이 사건 토지를 취득하기 위하여 지급한 위탁수수료가 취득세 등의 과세표준에 포함되는 지 여부(경정)

[주 문] 처분청에서 2002.4.11. 부과 고지한취득세 49,303,630원, 농어촌특별세 4,519,560원, 합계 53,823,190원(가산세 포함)을 취득세 44,840,110원, 농어촌특별세 4,110,330원, 합계 48,950,440원(가산세 포함)으로 경정하고,2002.5.9.부과 고지한등록세 34,216,420원,교육세 6,272,970원, 합계 40,489,390원(가산세 포함)을 기각한다.

[이 유]

1. 원처분의 요지 처분청은 청구인이 1999.3월부터 2001.10월까지 ○○시 ○○군 ○○면 ○○리 ○○번지 외 1,062필지 1,598,397㎡(이하 이 사건 토지 라 한다)를 ○○○○ 건설부지로 취득한 후 취득세 및 등록세 등을 신고납부 하였으나, 이 사건 토지는 청구인과 처분청이 토지 매수금액과 이주대책사업비 합계액의 2.8%를 위탁수수료로 지급하기로 위·수탁협약서를 체결하여 취득한 토지이므로 이 사건 토지의 매수금액(73,370,045,770)에 위탁수수료율(2.8%)를 곱한 위탁수수료(2,054,361,270원)를 과세표준에 포함되는 것으로 보아지방세법 제112조 제1항 및 같은 법 제131조 제1항의 세율을 적용하여 산출한 세액에서 이미 신고납부한 세액을 차감한 취득세 49,303,630원, 농어촌특별세 4,519,560원, 합계 53,823,190원(가산세 포함)은2002.4.11.에 등록세 34,216,420원,교육세 6,272,970원, 합계 40,489,390원(가산세 포함)은 2002.5.9.에 각각 부과 고지하였다.

2. 청구의 취지 및 이유 청구인은 원자력 발전소 건설부지 등에 대하여 지급한 위탁수수료에는 토지의 취득시기 이후 발생하는 업무 및 취득과 무관한 업무에 대한 위탁수수료가 포함되어 있으므로 이 사건 토지에 대한 위탁수수료를 안분하지 아니하고 전액을 과세표준액에 포함하는 것은 잘못이라 하겠으며, 처분청이 착오로 잘못 계산한 이 사건 토지 취득과 관련된 위탁수수료에 대해서는 처분청이 산출내역을 입증하여야 한다고 주장하면서 이 사건 부과처분의 취소를 요구하고 있다.

