법인장부상 토지의 취득비용으로 계상된 건설자금이자를 취득세 과세표준에 포함하여 취득세 등을 추징한 처분이 적법한 지 여부(취소)

[주 문] 처분청이 2002.5.10. 청구인에게 부과고지한 취득세 18,694,960원, 농어촌특별세 1,713,700원, 등록세 28,042,450원, 교육세 5,141,110원, 합계 53,592,220원(가산세 포함)을 취소한다.

[이 유]

1. 원처분의 요지 처분청은 청구인이 판매시설을 신축하기 위하여 1999.4.7.부터 같은 해 11.23. 사이에 ○○시 ○○구 ○○동 ○○번지외 71필지 토지 11,251.28㎡(이하 “이 사건 토지”라 한다)를 취득한 후 취득세 등을 신고납부하였으나, 그 후 세무조사 결과 이 사건 토지의 취득과 관련하여 발생한 건설자금이자를 2000.12.31. 이 사건 토지의 취득비용으로 계상하고서도 이에 대한 취득세 등을 신고납부하지 아니한 사실을 확인하고 법인장부상 이 사건 토지의 취득비용으로 계상한 건설자금이자(778,957,112원)에 지방세법 제112조 제1항 및 제131조 제1항 제3호의 세율을 적용하여 산출한 취득세 18,694,960원, 농어촌특별세 1,713,700원, 등록세 28,042,450원, 교육세 5,141,110원, 합계 53,592,220원(가산세 포함)을 2002.5.10. 부과고지하였다.

2. 청구의 취지 및 이유 1998년 이전에는 기업회계기준과 법인세법상 일반차입금에 대한 지급이자는 건설자금이자로 보지 않았으므로 그 회계처리방법이 동일하여 세무조정 사항이 발생하지 않았으나, 1998년부터 기업회계기준에 대한 해석이 변경되어 유형자산 건설에 직접 사용되었는지 여부가 불분명한 차입금의 이자에 대해서도 건설자금이자로 계상하도록 함에 따라 일반 차입금의 지급이자중 일부를 이 사건 토지에 대한 건설자금이자로 보아 회계처리하였으나, 1999년도 법인소득 신고시 세무조정계산서상 이 사건 토지에 대하여 법인장부상 계상한 건설자금이자는 법인세법상 건설자금이자로 인정되지 않는다고 보아 손금산입하였는 바, 구 지방세법시행령(2000.12.29. 대통령령 제17052호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제82조의3 제1항에서는 구 법인세법(1998.12.28. 법률 제5581호로 개정되기 전의 것, 이하 같다)의 규정에 의하여 건설자금에 충당한 금액의 이자를 취득세 과세표준에 포함한다고 규정하면서 법인세법의 규정을 준용하고 있으므로, 청구인의 경우와 같이 이 사건 토지의 취득과 관련이 없는 일반 차입금의 지급이자중 일부를 기업회계기준에 따라 법인장부상 그 취득가액에 포함하였다 하더라도 이러한 건설자금이자는 법인세법상 인정되지 않으므로 그 금액은 지방세법상으로도 취득비용에서 제외되어야 할 것이며, 또한 유권해석에서 2001.1.1. 이후에 발생한 귀속이 불분명한 건설자금이자는 취득세 과세표준에 포함되나 그 이전에 발생된 귀속이 불분명한 건설자금이자는 취득세 과세표준에 포함되지 않는다고 해석하고 있는 점이 비추어, 처분청이 2001.1.1. 이전에 발생한 건설자금이자를 이 사건 토지의 취득비용으로 보아 취득세 등을 추징한 처분은 부당하다고 주장하고 있다.

