창업벤처중소기업이 사업용재산을 취득하여 취득세 등을 과세면제받은 후 매출액 감소 등의 경영악화라는 사유로 취득일로부터 2년이내에 매각한 경우 기 과세면제한 취득세 등을 부과고지한 것이 적법한 부과처분인지의 여부(기각)

[주 문] 청구인의 심사청구를 기각한다.

[이 유]

1. 원처분의 요지 처분청은 창업벤처중소기업인 청구인이 2001.1.26. ○○도 ○○시 ○○면 ○○리 ○○번지 공장용지 7,171㎡와 건축물 1,596.13㎡(이하 “이 사건 부동산”이라 한다)을 취득하므로서 구 조세특례제한법(2002.12.11. 법률 제6762호로 개정되기 이전의 것, 이하 같다) 제119조제3항 및 같은 법 제120조제3항의 규정에 의하여 창업벤처중소기업이 창업일로부터 2년이내에 취득하는 사업용재산으로 보아 취득세 및 등록세 등을 과세면제하였으나, 이 사건 부동산 취득일로부터 2년이내인 2002.7.25. 매각함에 따라 취득가액(525,225,223원)에 지방세법 제112조제1항 및 같은 법 제131조제1항제3호(2)목의 세율을 적용하여 산출한 취득세 12,605,400원, 농어촌특별세 1,155,490원, 등록세 18,692,610원, 지방교육세 3,426,970원 합계 35,880,470원(가산세 포함)을 2001.10.10. 부과고지하였다.

2. 청구의 취지 및 이유 청구인은 1999.3.22. 섬유기계제조업 등을 목적사업으로 하여 설립된 법인으로서 2001.1.26. 이 사건 부동산을 취득한 후 2001.3.19. ○○세무서장에게 사업자등록을 필하고 섬유기계제조업을 영위하였으나, 매출액 감소 등의 경영악화로 인하여 2002.7.25. 부득이 매각한 후 그 매각대금 전체를 ○○은행 ○○공단지점 등의 부채상환에 사용하였으므로 이는 구 조세특례제한법 제119조제3항제1호 및 같은 법 제120조제3항에서 규정하고 있는 정당한 사유에 해당될 뿐만 아니라 또한 이 사건 부동산을 취득한 후 섬유기계제조업에 직접 사용하다가 매각한 경우에는 추징한다는 규정이 없음에도 단지 이 사건 부동산 취득일로부터 2년이내에 매각하였다는 사유만으로 기 과세면제한 이 사건 취득세 등을 부과고지하는 것은 부당하다고 주장하면서 이 사건 부과처분의 취소를 구하였다.

3. 우리부의 판단 이 사건 심사청구의 다툼은 창업벤처중소기업이 사업용재산을 취득하여 취득세 등을 과세면제받은 후 매출액 감소 등의 경영악화라는 사유로 취득일로부터 2년이내에 매각한 경우 기 과세면제한 취득세 등을 부과고지한 것이 적법한 부과처분인지의 여부에 있다고 하겠다. 먼저 관계법령의 규정을 보면, 구 조세특례제한법 제119조제3항제1호 및 같은 법 제120조제3항에서 창업중소기업 및 창업벤처중소기업이 당해 사업을 영위하기 위하여 창업일(창업벤처중소기업의 경우에는 벤처기업으로 확인을 받은 날을 말한다)부터 2년 이내에 취득하는 사업용재산의 취득·등기에 대하여는 취득세와 등록세를 면제하되, 취득(등기)일부터 2년 이내에 당해 재산을 정당한 사유없이 당해 사업에 직접 사용하지 아니하는 경우에는 면제받은 세액을 추징한다라고 규정하고 있다. 다음으로 청구인의 경우를 보면, 청구인은 1999.3.22. 섬유기계제조업 등을 목적사업으로 하여 설립된 법인으로서 2001.1.26. 이 사건 부동산을 취득한 후 2001.3.19. ○○세무서장에게 사업자등록을 필하고 섬유기계제조업 등을 영위하다가 2001.11.23. 이 사건 부동산의 건축물 1,593.13㎡중 582㎡를 청구외 ○○○에게 임대하였으나 2002.7.25. 이 사건 부동산을 매각한 사실은 부동산임대차계약서 및 이 사건 부동산등기부 등의 관계증빙자료에서 알 수 있다. 그런데 청구인은 매출액 감소 등 경영악화로 인하여 부득이 이 사건 부동산을 매각한 후 그 매각대금 전체를 은행부채 상환용으로 사용하였으므로 이는 구 조세특례제한법 제119조제3항제1호 및 같은 법 제120조제3항에서 규정하고 있는 정당한 사유에 해당된다고 주장하고 있지만, 구 조세특례제한법 제119조제3항제1호 및 같은 법 제120조제3항에서 창업벤처중소기업이 당해사업을 영위하기 위하여 창업일로부터 2년이내에 취득하는 사업용재산의 취득·등기에 대하여는 취득세와 등록세를 과세면제하지만 취득일로부터 2년이내에 당해 재산을 정당한 사유없이 당해 사업에 직접 사용하지 아니하는 경우에는 면제된 세액을 추징한다라고 규정하고 있으므로 동 규정에서의 “정당한 사유”라 함은 법인 또는 개인이 당해 사업에 직접 사용하고자 부동산을 취득하였으나 취득이후에 관계법령 규정에 의하여 사용이 금지 또는 제한되어 부동산을 취득한 자가 마음대로 사용할 수 없는 외부적인 사유로 인하여 당해 사업에 직접 사용하지 못하는 경우를 뜻하는 것으로서 단순히 매출액 감소로 인한 경영악화 등 내부적인 사유로 인하여 직접 사용하지 아니하고 임대하거나 매각하는 경우에는 추징사유에서 제외되는 정당한 사유에 해당된다고는 볼 수 없으므로 이에 대한 청구인의 주장은 받아들일 수 없으며 또한 구 조세특례제한법 제119조제3항제1호 및 같은 법 제120조제3항에서 사업용재산의 취득일로부터 2년이내에 당해 사업에 직접 사용하다가 매각하는 경우에는 추징한다는 규정이 없으므로 이 사건 부동산 취득일로부터 2년이내에 섬유기계제조업 등을 영위하다가 매각하였으므로 기 과세면제한 이 사건 취득세 등을 추징한 것은 부당하다고 주장하고 있지만 구 조세특례제한법 제119조제3항제1호 및 같은 법 제120조제3항 단서에서 창업벤처중소기업이 취득·등기일로부터 2년이내에 정당한 사유없이 직접 사용하지 아니하면 면제받은 세액을 추징하도록 규정하고 있으며 청구인의 경우는 2001.1.26. 이 사건 부동산을 취득한 후취득일로부터 9개월이 경과한 2001.11.23. 지상 건축물 1,593.13㎡중 582㎡를 임대하다가 2002.7.25. 매각한 것이 부동산등기부 등에서 입증되고 있으며 또한 이 사건 부동산을 2001.1.26.에 525,225,223원에 취득하여 1년 6개월인 2002.7.25. 600,000,000원에 매각하여 양도차익을 남긴 점 등을 종합하여 보면, 처분청에서 기 과세면제한 이 사건 취득세 등을 추징한 처분은 별다른 잘못이 없는 것이라고 하겠다. 따라서 청구인의 주장은 이유가 없다고 인정되므로 지방세법 제77조 제1항의 규정에 의거 주문과 같이 결정한다.

2003. 2. 24. 행 정 자 치 부 장 관