과세표준이 적법하게 산출되었는지 여부와 제1처분 및 제2처분이 적법한 부과처분인지 여부(경정)

[주 문] 처분청에서 2001.11.10. 부과 고지한 취득세 41,867,780원, 농어촌특별세 3,803,450원, 등록세 23,044,510원, 지방교육세 4,224,810원, 합계 72,940,550원(가산세가 포함)을 취득세 3,989,210원, 농어촌특별세 351,850원, 등록세 20,355,040원, 지방교육세 3,726,520원, 합계 29,422,620원(가산세 포함)으로 경정하고 나머지 청구는 기각한다.

[이 유]

1. 원처분의 요지 처분청은 청구인이 1998.4.16. ○○시 ○○구 ○○동 ○○번지 토지 1,577㎡(이하 이 사건 토지 라 한다)를 취득한 후 2001.7.12. 이 사건 토지 에 공동주택 및 생활편익시설 등 6,314.62㎡(이하 이 사건 건축물 이라 한다)를 사용검사 받아 취득세 및 등록세 등을 일반세율을 적용하여 신고납부 하였으나, 청구인의 경우는 1994.3.23. ○○도 ○○시 ○○구 ○○동 ○○ ○○빌딩 ○○호에서 주택건축업 및 부동산임대업 등을 목적사업으로 설립되어 2000.6.5.(등기일 2000.6.13.) 본점 주소지를 이 사건 건축물 중 상가용도인 B101호(1,128.64㎡, 이하 이 사건 과세물건 이라 한다)로 변경하여 이 사건 과세물건을 본점 사업용 부동산으로 사용하고 있으므로 이 사건 과세물건 및 그 부속토지의 취득가액(1,671,121,476원)을 과세표준으로 지방세법 제112조 제3항의 세율을 적용하여 산출한 세액에서 이미 납부한 세액을 차감한 취득세 41,867,780원, 농어촌특별세 3,803,450원, 합계 45,671,230원(가산세 포함, 이하 제1처분 이라 한다)을 2001.11.10. 부과 고지하였고, 또한 이 사건 과세물건과 그 부속토지는 대도시내로의 법인의 본점 전입 및 전입 이후의 부동산 등기에 해당되므로 그 취득가액(1,671,121,476원)을 과세표준으로 지방세법 제138조 제1항의 세율을 적용하여 산출한 세액에서 이미 납부한 세액을 차감한 등록세 23,044,510원, 지방교육세 4,224,820원, 합계 27,269,330원(가산세 포함, 이하 제2처분 이라 한다)을 2001.11.10. 부과 고지하였다.

2. 청구의 취지 및 이유 청구인은 첫째, 설계비 및 감리비는 공사원가명세서의 지급수수료 계정에 포함되어 있음에도 결산서 및 법인장부를 정확하게 파악하지 아니한 상태에서 별도 제출한 도급계약서 금액을 공사원가명세서 금액에 합산하여 과세표준을 산출한 잘못이 있고, 둘째, 본점 주소지를 이 사건 과세물건으로 이전한 것은 사실이지만 청구인은 직원 2명에 불과한 중소건설업체로서 이 사건 건축물의 옥탑에서 본점 사무를 처리하고 있음에도 본점 주소지를 이전하였다는 이유만으로 이 사건 과세물건과 그 부속토지를 본점 사업용 부동산으로 취득세를 중과세한 제1처분은 위법한 부과처분이며, 셋째, 이 사건 과세물건은 임대아파트 상가로 건축되어 분양 및 임대되지 아니한 재고물건(상품)으로서 부동산으로 볼 수 없다 할 것인데도 처분청에서 이 사건 과세물건과 그 부속토지를 대도시내로의 법인의 본점 전입 및 전입 이후의 부동산 등기로 보아 등록세를 중과세한 제2처분은 위법 부당하다고 주장하고 있다.

