수도권정비계획법에 의한 과밀억제권역내에서 노인복지시설을 운영하는 자가 부동산을 임대함으로서 임차인이 의료업등을 영위하고 있는 경우에 등록세 등이 중과대상에서 제외되는지의 여부(기각)

[주 문] 청구인의 심사청구를 기각한다.

[이 유]

1. 원처분의 요지 처분청은 청구인이 2000.3.15. 유료노인복지시설용으로 취득한 ○○도 ○○시 ○○동 ○○번지외 1필지의 토지 2,266㎡와 동 지상건축물 5,040.28㎡(이하 “이 사건 제1부동산”이라 한다)를 취득하였으므로 2000.3.23. 구 ○○도세감면조례(2000.12.30. 조례 제3070호로 개정되기 전의 것) 제8조의 규정에 의하여 취득세와 등록세 등을 과세면제하였으나 이 사건 제1부동산의건축물 5,040.28㎡중 54.35%인 2,739.5㎡는 노인복지시설용으로 직접 사용하지 아니하고 약국, 소매점, 병원 등으로 임대하고 있으므로, 이 사건 제1부동산중 노인복지시설용으로 직접 사용하지 아니하는 약국 등의 건축물과 동 부속토지의 취득가액(1,173,960,000원)에 지방세법 제112조 제1항의 세율을 적용하여 산출한 취득세 28,175,040원(가산세 포함), 농어촌특별세 2,582,710원, 합계 30,757,750원과 2001.4.13. 취득한 이 사건 제1부동산과 연접한 같은 동 365-19번지의 토지 108㎡와 동 지상건축물 113.92㎡ 및 2001.9.2. 이 사건 제1부동산중 토지상에 증축한 40.92㎡(이하 2001.4.13. 취득한 토지 108㎡와 동 지상건축물 113.92㎡를 포함하여 “이 사건 제2부동산”이라 한다)와 이 사건 제1부동산에 대한 부동산 등기를 같은법 제138조 제1항 제3호 및 같은법시행령 제102조제2항에서 규정하고 있는 지점설치에 따른 부동산 등기로 보아 이 사건 제1부동산과 이 사건 제2부동산의 취득가액(2,336,000,000원)에 같은법 제131조 제1항의 세율을 적용하여 산출한 등록세 138,245,280원, 지방교육세 25,344,960원, 합계 163,590,240원(가산세 포함)을 2002.2.1. 부과고지하였다.

2. 청구의 취지 및 이유 청구인은 1993.11.8. 노인복지시설의 설치운영 및 분양 등을 목적사업으로 하여 설립된 법인(본점: ○○시 ○○구 ○○동 ○○번지)으로서 노인전문요양시설용으로 사용하기 위하여 2000.3.15. 이 사건 제1부동산을 취득하고 2001.7.24. ○○도○○시장에게 노인복지시설설치신고(사회65240- 22116)를 필하였으므로, 노인복지시설의 필수적 부대시설인 병원은 영리법인이 경영을 하지 못하도록 의료법 제30조 제2항 제4호에서 규정하고 있어 부득이 병원용으로 임대하고 있으나 구 ○○도세감면조례 제8조의 규정에 의하여 이 사건 제1부동산에 대한 취득세 등은 과세면제되어야 하고, 둘째, 지방세법 제138조 제1항 및 같은법시행령 제101조 제1항 제11호에서 의료업을 등록세 중과제외업종으로 규정하고 있으므로 비록 임대하여 임차인이 의료업을 운영하고 있는 이 사건 제1부동산 및 제2부동산에 대한 등록세는 중과세대상에서 제외되어야 하고, 셋째, 이 사건 제1부동산은 취득할 당시 의료업을 하던 건축물이므로 건축물관리대장상 건축물의 용도가 의료시설로 등재되어 있어 2001.12.26. 이 사건 제1부동산중 건축물 5,040.28㎡의 69.7%인 3,513.08㎡를 복지시설용도로 변경하여 노인복지시설로 사용하고 있음에도 처분청에서는 45.65%인 2,300.89㎡만 노인복지시설로 인정하는 것은 부당하다고 주장하면서 이 사건 부과처분의 경정을 구하였다.