3. 우리부의 판단 이 사건 심사청구의 다툼은 이 사건 토지를 취득하기 위하여 지급한 위탁수수료가 취득세 등의 과세표준에 포함되는 지 여부에 있다 하겠다. 먼저 관계법령을 보면, 지방세법 제111조 제5항 및 제130조 제3항, 같은 법시행령 제82조의2 제1항 본문 및 제2호에서 취득세 및 등록세의 과세표준은 법인의 경우 법인이 작성한 원장·보조장·출납전표 등 법인장부에 의하여 입증되는 사실상의 취득가격을 과세표준으로 규정하고 있고, 구 지방세법시행령(2000.12.29. 대통령령 제17052호로 개정된 것 및 이전의 것, 이하 같다) 제82조의3 제1항에서 취득세의 과세표준이 되는 취득가격은 과세대상물건의 취득시기를 기준으로 그 이전에 당해 물건을 취득하기 위하여 거래 상대방 또는 제3자에게 지급하였거나 지급하여야 할 일체의 비용[소개수수료, 설계비, 연체료, 할부이자 및 건설자금(법인세법 제16조 제11호의 규정에 의한 건설자금)에 충당한 금액의 이자 등 취득에 소요된 직접·간접비용(부가가치세 제외)]을 말한다고 규정하고 있다. 다음으로 청구인의 경우를 보면, 청구인은 1997.12.26. 전원개발사업예정구역으로 지정고시(통상산업부 고시 제1887-209호, 효암·비학 신규○○○○ 건설사업)된 이 사건 토지를 취득하기 위하여 처분청과 토지 매수금액과 이주대책사업비 합계액의 2.8%를 위탁수수료로 지급하기로 하는 위·수탁협약을 체결하고, 1999.3월부터 2001.10월까지 취득한 이 사건 토지에 대한 위탁수수료를 제외한 금액을 과세표준으로 취득세 및 등록세 등을 신고납부 하였으므로, 처분청에서는 이 사건 토지 매수금액에 위탁수수료율을 곱한 금액에 이 사건 토지 매수금액을 합한 금액을 과세표준으로 보아 산출된 세액에서 이미 신고납부한 세액을 차감한 취득세 등을 부과 고지한 사실은 제출된 관계 증빙자료에 의하여 알 수 있다. 이에 대하여 청구인은 원자력 발전소 건설부지 등에 대하여 지급한 위탁수수료에는 토지의 취득시기 이후 발생하는 업무 및 취득과 무관한 업무에 대한 위탁수수료가 포함되어 있으므로 이 사건 토지에 대한 위탁수수료를 안분하지 아니하고 전액을 과세표준액에 포함하는 것은 잘못이라 할 것이고, 처분청이 착오로 잘못 계산한 이 사건 토지 취득과 관련된 위탁수수료에 대해서는 처분청이 산출내역을 입증하여야 한다고 주장하고 있으므로 이에 대하여 살펴보면, 구 지방세법시행령 제82조의3 제1항 규정의 취득가격에는 과세대상물건의 취득시기 이전에 거래상대방 또는 제3자에게 지급원인이 발생 또는 확정된 것으로서 당해 물건 자체의 가격(직접비용)은 물론 그 이외에 실제로 당해 물건 자체의 가격으로 지급되었다고 볼 수 있거나(취득자금이자, 설계비 등) 그에 준하는 취득절차비용(소개수수료, 준공검사비용 등)도 간접비용으로서 이에 포함된다 할 것(같은 취지의 대법원 판결 1996.1.26. 95누4155)이므로 청구인이 처분청에 지급한 위탁수수료도 토지를 취득하기 위한 간접비용으로서 취득절차비용에 포함되는 것이라 할 것이지만,청구인과 처분청이 체결한 ○○○○ 건설사업에 대한 위·수탁협약서 제3조 제2호에서 처분청이 수행하는 용지보상업무는 보상심의위원회 구성 및 운영 등 9개 업무를 정하고 있고, 그 제6조에서 용지보상업무 처리에 따른 위탁수수료는 용지매수금액과 이주대책사업비 합계액의 2.8%로 정하고 있으므로 청구인이 처분청에 지급한 위탁수수료에는 이 사건 토지를 취득하기 위한 위탁수수료 외에 다른 업무에 관련된 위탁수수료 등이 포함되어 있다 하겠으므로 ○○○○ 건설사업에 대한 용지보상관련 지급액(105,875,695,281원) 중 위탁수수료(2,629,131,771원)를 공제한 금액(103,246,563,510원)에서 이 사건 토지에 대한 매수금액(73,370,045,770원)이 차지하는 비율(71.06%)만큼을 위탁수수료에 곱하여 산출한 금액(1,868,338,391원)에 이 사건 토지에 대한 매수금액(73,370,045,770원)을 합산한 금액(75,238,384,160원)을 과세표준으로 보는 것이 타당하다 할 것인데도 처분청에서 이 사건 토지에 대한 위탁수수료를 산정함에 있어서 이 사건 토지 매수금액에 위탁수수료율 2.8%를 곱하여 산출한 금액(2,054,361,270원)에 이 사건 토지에 대한 매수금액(73,370,045,770원)을 합산한 금액(75,424,407,040원)을 과세표준으로 취득세 등을 부과 고지한 것은 잘못이라 하겠으므로 취득세 및 농어촌특별세는 주문과 같이 경정되어야 할 것이고, 청구인이 납부하여야 할 등록세 등을 정당한 과세표준으로 산출하여 보면, 등록세 39,816,260원, 교육세 7,299,630원, 합계 47,115,890원(가산세 포함)으로 산출되고 있고, 2001.5.10. 처분청에서 부과 고지한 등록세 등(등록세 34,216,420원,교육세 6,272,970원, 합계 40,489,390원)은 세액산출시 등록세 세율을 적용함에 있어서 착오로 1,000분의 30을 적용하지 아니하고 1,000분의 20으로 적용하여 정당세액보다 과소 부과된 사실이 제출된 관계 증빙자료에서 확인되고 있으므로 이 사건 등록세 등의 부과처분은 과소부과에 대한 추가부과는 별론으로 하고 기각 결정하는 것이 타당하다 할 것이다. 따라서 청구인의 주장은 일부 이유가 있다고 인정되므로 지방세법 제77조 제1항의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.

2002. 6. 24. 행 정 자 치 부 장 관