창업벤처중소기업이 사업용 재산을 취득한 후 취득일로부터 2년내에 당해 사업에 직접 사용하지 아니하고 임대한 경우에 임대한 부동산에 대한 취득세를 부과하고 등록세를 중과세한 처분이 적법한지 여부(기각)

[주 문] 청구인의 심사청구를 기각한다.

[이 유]

1. 원처분의 요지 처분청은 청구인이 2001.5.2. ○○시○○○구○○○동○○번지 건물 705.57㎡(지하 1층, 지상 2층)와 동 부속토지 450.6㎡(이하 건물을 포함하여 “이 사건 부동산”이라 한다)를 취득함에 따라 조세특례제한법 제119조 제3항 및 같은 법 제120조 제3항의 규정에 의한 창업벤처중소기업이 취득하는 사업용 재산으로 보아 취득세 및 등록세 등을 과세면제하였으나, 청구인은 이 사건 부동산 중 502.63㎡(지상 1층 227.39㎡, 2층 275.24㎡, 이하 “이 사건 쟁점 부동산”이라 한다)를 취득일로부터 2년 이내에 당해 사업에 직접 사용하지 아니하고 임대하거나, 다른 용도(일반음식점)로 사용였으므로 이 사건 쟁점 부동산의 취득가액(737,307,496원)에 지방세법 제112조 제1항 및 같은 법 제138조 제1항의 세율(대도시내 법인설립 이후 5년내에 취득·등기한 부동산에 대하여 등록세율을 3배 중과)을 적용하여 산출한 취득세 17,695,360원, 농어촌특별세 1,622,070원, 등록세 79,629,200원, 지방교육세 14,598,680원, 합계 113,545,310원(가산세 포함)을 2001.11.10. 부과고지하였다.

2. 청구의 취지 및 이유 청구인은 2001.5.2. 건물 전체를 당해 사업용으로 사용할 목적으로 취득하였다가 경제적인 사정으로 일부를 임대하거나 음식점으로 사용하였으나, 조세특례제한법 제119조 제3항 및 같은 법 제120조 제3항 단서에서 취득·등기일로부터 2년내에 당해 사업에 직접 사용하지 아니하는 사업용 재산에 대하여 취득세 및 등록세 등을 추징하도록 규정하고 있음에도, 처분청에서는 단지 임대하였다는 사유만으로 취득·등기일로부터 2년이 경과하지 아니한 이 사건 쟁점부동산에 대하여 취득세를 추징하고 등록세를 중과세하는 것은 부당하며, 또한, 이 사건 쟁점 부동산의 지상 2층 중 172.2㎡는 당초 한정식 식당으로 영업허가를 받아 영업을 하다가 폐업신고를 한 후 청구인의 사무실 및 직원 식당으로 사용하고 있는데도 취득세 등을 추징한 것은 부당하다고 주장하고 있다.

