 산출한 취득세 6,738,080원, 농어촌특별세 617,650원, 합계 7,355,730원(가산세 포함)과 1996.7.6. 이 사건 토지를 사업장 소재지로 하여 사업자등록을 하고, 2002.1.7. 이 사건 건물 5층에 ○○대학교 부설 사회교육원분당분원으로 사용하고 있으므로 대도시내 지점등기로 보아 그 취득가액 10,229,075,951원을 과세표준으로 하여 같은 법 제138조제1항제3호의 세율을 적용하여 산출한 세액에서 이미 납부한 세액을 차감한 등록세 199,093,490원, 지방교육세 36,500,460원, 합계 235,593,950원(가산세 포함) 2002.12.10. 각각 부과고지하였다.

2. 청구의 취지 및 이유 청구인은 학교를 경영하는 학교법인으로서 1991.9.30. 이 사건 토지를 취득하여 그 지상에 처분청으로 부터 근린생활시설로 이 사건 건물의 건축허가를 얻어 착공한 후에 2001.7.28. 사용승인을 받고 건축물 5층을 교육연구및복지시설로 용도변경한 후에 2002년 3월에 추가공사비발생액과 비과세금액을 재산정하여 취득세 및 등록세를 수정신고하였으나, 건물의 사용승인서교부일로 부터 60일이 경과한 후에 수정신고가 이루어졌다는 사유로 취득세 등을 비과세하지 않는 것은 부당하며, 둘째로 이 사건 건축물의 부동산임대사업은 청구법인의 수익사업으로 청구법인의 본점(○○도 ○○시 ○○번지 소재)에서 직접 경영하고 있으며, 이 사건 건물의 관리를 위하여 청구외 ○○개발(주)와 관리용역계약을 체결하여 별도의 인적시설을 갖추고 있지 않으므로 이는 별도의 지점 등에 해당되지 않으므로 등록세를 중과세하는 것은 부당하다고 주장하고 있다.

