비영리사업자인 학교법인의 주 사무소에 대하여 재산할 사업소세를 비과세하지 아니한 처분이 적법한지 여부(취소)

[주 문] 처분청이 2001.9.14. 청구인에게 부과 고지한사업소세 211,800원(가산세 포함)을 취소한다.

[이 유]

1. 원처분의 요지 처분청은 청구인이 2000년도와 2001년도 재산할 사업소세 과세기준일(7.1)현재○○시 ○○구 ○○동 ○○번지 지상 건물 1,032㎡(지상1층～12층, 이하 “이 사건 건물”이라 한다) 중 지상 7층(353.12㎡, 이하 “이 사건 사무소”라 한다)에 사업소를 두고 있으면서 재산할 사업소세를 신고납부하지 아니하였으므로, 이 사건 사무소의 연면적에 지방세법 제248조 제1항 제1호의 세율을 적용하여 산출한 2000년도 및 2001년도 재산할 사업소세 211,800원(가산세 포함)을 2001.9.14. 부과 고지하였다.

2. 청구의 취지 및 이유 청구인은 1989.1.14. 구 교육법에 의하여 설립되어 ○○고등학교, ○○중학교 등 4개 학교의 교육사업을 하고 있는 비영리공익법인으로서, 2000년도에 신축한 이 사건 건물의 7층 일부에 학교법인의 본점격인 법인사무국을 두고 이사장을 포함한 5명의 직원이 상시 근무하면서 각 학교의 경영사무를 총괄하면서 부수적으로 이 사건 건물의 임대업무를 수행하고 있는 바, 청구인의 2001년도 문서접수 및 발송대장에서도 이 사건 사무소는 학교경영 사무를 주로 처리하고 있는 사실이 확인되고 있으므로, 지방세법 제245조의2 규정에 따라 사업소세를 비과세 하여야 하는데도 비과세대상에 해당하지 아니하는 것으로 보아 재산할 사업소세를 부과 고지한 처분은 부당하다고 주장하고 있다.

3. 우리부의 판단 이 사건 심사청구의 다툼은 비영리사업자인 학교법인의 주 사무소에 대하여 재산할 사업소세를 비과세하지 아니한 처분이 적법한 지 여부에있다. 먼저 관계법령을 보면, 지방세법 제243조, 제244조 및 제247조 내지 제249조에서 재산할 사업소세는 환경개선 및 정비에 필요한 비용에 충당하기 위하여 매년 7월 1일 현재 시·군내에 사업소를 둔 자로서 사업소의 연면적이 330제곱미터를 초과하는 경우 그 사업소 연면적을 과세표준으로 하여 제곱미터당 250원의 세율을 적용하여 부과하도록 규정하고 있고, 같은 법 제245조의2 제1항 제1호, 같은법시행령 제79조 제1항 제2호 및 제207조에서 초·중등교육법 및 고등교육법에 의한 학교를 경영하는 자에 대하여는 비영리사업자로 보아 사업소세를 비과세 하도록 하면서 대통령령이 정하는 수익사업에 관계되는 재산할 및 종업원할은 그러하지 아니하다고 규정하고, 같은법시행령 제208조에서 “대통령령이 정하는 수익사업에 관계되는 재산할 및 종업원할이라 함은 수익사업에만 직접 제공되고 있는 사업소와 종업원을 기준으로 부과하는 재산할과 종업원할을 말한다. 다만, 이 경우 비과세대상사업과 수익사업에 건축물이 겸용되거나 종업원이 겸직하는 때에는 주된 용도 또는 직무에 따라 과세한다.”라고 규정하고 있다. 다음으로 청구인의 경우를 보면, 청구인은○○고등학교 및 ○○공업고등학교(○○시○○구 소재), ○○중학교(○○시○○구 소재) 및 물금○○중학교(○○○○시 소재)를 운영하는 학교법인으로서 2000년도에 이 사건 건물을 준공하여 당해 건물 7층에 법인사무국을 두고 학교관련 사무를 수행하면서 수익사업으로 이 사건 건물 등에 대한임대업무 등을 수행하고 있으며, 처분청에서는 학교시설에 대하여 사업소세를 비과세하면서 학교법인의 주 사무소에 대하여는 사업소세 과세대상으로 보아 재산할 사업소세를 부과한 사실을 제출된 관계자료에서 알 수 있다. 이에 대하여 청구인은 이 사건 사무소가 학교법인의 주 사무소로서 학교경영을 위한 제반사무를 주로 수행하면서 부수적으로 임대업무를 수행하고 있으므로 재산할 사업소세를 비과세 하여야 한다고 주장하고 있으므로 이를 살펴보면, 지방세법 제245조의2 제1항 제1호 및 같은법시행령 제207조, 제208조에서 초·중등교육법 및 고등교육법에 의한 학교를 경영하는 자에 대하여 비영리사업자로 보아 사업소세를 비과세 하지만, 수익사업에만 직접 제공되고 있는 사업소에 대하여는 사업소세 과세대상으로 하면서 비과세대상사업과 수익사업에 건축물이 겸용되는 때에는 주된 용도에 따라 과세하도록 규정하고 있는 바, 청구인은 초·중등교육법에 의하여 학교(4개)를 운영하는 비영리사업자로서 사립학교법 제7조 규정에 따라 이 사건 사무소를 청구인의 주된 사무소로 하고 이 사건 사무소에 이사장과 사무과장 1인(학교 대내외 업무 총괄) 및 기능직원 3명(기본재산 관리 및 회계업무담당, 사무보조 및 학교별 문서수발 업무담당, 법인차량 기사)이 상주하면서 교육감, 양산교육청 등 청구인 학교 산하 3개관할 관청 등의 학교운영 관련 지침 수립 시행 및 보고, 학교시설 관련 행정사항 처리, 임원 및 학교장 임명, 교직원 이동사항 신고 등의 대외업무와 청구인 산하 4개 학교의 예산결산 심의, 학교장 임명과 교원 및 일반직원의 보직관리, 회계관리, 일반사무 등 학교운영 제반 사무를 총괄하여 수행하면서 수익사업으로 이 사건 건물 관리 등의 업무를 수행하고 있는 사실이 청구인의 2001년도 문서접수 및 발송대장과 직원 업무분장표 등에서 확인되고 있으므로, 이 사건 사무소는 비과세대상 사업인 청구인 산하 4개 학교의 대·내외 업무를 주로 수행하면서 부수적으로 수익사업을 영위하는 사업장소로 보아 재산할 사업소세를 비과세 하여야 할 것인데도 처분청에서 이 사건 사무소를 사업소세 과세대상으로 보아 이 사건 재산할 사업소세를 부과한 처분은 잘못이라고 하겠다. 따라서 청구인의 주장은 이유가 있다고 인정되므로 지방세법 제77조 제1항의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.

2002. 5. 27. 행 정 자 치 부 장 관