3. 우리부의 판단 이 사건 심사청구의 다툼은 창업벤처중소기업이 사업용 재산을 취득한 후 취득일로부터 2년내에 당해 사업에 직접 사용하지 아니하고 임대한 경우에 임대한 부동산에 대한 취득세를 부과하고 등록세를 중과세한 처분이 적법한 지 여부에 있다. 먼저 관계법령의 규정을 살펴보면, 조세특례제한법 제119조 제3항에서 “다음 각 호의 1에 해당하는 등기에 대하여는 등록세를 면제한다. 다만, 등기일로부터 2년 이내에 당해 재산을 정당한 사유 없이 당해 사업에 직접 사용하지 아니하는 경우에는 면제받은 세액을 추징한다”라고 규정하고, 그 제1호에서 “창업중소기업 및 창업벤처중소기업이 당해 사업을 영위하기 위하여 창업일부터 2년이내에 취득하는 사업용 재산에 관한 등기”라고 규정하고, 같은 법 제120조 제3항에서 “창업중소기업 및 창업벤처중소기업이 당해 사업을 영위하기 위하여 창업일로부터 2년 이내에 취득하는 사업용 재산에 대하여는 취득세를 면제한다. 다만, 취득일로부터 2년 이내에 당해 재산을 정당한 사유 없이 당해 사업에 직접 사용하지 아니하는 경우에는 면제받은 세액을 추징한다”라고 규정하고 있으며, 지방세법 제138조 제1항에서 “다음 각 호의 1에 해당하는 등기를 하는 때에는 그 세율을 제131조 및 제137조에 규정한 당해 세율의 100분의 300으로 한다”고 규정하면서 그 제3호에서 “대도시내에서의 법인의 설립과 지점 또는 분사무소의 설치 및 대도시내로의 법인의 본점·주사무소 지점 또는 분사무소의 전입에 따른 부동산등기와 그 설립·설치·전입이후의 부동산등기”라고 각각 규정하고 있다. 다음으로 청구인의 경우를 보면, 청구인은 2000.1.13. 가방제조업, 생활용품제조업, 무역업 등을 목적사업으로 하여 설립된 법인으로서 같은 해 4.18. 벤처기업으로 확인을 받은 후 2001.5.2. 이 사건 부동산을 취득하여 취득세와 등록세를 면제받았으나, 2001.8.31. 처분청 담당공무원의 현지확인 조사 결과 이 사건 쟁점 부동산중 지상 1층 일부와 2층 일부를 청구외 마성근과 (주)○○유통에게 각각 임대하였고, 이 사건 쟁점 부동산의 나머지 1층과 2층은 2001.5.14.과 같은 해 8.11. ○○○과 ○○○ 명의로 처분청에 각각 일반 음식점 영업신고를 하고 영업을 하였으며, ○○○ 명의로 영업하던 지상 2층 음식점(172.2㎡)은 2001.8.31. 처분청에 폐업신고를 한 사실과, 처분청에서 이 사건 쟁점 부동산에 대하여 면제된 취득세를 추징하고 등록세를 3배 중과세한 사실이 제출된 관계증빙 자료에서 알 수 있다. 이에 대하여 청구인은 조세특례제한법 제119조 제3항 및 제120조 제3항 단서에서 취득·등기일로부터 2년내에 당해 사업에 직접 사용하지 아니하는 사업용 재산에 대하여 취득세 등을 추징하도록 규정하고 있음에도, 취득·등기일로부터 2년이 경과하지 아니한 이 사건 쟁점 부동산에 대한 취득세를 추징하고, 등록세를 중과세한 것이 부당하다고 주장하고 있으므로 이에 대하여 살펴보면, 조세특례제한법 제119조 제3항 및 같은 법 제120조 제3항 단서에서 취득·등기일로부터 2년내에 당해 사업에 직접 사용하지 아니하는 사업용 재산에 대하여는 취득세 및 등록세 등을 추징한다라고 규정하고 있는 바, 동 규정에서의 “2년내에 당해 사업에 직접 사용”이라 함은 사업용 재산을 취득·등기한 후 2년내에 당해 사업에 직접 사용하기 위한 준비절차를 이행하여 사업용으로 사용을 개시한 것을 뜻하고 취득·등기일로부터 2년내에 직접 사용하지 아니하고 매각한다든지 임대한 경우와 다른 용도로 사용할 경우에는 임대시점부터 직접 사용하지 않는 것으로 보아 기 과세 면제된 취득세 등을 추징하여야 할 것(같은 취지의 행정자치부 심사결정 2001.12.17. 제2001-598호)으로써, 취득일로부터 2년내에 임대하거나 다른 용도로 사용하다가 사업용으로 전환하더라도 추징하는 것이 조세특례제한법상 추징 단서 규정의 취지에 부합하다고 하겠는 바, 청구인의 경우 2001.5.2. 이 사건 부동산을 취득한 후 이 사건 쟁점 부동산 중 1, 2층 일부를 청구 외 (주)○○유통과 ○○○에게 각각 임대하였고, 이 사건 쟁점 부동산 중 나머지 1, 2층에 대하여는 음식점 영업(상호: ○○○ 한정식) 허가를 받아 영업을 한 사실이 2001.8.31. 작성된 처분청 담당공무원의 현지확인 복명서와 임대차계약서 및 일반음식점 영업신고증 등에서 확인되고 있으므로, 처분청에서 이 사건 쟁점 부동산 전체에 대하여 기 면제된 취득세를 추징하고, 대도시내 법인의 설립 이후 5년 이내에 취득·등기한 부동산의 등기로 보아 등록세를 중과세한 처분은 정당하다고 하겠다. 따라서 청구인의 주장은 이유가 없다고 인정되므로 지방세법 제77조 제1항의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.

2002. 3. 25. 행 정 자 치 부 장 관