산업단지개발사업시행자가 산업단지를 조성한 후 일부 토지를 자회사에 임대하고 그 지상에 건축중인 공장용 건축물을 매각한 경우 취득세 등의 추징대상에 해당되는지 여부(취소)

[주 문] 처분청이 2001.12.21. 청구인에게 부과 고지한 취득세 363,853,800원, 농어촌특별세 33,353,260원, 등록세 545,780,700원, 교육세 100,059,790원, 합계 1,043,047,550원(가산세 포함)을 취소한다.

[이 유]

1. 원처분의 요지 처분청은 청구인이 2000.9.28. 산업단지개발사업시행자 변경지정(당초: ○○주식회사)을 받은 후 지방산업단지를 조성할 목적으로 2000.12.20. ○○도 ○○시 ○○면 ○○리 ○○번지외 429필지 토지 3,819,010㎡를 취득하고 지방세법 제276조의 규정에 의하여 취득세 등을 면제받은 후 정당한 사유없이 3년내인 2001.7.10. 그 중 27필지 202,141㎡(이하 “이 사건 토지”라 한다)를 청구외 ○○(주)에 임대하고, 그 토지상에 건축중인 공장용 건축물을매각하였으므로, 이 사건 토지의 취득가액(15,160,575,000원)에 지방세법 제112조 제1항 및 제131조 제1항 제3호 (2)목의세율을 적용하여 산출한 취득세 363,853,800원, 농어촌특별세 33,353,260원, 등록세 545,780,700원, 지방교육세100,059,790원, 합계 1,043,047,550원(가산세 포함)을 2001.12.21. 부과 고지하였다.

2. 청구의 취지 및 이유 청구인은 산업단지개발사업시행자로서 이 사건 토지를 취득하여 산업단지를 조성한 후, 조성된 토지 위에 공장용 건축물의 공정율 90%이상인 상태에서 자동변속기 부분에 대한 국제경쟁력을 강화하고자 일본회사로부터 기술이전을 받기 위한 합작회사를 설립하기로 하고 그 전 단계로 청구인이 50%의 지분을 출자하여 신설한 자회사인 청구외 ○○(주)에 공사중인 공장용 건축물을 매각하여 신축공사를 완공하고 공장용에 직접 사용하게 한 것이므로 공장용 건축물을 매각한 정당한 사유가 있고(같은 취지의 대법원 판결 1992.6.9. 91누10725), 지방세법 제276조 제3항에서 산업단지개발사업시행자가 산업단지를 조성한 후 임대하는 토지의 경우에도 감면대상에 해당한다고 규정하고 있는 바, 이 사건 토지도○○도지사로부터 산업단지 실시계획 변경승인을 얻어 임대한 것으로서 건축물을 직접 사용하는 것으로 건축허가를 받고 사후에 임대허가를 받아 임대하는 경우에도 감면대상이라 할 것(같은 취지의 행정자치부 심사결정 2000.12.26, 제2000-890호)이므로 이 사건 부과처분은 부당하다고 주장하고 있다.

