공장건축물 사용승인일을 지목변경일로 보아 창업일로부터 2년이 경과되었다는 이유로 이미 감면한 취득세를 추징한 처분이 적법한 지 여부(기각)

[주 문] 청구인의 심사청구를 기각한다.

[이 유]

1. 원처분의 요지 처분청은 청구인이 1999.11.30. ○○도 ○○시 ○○면 ○○리 산 ○○번지외 13필지 농지 및 임야 42,735㎡(이하 “이 사건 토지”라 한다)에 대한 형질변경공사를 하고 토지의 지목변경에 따른 취득으로 취득세 등의 감면신청을 하자, 창업중소기업이 취득한 사업용 재산으로 보아 납부할 세액의 75%에 해당하는 세액을 감면하였으나, 이 사건 토지에 대한 지목변경일은 2001.7.31.로 창업일로부터 2년이 경과한 후에 취득한 것이므로 감면대상에 해당되지 않는 것으로 보아이미 감면한 취득세 20,948,840원, 농어촌특별세 1,920,300원, 합계 22,869,140원(가산세 포함)을 2002.7.10. 부과 고지하였다.

2. 청구의 취지 및 이유 청구인은 1997.12.1. 설립된 법인으로서, 1998.1.7. 처분청에 중소기업창업 사업계획 승인신청을 하여 1998.3.28. 창업사업계획승인과 함께 공장설립승인 및 농지전용과 산림훼손허가를 받아 1999.11.30. 형질변경을 위한 토목공사 등을 완료하여 이 사건 토지의 지목이 사실상 공장용지로 변경되었고, 같은 날 당초 법인장부상 건설중인 자산계정으로 회계처리한 총공사비 1,151,346,410원 중 부지조성비 526,107,822원은 토지계정으로, 옹벽 및 석축공사비 등 625,238,588원은 구축물계정으로 각각 대체하였는 바, 지방세법 제105조 제5항 및 같은법시행령 제73조 제8항 본문 규정에 의하면 이 사건 토지에 대한 지목변경일은 형질변경을 위한 토목공사 등을 완료하고 공사비를 토지계정 등에 대체처리한 1999.11.30.이고, 청구인은 이와 같이지목변경을 완료한 후 1999.12.10. 공장건축허가를 받아 시공하여 2001.7.31. 사용승인을 받은 것으로서, 형질변경공사와 공장건축공사를 분리하여 시공하고 각각 독립하여 회계처리 되었으므로 창업일(1997.12.1)로부터 2년내에 지목변경에 의해 취득한 이 사건 토지는 취득세를 감면대상임에도 공장건축물 사용승인일인 2001.7.31.을 지목변경일로 보아 창업일로부터 2년이 경과되어 취득이 이루어 졌다는 이유로 감면한 취득세를 추징한 처분은 부당하다고 주장하고 있다.

3. 우리부의 판단 이 사건 심사청구의 다툼은 공장건축물 사용승인일을 지목변경일로 보아 창업일로부터 2년이 경과되었다는 이유로 이미 감면한 취득세를 추징한 처분이 적법한 지 여부에 있다 하겠다. 먼저 관계법령의 규정을 보면, 지방세법 제105조 제5항에서 토지의 지목을 사실상 변경함으로써 그 가액이 증가한 경우에는 이를 취득으로 본다고 규정하고, 지방세법시행령 제73조 제8항에서 토지의 지목변경에 따른 취득은 토지의 지목이 사실상 변경된 날에 취득한 것으로 보되 다만, 사실상으로 변경된 날을 알 수 없는 경우에는 공부상의 지목변경일을 그 취득일로 본다고 규정하고 있으며, 조세특례제한법 제120조 제3항에서 창업중소기업 및 창업벤처중소기업이 당해 사업을 영위하기 위하여 창업일로부터 2년이내에 취득하는 사업용재산에 대하여는 취득세를 면제한다(1999.8.31.까지는 납부세액의 75%를 감면)고 규정하고 있다. 다음으로 청구인의 경우를 보면, 청구인은 1997.12.1. 사무용품 제조·판매업 등을 목적사업으로 설립된 법인으로서 1998.3.28. 처분청으로부터 창업사업계획승인과 함께 공장설립승인 및 이 사건 토지에 대한 농지전용과 산림훼손허가를 받아 토목공사 등을 시공하고, 1999.11.30. 법인장부상 건설중인 자산계정의 공사비 1,151,346,410원을 토지계정으로 526,107,822원, 구축물계정으로 625,238,588원을 대체하고 1999.12.24. 지목변경에 따른 취득신고를 하였으며, 1999.12.10. 이 사건 토지 등에 공장설립 건축허가를 받아 2000.2.26. 건축공사를 착공하고 2001.7.31. 사용승인을 받았으며, 이 사건 토지 중 ○○면 ○○리 ○○번지 외 1필지 임야 33,922㎡에 대하여는 2001. 2.22.에 형질변경지 복구 준공통보를 받은 사실을 제출된 관계 증빙자료에 의하여 알 수 있다. 이에 대하여 청구인은 이 사건 토지의 지목변경일은 형질변경을 위한 토목공사 등을 완료하고 공사비를 건설중인 자산계정에서 토지계정 등으로 대체한 1999.11.30.로서 창업일로부터 2년내이므로 취득세 감면대상이라고 주장하고 있으므로 이에 대하여 보면, 토지의 지목변경으로 인한 취득세는 사실상으로 지목변경이 이루어진 날에 납세의무가 성립되는 것으로서 청구인의 경우는 종전의 지목이 전 및 임야인 이 사건 토지에 공장을 건축하는 중소기업창업사업계획승인 즉 토지의 형질변경과 공장건축에 대한 일괄허가를 받아 사업을 추진하는 경우이므로 이 사건 토지의 형질변경이 완료되려면 당해 토지의 지목이 공장용지가 된 날이어야 할 것으로서 청구인의 주장과 같이 단순히 토지 평탄작업 등 토목공사만을 마치고 장부상 공사비를 토지계정 등에 대체한 때에 공장용지로 지목변경이 이루어졌다고 볼 수는 없는것이라 하겠다.또한, 대법원 판례(99두9919, 2001.7.27)에서 골프장 조성에 따른 토지의 지목변경에 의한 간주취득의 시기는 전·답·임야에 대한 산림훼손(임목의 벌채 등), 형질변경(절토, 성토, 옹벽공사 등), 농지전용 등의 공사뿐만 아니라 골프장으로서의 효용에 공하는 모든 공사를 완료하고 골프장 조성공사가 준공된 때라고 판시하고 있는 점에 비추어, 지목이 전 및 임야인 이 사건 토지가 공장용지로 지목변경되는 시기는 공장건축공사가 준공되는 때라고 보는 것이 타당하다 할 것으로 청구인의 주장과 같이 공장신축을 위한 준비과정으로서 토지의 형질변경을 위한 토목공사 등을 하고 그 공사비를 토지계정 등으로 대체한 날에 지목변경이 된 것으로 보기는 어렵다 하겠으므로 청구인은 창업일(1997.12.1.)로부터 2년이 경과된 후에 지목변경에 의한 취득이 이루어진 것으로 취득세 감면대상에 해당된다고 볼 수는 없다 하겠다. 따라서 청구인의 주장은 이유가 없다고 인정되므로 지방세법 제77조 제1항의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.

2002. 10. 28. 행 정 자 치 부 장 관