3. 우리부의 판단 이 사건 심사청구의 다툼은 법인장부상 토지의 취득비용으로 계상된 건설자금이자를 취득세 과세표준에 포함하여 취득세 등을 추징한 처분이 적법한 지 여부에 관한 다툼이라 하겠다. 먼저 관계법령을 보면, 지방세법 제111조 제5항 본문 및 제3호에서 법인장부에 의하여 사실상의 취득가격이 입증되는 취득의 경우에는 그 사실상의 취득가격을 취득세 과세표준으로 하도록 규정하고 있고, 구 지방세법시행령 제82조의3 제1항에서 취득세의 과세표준이 되는 취득가격은 과세대상 물건의 취득시기를 기준으로 그 이전에 당해 물건을 취득하기 위하여 거래 상대방 또는 제3자에게 지급하였거나 지급하여야 할 일체의 비용(소개수수료, 설계비, 연체료, 할부이자 및 구 법인세법 제16조 제11호의 규정에 의한 건설자금에 충당한 금액의 이자 등 취득에 소요된 직접·간접비용 포함)을 포함한다고 규정하고 있으며, 구 법인세법 제16조 제11호 가목과 구 법인세법시행령(1998.12.31. 대통령령 제15970호로 개정되기 전의 것) 제33조 제1항에서는 명목 여하에 불구하고 사업용 고정자산의 매입·제조·건설에 소요되는 차입금(고정자산의 건설에 소요된지의 여부가 분명하지 아니한 차입금 제외)에 대한 지급이자 등은 손금불산입하도록 규정하고 있다. 다음으로 청구인의 경우를 보면, 청구인은 1999.4.7.부터 같은 해 11.23. 사이에 이 사건 토지를 취득하면서 매매대금으로 11,642,000,000원을 지급하고 이에 대한 취득세 등을 신고납부하였으나 처분청은 세무조사결과 청구인이 이 사건 토지의 취득과 관련하여 지급한 매매대금의 연평균지출액을 6,522,992,192원, 연평균이자율을 11.94%로 계산하여 1999년도에 지급한 지급이자 5,429,744,969원중 778,957,112원을 이 사건 토지의 취득과 관련하여 지급한 건설자금이자로 계산하여 이를 건설중인 자산 계정에 대체하였다가 2000.12.31. 이 금액을 다시 토지계정에 대체한 사실을 확인하고 건설자금이자로 계상한 금액을 이 사건 토지의 취득비용으로 보아 이에 대한 취득세 등을 부과고지한 사실을 제출된 관계 증빙자료에서 알 수 있다. 이에 대하여 청구인은 이 사건 토지의 취득과 관련하여 법인장부상 건설자금이자로 계상한 금액은 일반 차입금에 대한 지급이자로서 이러한 금액은 취득세 등의 과세표준에 해당되지 않으므로 이를 과세표준에 포함하여 취득세 등을 추징한 처분이 부당하다고 주장하고 있으므로 이를 살펴보면, 구 지방세법시행령 제82조의3 제1항에서 취득가격에 포함되는 건설자금이자의 범위를 기업회계기준에 따른 건설자금이자가 아니라 구 법인세법 제16조 제11호의 규정에 의한 차입금의 이자로 규정하고 있고, 청구인은 1999년도에 지급한 이자중 일부를 기업회계기준에 따라 이 사건 토지의 취득과 관련된 건설자금이자로 산정하여 법인장부상 취득가액으로 계상하였으나, 구 법인세법에서 당해 부동산의 매입에 소요된 차입금의 이자인지가 불분명한 경우는 건설자금이자의 적용대상에서 제외하고 있으며, 청구인의 경우에도 당해 건설자금이자는 일반 차입금으로 인하여 발생한 지급이자로서 법인세법상 건설자금이자에 해당되지 않는다고 보아 1999년도분 법인세 신고시 이를 손금산입 조치한 사실과 청구인의 결산서상 장기차입금이 1998년도에 2,778,567,072원이고, 1999년도에 2,894,569,665원인 점을 볼 때 이 사건 토지의 취득과 관련하여 장기차입금이 발생하였다고 볼 수 있는 증거가 없는데도, 처분청은 이 사건 토지의 취득과 관련하여 직접적으로 소요된 차입금이 있는 지 여부에 대한 구체적인 입증자료를 제시함이 없이 법인장부상 이 사건 토지계정에 건설자금이자가 계상된 사실만으로 당해 건설자금이자를 이 사건 토지의 취득비용으로 보아 취득세 등을 추징한 처분은 잘못이라 하겠다. 따라서 청구인의 주장은 이유가 있다고 인정되므로 지방세법 제77조 제1항의 규정에 의거 주문과 같이 결정한다.

2002. 7. 29. 행 정 자 치 부 장 관