3. 우리부의 판단 이 사건 심사청구의 다툼은 과세표준이 적법하게 산출되었는지 여부와 제1처분 및 제2처분이 적법한 부과처분인지 여부에 있다 하겠으므로 청구인의 주장을 차례대로 살펴본다. 첫째, 설계비 및 감리비는 공사원가명세서의 지급수수료 계정에 포함되어 있음에도 결산서 및 법인장부를 정확하게 파악하지 아니하고 별도 제출한 도급계약서 금액을 공사원가명세서 금액에 합산하여 과세표준을 산출한 잘못이 있다는 주장하고 있으므로 이에 대하여 보면, 지방세법 제111조 제5항에서 다음에 게기하는 취득(증여·기부 기타 무상취득을 제외한다)에 대하여는 제2항 단서 및 제3항의 규정에 불구하고 사실상의 취득가액 또는 연부금액에 의한다고 규정한 다음 그 제3호에서 판결문·법인장부 중 대통령이 정하는 것에 의하여 취득가격이 입증되는 취득이라고 규정하고 있고, 같은법시행령 제82조의2 제1항에서 법 제111조 제5항 제3호에서 판결문·법인장부 중 대통령이 정하는 것 이라 함은 다음 각호에 정하는 것을 말한다고 규정하면서 그 제2호에서 법인장부라 함은 법인이 작성한 원장·보조장·출납전표·결산서라고 규정하고 있으며, 지방세법 제130조 제3항에서 제111조 제5항의 규정에 해당하는 경우에는 동조 동항의 규정에 의한 사실상의 취득가액을 과세표준으로 한다고 규정하고 있고, 이와 같이 법인의 경우 사실상의 취득가액을 적용한다고 규정한 취지는 개인과는 달리 객관화된 조직체로서 거래가액을 조작할 염려가 적은 법인의 장부가액은 특별히 그 취득가액을 조작하였다고 인정되지 않는 한 원칙적으로 실제의 취득가격에 부합하는 것으로 볼 수 있는 신빙성을 전제로 한 것으로서 법인의 장부가액이 사실상의 취득가격에 부합되는지 여부에 관계없이 무조건 법인의 장부가액을 취득세와 등록세의 과세표준으로 하여야 한다는 것은 아니라 할 것(같은 취지의 대법원 판결 1993.4.27. 92누15895)이고, 청구인의 경우 1998.3.17. 청구 외 (주)우현건축사무소와 이 사건 건축물의 설계 및 감리계약서 금액이 192,000,000원인 반면에 공사원가명세서 지급수수료 계정금액은 51,735,250원(1998년 24,647,720원, 1999년 26,575,130원, 2000년 512,400원)으로서 지급처가 불분명할 뿐만 아니라 설계비 및 감리비가 공사원가명세서의 지급수수료 계정 또는 타 계정에 포함되었다는 구체적이고 객관적인 입증자료를 제시하지 못하고 있으므로 청구인의 주장을 받아들일 수 없다 할 것이다. 둘째, 청구인은 직원 2명에 불과한 중소건설업체로서 이 사건 건축물의 옥탑에서 본점 사무를 처리하고 있으므로 이 사건 과세물건과 그 부속토지를 본점 사업용 부동산으로 취득세를 중과세한 제1처분은 위법한 부과처분이라고 주장하고 있으므로 이에 대하여 보면, 구 지방세법(2001.12.29. 법률 제6549호로 개정되기 이전의 것) 제112조 제3항에서 수도권정비계획법 제6조의 규정에 의한 과밀억제권역안에서 대통령령이 정하는 본점 또는 주사무소의 사업용 부동산(본점 또는 주사무소용 건축물을 신축 또는 증축하는 경우와 그 부속토지에 한한다)을 취득하는 경우와 동법 동조의 규정에 의한 과밀억제권역(공업배치및공장설립에관한법률의 적용을 받는 산업단지·유치지역 및 도시계획법의 적용을 받은 공업지역을 제외한다)안에서 공장을 신설 또는 증설하기 위하여 사업용 과세물건을 취득하는 경우의 취득세율은 제1항의 세율의 100분의 300으로 하되 다만, 외국인투자촉진법에 의한 외국인투자기업이 공장을 신설 