비영리법인이 소유하고 있는 부동산을 고유업무에 직접 사용하고 있는 경우에 해당하는지 여부(경정)

[주 문] 처분청이 2001.6.25. 청구인에게 부과고지한 재산세 등에 관한 심사청구는 각하하고, 2001.10.8. 부과고지한 종합토지세 등에 관한 심사청구는 기각한다.

[이 유]

1. 원처분의 요지 처분청은 청구인이 2001년도 재산세 과세기준일(5.1) 현재 소유하고 있는○○시○구○○동○○번지외 2필지 토지상의 건축물 5,762.24㎡(이하 “이 사건 건축물”이라 한다)에 대하여 이를 고유업무에 사용하고 있지 아니하므로 재산세 면제 대상에 해당되지 않는다고 보아 2001년도분 재산세 2,449,750원, 도시계획세 1,633,160원, 공동시설세 1,253,490원, 지방교육세 489,940원, 합계 5,826,340원을 2001.6.25. 부과고지하였고, 청구인이 2001년도 종합토지세 과세기준일(6.1) 현재 소유하고 있는○○동 산○○번지외 32필지 토지 723,995㎡(이하 “이 사건 토지”라 한다)에 대하여도 이를 일부는 임대하고 일부는 고유업무에 직접 사용하고 있지 아니하므로 종합토지세 등 면제대상에 해당하지 않는다고 보아 2001년도분 종합토지세 101,638,990원, 도시계획세 42,690원, 지방교육세 20,327,790원, 농어촌특별세 14,245,840원, 합계 136,255,310원을 2001.10.8. 부과고지하였다.

2. 청구의 취지 및 이유 청구인은 1983.10.7.에 장학금의 지급, 학생을 포함한 국민의 수련을 위한 시설의 설치·관리 등을 목적사업으로 하여 설립된 법인으로서, 1988.3.14. 감독관청의 승인을 받아 해산등기를 하였으나 해산전 이사였던 청구외○○○외 2인이 이사회해산결의부존재확인의 소를 제기하여 2000.4.20. 승소판결을 받고 당해 판결이 확정됨에 따라 감독관청으로부터 법인해산허가 취소 통보를 받아 같은 해 12.26. 해산등기를 말소하고서, 이 사건 토지중 일부를 장학기금을 조성코자 매각을 추진하고 있고, 이 사건 건축물은 청소년수련시설로 허가를 받아 사용하고 있음에도, 처분청은 청구인을 청산법인으로 보았을 뿐만 아니라, 이 사건 토지와 건축물을 고유 목적사업에 사용하지 않는 것으로 보고 2001년도분 재산세와 종합토지세 등을 부과고지한 처분은 부당하다고 주장하고 있다.

3. 우리부의 판단 이건 심사청구의 다툼은 비영리법인이 소유하고 있는 부동산을 고유업무에 직접 사용하고 있는 경우에 해당하는 지 여부에 관한 것이라 하겠다. 먼저 관계법령을 보면, 지방세법 제288조 제2항에서 정부로부터 허가 또는 인가를 받거나 민법 외의 법률에 의하여 설립 또는 그 적용을 받는 학술연구단체·장학단체·기술진흥단체·문화예술단체·체육진흥단체·청소년단체가 과세기준일 현재 그 고유업무에 직접 사용하는 부동산에 대하여는 재산세·종합토지세·도시계획세 및 공동시설세를 면제한다고 규정하고 있고, 같은 조 제3항에서는 청소년기본법에 의하여 청소년수련시설의 설치 허가를 받은 비영리법인이 청소년수련시설을 설치하기 위하여 취득하는 부동산에 대하여는 취득세와 등록세를 면제하고, 과세기준일 현재 그 시설에 직접 사용하는 부동산에 대하여는 재산세 및 종합토지세의 100분의 50을 경감한다고 규정하고 있다. 다음으로 청구인의 경우를 보면, 청구인은 1983.8.7.○○시교육위원회로부터 (재)○○○장학회라는 명칭으로 법인설립 허가를 받았고, 법인등기부상 장학금의 지급과 국가, 지방자치단체, 공공단체 및 개인의 장학금 수탁관리, 학생을 포함한 국민의 수련을 위한 시설의 설치 및 관리운영을 목적사업으로 등기되어 있으며, 1988.3.10. 해산결의 등기를 하고, 같은 해 3.14. 서울특별시교육위원회로부터 해산허가를 받았으나, 청구인의 해산전 이사이었던○○○외 2인이 이사회결의 부존재 확인의 소를 제기하여 2000.4.20. 승소판결을 받고, 이러한 판결이 확정됨에 따라 2000.12.26. 법인등기부상 해산결의 등기를 말소하였으며, 청구인은 장학기금 조성을 목적으로 이 사건 토지중 2필지는 2001.12.13. 및 12.18.에 매각하고, 29필지 토지는 매각을 추진중에 있으며, 이 사건 건축물에 대하여는○○시장으로부터 2001.11.6. 청소년수련시설 설치·운영변경허가를 받고, 같은 해 11.20. 청소년수련시설등록을 한 후 청소년수련시설로 사용하고 있음을 제출된 관계 증빙자료에서 알 수 있다. 우선 청구인의 심사청구 내용중 재산세 등에 관한 심사청구의 경우 처분청이 2001.6.25. 납부고지서와 과세자료를 청구인에게 송달한 사실이 우편물 배달증명서(○○○○우체국 접수번호 제15271호)에 의하여 입증되고 있으며, 청구인은 납부고지서를 수령한 날로부터 90일이 경과한 2001.10.19.에서야 이의신청을 제기하였으므로 청구기간 경과로 인하여 본안 심의대상에 해당되지 않는다 하겠다. 다음으로 종합토지세 등 부과처분의 경우 청구인은 소송에 의하여 승소판결을 받아 법인해산 등기를 말소하여 청산법인이 아니라 비영리법인으로서 존속하게 되었고, 이 사건 토지를 장학기금 조성을 위하여 매각을 추진하고 있는데 처분청이 이 사건 토지에 대하여 종합토지세를 부과고지한 처분이 부당하다고 주장하지만, 2001년도 종합토지세 과세기준일 현재 소유하고 있는 이 사건 토지의 경우 5필지 토지는 기존의 임차인이 계속 무단으로 이를 사용하고 있고, 1필지는 연수시설인 이 사건 건축물의 부속토지이며, 나머지는 지목현황대로 방치한 상태에서, 연수시설 부속토지를 제외한 나머지 토지를 장학기금 조성을 위하여 매각을 추진하고 있는 상태이었으며, 이렇게 장학기금 조성을 위하여 매각을 추진중인 토지를 종합토지세 면제대상이 되는 고유업무에 직접 사용하는 토지로 볼 수는 없다 하겠으며, 연수시설 부속토지의 경우에도 종합토지세 과세기준일에는 연수시설을 사용하고 있지 아니하고 방치하고 있었기 때문에 고유업무에 직접 사용하는 토지로 인정할 수는 없다 하겠으므로, 처분청이 이 사건 토지에 대하여 2001년도분 종합토지세를 부과고지한 처분은 아무런 잘못이 없다 하겠다. 따라서 청구인의 주장은 이유가 없다고 인정되므로 지방세법 제77조제1항의 규정에 의거 주문과 같이 결정한다.

2002. 5. 27. 행 정 자 치 부 장 관