비영리사업자가 주차장 설치 목적으로 연접된 토지와 지상 건물을 취득한 후 그 지상 건물을 철거하여 구내 주차장으로 사용하고 있는 경우, 철거한 건물이 취득세 등 비과세 대상에 해당하는지 여부(취소)

[주 문] 처분청이 2001.9.14. 청구인에게 부과 고지한 취득세 184,520원, 농어촌특별세 16,900원, 등록세 276,780원, 지방교육세 50,720원, 합계 528,920원을 취소한다.

[이 유]

1. 원처분의 요지 처분청은 청구인이 주차장 설치를 목적으로 1998.7.6.○○시○구○○동○○번지 외 1필지 토지 465.5㎡(이하 “이 사건 토지”라 한다)와 그 지상 건물(주택) 218.97㎡(이하 “이 사건 건물”이라 하며, 이하 이 사건 토지를 포함하여 “이 사건 부동산”이라 한다)를 취득하였으므로 지방세법 제107조 및 제127조의 규정에 의거 취득세 등을 비과세 하였으나, 이 사건 건물을 고유업무에 직접 사용하지 아니하고 1998.8.12. 철거하였으므로, 이 사건 건물의 취득가액(7,689,035원)에 지방세법 제112조 제1항 및 제131조 제1항의 세율을 적용하여 산출한 취득세 184,520원, 농어촌특별세 16,900원, 등록세 276,780원, 지방교육세 50,720원, 합계 528,920원을 2001.9.14. 부과 고지하였다.

2. 청구의 취지 및 이유 청구인은 교회내 주차장 확장을 위하여 1998.7.6. 청구인 교회와 연접되어 있는 주택 2채를 매입하여 1998.8.12. 주택을 철거하고 건축물 말소신고를 한 후 기존 교회 부속토지와 한 구내로 변경하여 교회의 주차장으로 사용하고 있는 바, 당초 주차장을 확보하기 위하여 주택이 있는 이 사건 부동산을 매입한 후 주차장시설 설치를 위하여 부득이 이 사건 건물을 철거한 것은 지방세법 제107조 단서 규정에서의 고유업무에 사용하지 못한 “정당한 사유”에 해당하는 것으로 보아 취득세 등을 비과세 하여야 하는데도 이 사건 취득세 등을 부과 고지한 처분은 부당하다고 주장하고 있다.

3. 우리부의 판단 이 사건 심사청구의 다툼은 비영리사업자가 주차장 설치 목적으로 연접된 토지와 지상 건물을 취득한 후 그 지상 건물을 철거하여 구내 주차장으로 사용하고 있는 경우, 철거한 건물이 취득세 등 비과세 대상에 해당하는 지 여부에 있다. 먼저 관계법령을 보면, 구 지방세법(2000.12.29. 법률 제6305호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제107조 본문 및 제1호와 같은 법 제127조 제1항본문 및 제1호, 같은법시행령 제79조 제1항에서 종교 및 제사를 목적으로 하는 단체가 그 사업에 직접 사용하는 부동산에 대하여는 취득세와 등록세를 부과하지 아니하지만, 수익사업에 사용하거나 취득일부터 3년 이내에 정당한 사유 없이 취득물건의 전부 또는 일부를 그 사업에 사용하지 아니한 경우에는 그 부분에 대하여는 취득세와 등록세를 부과하도록 규정하고 있다. 다음으로 청구인의 경우를 보면, 1996.5.3. 교회내 위원회를 개최하여 주차장 확장을 목적으로 이 사건 부동산을 구입하기로 결의하고 1998.7.6. 이 사건 부동산을 취득하여 1998.7.8. 소유권이전등기를 마친 후 같은 날 처분청에 이 사건 부동산을 종교목적에 사용할 목적으로 취득한 것으로 감면신청서를 제출하여 감면을 받은 다음 같은 해 8.12. 이 사건 건물을 철거하고 같은 달 14. 건축물 말소신고를 한 후 기존 교회와의 담장을 철거하여 아스팔트포장을 하고 기존 교회의 부속토지로 편입하여 교회 구내의 주차장으로 사용하고 있으며, 처분청에서는 당초 이 사건 부동산을 고유업무에 사용할 목적으로 취득한 것으로 인정하여 취득세 등을 비과세 한 바 있었으나, 그 후 이 사건 건물은 고유업무에 직접 사용하지 아니한 것으로 보아 취득세 등을 부과한 사실을 제출된 관계 증빙자료에서 알 수 있다. 이에 대하여 청구인은 주차장을 설치하기 위하여 부득이 이 사건 건물을 철거하였으므로 고유업무에 직접 사용하지 못한 정당한 사유에 해당하는 것으로 보아야 한다고 주장하고 있으므로 이를 살펴보면, 청구인은 주차장을 확보할 목적으로 1998.7.6. 이 사건 부동산을 취득하여 같은 해 7.8. 소유권이전등기를 마친 후 처분청으로부터 취득세 등의 감면을 받은 다음 1998.8.12. 이 사건 건물을 철거하고 같은 달 14. 건축물 말소신고를 한 후 기존 교회의 부속토지로 편입하여 교회 구내의 주차장으로 사용하고 있는 바, 청구인이 이 사건 부동산을 취득한 후 교회의 부속토지로 편입하여 종교용에 직접 사용하기 위하여는 현실적으로 그 지상 건축물인 이 사건 건물을 철거하는 것이 불가피하다고 하겠고 이러한 이유로 부득이 이 사건 건물을 철거한 후 당초 이 사건 부동산의 취득목적대로 교회 구내의 주차장에 공여하고 있는 것은 이 사건 건물을 포함한 일체의 부동산을 그 목적사업에 사용한 것으로 볼 수 있다 하겠으므로 이 사건 건물을 종교용에 직접 사용하지 않았다는 이유로 취득세 등을 부과하는 것은 무리라고 하겠으며, 설령 이 사건 토지의 지상 건축물인 이 사건 건물을 종교용으로 직접 사용하지 아니한 것으로 본다고 하더라도 교회 구내의 주차장 확보를 목적으로 이 사건 부동산을 취득한 후 당초 취득목적에 공여하고자 부득이 이 사건 건물을 철거하고 교회 구내로 편입하여 주차장으로 사용하고 있는 일련의 과정을 살펴보면, 이 사건 건물을 고유업무에 직접 사용하지 못한 데에 그 정당한 사유가 있는 경우로 봄이 타당하다고 하겠다. 따라서 청구인의 주장은 이유가 있다고 인정되므로 지방세법 제77조 제1항의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.

2002. 5. 27. 행 정 자 치 부 장 관