기업부설연구소용으로 부동산을 취득한 후 취득한 부동산중 일부를 임대하고 있는 경우에 임대한 부동산에 대하여 기과세면제한 취득세 등을 부과 고지한 것이 적법한 지의 여부(기각)

[주 문] 청구인의 심사청구를 기각한다.

[이 유]

1. 원처분의 요지 처분청은 청구인이 2001.6.13. 취득한 ○○시 ○○구 ○○동 ○○번지의 토지 3,260㎡와 동지상건축물 6,564.2㎡중 5,884.70㎡(이하 “이 사건 부동산”이라 한다)를 기업부설연구소로 보아 같은날 지방세법 제282조의 규정에 의하여 이 사건 부동산에 대한 취득세 및 등록세를 과세면제하였으나 2002.1.24. 처분청의 세무담당공무원(지방세무주사보 ○○○외 1인)의 현지확인에서 기업부설연구소용 건축물 5,884.70㎡중 3,861.355㎡를 청구외 주식회사○○○(대표이사○○○)에 임대하고 있으므로 임대한 건축물과 동부속토지의 취득가액(1,858,852,838원)에 지방세법 제112조제1항 및 같은법 제131조제1항제3호(2)목의 세율을 적용하여 산출한 취득세 44,612,460원, 농어촌특별세 4,089,470원, 등록세 66,918,690원, 지방교육세 12,268,420원, 합계 127, 889,040원(가산세 포함)을 2002.4.10. 부과 고지하였다.

2. 청구의 취지 및 이유 청구인은 1991.8.24. 실험동물의 생산 및 수입·수출업 등을 목적사업으로 하여 설립된 법인으로서 2000.10.16. ○○지방중소기업청장으로부터 벤처기업확인(제2000113571-4834호)을 받고 신약 및 화장품 등 신규상품의 안전성을 입증하기 위한 기업부설연구소로 사용하기 위하여 2001.4.25. 이 사건 부동산의 소유자인 청구외 주식회사 ○○○와 매매계약을 체결하면서 총 취득금액 3,160,000,000원중 3%에 해당하는 100,000,000원은 지급하고, 중도금과 잔금을 지급(중도금: 2001.6.20. 잔금 2002.1.31)하기전에 소유권이전등기 절차를 이행한다는 계약내용에 따라 2001.6.13. 이 사건 부동산을 취득하여 소유권이전 등기를 필하였지만, 동계약서 내용중 전소유자인 주식회사 ○○○의 사무실을 이전할 때까지는 중도금 지급을 유보토록 한다는 규정에 따라 기업부설연구소용으로 사용하기전에 일시적으로 주식회사 ○○○가 사용하고 있다고 하더라도 이 사건 부동산은 기업부설연구소용으로 취득한 부동산이기 때문에 이에 대한 취득세 등은 과세면제되어야 한다고 주장하고 또한, 청구인이 사용하지 아니하고 주식회사 ○○○가 사용하고 있는 부동산에 대하여 취득세 등을 추징코자 하면, 부동산 임대차계약서와 사업소세 신고납부시 잘못 신고납부하여 수정한 사업소세 신소납부서에도 입증되고 있는 건축물 2,307.44㎡(698평)임에도 처분청에서는 잘못 신고납부한 당초 사업소세 과세대장상 사업장면적인 3,861.355㎡를 임대한 면적으로 보아 이에 대한 취득세 등을 부과고지 하는것은 부당하다고 주장하면서 이 사건 취득세 등의 부과처분의 취소를 구하였다.