또는 증설하기 위하여 2001년 12월 31일까지 취득하는 사업용 과세물건(동법에 의한 외국인투자비율에 해당하는 과세물건에 한한다)에 대하여는 그러하지 아니하다고 규정하고 있고, 지방세법시행령 제84조의2 제2항에서 대통령령이 정하는 본점 또는 주사무소의 사업용 부동산 이라 함은 법인의 본점 또는 주사무소의 사무소로 사용하는 부동산과 그 부대시설용 부동산(기숙사·합숙소·사택·연수시설·체육시설등 복지후생시설과 향토예비군 병기고 및 탄약고를 제외한다)을 말한다고 규정하고 있는 바, 처분청에서는 청구인이 1994.3.23. ○○도 ○○시 ○○구 ○○동 ○○ ○○빌딩 ○○호에서 주택건축업 및 부동산임대업 등을 목적사업으로 설립되어 2000.6.5.(등기일 2000.6.13.) 본점 주소지를 이 사건 과세물건으로 변경한 사실과 2001.12.1. 처분청 주택과에서 ○○경찰서에 고발한 공문서에서 청구인이 이 사건 건축물에 사전 입주한 사실이 확인되어 이 사건 과세물건과 그 부속토지를 청구인이 본점 사업용 부동산으로 사용하고 있는 것으로 보아 취득세를 중과세한 사실은 관계 증빙자료에 의하여 알 수 있지만, 2001.12.1. 청구인에 대한 처분청 주택과 고발 공문서 및 2001.1월 ○○경찰서장의 회신 공문서에서 이 사건 건축물 중 주택부분에 대해서만 사전 입주한 사실이 확인되고 있고, 2002.2.27. 처분청 세무공무원의 현지 조사 복명서에 의하면 2001.9.26. 현재 이 사건 과세물건이 오피스텔로 개조되어 2002.2.19. 현재 총 23개 호실 중 20개 호실을 임대하고 있으며 본점 사무실은 옥탑 61㎡를 개조하여 사용하고 있는 사실이 확인되고 있고, 2002.3.4. 처분청 주택과 정동환의 확인서에서도 이 사건 과세물건을 사용검사 당시 생활편익시설로 사용하지 아니한 사실이 확인되고 있는 점으로 보아 이 사건 과세물건과 그 부속토지를 청구인이 본점 사업용 부동산으로 사용하였다고 보기는 무리라 하겠으나, 청구인이 이 사건 건축물 중 옥탑 61㎡를 본점 사업용 부동산으로 사용한 사실이 처분청 세무공무원의 조사 복명서에서 확인되고 있고, 청구인 또한 심사청구서에서 이를 인정하고 있으므로 처분청의 청구인에 대한 제1처분은 취득세 3,989,210원, 농어촌특별세 351,850원, 합계 4,341,060원으로 경정하는 것이 타당하다 할 것이다. 셋째, 이 사건 과세물건은 임대아파트 상가로 건축되어 분양 및 임대되지 아니한 재고물건(상품)으로서 부동산으로 볼 수 없다 할 것인데도 처분청에서 이 사건 과세물건과 그 부속토지를 대도시내로의 법인의 본점 전입 및 전입 이후의 부동산 등기로 보아 등록세를 중과세한 제2처분은 부당하다고 주장하고 있으므로 이에 대하여 보면, 구 지방세법(2001.12.29. 법률 제6549호로 개정되기 이전의 것) 제138조 제1항에서 다음 각호의 1에 해당하는 때에는 그 세율을 제131조 및 제137조에 규정한 당해 세율의 100분의 300으로 하되 다만, 수도권정비계획법 제6조 제1항 제1호의 규정에 의한 과밀억제권역(공업배치및공장설립에관한법률의 적용을 받는 산업단지를 제외한다. 이하 이 조에서 대도시 라 한다)안에 설치가 불가피 하다고 인정되는 업종으로서 대통령령이 정하는 업종과 법인이 사원에게 분양 또는 임대할 목적으로 취득하는 대통령령이 정하는 주거용 부동산에 관한 등기 및 외국인투자촉진법에 의한 외국인투자기업이 2001.12.31.