창업중소기업이 취득한 사업용 부동산으로서 감면요건을 충족하였는지 여부와 그 부동산 취득일로부터 2년 이내에 사업용으로 사용하지 아니하여 감면한 취득세 등의 추징대상에 해당하는 지 여부(취소)

[주 문] 처분청이 2001.11.10. 청구인에게 부과고지한취득세 3,559,530원, 농어촌특별세 326,280원, 등록세 5,339,300원, 교육세 978,860원, 합계 10,203,970원(가산세 포함)을 취소한다.

[이 유]

1. 원처분의 요지 처분청은 청구인이 1997.6.20.○○도○○시○○면○○리○○번지외 1필지 토지 1,700㎡와 그 지상의 공장용 건축물 790.22㎡(이하 “이 사건 부동산”이라 한다)를 경락으로 취득한데 대하여 구 조세감면규제법(1998.12.28. 법률 제5584호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제113조 제2항 및 제114조 제2항의 규정에 의하여 창업중소기업이 사업용으로 취득한 부동산으로 보아 취득세와 등록세의 100분의 75를 감면하였으나, 청구인이 그 후 정당한 사유없이 이 사건 부동산을 그 취득일로부터 2년 이내에 고유업무에 직접 사용하지 아니하였으므로 감면한 취득세 등의 추징대상에 해당된다고 보아 그 취득가액(197,752,000원)에 지방세법 제112조 제1항 및 제131조 제1항 제3호의 세율을 적용하여 산출한 세액에서 이미 납부한 세액을 차감한 취득세 3,559,530원, 농어촌특별세 326,280원, 등록세 5,339,300원, 교육세 978,860원, 합계 10,203,970원(가산세 포함)을 2001.11.10. 부과고지하였다.

2. 청구의 취지 및 이유 청구인은 1997.5.31. 사업자등록(개업일 1997.6.26.)을 하고, 1997.6.20. 이 사건 부동산을 경락 취득한 후 사업을 영위하다가 사업자등록일로부터 2년이 지난 1999.9.30. 이 사건 부동산중 건축물의 1층을 청구외 ○○○에게 임대하여 주었으나 2층은 계속하여 직접 사용하고 있는 데, 처분청은 이 사건 부동산 전체에 대하여 감면한 취득세 등을 추징하였을 뿐만 아니라, 구 조세감면규제법 제113조 제2항 및 제114조 제2항 단서규정에서 사업용 재산의 취득일 및 등기일로부터 2년 이내에 사업용으로 사용하지 않는 경우 추징한다고 규정하고 있을 뿐, 2년동안 사용하여야 한다고 규정하고 있지는 않으므로, 이 사건 부동산을 취득하여 사용하다가 그 중 일부를 취득일로부터 2년이 경과하여 임대하였다 하여 감면한 취득세 등을 추징할 수는 없다 할 것이므로, 이 사건 부과처분은 부당하다고 주장하고 있다.

