청구인이 취득한 이 사건 부동산이 조세특례제한법에서 규정하고 있는 창업중소기업이 창업일로부터 2년이내에 취득한 부동산에 해당되어 취득세 및 등록세가 과세 면제되는지의 여부(각하)

[주 문] 청구인의 심사청구를 각하한다.

[이 유]

1. 원처분의 요지 처분청은 청구인이 2001.8.23. ○○도 ○○시 ○○동 ○○번지외 5필지의 토지 9,813㎡와 동 토지상의 공장용 건축물 3,259.85㎡(이하 “이 사건 부동산”이라 한다)를 취득한 후 2001.8.23. 이 사건 부동산의 취득가액(1,166,456,256원)에 지방세법 제131조제1항제3호의 세율을 적용하여 산출한 등록세 34,993,680원, 지방교육세 6,998,730원을 신고납부하고, 2001.9.22. 이 사건 부동산의 취득가액에 지방세법 제112조제1항의 세율을 적용하여 산출한 취득세 24,238,260원, 농어촌특별세 2,423,820원을 신고납부함에 따라 이를 각각 수납하여 징수결정하였다.

2. 청구의 취지 및 이유 청구인은 2001.5.3. 고압용기 및 저장탱크 제조·판매업 등을 목적사업으로 하여 설립된 법인으로서 창업일은 법인설립등기일인 2001.5.3.에 해당되고 이로부터 2년이내인 2001.8.23. 이 사건 부동산을 취득하여 등기를 필하였으므로 이 사건 부동산의 취득세 및 등록세 등은 조세특례제한법 제119조 및 제120조의 규정에 의하여 과세면제되어야 함에도 이를 잘못 판단하여 신고납부한 이 사건 취득세 등을 수납하여 징수결정한 것은 위법·부당한 처분이고, 또한 2002.3.7. 처분청에 과오납한 이 사건 취득세 등의 환급을 청구하였지만 2002.3.13. 불가하다고 통지함에 따라 이로부터 90일 이내인 2002.5.9 이의신청하였으므로 신고납부한 이 사건 취득세 등은 각하대상이 아니라 본안심의 대상에 해당된다고 주장하고 있다.

3. 우리부의 판단 이 사건 심사청구의 다툼은 청구인이 취득한 이 사건 부동산이 조세특례제한법에서 규정하고 있는 창업중소기업이 창업일로부터 2년이내에 취득한 부동산에 해당되어 취득세 및 등록세가 과세 면제되는지의 여부에 있다고 하겠다. 먼저 본안심의에 앞서 이 사건 심사청구가 적법하게 제기되었는지 여부를 살펴보면, 과오납금환급청구에 대하여 불가하다는 통지는 납세의무자가 갖는 환부청구권의 존부나 범위에 구체적이고 직접적인 영향을 미치는 처분이 아니고, 세법상의 명문규정이 있는 경우 외에는 신고납부방식의 납세의무자라도 과세관청에 대하여 이미 신고납부한 세액의 환급을 신청할 조리상의 권리는 인정되지 않으므로, 과세관청이 세법상 근거규정이 없고 조리상의 신청권에 기하지 않는 세액의 환급신청의 거부를 항고소송의 대상이 되는 행정처분이라고 할 수 없다 할 것으로서(같은 취지의 대법원판결 1994.12.2. 선고92누14250, 1988.12.20. 88누3406), 청구인의 경우 2001.8.23. 이 사건 부동산을 취득하고 이에 따른 취득세 등을 신고납부한 것으로서 이에 대한 환급청구에 대한 불가통지는 지방세법제72조의 이의신청 및 심사청구의 대상이 되는 행정처분에 해당한다고 볼 수는 없다 할 것이다. 따라서 청구인은 2001.8.23.과 2001.9.22. 이 사건 부동산의 취득세 등을 신고납부하였으면 신고납부일로부터 90일 이내에 이의신청을 제기하여야 함에도 불구하고, 그 신고납부일부터 7개월 내지 8개월이 경과한 2002.5.9. 이의신청을 제기함에 따라 본안심사 대상에 해당되지 않는다고 하겠으므로 지방세법 제77조 제1항의 규정에 의거 주문과 같이 결정한다.

2002. 7. 29. 행 정 자 치 부 장 관