학교법인이 토지를 취득한 후 학교를 신축하다가 건축공사를 중단하고, 유예기간내에 교육용에 사용하지 아니한 경우 유예기간 3년이 경과한 시점에서 비과세한 취득세 등의 추징대상으로 보아 취득세 등을 추징한 처분이 적법한지 여부(기각)

[주 문] 청구인의 심사청구를 기각한다.

[이 유]

1. 원처분의 요지 처분청은 청구인이 1995.2.11.부터 1998.8.21. 사이에 ○○도 ○○시 ○○면 ○○리 산 ○○번지외 48필지 토지 884,654㎡(이하 “이 사건 토지”라 한다)를 취득한 데 대하여 취득세 등을 비과세하였으나, 그 후 취득일로부터 유예기간 3년 이내에 이 사건 토지를 학교용으로 사용하지 아니하였으므로 비과세한 취득세 등의 추징대상에 해당된다고 보아 그 취득가액(750,405,703원)에 지방세법 제112조 제1항 및 제131조 제1항의 세율을 적용하여 산출한 취득세 18,009,730원, 농어촌특별세 1,650,890원, 등록세 27,389,960원, 지방교육세 5,021,480원, 합계 52,072,060원(가산세 포함)을 2001.11.9. 부과고지하였다.

2. 청구의 취지 및 이유 청구인은 가칭 ○○대학을 설립하기 위하여 이 사건 토지를 취득한 후 학교건물을 신축하던 중 행정적인 규제와 절차 및 경제적인 어려움 등으로 인하여 건축물이 거의 완공된 상태에서 건축공사를 중단하였으나, 공사중단 후에도 학교를 개교하기 위한 노력을 지속적으로 추진하고 있는 바, 법인세법시행규칙 제26조 제3항 제1호에서 토지를 취득하여 업무용으로 사용하기 위하여 건설에 착공한 경우는 업무에 직접 사용한 것으로 본다고 규정하고 있는 점에 비추어 공사중단기간이 3년을 초과하지 아니한 상태에서 토지 취득일로부터 유예기간 3년이 경과하였다 하여 비과세한 취득세 등을 추징하는 것은 비영리사업자인 학교법인에게 취득세 등을 비과세하는 입법취지에 어긋나므로, 이 사건 부과처분은 부당하다고 주장하고 있다.

3. 우리부의 판단 이 사건 심사청구의 다툼은 학교법인이 토지를 취득한 후 학교를 신축하다가 건축공사를 중단하고, 유예기간내에 교육용에 사용하지 아니한 경우 유예기간 3년이 경과한 시점에서 비과세한 취득세 등의 추징대상으로 보아 취득세 등을 추징한 처분이 적법한 지 여부에 관한 것이라 하겠다. 먼저 관계법령을 보면, 지방세법 제107조 제1호, 제127조 제1항 제1호에서 제사·종교·자선·학술·기예 기타 공익사업을 목적으로 하는 비영리사업자가 그 사업에 사용하기 위한 부동산(제112조 제2항의 규정에 의한 과세대상 제외)의 취득에 대하여는 취득세와 등록세를 비과세하지만, 수익사업에 사용하는 경우와 취득일로부터 3년 이내에 정당한 사유없이 그 용도에 직접 사용하지 아니하는 경우 또는 그 사용일부터 2년 이상 그 용도에 직접 사용하지 아니하고 매각하거나 다른 용도로 사용하는 경우 그 해당부분에 대하여 취득세와 등록세를 부과하도록 규정하고 있고, 같은 법 시행령 제79조 제1항 제2호에서 초·중등교육법 및 고등교육법에 의한 학교를 경영하는 자를 비영리사업자로 규정하고 있다. 다음으로 청구인의 경우를 보면, 청구인은 1995.11.2.부터 1998.8.21.사이에 학교를 신축할 목적으로 이 사건 토지를 취득하면서, 토지 취득도중인 1996.6.15.에 농지전용허가와 건축허가를 받고, 같은 해 8.14.에 건축공사에 착공하여 건축공사를 진행하다가 1999.1월경부터 건축공사를 중단하고 있으므로, 처분청이 이 사건 토지에 대하여 비과세한 취득세 등을 추징하였음을 제출된 관계 증빙자료에서 알 수 있다. 이에 대하여 청구인은 공사중단 후에도 학교를 개교하기 위한 노력을 계속 진행하고 있고, 법인세법시행규칙에서 공사기간 동안은 고유업무에 사용하는 것으로 본다고 규정하고 있는 점에 비추어 건축공사에 착공한 후 공사중단기간이 3년을 초과하지 아니한 상태에서 비과세한 취득세 등을 추징한 처분이 부당하다고 주장하고 있으므로 이를 살펴보면, 지방세법 제107조 및 제127조 단서에서 비영리사업자가 취득한 부동산을 유예기간 3년 이내에 당해 사업에 직접 사용하지 아니한 경우에는 비과세한 취득세 등을 추징하도록 명백히 규정하고 있고, 제사·종교·자선·학술·기예 기타 공익을 목적으로 하는 사업자가 그 사업에 직접 사용하는 것이라 함은 제사나 종교 등의 시설 또는 부지로서 현실적으로 그 사업에 직접 사용되고 있는 경우만을 지칭하는 것이고, 비영리사업자가 보유·사용하는 토지라 하더라도 그 지상에 목적사업 수행을 위한 시설을 신축공사를 하고 있는 사이에 이루어지는 그 토지에 대한 이용관계는 단지 그 사업에 직접 사용하기 위한 준비를 위하여 그 토지를 보유·사용하는 것에 불과하고 이를 그 사업에 직접 사용한 것으로는 볼 수 없다고 할 것으로서(같은 취지의 대법원판결 1986.10.14. 85누388), 청구인이 법인세법시행규칙을 이유로 공사기간 동안은 고유업무에 사용한 것이므로 공사중단기간이 3년을 초과하지 아니한 상태에서 비과세한 취득세 등을 추징한 처분이 부당하다는 주장은 받아들일 수 없다 하겠으며, 또한 청구인이 공사를 중단하고 유예기간을 경과한 사유가 내부적인 경제적 사정에 기인한 것이고, 건축허가 제한 등의 사유가 아닌 단순한 행정적인 절차를 거치는데 소요된 기간 때문에 유예기간내에 교육용에 사용하지 못한 정당한 사유가 있다고 인정할 수도 없다 하겠으므로, 처분청이 이 사건 토지에 대하여 비과세한 취득세 등을 추징한 처분은 아무런 잘못이 없다 하겠다. 따라서 청구인의 주장은 이유가 없다고 인정되므로 지방세법제77조제1항의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.

2002. 3. 25. 행 정 자 치 부 장 관