3. 우리부의 판단 이 사건 심사청구의 다툼은 건축물의 과세표준을 과소신고한데 대하여 취득세 등을 과세한 것이 적법한지의 여부와 대도시내 지점 등의 등기로 보아 등록세를 중과세한 처분이 적법한지의 여부에 있다 하겠다. 먼저 관계법령을 보면, 지방세법시행령 제73조제4항에서 건축허가를 받아 건축하는 건축물에 있어서는 사용승인서교부일을 취득일로 본다고 규정하고 있으며, 지방세법 제107조와 제127조의 본문 및 제1호에서 학술을 목적으로 하는 대통령령으로 정하는 비영리사업자가 그 사업에 사용하기 위한 부동산의 취득과 등기에 대하여는 취득세·등록세를 비과세하도록 규정하면서 같은법시행령 제79조제1항제2호에서 법 제107조제1호에서 대통령령으로 정하는 비영리사업자로 초·중등교육법 및 고등교육법에 의한 학교를 경영하는 자 및 평생교육법에 의한 교육시설을 운영하는 평생교육단체라고 규정하고 있고, 같은 법 제138조제1항제3호에서 대도시내에서의 법인의 설립과 지점 또는 분사무소의 설치 및 대도시내로의 법인의 본점·주사무소·지점 또는 분사무소의 전입에 따른 부동산등기에 해당하는 등기를 하는 때에는 그 세율을 제131조 및 제137조에 규정한 당해 세율의 100분의 300으로 한다고 규정하면서, 같은법시행령 제2항에서 법제138조제1항제3호에서 “법인의 설립과 지점 또는 분사무소의 설치 및 대도시내로의 법인의 본점·주사무소·지점 또는 분사무소의 전입에 따른 부동산등기”라 함은 당해 법인 또는 지점 등이 그 설립·설치·전입이전에 취득하는 일체의 부동산등기라고 규정하고 있고, 같은법시행규칙 제55조의2에서 지점 등으로 보는 “사무소 또는 사업장”이라 함은 법인세법·부가가치세법 또는 소득세법의 규정에 의하여 등록된 사업장(법인세법·부가가치세법 또는 소득세법의 규정에 의한 비과세 또는 과세면제대상 사업장을 포함한다)으로서 인적·물적설비를 갖추고 계속하여 사무 또는 사업이 행하여지는 장소를 말한다고 규정하고 있다.. 다음으로 청구인의 경우를 보면, 청구인은 1996.7.6. ○○도 ○○시 ○○ ○○동 ○○번지를 사업장 소재지로 하여 부동산서비스업을 업태로 하여 사업자등록(등록번호: 129-82-04303)을 받아 2001.7.28. 이 사건 건물을 신축한 후에 2002.1.7. 이 사건 건물 5층 용도를 업무시설에서 교육연구및복지시설로 변경하고 사회교육원분당분원을 설치하여 사회교육사업을 하고 있는 사실과 2002.6.28. 처분청의 세무담당공무원이 이 사건 건물 5층을 지점 등으로 사용하고 있는 사실을 확인하고, 이 사건 건물의 취득에 대하여 과소신고한 과세표준에 대하여 취득세와 대도시내 지점 등의 설치에 따른 부동산등기로 보아 이 사건 등록세 등을 2002.12.10. 각각 부과고지한 사실은 제출된 증빙자료에 의해서 알 수 있다. 이에 대하여 먼저 청구인은 수익사업용으로 이 사건 건물을 취득한 후에 건물 5층을 교육용으로 변경하여 변경일부터 60일이내에 수정신고를 하였음에도 비과세하지 않고 취득세 등을 추징하는 것은 부당하다고 주장하고 있으므로 이에 대해서 보면, 지방세법 제71조제1항제1호 및제2호에서 지방세를 신고납부한 후에 과세표준액 및 세액계산의 근거가 되는 면적·가액 등이 공사비의 정산, 건설자금의 이자계산 등에 의하여 변경되거나, 신고납부 당시 증빙서류의 압류 등으로 인하여 과세표준 및 세액을 계산할 수 없는 경우 그 사유가 소멸된 후 수정신고를 할 수 있도록 규정하고 있는 바, 청구인의 경우 이 사건 건물을 취득한 후 신고납부함에 있어 과세표준을 누락하여 과소 신고한 것에 대하여 추징 부과고지하는 내용으로서 비과세 여부는 수정신고 여부와는 아무런 관련이 없고, 다만, 이 사건 건물 5층을 학교법인인 청구인이 교육용에 사용하여 비과세대상에 해당될 수 있으므로 이를 살펴보면, 청구인은 건물 5층을 업무시설에서 교육및연구시설로 변경한 후에 2002.1.7 부터 사회교육용으로 사용하였으나, 이 날로부터 2년이상 직접목적에 사용하지 아니하고 다른 용도인 미장원으로 사용하고 있는 사실이 2003.4.9. 처분청의 세무담당공무원(지방세무주사보 ○○○ 외1인)의 현지조사에서 확인되고 있으므로 2년이상 교육목적에 직접 사용하지 아니하고 다른 용도로 사용하는 것이므로 취득세의 비과세 대상에 해당된다 할 수는 없다 하겠다. 다음으로 이 사건 건물 5층에 설치된 사회교육원분당분원은 지점 등이 아니므로 이 사건 등록세 등의 중과세처분은 부당하다고 주장하고 있으므로 이에 대해서 보면, 지방세법 제138조제1항제3호의 소정의 등록세 중과세대상인 지점 등이라 함은 법인세법·부가가치세법 또는 소득세법의 규정에 의하여 등록된 사업장으로서 그 명칭 여하를 불문하고 인적·물적 설비를 갖추고 계속하여 당해 법인의 사무 또는 사업이 행하여지는 장소를 말한다(대법원판결 98두2737, 1998.4.24)할 것이므로 청구인은 ○○대학교를 설치 경영하는 학교법인으로서 ○○도 ○○시소재 ○○대학교 구내에 구사회교육법(1999.8.31. 법률 제6003호에 의하여 평생교육법으로 개정)에 의한 사회교육사업을 수행하면서, 1996.7.6. 이 사건 토지 소재지를 사업장 소재지로 하여 부동산임대업등의 사업자 등록을 한 후 2001.7.28. 건물을 신축한 후에 2001.8.29. 소유권보존등기를 하고 건물 5층을 2002.1.7. 교육연구및복지시설로 용도를 변경하여 사무실1개, 강의실7개, 연구실6개를 설치하여 상근2명 및 비상근9명의 교직원을 두고 ○○대학교 부설 사회교육원 분당 분원을 운영하고 있는 사실이 제출된 증빙자료와 2002.10.18. 처분청의 세무담당공무원(지방세무주사 ○○○ 외1명)의 현지출장복명서에서 확인되고 있는 사실로 볼 때 이는 이 사건 건물 5층에 인적·물적시설을 갖추어 계속적으로 사회교육사업을 영위하고 있는 지점 등에 해당되는 것이라 할 것이므로 이를 대도시내 지점 등의 설치로 보아 등록세를 중과세한 처분은 잘못이 없다 하겠다. 따라서 청구인의 주장은 이유가 없다고 인정되므로 지방세법 제77조제1항의 규정에 의거 주문과 같이 결정한다.

2003. 4. 28. 행 정 자 치 부 장 관