3. 우리부의 판단 이 사건 심사청구의 다툼은 창업중소기업이 취득한 사업용 부동산으로서 감면요건을 충족하였는지 여부와 그 부동산 취득일로부터 2년 이내에 사업용으로 사용하지 아니하여 감면한 취득세 등의 추징대상에 해당하는 지 여부에 관한 것이라 하겠다. 먼저 관계법령을 보면, 구 조세감면규제법 제113조 제2항 및 제114조 제2항에서 창업중소기업이 당해 사업을 영위하기 위하여 창업일로부터 2년 이내에 취득하는 사업용 재산에 대하여는 취득세와 등록세의 100분의 75를 감면하지만, 취득(등기)일로부터 2년 이내에 당해 재산을 정당한 사유없이 당해 사업에 직접 사용하지 아니하는 경우에는 감면받은 세액을 추징한다고 규정하고 있으며,조세감면규제법상 창업일에 대하여 별도의 규정이 없고, 중소기업창업지원법시행령 제3조 제2호에서 “창업자가 개인인 경우에는 부가가치세법 제5조 제1항의 규정에 의한 사업개시일. 다만, 법 제21조의 규정에 의한 사업계획의 승인을 얻어 사업을 개시하는 경우에는 부가가치세법 제5조 제1항의 규정에 의한 사업자등록일”을 사업개시일로 규정하고 있다. 다음으로 청구인의 경우를 보면, 청구인은 1997.5.31. 이 사건 부동산 소재지를 사업장 소재지로 하여 사업자등록을 하면서, 사업개시일을 같은 해 6.26.로 기재하였고, 같은 해 6.20.에 이 사건 부동산을 취득하여 사업용(연사제조 공장)으로 사용하다가, 그 취득일로부터 2년이 경과한 1999.9.30.에 같은 업종을 영위하는 청구외○○○에게 이 사건 부동산중 건축물의 1층을 임대한 사실을 제출된 부가가치세 납세증명원, 임대차계약서 등 관계 증빙자료에서 알 수 있다. 이에 관하여 이 사건 부동산이 취득세 등 감면대상이 되는 창업중소기업의 사업용 부동산에 해당되는 지 여부에 대하여 보면, 청구인과 같은 개인사업자의 경우 1994.12.31. 조세감면규제법시행령이 개정되기 이전에는 창업일을 개인사업자의 경우 사업자등록증 교부일로 본다는 규정이 있었지만, 그 후 이러한 규정이 삭제됨으로써 창업일을 언제로 볼 것인 지에 대하여 다툼의 여지가 있으나, 중소기업창업지원법 제2조에서 창업이라 함은 중소기업을 새로이 설립하는 것을 말한다고 규정하고, 중소기업창업지원법시행령 제2조 제1항에서 창업은 중소기업을 새로이 설립하여 개시하는 것을 말한다고 규정하고 있으므로 창업일이라 함은 사업개시일을 말한다고 할 것인 바, 개인사업자의 경우 실질적인 사업개시 이후에 사업자등록을 하는 경우와 사업자등록을 하고 사업을 개시하는 경우 및 사업자등록과 동시에 사업을 개시하는 경우 등 여러 가지 경우가 있을 수 있으므로 사업개시일은 구체적인 경우에 따라 합리적으로 판단하여야 할 것으로서, 청구인의 경우 1997.5.31. 사업자등록을 필하고, 1997.6.20. 이 사건 부동산을 취득한 이상 창업중소기업이 취득한 부동산으로서 감면대상에 해당된다고 보아야 하며, 처분청이 단순히 사업자등록증 교부신청서에 예정일로 기재한 사업개시일을 실제 사업개시일로 판단한 것은 잘못이라 할 것이다. 또한 이 사건 부동산을 취득한 후 2년이 경과하여 임대한 1층 부분이 감면한 취득세 등의 추징대상에 해당되는 지 여부를 살펴보면, 청구인이 이 사건 부동산을 취득한 후 전체를 연사제조공장으로 사용하다가 취득일로부터 2년이 경과한 이후인 1999.9월부터 이 사건 부동산중 1층 부분 343㎡를 임대한 사실이 임대차계약서 및 재산할 사업소세 납부영수증 등에 의하여 입증되고 있으므로, 구 조세감면규제법 제113조 제2항 및 제114조 제2항 단서에서 규정하고 있는 추징요건인 “취득(등기)일로부터 2년 이내에 당해 재산을 정당한 사유없이 당해 사업에 사용하지 아니한 경우”에 해당되지 않는다 하겠으므로, 처분청이 이 사건 부동산에 대하여 감면한 취득세 등을 추징한 처분은 잘못이라 하겠다. 따라서 청구인의 주장은 이유가 있다고 인정되므로 지방세법제77조제1항의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.

2002. 4. 29. 행 정 자 치 부 장 관