3. 우리부의 판단 이 사건 심사청구의 다툼은 산업단지개발사업시행자가 산업단지를 조성한 후 일부 토지를 자회사에 임대하고 그 지상에 건축중인 공장용 건축물을매각한 경우 취득세 등의 추징대상에 해당되는 지 여부에 있다. 먼저 관계법령을 살펴보면, 지방세법 제276조 제2항에서 산업입지및개발에관한법률 제16조의 규정에 의한 산업단지개발사업의 시행자 또는 산업기술단지지원에관한특례법에 의한 사업시행자가 산업단지 또는 산업기술단지를 조성한 후에 공장용 건축물등을 신축하거나 증축하고자 하는 경우에는 다음 각호에 정하는 바에 의하여 지방세를 감면하지만, 산업단지 또는 산업기술단지를 조성하기 위하여 취득한 부동산의 취득일부터 3년 내에 정당한 사유없이 산업단지 또는 산업기술단지를 조성하지 아니하거나, 공사가 완료된 후에 정당한 사유없이 3년내에 공장용 건축물등을 신축하거나 증축하지 아니하는 경우에는 그 해당부분에 대하여는 감면된 취득세·등록세·재산세 및 종합토지세를 추징한다고 규정하고, 그 제3항에서 산업입지및개발에관한법률 제16조의 규정에 의한 산업단지개발사업의 시행자, 산업기술단지지원에관한특례법에 의한 사업시행자가 및 벤처기업육성에관한특별조치법에 의하여 지정하는 벤처기업집적시설의 사업시행자가 산업단지·산업기술단지 또는 벤처기업집적시설을 개발·조성하여 분양 또는 임대할 목적으로 취득하는 부동산에 대하여는 취득세와 등록세를 면제하지만, 그 취득일부터 3년내에 정당한 사유없이 산업단지·산업기술단지 또는 벤처기업집적시설을 개발·조성하지 아니하는 경우 또는 부동산의 취득일부터 벤처기업집적시설의 지정이 취소된 경우 그 해당부분에 대하여는 감면된 취득세·등록세·재산세 및 종합토지세를 추징한다고 규정하고 있다. 다음으로 청구인의 경우를 보면, 청구인은 2000.9.28.○○도지사로부터 서산지방산업단지 조성에 대한 사업시행자 변경지정을 받아2000.12.20. 이 사건 토지를 취득하였고, 2001.3.14. 청구인 및 청구외 ○○○(주)가 각각 50%를 출자하여 ○○(주)을 설립하였으며, 2001.7.3. 사업시행기간 연장에 대한 산업단지 지정 변경 및 개발실시계획 변경승인을 받은 후 2001.7.10. 청구외 ○○(주)와 2001.7.16.부터 2011.7.15.(10년)까지 이 사건 토지에 대한 임대약정계약을 체결하였고, 2001.7.24. 청구외 ○○(주)는 처분청으로부터 이 사건 토지상에 산업단지입주계약승인을 받았으며, 처분청은 청구인이 이 사건 토지상에 건축허가를 받은 건축물에 대하여 2001.7.26. 청구외 ○○(주)로 건축주 명의변경신고를 수리하였고 ○○(주)은 2002.1.14. 사용승인을 받은 사실은 제출된 관계증빙자료에 의하여 알 수 있다. 이에 대하여 청구인은 산업단지를 조성한 후 건축물 공정율 90%에 이른 상태에서 자동변속기 부분에 대한 국제경쟁력을 강화하고자 일본회사로부터 기술이전을 받기 위하여 합작회사를 설립하는 전 단계로 청구인이 50%지분을 출자하여 신설한 자회사인 청구외 ○○(주)에 공장용 건축물을 매각한 정당한 사유가 있고, 이 사건 토지를 임대 목적으로 사용 승인을 받아 임대하였으므로 감면대상에 해당된다고 주장하고 있으므로 이에 대하여 보면, 청구인은 2000.9.28. 산업단지개발사업시행자로 변경지정을 받아 산업단지를 조성하여, 자동차관련 부품제조공장을 신축할 목적으로 2000.12.20. 이 사건 토지를 취득하고 자동변속기 공장을 건축하던 중 건축공정이 90%에 이른 시점에서 자동변속기 부분에 대한 국제경쟁력을 강화하고자 일본회사로부터 기술이전을 받기 위하여 일본과 합작회사를 설립하는 전 단계로 청구인과 청구외 ○○○(주)가 각각 50%지분을 출자한 자회사인 청구외 ○○(주)을 신설하여건축중인 공장용 건축물을 매각한 후 자산양수도계약 및 인사발령을 통하여 청구인이 영위하는 사업 및 종업원 등에 대한 권리의무 일체를 자회사가 승계하여청구인이 당초 사업계획에 의하여 생산하고자 한 제품인 자동변속기를 생산하고 있는 사실이 확인되고 있는바, 이는 산업단지를 조성하기 위한 토지를 저렴한 가격에 공급하고, 산업단지를 신속하게 조성하겠다는 입법취지에 부합하는 것으로서 신축중인 공장용 건축물을 매각한 정당한 사유가 인정(같은 취지의 대법원 판결 1992.6.9. 91누10725)된다고 할 것이고, 토지를 임대한 것도 2001.7.16. 처분청으로부터 임대승인을 받았고, 충청남도지사로부터 실시계획 변경승인을 받아 자회사인 청구외 ○○(주)에 임대하였으며, 임차자인 청구외 ○○(주)은 공장용 건축물을 2002.1.14. 준공(사용승인)하여 현재 공장을 가동하고 있는 점을 볼 때, 청구인은 이 사건 토지를 취득한 사용목적을 포기한 것이 아니라 신설한 자회사로 하여금 사업계획을 승계하여 당초 목적대로 사용하게 한 것이므로처분청의 이 사건 부과처분은 잘못이라 할 것이다. 따라서 청구인의 주장은 이유가 있다고 인정되므로 지방세법 제77조제1항의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.

2002. 9. 30. 행 정 자 치 부 장 관