3. 우리부의 판단 이 사건 심사청구의 다툼은 기업부설연구소용으로 부동산을 취득한 후 취득한 부동산중 일부를 임대하고 있는 경우에 임대한 부동산에 대하여 기과세면제한 취득세 등을 부과 고지한 것이 적법한 지의 여부에 있다고 하겠다. 먼저 관계법령의 규정을 살펴보면, 지방세법 제282조에서 기업부설연구소용에 직접 사용하기 위하여 취득하는 부동산에 대하여는 취득세와 등록세를 면제하고, 과세기준일 현재 기업부설연구소용에 직접 사용하는 부동산에 대하여는 재산세 및 종합토지세를 면제하되 다만, 연구소 설치 후 2년 내에 연구소를 폐쇄하거나 다른 용도로 사용하는 경우 그 해당 부분에 대하여는 면제된 취득세와 등록세를 추징한다라고 규정하고, 같은법시행령 제73조제3항에서 잔금지급일, 연부금 지급일 등 지방세법상 취득일 전에 등기 또는 등록을 한 경우에는 그 등기일 또는 등록일을 취득일로 본다라고 규정하고 있다. 다음으로 청구인의 경우를 살펴보면 청구인은 2001.6.13. 기업부설연구소로 사용하기 위하여 이 사건 부동산을 취득한 후 같은날 처분청으로부터 취득세 및 등록세 등을 과세면제 받았으나 2002.1.24. 처분청 세무담당공무원(지방세무주사보 ○○○외 1인)의 현지확인에서 이 사건 부동산의 건축물 5,884.70㎡중 3,861.355㎡를 청구외 주식회사 ○○○에 임대하고 있으므로 임대한 건축물과 동부속 토지에 대한 취득세 및 등록세 등을 2002.4.10. 부과고지한 사실은 제출된 관계증빙자료에서 알 수 있다. 그런데 청구인은 이 사건 부동산을 취득할 당시의 계약서 내용중 이 사건 부동산의 전소유자인 주식회사 ○○○의 사무실을 이전할 때 까지는 중도금 지급을 유보토록 한다는 규정에 따라 기업부설연구소용으로 사용하기 전에 일시적으로 전 소유자가 사용하고 있다고 하더라도 이 사건 부동산은 기업부설연구소용으로 취득한 부동산이기 때문에 이에 대한 취득세 등은 과세면제되어야 한다고 주장하고 있지만, 지방세법시행령 제73조제3항에서 잔금지급일 전에 등기를 한 경우에는 등기일을 취득일로 본다라고 규정하고 있고 지방세법 제282조에서 기업부설연구소용에 직접 사용하기 위하여 취득하는 부동산에 대하여는 취득세와 등록세를 면제하지만 연구소 설치후 2년내에 다른 용도로 사용하는 경우에는 면제된 취득세와 등록세를 추징하도록 규정하고 있으므로 청구인의 경우와 같이 이 사건 부동산을 중도금(지급일: 2001.6.20)과 잔금(지급일: 2002.1.31)을 지급하기 전인 2001.6.13. 소유권 이전 등기를 필하였으므로 청구인은 이 사건 부동산의 소유권 이전등기일인 2001.6.13. 이 사건 부동산을 취득한 것으로 보아야 하고, 이 사건 부동산의 전 소유자가 임차하여 사용하고 있는 사실이 임대차계약서에서 입증되고 있는 이상 처분청에서 청구인이 기업부설연구소로 직접 사용하지 아니하고 임대한 부동산에 대하여 취득세 등을 부과고지한 것은 적법한 부과처분이라고 판단되고 또한, 청구인은 주식회사 ○○○에게 임대한 면적이 2,307.44㎡라고 주장하고 있지만 이 사건 부동산중 건축물을 임차한 주식회사 ○○○가 2001년도 재산할 사업소세를 신고납부할 당시(2001.7.10)의 사업장면적을 3,861.355㎡라고 신고하였을 뿐만 아니라 2002.1.24. 처분청 세무담당공무원의 현장확인시에도 임차하여 사용하고 있는 면적이 3,861.355㎡라고 확인하고 있는 점 등을 미루어보면 비록 임대차계약서상 임대한 면적이 2,307.44㎡로 등재되어 있고 2002.3.8. 2001년도 재산할 사업소세의 사업장 면적을 수정신고하였다고 하더라도 주식회사 ○○○가 3,861.355㎡를 사실상 사용하고 있는 것으로 보아야 하므로 이 또한 청구인의 주장을 받아들일 수 없다고 하겠다. 따라서 청구인의 주장은 이유가 없다고 인정되므로 지방세법 제77조제1항의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.

2002. 8. 26. 행 정 자 치 부 장 관