까지 행하는 공장의 신설 또는 증설에 따른 부동산등기(외국인투자비율에 해당하는 부동산의 등기에 한한다)에 대하여는 그러하지 아니하다고 규정한 다음 그 제3호에서 대도시내에서의 법인의 설립과 지점 또는 분사무소의 설치 및 대도시내로의 법인의 본점·주사무소·지점 또는 분사무소의 전입에 따른 부동산등기와 그 설립·설치·전입 이후의 부동산 등기라고 규정하고 있으며, 구 같은법시행령(2001.12.31. 대통령령 제17447호로 개정되기 이전의 것, 이하 같다) 제101조 제1항에서 법 제138조 제1항 단서에서 대통령령이 정하는 업종 이라 함은 다음 각호에 해당하는 업종을 말한다고 규정한 다음 그 제5호에서 해외건설촉진법의 규정에 의하여 면허받은 해외건설업(당해 년도에 해외건설실적이 있는 경우의 해외건설에 직접 사용하는 사무실용 부동산에 한한다) 및 주택건설촉진법 제6조 규정에 의하여 건설교통부에 등록된 주택건설사업(주택건설용으로 취득 등기하는 부동산에 한하며, 부동산을 취득한 후 3년 이내에 주택건설에 착공하는 경우에 한한다)으로 규정하고 있으며, 구 같은법시행령 제101조 제2항에서 제1항의 규정에 의한 업종을 영위하는 자가 당해 업종에 사용하기 위하여 취득한 재산을 그 등기 또는 등록일로부터 정당한 사유 없이 1년(제1항 제5호의 규정에 의한 주택건설사업의 경우는 3년)이 경과할 때까지 당해 업종에 직접 사용하지 아니하는 경우와 다른 업종을 겸용하는 경우의 그 겸용부분에 대하여는 법 제138조 제1항 본문의 규정을 적용하되 다만, 제1항 제6호의 규정에 의한 전기통신사업자가 전기통신사업법 제34조의3의 규정에 의하여 전기통신설비 또는 시설을 다른 전기통신사업자와 공동으로 사용하기 위하여 임대하는 부동산에 대하여는 그러하지 아니하다고 규정하고 있고, 청구인의 경우 1994.3.23. ○○도 ○○시 ○○구 ○○동 ○○ ○○빌딩 ○○호에서 주택건축업 및 부동산임대업 등을 목적사업으로 설립되어 1998.4.16. 이 사건 토지를 취득한 후 2000.6.5.(등기일 2000.6.13.) 본점 주소지를 이 사건 과세물건으로 변경한 다음 2001.7.12. 이 사건 건축물을 신축한 후 사용검사를 받아 2001.9.21. 소유권보존등기를 한 사실을 확인할 수 있는 바, 구 지방세법 제138조 제1항 본문 및 제3호에서 대도시내로의 법인의 본점·주사무소·지점 또는 분사무소의 전입에 따른 부동산등기와 그 설립·설치·전입 이후의 부동산 등기라 함은 사업장의 개설·이용 등과 관련된 고정자산으로서의 부동산 취득등기만으로 한정되는 것이 아니라 사업활동으로 발생되는 유동자산 또는 재고자산(상품)으로서의 부동산 취득등기도 포함되는 것이라 할 것(같은 취지의 대법원 판결 1997.11.11. 97누7899)이므로 처분청에서 이 사건 과세물건과 그 부속토지를 대도시내로의 본점 전입에 따른 부동산 등기와 그 전입 이후의 부동산등기로 보아 등록세 중과세 대상으로 판단한 것은 적법하다 하겠으나, 이 사건 과세물건의 과세표준을 산출함에 있어 등기되지 아니한 옥탑면적(199.92㎡)에 해당하는 금액을 과세표준에서 제외하지 아니한 채 등록세를 중과세한 것은 잘못이라 할 것이므로 제2처분은 등록세 20,355,040원, 교육세 3,726,520원, 합계 24,081,560원으로 경정하는 것이 타당하다 할 것이다. 따라서 청구인의 심사청구는 일부 이유가 있다고 인정되므로 지방세법 제77조 제1항의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.

2002. 7. 29. 행 정 자 치 부 장 관