학교법인이 기숙사와 그 부속시설을 타인에게 위탁 관리운영토록 하고, 그 건축비의 일부와 학교발전기금을 기부 받는 경우 비과세한 취득세 등을 추징한 처분이 적법한 지 여부(기각)

[주 문] 청구인의 심사청구를 기각한다.

[이 유]

1. 원처분의 요지 처분청은 청구인이 1998.8.26. ○○도 ○○시 ○○읍 ○○리 ○○번지외 8필지 토지 17,083.13㎡상에 건축물 26,002.75㎡(지하 1층, 지상 5층, 이하 "이 사건 부동산"이라 한다)를 신축 취득한데 대하여 학교법인이 교육사업에 사용하는 부동산으로 보아 취득세 등을 비과세 하였으나, 그 중 12,057.24㎡(이하 “쟁점 부동산”이라 한다)를 정당한 사유없이 교육사업에 사용하지 아니하므로 그 부분에 대하여 비과세한 취득세 등의 추징대상으로 보아 그 취득가액(8,327,630,455원)에 지방세법 제112조 제1항 및 제131조 제1항 제4호의 세율을 적용하여 산출한 취득세 199,863,120원, 농어촌특별세 18,320,780원, 등록세 79,945,240원, 교육세 14,656,620원, 합계 312,785, 760원(가산세 포함)을 2002.7.3. 부과 고지하였다.

2. 청구의 취지 및 이유 청구인은 이 사건 부과 처분의 취소를 구하면서 그 이유로, 쟁점 부동산은 청구인이 운영하는 대학교의 기숙사동 건물의 일부로서 구내식당, 문구점, 휴게시설 등 필수적 후생복지시설이 설치된 교육사업용 부동산인데 청구인의 현실적 제약으로 이들 시설을 직접 운영할 수 없어 청구외 ○○건설주식회사(이하 “○○건설”이라 한다)에 위탁 관리운영하고 있고, 그 위탁 관리운영자로부터 이 사건 부동산의 건축비 중 일부(65억 5천만원)를 기부 받았고, 2003년부터 2019년까지 매년 7억 2천만원을 학교발전기금으로 기부 받기로 하였지만 이는 사학발전을 위한 무대가성 지원금일 뿐 영리활동의 결과에 의한 수익이 아닌데도 처분청은 쟁점 부동산을 수익사업용 부동산으로 보아 이미 비과세한 취득세 등을 추징하는 것은 부당하다고 주장하고 있다.

3. 우리부의 판단 이 사건 심사청구의 다툼은 학교법인이 기숙사와 그 부속시설을 타인에게 위탁 관리운영토록 하고, 그 건축비의 일부와 학교발전기금을 기부 받는 경우 비과세한 취득세 등을 추징한 처분이 적법한 지 여부에 있다하겠다. 먼저 관계법령의 규정을 보면, 구지방세법(2000.12.29. 법률 제6260호로 개정되기 전의 것) 제107조 본문 및 제1호, 제127조 제1항, 같은법시행령 제78조의2 제1항 및 제79조 제1항 제2호에서 초·중등교육법 및 고등교육법에 의한 학교를 경영하는 자가 그 사업에 사용하기 위한 부동산의 취득 등기에 대하여는 취득세와 등록세를 부과하지 아니 하지만 법인세법 제3조 제2항의 규정에 의한 수익사업에 사용하는 경우와 취득일부터 3년이내에 정당한 사유없이 취득물건의 전부 또는 일부를 그 사업에 사용하지 아니한 경우에는 그 부분에 대하여는 취득세 등을 부과한다고 규정하고 있고, 법인세법 제3조 제2항 제1호 및 같은법시행령 제2조 제1항에서 제조업, 건설업, 도·소매 및 소비자용품수리업, 부동산·임대사업 등으로서 한국표준산업분류에 의한 각 사업 중 수익이 발생하는 사업을 수익사업으로 규정하고 있다. 다음으로 청구인의 경우를 보면, 이 사건 부동산은 청구인이 운영하는 ○○대학교 ○○캠퍼스의 기숙사동으로서, 청구인은 1998.9.1. 이 사건 부동산을 건축공사 수급자인 ○○건설에 1998.9.1. - 2019.2.28.까지 20년 6월간의 관리운영 및 수익권(제3자에 대한 임대권 등 일체의 권한 포함)을 제공하는 관리운영계약을 체결하였는 바 그 계약내용을 보면, ○○건설은 건축공사비 잔여금 65억 5천만원과 2003년부터 2019년까지 학교발전기금으로 매년 7억 2천만원을 기부하되 기숙사를 포함한 이 사건 부동산 전체에서 발생하는 수입금(임대보증금, 월세, 사용료 등 그 명목여하 불문) 일체를 ○○건설이 직접 수취하고, 만약 청구인이 계약을 해제할 경우에는 기부한 65억 5천만원에 대한 원리금과 계약해제시까지 ○○건설이 수취한 관리운영 수입금에서 임대보증금, 학교발전기금, 기타 유지관리비를 공제한 예상이익금에 대한 원리금을 정산하여 차액을 청구인이 지급하기로 하였으며, 이 사건 부동산에는 지하 1층과 지상 1층에 학생 및 교수식당, 은행, 편의점, 제과점, 당구장, 노래방, 오락실, 생맥주 광장, 레스토랑 등 매장이 설치되어 있고, 지상 2층에서 5층까지는 기숙사로 사용되고 있는데 처분청은 기숙사로 사용되는 부분을 제외한 지하 1층과 지상 1층의 매장부분에 대하여 비과세한 취득세 등을 추징한 사실을 제출된 관계 증빙자료에 의하여 알 수 있다. 이에 대하여 청구인은 이 사건 쟁점 부동산의 시설들이 대학교 구내의 필수 복지시설이므로 교육사업에 사용하는 부동산으로 보아야 함에도 취득세 등을 추징하는 것은 부당하다고 주장하고 있으므로 이에 대하여 보면, 청구인은 기숙사를 포함한 이 사건 부동산 전체를 20년 6월간 ○○건설에 위탁 관리운영(제3자에 대한 임대권 등 일체의 권리 포함)하도록 하고, ○○건설은 임대보증금, 월세, 사용료 등 일체의 수입을 직접 수취토록 하는 한편, ○○건설은 이 사건 부동산의 건축공사비 잔여금 65억 5천만원과 2003년부터2019년까지 매년 7억 2천만원의 학교발전기금을 기부하되, 만약 청구인이 계약을 해제할 경우 ○○건설이 기부한 65억 5천만원에 대한 원리금과 ○○건설의 예상이익금에 대한 원리금의 차액을 지급하는 관리운영계약을 체결한 사실 등을 볼 때 ○○건설이 청구인에게 지급하는 금전이 명목상 기부금으로 되어 있지만 그 실질에 있어서는 이 사건 부동산 전체에 대한 관리운영계약에 기인하여 지급하는 비용으로서, 이는 부동산 임대차에 따른 임대보증금 또는 임차료에 해당하는 것으로 봄이 타당하다 하겠으므로 처분청이 쟁점 부동산에 대한 취득세 등을 추징한 처분은 별다른 잘못이 없다 할 것이다. 따라서 청구인의 주장은 이유가 없다고 인정되므로 지방세법 제77조 제1항의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.

2002. 10. 28. 행 정 자 치 부 장 관