3. 우리부의 판단 이 사건 심사청구의 다툼은 수도권정비계획법에 의한 과밀억제권역내에서 노인복지시설을 운영하는 자가 부동산을 임대함으로서 임차인이 의료업등을 영위하고 있는 경우에 등록세 등이 중과대상에서 제외되는지의 여부에 있다 하겠다. 먼저 관계법령의 규정을 살펴 보면, 구 ○○도세감면조례(2000.12.30. 조례 제3070호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제8조에서 노인복지법에 의한 유료노인복지시설을 설치하기 위하여 취득하는 부동산에 대하여는 취득세와 등록세를 면제하도록 규정하면서 그 단서에서 다만, 취득일로부터 1년이내에 정당한 사유없이 유료노인복지시설에 사용하지 아니하거나 건축공사에 착공하지 아니한 경우에는 취득세 및 등록세를 추징하도록 규정하고 있고, 지방세법 제138조제1항 본문 및 제3호, 같은법시행령 제102조제2항에서 대도시내에서의 법인의 설립과 지점 또는 분사무소의 설치에 따른 부동산 등기와 그 설립 이후 5년이내에 취득하는 일체의 부동산 등기에 대하여는 그러하지 아니하다고 규정한 다음, 같은법시행령 제101조제1항제11호에서 의료법 제3조의 규정에 의한 의료업은 등록세 중과대상에서 제외하도록 규정하고 있고, 같은조 제2항에서는 제1항 규정에 의한 업종을 영위하는 자가 당해 업종에 사용하기 위하여 취득한 재산을 그 등기일로부터 정당한 사유없이 1년이 경과할 때까지 당해 업종에 직접 사용하지 아니하는 경우에는 법 제138조제1항 본문의 규정을 적용한다라고 각각 규정하고 있다. 다음으로 청구인의 경우를 살펴 보면, 청구인은 2000.3.15. 유로노인복지시설용으로 사용하기 위하여 취득한 이 사건 제1부동산의 건축물(5,040.28㎡)중 54.35%인 2,739.5㎡를 임대하고 있으므로 임대한 건축물과 동 부속토지에 대한 취득세 및 농어촌특별세와 2001.4.13. 취득한 부동산(토지 108㎡와 동 지상 건축물 113.92㎡)과 증축한 건축물 40.92㎡인 이 사건 제2부동산 및 이 사건 제1부동산에 대한 등기는 대도시내 지점설치에 따른 부동산 등기로 보아 중과세율을 적용하여 산출한 등록세 등을 2002.2.1. 부과고지한 사실은 제출된 관계증빙자료에서 알 수 있다. 그런데 청구인은, 첫째, 병원은 영리법인이 경영하지 못하도록 의료법 제30조 제2항 제4호에서 규정하고 있으므로 부득이 병원용으로 임대하고 있으나 이는 노인복지시설의 부대시설에 해당되므로 구 ○○도세감면조례 제8조의 규정에 의하여 병원용 등으로 사용하고 있는 부동산의 취득세 등은 과세면제되어야 한다고 주장하고 있지만, 구 ○○도세감면조례 제8조에서 노인복지법에 의한 유료노인복지시설을 설치하기 위하여 취득하는 부동산에 대하여는 취득세와 등록세를 면제하도록 규정하고, 다만, 취득일로부터 1년이내에 정당한 사유없이 유료노인복지시설에 사용하지 아니한 경우에는 면제된 취득세와 등록세를 추징하도록 규정하고 있으므로, 청구인의 경우와 같이 2000.3.15. 이 사건 제1부동산을 취득하고 2001.6.16. 청구외 ○○○(○○시 ○○구 ○○동 ○○아파트 ○○-○○)에게 임대하므로서 임차인은 같은 날 ○○도 ○○시장으로부터 의료기관개설허가(○○병원)를 받고 2001.6.19. 사업자등록을 필한 다음, 불특정다수인을 대상으로 운영되는 의료기관은 노인의료복지시설과 동일 건물내에 설치되어 있다고하더라도 노인의료복지시설의 부대시설로는 볼 수 없는 것으로 보아야하고, 둘째, 지방세법 제138조제1항 및 같은법시행령 제101조제1항제11호에서 의료업을 등록세 중과제외업종으로 규정하고 있으므로 비록 임대하였다고 하더라도 임차인이 의료업을 운영하고 있는 이상, 이 사건 제1부동산 및 이 사건 제2부동산에 대한 등록세 중과세는 부당하다고 주장하고 있으나 지방세법 제138조제1항 및 같은법 시행령 제101조 제1항 제11호에서 의료업은 등록세의 중과세대상에서 제외하고 있지만, 같은법시행령 제138조 제2항에서 의료업을 영위하는 자가 당해 업종에 사용하기 위하여 취득한 재산을 등기·등록하는 경우에 중과세대상에서 제외하도록 규정하고 있으므로, 청구인의 경우와 같이 의료업을 영위하는 자가 아닌 노인의료복지시설설치신고를 필한 자가 부동산을 취득·등기한 후 그 일부를 의료업을 경영하는 자에게 임대하고 있는 것은 등록세중과대상으로 보아야 하며, 셋째, 청구인은 이 사건 제1부동산은 취득할 당시 의료업을 하던 건축물이므로 건축물관리대장상 건축물의 용도가 의료시설로 등재되어 있어 2001.12.26. 이 사건 제1부동산중 건축물(5,040.28㎡)의 69.7%인 3,513.08㎡를 복지시설용도로 변경하여 노인복지시설로 사용하고 있다고 주장하고 있지만, 이 사건 제1부동산의 건축물(5,040.28㎡)중 54.35%인 2,739.5㎡에서 노인복지시설로 직접 사용하지 아니하고 의료시설, 약국, 소매점 등으로 임대하여 사용하고 있는 사실이 2001.11.3. 처분청 세무담당공무원(지방행정주사 ○○○외 1인)의 현지확인출장복명서에서 입증되고 있는 이상, 이 또한 청구인의 주장을 받아 들일 수 없으므로 처분청에서 이 사건 취득세 및 등록세 등을 부과고지한 것은 적법하다고 판단된다. 따라서 청구인의 주장은 이유가 없다고 인정되므로 지방세법 제77조 제1항의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.

2002. 7. 29. 행 정 자 치 부 장 관